Documente Academic
Documente Profesional
Documente Cultură
Microbiologie de lenvironnement
I- Microbiologie du sol
Minraux organiques
Complexit externe et interne du sol.
ETAPES DE LA FORMATION DUN SOL
1- Dsagrgation et altration de la
2- Lenrichissement en matire 3- Migration et accumulation des
roche-mre
organique substances
SOL Vgtaux, animaux. Formation des horizons
Facteurs physiques :
carts de T, rosion, Minralisation
Mouvements de leau
gel, racines
Humus
-Blocs, graviers, cailloux, grains de
sables, limons
- dune pte le complexe
daltration : pte dargile Ca H. Lessivs H. daccumulation
colore par des oxydes de fer, Al,
sels de ca2+, Mg2+, K+, Na+, Mn, Ti, NH4 PO4
N, S, P plus ou moins solubles
Complexe-
argilo-humique
Complexe collodal
K Mg
Pourcentage approximatif du volume total occup
par les diffrents composants dun sol fertile
1%
Activit Biologique
Matire organique 5%
Eau 25%
Horizon B
+ + + Horizon C Fragmentation de la
++ ++ ++ roche-mre
Roche-mre Aucune activit
microbienne
++ ++ ++
Description des horizons
Humus
Riche en matire organique,
horizon appauvri
Rserve deau
MICROFAUNE
Thcamoebien
en dessous de 0,2 mm Cili
Amibe Flagell
Nmatode
MESOFAUNE
de 0,2 2 mm Acarien
Rotifre Tardigrade Collembole
Diplopode
Larve de Coloptre Chilopode
MACROFAUNE
au dessus de 2 mm Larve de Diptre Enchytraeide
Isopode
Lombricide
Actinomyctes
MICROFLORE
en dessous de 0,1 mm
Poids de bactries
Nombre de Poids de Poids de lhectare
bactries par bactries par bactries
gramme de sol gramme de sol en du sol Pour 1000 T de Pour 3000 T de
(en mg) terre (couche de terre (couche de
8 cm) 25 cm)
Nombreuse
- Elle est variable dun sol
et dune saison lautre
- Elle reprsente en
moyenne 2,5 tonnes
lhectare
Varie
- Une grande diversit
despces, de tailles, de
mode de nutrition, de
source dnergie
En quilibre
- Vivant en communaut,
ces tres vivants sont
tantt en concurrence
tantt en association
- Sensibles aux conditions
du milieu (T, humidit,
aration, pH, aliments
organiques et minraux)
ROLES DE LA FAUNE ET DE LA FLORE DU SOL
Processus de Minralisation
(dcomposition)
Nombreuse
- Elle variable dun sol et
dune saison lautre Elments simples
Les matires organiques M.O.
- Elle reprsente en (N, P, K, C, H20) ;;
(animaux, vgtaux) SAPROPHYTES
moyenne 2,5 tonnes
lhectare
Varie
- Une grande diversit
despces, de tailles, de
mode de nutrition, de
source dnergie
En quilibre
- Vivant en communaut,
ces tres vivants sont
tantt en concurrence
tantt en association
- Sensibles aux conditions
du milieu (T, humidit,
aration, pH, aliments
organiques et minraux)
ROLES DE LA FAUNE ET DE LA FLORE DU SOL
Processus de Minralisation
(dcomposition)
Nombreuse
- Elle variable dun sol et
dune saison lautre Elments simples
Les matires organiques M.O.
- Elle reprsente en (N, P, K, C, H20) ;;
(animaux, vgtaux) SAPROPHYTES
moyenne 2,5 tonnes
lhectare
Varie
- Une grande diversit Processus dAssimilation
despces, de tailles, de (Absorption = Synthse)
mode de nutrition, de
source dnergie
En quilibre
- Vivant en communaut,
ces tres vivants sont
tantt en concurrence
tantt en association
- Sensibles aux conditions
du milieu (T, humidit,
aration, pH, aliments
organiques et minraux)
ROLES DE LA FAUNE ET DE LA FLORE DU SOL
Processus de Minralisation
(dcomposition)
Nombreuse
- Elle variable dun sol et
dune saison lautre Elments simples
Les matires organiques M.O.
- Elle reprsente en (N, P, K, C, H20) ;;
(animaux, vgtaux) SAPROPHYTES
moyenne 2,5 tonnes
lhectare
Varie
- Une grande diversit Processus dAssimilation
despces, de tailles, de (Absorption = Synthse)
mode de nutrition, de
source dnergie
Processus de Minralisation
(dcomposition)
Nombreuse
- Elle variable dun sol et
dune saison lautre Elments simples
Les matires organiques M.O.
- Elle reprsente en (N, P, K, C, H20) ;;
(animaux, vgtaux) SAPROPHYTES
moyenne 2,5 tonnes
lhectare
Varie
- Une grande diversit Processus dAssimilation
despces, de tailles, de (Absorption = Synthse)
mode de nutrition, de
source dnergie
Energie solaire
CO2
HERBIVORES CARNIVORES
Photosynthse (Consommateurs I aires) ) (Consommateurs I aires) )
VEGETAUX VERTS
(Producteurs)
N, P, K,
Fe, Mn, B, Zn, Mo, Cu
Ca, Mg, S
Dbris
organiques
Substances
solubles
CARNIVORES
- Action chimique
Lessivage
sol par les microbes lorsque les Mat. Azote minral
Org. sont trop pauvres en azote du sol Lignine et Matires azotes
2 TEMPS:
cellulose oxyde
Synthse physico-chimique, active par les microbes, MINERALISATION
dACIDES HUMIQUES collodaux partir des LENTE DE
produits transitoires + ou - solubles LHUMUS STABLE
- rsidus de lignine HUMUS STABLE: Lessivage dions nutritifs
- matires azotes divers stades 15 30% de la seulement si le pouvoir
matire sche enfouie 1,5 2% par an absorbant du sol est trop
Humus de composition variable faible et la pluviomtrie
- la matire organique humifiable leve ( sols sableux,
- les conditions de milieu (aration, pauvres en humus,
humidit, acidit, T ) fortement irrigus.
MATIERES ORGANIQUES TOTALES DU SOL MATIERES MINERALES
La dcomposition des Glucides simples : Sucres et Amidon
SUCRES
SOLUBLES
AMIDON
MILIEU ASPHYXIANT Alcools Acides
CH4 + H2
Bactries Anarobies organiques
Mthane
gaz des marais
Fixation
CO2 + H20
MILIEU AR et NEUTRE Gele Humine
Bactries arobies cytophagienne microbienne
Fixation
CO2 + H20
Acides humiques
Composs
MILIEU AR et NEUTRE et Humine
phnoliques dinsolubilisation
Champignons
solubles
CELLULOSE
CO2 + H20
MILIEU AR mais Cellulose non
TRES ACIDE dcompose
Champignons saccumule
CO2 + H20
MILIEU ASPHYXIANT
Acides Mthane et
trs HUMIDE
organiques hydrogne
Bactries Anarobies
ACIDES HUMIQUES
et HUMINE HUMINE RESIDUELLE HUMINE RESIDUELLE LIGNINE
dINSOLUBILSATION des ou HRITE ou HRITE peu dcompose
MULLS acide ou eutrophe du MOR et MODER du MULLS Ne saccumule pas
Ne saccumule pas: saccumule cause de CARBONATsaccumule cause de labsence de
Rotation rapide lexcs de lacidit cause de lexcs de Ca loxygne ,
La dcomposition des Matires Azotes, ou Protolyse en milieu ar et peu acide
PROTEOLYSE AMMONISATION NITRIFICATION
NITRIFICATION NITRIFICATION
O2 O2
(Oxydation) Ions H+ (Oxydation) Ions H+
Acidification Acidification
GROUPE MORPHOLOGIQUE
Base sur la forme et la dimension
Cocci
Staphylococcus, Streptococcus,
Diplocoques encapsuls (Neisseria),
Cocobacilles (Bacterium)
Bacilles
Bacillus, Fusobacterium, Corynebacterium,
Bacilles encapsuls, Bacilles flagells (Salmonella)
Bactries Spirales
Bacilles incurvs (Vibrio)
Treponema, Spirochaeta,
Azospirillum, Herbaspirillum
CLASSIFICATION DES MICRO-ORGANISMES TELLURIQUES
La Microflore du sol est reprsente par : Bactries, Actinomyctes, champignons, algues
Les Bactries sont classes en groupes prsentant des caractres ou des proprits identiques
Bactries acidophiles
- Groupes des ammonificateurs Bactries basophiles
Bactries capables de dgrader jusquau stade
ammoniacal un milieu base dazote organique. Bactries neutrophiles
dchets organiques
minralisation et immobilisation de N, S et P
Augmentation de la disponibilit de nutriments pour la plante (P, Mn, Fe, Zn, Cu)
ractions d'oxydorduction
Fixation biologique d'azote
bactries libres ou associatives avec des non-lgumineuses
bactries symbiotiques fixatrices d'azotes (Rhizobium, Frankia)
biodgradation de pesticides
(bioremdiation)
Epuration de l'air
Structuration du sol
antibiose
comptition/ commensalisme 5
Rservoir de biodiversit
Mthodes indirectes :
Elle consiste mesurer le carbone (ou lazote) que contient la biomasse
microbienne. La technique la plus utilise est la fumigation-
extraction, qui fait appel aux vapeurs de chloroforme et au dosage du
carbone solubilis par ce traitement : La diffrence du carbone
organique soluble entre les chantillons fumigs et non fumigs
donne la quantit de carbone extractible dorigine microbienne.
Le rsultat peut tre exprim en valeur absolue (mg de C par kg de sol).
4- Dosage de composs spcifiques de la matire vivante :
Le dosage dans des extraits de sol de composs biochimiques
caractristiques des cellules vivantes peut permettre une approche
quantitative de la biomasse microbienne du sol. Il faut pour cela que le
compos doser soit spcifique des micro-organismes et que son
extraction soit quantitative.
3. DOSAGE DE L'ATP
La teneur en A.T.P. d'un sol serait ainsi fonction de la masse des
organismes vivants qui s'y trouvent.
5- Mesures d'activits
1. ACTIVITES ENZYMATIQUES
la plupart portent sur des hydrolases (amylase, sacoharase, protase,
urase)
ou sur
des oxydorductases (catalase, peroxydase, dshydrognase,
glucose-oxydase).