2017627 carboxipeptidasa

Launinenzimasustrato:
carboxipeptidasa
ExperimentoqumicoCintica
Autores:RachelCasidayyReginaFrey
DepartamentodeQumicadela
UniversidaddeWashington
enSt.Louis,MO63130

Introduccin:lacerraduraylallavefrentealosmodelosdeajusteinducido
Paraunaenzimaparaejercersuefectosobreunsustrato,elsustratodebeentrarenelsitioactivodelaenzimapara
Textooriginal
formarelcomplejoenzimasustrato(laprimeraetapadelmecanismodeMichaelisMenton).En1890,EmilFischer
propusounmodelodecmounsustratoencajaenelsitioactivodeunaenzima,conocidocomoelmodelodellave
Introduction:LockandKeyversusInducedFitModels
cerraduray.Enestemodelo,sedicequelosaminocidosquecomponenelsitioactivodeunaenzimaenelestadono
unidoparaformarunaformaquecoincidaexactamenteconlaformadelsustrato.Porlotanto,elsustratoseajustaaeste
Sugiereunatraduccinmejor
sitioactivo,talcomounallaveencajaenunacerraduracuyaformaestdiseadaparacoincidirconlaclave(Figura1).

Figura1:

Esquemticadelmodelodecerradurayllave.Elsustratotieneunaforma
queencajaexactamenteenelsitioactivodelaenzimanounida,la
formacindelcomplejoenzimasustrato.

Estemodeloesbastantetilparavisualizarcmoelcomplejoenzimasustratoseformacomounpasocrucialenla
catlisisdereaccionesbiolgicas.Sinembargo,lossitiosactivosdemuchasenzimasnotienenunaformaenel
formularioindependientequecoincideexactamenteconlaformadelsustrato.Laformadelsitioactivocambiacuandoel
sustratoseunealaenzima,lacreacindeunaformaenqueseajustaelsustrato.Esteproceso,conocidocomoelmodelo
deajusteinducido,fuedescritoporDanielE.Koshland,Jr.en1958.Hoyenda,esteconceptoseutilizatpicamente
paradescribirelcomportamientodeuninalsustratodemuchasenzimasdiferentes.

Carboxipeptidasaylaunindelsustrato

Enelcuerpohumano,lasprotenassonmolculasesencialesenlosorganismosytienenunamultituddefuncionesque
vandesdeproporcionarresistenciaalatraccinaloshuesosytendonesparaproporcionaralmacenamientoytransporte
desustanciasnecesarias,talescomoO2 yhierroentodoelcuerpo.Porlotanto,dentrodelasclulasdelcuerpo,las
protenasdelosalimentosdebenprimeropuedensepararensusaminocidosconstituyentes.Entoncesestosaminocidos
seutilizanparaconstruirlasprotenasnecesariaspornuestrocuerpo.

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Pararomperunaprotenaensusaminocidosconstituyentes,laclulautilizaunareaccindehidrlisis.Laprotena
reaccionaconunamolculadeaguaparaproducirunaminocidoyunanuevaprotenamspequea.Laenzima
carboxipeptidasaAessecretadaporelpncreasyseutilizaparaacelerarestareaccindehidrlisis.Comoseveenla
Figura2,estaenzimasecomponedeunasolacadenade307aminocidos.Seasumeunaformacompacta,globularque
contieneregionesdeamboshlicesyhojasplisadas.Estaformaglobularcontieneunareginsemejanteaunbolsillo,
dondeunsustratopuedeencajar.Estaregineselsitioactivodelaenzima.

LacarboxipeptidasaAesunabuenailustracindelateoradeajusteinducido,debidoaqueelsitioactivocambia
apreciablementecuandoelsustratoseune.Lasfiguras2y3muestranrepresentacionestridimensionalesdelaprotena
carboxilasaconysinunsustratounido.Ntesecmoelsitioactivocambiadeformacuandoseestformandoun
complejoconunsustrato.Amedidaqueelsustratodeprotenaseunealacarboxipeptidasa,elsitioactivosecierraen
tornoaella.Lahidrlisisdelenlacepeptdicoesmsprobablequeocurrasielresiduoterminaltieneunacadenalateral
dehidrocarburoaromticoovoluminosos.Unionzinc(Zn2+)estfuertementeunidocercadelsitioactivoyayudaenla
catlisis.Tresenlacesdehidrgenoylasinteraccioneselectrostticassoncrticosparalaenzimaparareconocerel
aminocidoterminalenlacadenapeptdica.ElintermedioseestabilizamedianteinteraccionesconZn2+ylamolcula
decarboxipeptidasa.Elltimopasoesunatransferenciadeprotonesylaescisindelenlacepeptdico.Todoesteproceso
requiereunaconsiderablemovilidaddelacarboxipeptidasaApropiaprotena.

Figura2: Figura3:

EstaesunarepresentacinCPKdela
Esteesunmodelomoleculardela
carboxipeptidasaA,conunsustrato
carboxipeptidasanounidoUna
(turquesa)unidoenelsitioactivo.El
enzima.LaCPK,ollenadode
espacio,larepresentacindelos sitioactivoestenlaconformacin
inducida.Losmismostres
tomosseutilizaaquparamostrarel
aminocidos(Arg145,Tyr248,y
volumenylaformaaproximadadel
Glu270)estnetiquetadospara
sitioactivo.Tengaencuentaelion
demostrarelcambiodeforma.
zinc(magenta)enelbolsillodelsitio
activo.Tresaminocidoslocalizados
Nota:Coordenadasparalasfiguras2
cercadelsitioactivo(Arg145,Tyr
y3sonapartirdedatos
248,yGlu270)estnetiquetados.
cristalogrficosderayosx.

Laspreguntassobrecarboxipeptidasa:
Dealtacalidad1.Uninvestigadorhaobtenidoimgenestridimensionalesdelsitioactivodelacarboxipeptidasanounido
unamolculaydelcompuestoldelactatofenilo.Alexaminarestasimgenes,seobservaquelaformadelsitioactivo
nocoincideconlaformadeldelactatofenil.Ellaconcluyequellactatofenilnopuedeformaruncomplejodesustrato
conlacarboxipeptidasaA,debidoaquenoencajaenelsitioactivo.Estdeacuerdoconlaconclusindeeste
investigador?Brevementeexpliquesurespuesta.

2.AcontinuacinsemuestraunesquemadeunaprotenaenlaqueRyR'representancadaunounodelos20
sustituyentesposibles:

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a.Enlareaccindehidrlisisdescritoeneltutorial,elZn2+bonosdeionesparaelgrupocarbonilo(C=O)del
penltimoaminocidodelsustrato.ParaqueuntomoenelgrupocarbonilohaceelZn2+enlacedeiones?Qutipode
interaccinseproduceentreelZn2+ionyelgrupocarbonilo?

segundo.Lasestructurasdelaargininaytirosinasemuestranacontinuacin.LosresiduosdeArg145yTyr248delos
enlacesdehidrgenoformaenzimticaconlaprotena.Enelfragmentoaminocidoterminal,alotomoshacenlas
cadenaslateralesdeestosrestosformanenlacesdehidrgeno?

3.ElsitioactivodelaenzimacarboxipeptidasaAtieneunbolsillohidrofbicoenelqueresidelacadenalateraldel
aminocidoterminaldelaprotenasustrato.Qutipodecadenalateraldebeesteaminocidoconteneryqutipode
interaccinseproduceentrelacadenalateralyestebolsillohidrofbico?

RASMOLArchivos:

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Paraverlasmolculasdeformainteractiva,porfavorutiliceRASMOL.ParadescargarlosarchivosPDBparala
visualizacinylarotacindelasmolculasquesemuestranarriba,porfavorhagaclicenelnombrecorrespondientea
continuacin.(Nota:sideseavervariasmolculasdeformasimultnea,porfavordescargarcadaarchivo(PDB)y
guardarensuordenadorRASMOLLuegoabiertofueradeNetscape.).

Lacarboxipeptidasa(cpep.pdb)
complejocarboxipeptidasasustrato(cpepsubst.pdb)

Enlacesadicionales:

referencias:

Greenblatt,HMetal.."LacarboxipeptidasaA:Nativo,zinceliminado,ylasformasdemercuriosustituido".(1997).
Paraserpublicado.APcoordinacomo"Estructuradecarboxipeptidasa,"BrookhavenProteinDataBank.

Stryer,Lupert.Bioqumica.4ed.,WHFreemanandCo.,NuevaYork,1995,p.218222.

Teplyakov,A.etal."LaestructuradecristaldealtaresolucindelcomplejoentrelacarboxipeptidasaAyllactato
fenil".(1994)Paraserpublicado.APcoordina,BrookhavenProteinDataBank.

Zundahl,S.PrincipiosdeQumica.3ed.,HoughtonMifflinCo.,NuevaYork,1998,p.710711,10191020.

Expresionesdegratitud:
EldesarrollodeestetutorialfueapoyadoporunasubvencindelInstitutoMdicoHowardHughesatravsdelPrograma
deLicenciaturaCienciasBiolgicasEducacin,GrantHHMI#71192hasta502004alaUniversidaddeWashington.

Copyright1998,laUniversidaddeWashington,Todoslosderechosreservados.

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