Metabolismo Microbiano: energa, enzimas y regulacin.

Las clulas vivas son mquinas qumicas capaces de autorregularse, adaptadas para
funcionar sobre el principio de la mxima economa. A. (L. Lehninger.)

En las reacciones de produccin de energa es donde las bacterias muestran su

extraordinaria diversidad y versatilidad metablica. Las bacterias han evolucionado
para crecer en casi todos los entornos naturales, con independencia de la naturaleza
de las fuentes de carbn, energa y poder reductor disponibles. Las capacidades
metablicas colectivas de las bacterias les permiten metabolizar prcticamente
cualquier compuesto orgnico de este planeta. (J.L. Ingraham.)

Conceptos
1. La energa es la capacidad para realizar trabajo. Los organismos vivos pueden llevar a
cabo tres tipos fundamentales de trabajo: trabajo qumico, trabajo de transporte y trabajo
mecnico.

2. La mayor parte de la energa utilizada por los organismos vivos procede originalmente
de la luz del sol absorbida durante la fotosntesis por los organismos fotoautotrofos.
Posteriormente, los organismos quimioheterotrofos consumen materia orgnica
sintetizada por los autotrofos, utilizndola como fuente de energa y como precursores
para la sntesis.

3. Las reacciones exergnicas, que producen energa, se conectan con reacciones

endergnicas, que requieren energa. Para ello, se requiere una moneda de
intercambio energtico. La moneda ms utilizada es el ATPr

4. Todos los sistemas vivos obedecen las leyes de la termodinmica.

5. Cuando se transfieren electrones desde un agente reductor, que tiene un potencial de

reduccin ms negativo, a un agente oxidante, que tiene un potencial ms
electropositivo, se libera energa. La inversin de la direccin de la transferencia de
electrones p. ej., durante la fotosntesis requiere un consumo de energa.

6. Las enzimas son protenas catalticas que hacen posible la vida al aumentar la velocidad
de las reacciones a temperatura ambiente. Las enzimas no alteran el equilibrio qumico
ni violan las leyes de la termodinmica, sino que aceleran las reacciones al reducir su
energa de activacin.

7. El metabolismo est sometido a una regulacin tal que (a) se mantienen las
concentraciones adecuadas de los componentes celulares, incluso ante un entorno
cambiante, y (b) se conservan la energa y la materia.

8. La localizacin de las enzimas y los metabolitos en compartimientos celulares

independientes regula y coordina la actividad metablica.

9. La actividad de las enzimas reguladoras puede modificarse mediante la unin reversible

de electores a un centro regulador independiente del centro cataltico o mediante la
modificacin covalente de la enzima. La regulacin de la actividad enzimtica acta
rpidamente y constituye un mecanismo muy sensible que permite ajustar el
metabolismo en cada momento.

10. La actividad de una ruta a menudo est sometida al control de sus productos finales
mediante un proceso de inhibicin por retroalimentacin.
ste se ejerce sobre las enzimas reguladoras localizadas al comienzo de la secuencia y
en sus puntos de ramificacin.
11. El metabolismo, la suma total de todas las reacciones qumicas que tienen lugar en la
clula, puede dividirse en catabolismo y anabolismo. En el catabolismo se reduce la
complejidad de las molculas y se libera energa libre. Tambin puede derivarse energa
de la luz solar (fotosntesis) y de la oxidacin de sencillos nutrientes inorgnicos. El
anabolismo requiere el uso de energa libre para aumentar la complejidad de las
molculas.

12. Durante el catabolismo, los nutrientes son dirigidos a unas pocas vas comunes para un
uso ms eficaz de las enzimas (unas pocas vas procesan una gran variedad de
nutrientes).

13. El ciclo de los cidos tricarboxlicos es la va final de la oxidacin (respiracin aerobia)

de los nutrientes a CO2.

14. La mayor parte de la energa liberada en el catabolismo es generada por el movimiento

de electrones desde transportadores de electrones con potenciales de reduccin ms
negativos a transportadores con potenciales de reduccin ms positivos. Por tanto, la
respiracin aerobia es mucho ms eficaz que el catabolismo anaerbico.

15. En el catabolismo pueden usarse una amplia variedad de aceptores de electrones:

molculas orgnicas endgenas (fermentacin), O2 (respiracin aerobia), y molculas
oxidadas exgenas orgnicas o inorgnicas diferentes al OT (respiracin anaerobia).
Adems, las molculas inorgnicas y orgnicas reducidas pueden actuar como dadores
de electrones para el transporte de electrones y la sntesis de ATP. El catabolismo
microbiano es nico por la diversidad de nutrientes y mecanismos empleados para
generar energa.

16. En la fotosntesis, la energa luminosa absorbida catapulta los electrones a potenciales

de reduccin ms negativos o a niveles de energa ms elevados.
Estos electrones energetizados se utilizan para sintetizar ATP y NADPH o NADH durante
el transporte de electrones.

17. Las reacciones de oxidacin y fotosntesis generan un gradiente electroqumico; ste

ser utilizado para la produccin de ATP y en otros procesos como el transporte y la
movilidad bacteriana.

18. En el anabolismo, o biosntesis, las clulas utilizan energa libre para construir molculas
y estructuras ms complejas a partir de precursores ms pequeos y sencillos.

19. Las vas biosintticas estn organizadas para optimizar la eficacia conservando la
energa y las materias primas biosintticas.

20. Los auttrofos utilizan ATP y NADPH procedentes de la fotosntesis o de la oxidacin de

molculas inorgnicas para reducir el CO2 e incorporarlo a la materia orgnica.

21. Las rutas catablicas y anablicas pueden diferenciarse en las enzimas, la regulacin, la
localizacin intracelular y el uso de cofactores y transportadores nuclesido difosfato.
Aunque muchas enzimas de las rutas anfiblicas participan en el catabolismo y en el
anabolismo, algunas enzimas slo participan en uno de los dos procesos.

22. El fsforo, en forma de fosfato, puede asimilarse directamente, en tanto que los
compuestos de azufre y de nitrgeno inorgnicos a menudo tienen que reducirse antes
de su incorporacin a la materia orgnica.

23. El ciclo de los cidos tricarboxlicos (ATC) acta como una ruta anfiblica y necesita
reacciones anaplerticas (sntesis de E) para mantener niveles suficientes de los
productos intermedios del ciclo.
24. La mayora de las enzimas glucolticas participan tanto en la sntesis como en el
catabolismo de la glucosa. Por el contrario, los cidos grasos se sintetizan a partir de
acetil-CoA y malonil-CoA mediante una va bastante diferente a la de la p-oxidacin de
los cidos grasos.

25. La sntesis de peptidoglicanos es un proceso complejo de varios pasos que se inicia en

el citoplasma y se completa en la pared celular, despus de que la unidad de repeticin
del peptidoglicano ha sido transportada a travs de la membrana plasmtica.

8.1 Energa y trabajo

La energa puede definirse de manera muy simple como la capacidad para realizar trabajo o
para causar cambios particulares.

As, todos los procesos fsicos y qumicos son el resultado de la aplicacin de energa.

Las clulas vivas llevan a cabo tres tipos fundamentales de trabajo, todos ellos esenciales
para los procesos vitales:

Trabajo qumico se basa en la sntesis de molculas biolgicas complejas necesarias para

las clulas a partir de precursores mucho ms simples; se requiere energa para aumentar la
complejidad molecular de una clula.

Trabajo de transporte Este proceso requiere un consumo de energa para captar

nutrientes, eliminar productos de desecho y mantener el equilibrio inico.

Trabajo mecnico, quiz el ms familiar de los tres. Se requiere energa para cambiar la
localizacin fsica de los organismos, las clulas y las estructuras intracelulares.

La fuente ltima de la mayor parte de la energa biolgica es la luz solar visible que incide
sobre la superficie de la Tierra. La energa luminosa es atrapada durante la fotosntesis,
proceso en el que es absorbida por la clorofila y otros pigmentos y convertida en energa
qumica.

8.2 Leyes de la termodinmica

Para comprender cmo se atrapa o genera energa, y cmo funciona el ATP como moneda
de energa, se requieren ciertos conocimientos sobre los principios bsicos de la
termodinmica.

La ciencia de la termodinmica analiza los cambios de la energa en un conjunto de materia

(p. ej., una clula o una planta) denominado sistema.

Primera ley de la termodinmica conocida como principio de conservacin de la energa

"La energa no se crea ni se destruye: solo se transforma".
Esta ley permite definir el calor como la energa necesaria que debe intercambiar el sistema
para compensar las diferencias entre trabajo y energa interna.

Por ejemplo, durante las reacciones qumicas tienen lugar numerosos intercambios de
energa (as, las reacciones exotrmicas liberan calor, que es absorbido durante las
reacciones endotrmicas), pero estos intercambios de calor no violan la primera ley.

La segunda ley de la termodinmica indica la direccin en que se llevan a cabo las

transformaciones energticas. El flujo espontneo de calor siempre es unidireccional,
desde los cuerpos de temperatura ms alta a aquellos de temperatura ms baja. En
esta ley aparece el concepto de entropa, la cual se define como la magnitud fsica que mide
la parte de la energa que no puede utilizarse para producir un trabajo.
8.3 Energa libre y reacciones
La primera y segunda leyes pueden combinarse en una ecuacin que relaciona las
variaciones de la energa que pueden ocurrir en las reacciones qumicas y otros procesos.

La variacin de la entalpia es el cambio del contenido de calor. Las reacciones celulares se

producen en condiciones de presin y volumen constantes. As, la variacin en la entalpia es
aproximadamente igual a la variacin en la energa total durante la reaccin. La variacin
de la energa libre es la cantidad de energa disponible en un sistema para realizar un
trabajo til a una temperatura y una presin constantes.

8.4 Papel del ATP en el metabolismo

Muchas reacciones celulares son endergnicas y no pueden progresar hacia su terminacin
sin ayuda externa. Una de las principales funciones del ATP es conducir estas reacciones
exergnicas hacia su trmino. El ATP es una molcula de alta energa. Es decir, se
descompone o hidroliza casi completamente en los productos ADP y P con una AGO/ de -
7.3 kcal/mol.

ATP tiene un potencial de transferencia del grupo fosfato muy alta; transfiere fcilmente
su grupo fosfato a la molcula de agua.

Una molcula fosfatada con un mayor potencial de transferencia del grupo fosfato lo podr
ceder a una molcula con menor potencial.

Por tanto, el ATP est perfectamente capacitado para su papel como fuente de energa. Se
forma en procesos de captura-generacin de energa, como la fotosntesis, la fermentacin y
la respiracin.

En la economa celular, la degradacin exergnica del ATP est acoplada a diversas

reacciones endergnicas (Figura 8.6). En otras palabras, el ATP relaciona reacciones
generadoras de energa, que liberan energa libre, con reacciones consumidoras de energa,
que requieren un aporte de energa libre para progresar a trmino.
El objetivo del ejemplo anterior es facilitar el trabajo qumico, pero los mismos principios se
aplican cuando el
ATP se acopla a procesos endergonicos relacionados con los trabajos de transporte y
mecnico (Figura 8.3).

Figura 8.3 Ciclo de energa de la clula. El ATP se forma a partir de la energa liberada
durante la respiracin aerobia, respiracin anaerobia, fermentacin y fotosntesis. Su
hidrlisis en ADP y fosfato (P,) hace posible el trabajo qumico, mecnico, y de transporte.
Figura 8.6 ATP como agente acoplante. Uso del ATP para favorecer las reacciones
endergnicas. Es producido por reacciones exergnicas, y posteriormente utilizado para
llevar a trmino reacciones endergnicas.

8.6 Enzimas
Se definen como protenas catalticas que tienen una alta especificidad para la reaccin
catalizada y para las molculas sobre las que actan.

Un catalizador es una sustancia que aumenta la velocidad de una reaccin qumica sin
experimentar una alteracin permanente; por tanto, las enzimas aceleran las reacciones
celulares.

Las molculas que reaccionan reciben el nombre de sustratos, y las sustancias formadas
se denominan productos.

Muchas enzimas son en realidad protenas puras. Sin embargo, otras muchas estn
formadas por una protena, la apoenzima, y un componente no proteico, el cofactor,
necesario para la actividad cataltica.

La enzima completa, constituida por la apoenzima y el cofactor, recibe el nombre de

holoenzima.

Si el cofactor est unido firmemente a la apoenzima, constituye un grupo prosttico.

A menudo, el cofactor est unido dbilmente a la apoenzima, e incluso puede disociarse de

ella una vez formados los productos, y transportar uno de estos productos a otra enzima
(Figura 8.13). Estos
cofactores unidos dbilmente reciben el nombre de coenzimas. Por ejemplo, el NAD+ es
una coenzima que transporta electrones dentro de la clula. Muchas vitaminas necesarias
para el ser humano actan como coenzimas o como sus precursores.

La niacina se incorpora al NAD+, y la riboflavina al FAD+. Los iones metlicos tambin

pueden unirse a apoenzimas y actuar como cofactores.

pueden clasificarse en seis clases generales. Las enzimas suelen nombrarse en funcin de
los sustratos sobre los que actan, y del tipo de reaccin catalizada. Por ejemplo, la lactato
deshidrogenasa (LDH) elimina iones hidrgeno del lactato.

Nomenclatura oficial
Actualmente, la nomenclatura de las enzimas est regulada por el Nomenclature Committee
de la International Union of Biochemistry and Molecular Biology (IUBMB).
Se les designa con un cdigo numrico que inicia con las letras EC (de Enzyme Comission),
seguidas de 4 nmeros, separados por puntos. Enseguida se menciona el substrato, la
reaccin catalizada y la terminacin asa.

El primer nmero se refiere a la clase . Por clase nos referimos al tipo de reaccin general
que cataliza la enzima. Se han agrupado a las enzimas en seis clases.

1. Oxidoreductasas Catalizan reacciones de transferencia de electrones.

2. Transferasas Catalizan reacciones de transferencia de grupos qumicos especficos.

3. Hidrolasas Catalizan reacciones de ruptura o de unin de grupos qumicos, asociadas

con la ruptura o la sntesis de una molcula de agua.

4. Liasas Catalizan la ruptura o la formacin de uniones qumicas, con la formacin o

eliminacin de enlaces dobles. Tambin llamadas Sintasas.

5. Isomerasas Desplazan grupos qumicos dentro de una molcula, sin cambiar la frmula
general del substrato.

6. Ligasas Catalizan reacciones de unin de molculas, asociadas con la hidrlisis de

nuclesidos trifosfato (principalmente ATP). Tambin llamadas Sintetasas.

El segundo nmero se refiere a la subclase. Por subclase se entiende el grupo qumico o el

tipo de enlace sobre el cual acta la enzima.

El tercer nmero se refiere al substrato sobre el cual acta la enzima.

El cuarto nmero se refiere a la enzima especfica.

Ejemplos:
1.1.1.1 alcohol deshidrogenasa
2.1.1.1 nicotinamida N-metiltransferasa
3.1.1.3 triacilglicerol lipasa
4.1.1.2 oxalato descarboxilasa
5.1.1.1 alanina racemasa
6.1.1.1 tirosina---tRNA ligasa

8.6.1 Regulacin metablica

Para lograr el crecimiento equilibrado un microorganismo requiere la integracin de un gran
nmero de rutas metablicas interconectadas que participan en la generacin de energa y
la de biosntesis. Las rutas de anabolismo y del catabolismo se llevan a cabo mediante una
serie de enzimas y es a travs de ellas que se ejerce el control.

Las vas enzimticas tienen que ver con la descomposicin de sustratos llevada a cabo por
los microorganismos, esta actividad metablica global de la clula en crecimiento representa
el funcionamiento de un gran nmero de rutas enzimticas interconectadas que necesitan un
balance muy bueno para funcionar apropiadamente.

El control de estas enzimas puede tomar dos formas bsicas: alteracin de la actividad
enzimtica y alteracin en el nmero de molculas de la enzima.

1. Control por sustrato.

El nivel de control ms simple se puede ejercer al cambiar la rapidez de reaccin de una
enzima, por ejemplo, al modificar la concentracin del sustrato.
Las enzimas que catalizan una reaccin reversible y dependen de una cierta concentracin
de sustrato para operar, a menudo no parecen tener sustrato suficiente cuando ste se
calcula por clula. Sin embargo, en las clulas eucariticas, la compartimentalizacin
permite a las enzimas asociarse espacialmente en las estructuras membranosas, que
pueden dar concentraciones locales de sustrato muy altas.

2. Control alostrico.
Las enzimas por tanto el control metablico, puede ser afectado por ciertos metabolitos
reguladores (efectores, modificadores o moduladores). Estos metabolitos pueden inhibir o
activar la actividad enzimtica.
Se trata de enzimas reguladoras conocidas como enzimas alostricas. De estas se pueden
distinguir tres clases:
a) Homotrpicas: Aqu el sustrato puede actuar como efector sobre la rapidez de la
reaccin enzimtica, por lo general, incrementndola.
b) Heterotrpicas: La inhibicin o estimulacin es causada por sustancias de
origen natural que no sea el sustrato.
c) Mixtas: Algunas enzimas muestran ambas caractersticas.

Conclusiones.
a) Los procesos enzimticos de los microorganismos estn regulados por ciertos tipos
de controles ya que no se puede llevar a cabo en forma desordenada y aleatoria, de
este modo se evita sntesis inadecuadas y mal funcionamiento del metabolismo.
b) El control metablico se lleva a cabo por medio de metabolitos que pueden inhibir o
activar la actividad enzimtica y cintica de las bioreacciones.
c) Existen ciertos tipos de control como son los de retroalimentacin que se realizan por
medio de procesos de inhibicin por medio de los cuales ciertos compuestos inhiben
a las enzimas en algunos puntos, provocando la formacin que stos a su vez pueden
inhibir a otras enzimas.
d) La cantidad de energa presente en una clula tanto en forma de AMP, ADP o ATP
tambin funciona como regulador de ciertos procesos metablicos, ya que la
presencia de uno de stos compuestos activa o cataboliza la formacin de otros
compuestos energticos.
e) Las enzimas pueden activarse o desactivarse por modificaciones reversibles o
irreversibles que son efectuadas por otras enzimas.
f) Algunas enzimas se sintetizan en forma inactiva por la accin de una segunda enzima
que rompe la molcula en un punto especfico, esta forma inactiva se conoce como
zimgeno.
1. La prueba de Voges-Proskauer es un procedimiento
colorimtrico que detecta la acetona, precursor del
butanodiol (Figura 9.10), siendo positiva con los
fermentadores butanodilicos pero no con los
fermentadores cido mixtos. La prueba de Voges-
Proskauer se incluye comercialmente en los sistemas
Enterotubo II y API 20E, entre otros, para la
identificacin de enterobacterias.

2. Los fermentadores cido mixtos producen cuatro veces

ms productos cidos que neutros, mientras que los
fermentadores butanodilicos forman principalmente
productos neutros. Por tanto, los fermentadores cido
mixtos acidifican los medios de incubacin en una
medida mucho mayor. sta es la base de la prueba del
rojo de metilo. La prueba es positiva slo para la
fermentacin cido mixta debido a que el pH desciende
por debajo de 4.4 y el color del indicador pasa de
amarillo a rojo.