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Resumo: Este artigo consiste em uma descrio dos fatos histricos relacionados ao diagnstico molecular, das tcnicas disponveis
e do que se espera para o futuro do setor. Inicialmente, foram abordados as descobertas e os avanos originados dentro dos
laboratrios de pesquisa das universidades, onde, efetivamente, nasceram as tcnicas de anlise de cidos nucleicos. Posteriormente
foi descrita a evoluo que estas tcnicas vm sofrendo ao longo do tempo at se chegar ao formato atual, passando pela biologia
molecular manual e automatizada, abrangendo, basicamente, a PCR e a PCR tempo real. Alm disso, foram discutidas e descritas
brevemente outras tcnicas de amplificao de cidos nucleicos, amplificao de sinal e microarranjos. Por fim, foi apresentado um
resumo das principais expectativas em relao ao diagnstico molecular, considerando seu crescimento, o mercado de anlises
clnicas e as novas reas e abordagens.
Palavras-chave: Biologia Molecular; PCR; Genotipagem; Sequenciamento
Abstract: This article is a description of historical events related to molecular diagnosis, the techniques used today, and what the
hope for the future of this segment is. First, we turn back to discoveries and advances originated within the research laboratory
inside the universities, where the nucleic acid analysis techniques were born and we describe the progress that they have suffered
until the current format. Otherwise, this is a brief history from manual molecular biology to automated molecular biology covering
mainly PCR, real time PCR. Moreover, we discuss briefly about other techniques for nucleic acid amplification, signal amplification
and microarrays. Finally, we make a summary of the main expectations for the molecular diagnosis covering growth, market, new
areas and approaches.
Keywords: Molecular biology; PCR; Genotyping, Sequencing
que a reao seja preparada temperatura ambiente. (3) As nativo da amostra, devido ao da UDG sobre DNA dupla
principais estratgias para se obter o "hot-start" atualmente fita com dUTP, o que no ocorre com o DNA nativo que con-
so a inativao com reagentes qumicos, haptmeros, anti- tm dTTP.(34) Atualmente, os "master mixes" comerciais para
corpos e introduo de mutaes na polimerase.(3,24,25) PCR e PCR em tempo real contemplam o dUTP na sua
Com relao aos primers e sondas modificadas, atual- composio.
mente existe uma srie de modificaes disponveis, princi- As reaes de RT-PCR em um nico passo (contnua)
palmente, no que diz respeito a fluorforos e atenuadores. tambm outro avano importante, pois evita abertura dos tubos
Nas ltimas duas dcadas, diversos tipos de sondas para para transferncia do cDNA para reao de PCR, aps sua
deteco e quantificao de cidos nucleicos foram desen- transcrio reversa, a partir do RNA. A RT-PCR contnua tornou-
volvidos; dentre eles destacam-se as sondas de hidrlise se vivel com o uso de enzimas que apresentam tanto atividade
(Taq ManTM), "Beacons" moleculares, os primers "Sunrise", transcriptase reversa quanto DNA polimerase (Tth DNA
"Scorpions" e "DzyNA". polimerase) ou com a mistura das duas enzimas envolvidas
Um grande avano tem sido notado na tecnologia das no processo, a transcriptase reversa (AMV ou MMLV) com uma
enzimas utilizadas no diagnstico molecular, principalmente, Taq DNA polimerase "Hot-Start".(35) Quando os mtodos de
em relao s enzimas termoestveis, que desempenham RT-PCR foram comparados, o mtodo contnuo com duas
um papel crtico nos mtodos de amplificao de cidos enzimas mostrou-se o mais sensvel, seguido pela reao
nucleicos, que necessitam de desnaturao do DNA e termo- de RT-PCR em dois passos (no contnua) e, por fim, o mtodo
ciclagem.(3) Diversas polimerases termoestveis j foram contnuo com uma nica enzima.(35) A tecnologia de RT-PCR
geneticamente modificadas e as principais vantagens que contnua com duas enzimas foi extremamente importante na
apresentam so maior fidelidade e velocidade.(29,30) A Tabela 2 deteco do vrus H1N1, durante a pandemia de 2009.
apresenta uma lista das principais polimerases utilizadas na Para aumentar a utilidade diagnstica de um teste
atualidade. Com relao velocidade das reaes, termo- molecular, existe um forte interesse nas reaes "multiplex"
cicladores capazes de realizar troca de temperaturas ultrarrpidas (onde mais de um DNA/RNA alvo so analisados por reao
(StepOneTM Realtime PCR System - Life tecnologiesTM)(27) e simultaneamente), assim, uma variedade de novos desenhos
polimerases ultrarrpidas (Kod DNA polimerase)(31) j esto analticos foram introduzidos na rotina laboratorial, (3) como,
disponveis. por exemplo, a genotipagem de HPV realizada em micro-
O carreamento de produtos pr-amplificados uma das arranjos de DNA e que ser discutida posteriormente.
principais preocupaes de quem excuta a PCR, pois podem Uma importante revoluo ocorreu no diagnstico mole-
gerar reaes falso-positivas, sendo este o motivo pelo qual cular com o advento do PCR em tempo real. Inicialmente, o
o setor de biologia molecular dividido fisicamente em reas funcionamento de uma reao de PCR era semelhante a uma
Pr-PCR, Trans-PCR e Ps-PCR.(32,33) A enzimologia para PCR caixa preta. Os reagentes eram misturados com o DNA molde
avanou tambm no sentido de se evitar este carreamento. A a ser avaliado em um tubo, que, em seguida, era colocado no
substituio do deoxitimidina trifosfato (dTTP) pela termociclador. Aps algumas horas, se tudo ocorresse bem,
deoxiuridina trifosfato (dUTP) e a adio da enzima Uracil uma banda de tamanho esperado apareceria no gel aps a
DNA Glicosilase (UDG) na reao de PCR elimina produtos eletroforese. Com o advento da tcnica de PCR em tempo
pr-amplificados que contenham o dUTP, preservando o DNA real, tornou-se possvel olhar para dentro do tubo durante o
maioria das vezes, um escner de fluorescncia utilizado o de sinal quimioluminescente.(49) Ensaios de captura
para analisar o padro de hibridizao formado.(42) Atualmente, hbrida esto disponveis comercialmente para deteco de
no Brasil, o principal ensaio envolvendo microarranjos de DNA agentes microbianos. A captura hbrida o principal ensaio
realiza a genotipagem de HPV em amostras biolgicas. O para deteco do Papilomavirus humano (HPV) no Brasil e
teste conhecido como Papillocheck (Greiner-bio-one) capaz vem sendo gradativamente substituda por tcnicas mais
de genotipar 24 subtipos de HPV, 18 gentipos de alto risco e modernas e que incluem a genotipagem do HPV, como o
seis de baixo, simultaneamente, aps a amplificao do DNA Papillocheck. Entretanto, tanto a captura hbrida quanto o
HPV por PCR, com primers marcados fluorescentemente. Os bDNA e outras tcnicas de amplificao de sinal, atualmente,
produtos de PCR so hibridizados contra um microarranjo vm sendo gradativamente substitudas pelo PCR tempo real
contendo sequncias especficas para os 24 diferentes tipos devido s vantagens de um ensaio homogneo, j descritas
de HPV detectados pelo exame. A hibridizao contra determi- anteriormente.
nado local (ou stio) do microarranjo indica o gentipo presen-
te na amostra. Uma das principais vantagens da genotipagem DIAGNSTICO MOLECULAR - FUTURO
de HPV ser realizada em microarranjo de DNA o fato de
permitir a deteco de infeces mltiplas, ou seja, aquelas O mercado de diagnstico molecular o segmento que
com mais de um tipo de HPV, que normalmente est asso- mais cresce no diagnstico in vitro e est sendo impulsiona-
ciada a um maior risco de progresso para o cncer cervical.(44) do por vrios fatores. Isto inclui a necessidade de tcnicas
A amplificao de cidos nucleicos baseada na sequn- automatizadas e de fcil manuseio que combinam otimiza-
cia (NASBA) uma tecnologia primer-dependente que pode damente a preparao de amostras, a anlise e a avaliao
ser utilizada para a amplificao contnua de cidos nucleicos de dados. Alm disso, h uma crescente disponibilidade de
em uma mistura em uma nica temperatura.(45) Imediatamen- testes moleculares para monitorar a eficcia teraputica de
te aps sua inveno, o NASBA foi usado para o diagnstico medicamentos de alto custo. Atualmente, o diagnstico
rpido e quantificao do HIV-1, no soro de pacientes.(46) Ape- molecular um mercado de 2-3 bilhes de dlares, que cres-
sar do RNA poder ser amplificado por RT-PCR, a vantagem do ce a uma taxa 25% anuais, e previsto que atinja 6,4-7 bi-
NASBA que se trata de uma reao isotrmica, geralmente lhes de dlares em 2012.(2,50)
na temperatura constante de 41C, ou seja, dispensa termo- Atualmente, os imunoensaios representam aproxima-
ciclagem exigida na PCR. damente 25% do mercado global e o diagnstico molecular,
Alm das tcnicas que envolvem amplificao do DNA/ cerca de 6%. No entanto, este "novo" segmento est pronto
RNA existem aquelas que permitem apenas uma forte ampli- para assumir uma parcela maior do diagnstico in vitro nos
ficao de sinal da presena do alvo. Diversas aplicaes prximos anos. As doenas infecciosas e a triagem de san-
diagnsticas atuais so dependentes destas tcnicas. Que gue so os maiores segmentos do diagnstico molecular
no envolvem amplificao da molcula de DNA/RNA do alvo. (>70%) e devero crescer a uma taxa anual de 7-8% nos pr-
Dentre elas, destaca-se o Branched DNA (bDNA) e a captura ximos anos. Outros segmentos do mercado incluem a gen-
hbrida. tica tradicional, a medicina personalizada, e o cncer, com
Nos ensaios de bDNA, a amplificao de sinal obtida 13%, 9% e 8% do mercado nos laboratrios clnicos america-
pela ligao de uma grande quantidade de molculas da nos, respectivamente. Como as doenas infecciosas so um
enzima fosfatase alcalina na molcula de DNA ou RNA alvo via segmento maduro, outras categorias esto crescendo relativa-
hibridizao de uma srie de sondas de oligonucleotdeos. mente mais rapido.(50-52)
Cada evento de reconhecimento molecular leva formao A introduo de novos testes diagnsticos, principalmen-
de estruturas ramificadas. Estas ramificaes contm a re- te na rea de doenas infecciosas, manter o crescimento do
gio de reconhecimento para a sonda subsequente e so as setor no curto prazo. Nos pases em desenvolvimento, as infec-
responsveis pela amplificao do sinal indicativo da presen- es respiratrias, HIV/AIDS, doenas diarreicas, a malria e
a do DNA/RNA alvo.(47) O bDNA o terceiro maior mtodo tuberculose esto entre as dez principais causas de morte.
molecular (juntamente com a RT-PCR e o NASBA) para Os novos testes moleculares devem contemplar os patgenos
quantificao da carga viral do vrus da imunodeficincia hu- destas doenas.(2,50,51)
mana (HIV) e tambm usado para determinao da carga Por outro lado, o cncer a segunda causa mais co-
viral do HCV e HBV. Para compensar a baixa sensibilidade mum de morte, depois das doenas cardiovasculares. E o
apresentada pelas verses iniciais do bDNA, uma variao envelhecimento da populao favorece que esta estatstica
foi desenvolvida e a sensibilidade do sistema atingiu a faixa piore. Assim, os testes moleculares para o cncer tendem a
do zeptomoles, fazendo com que o sistema pudesse rivalizar crescer nos prximos trs a cinco anos. Atualmente, o diag-
com o PCR.(48) nstico do cncer baseado principalmente no imunodiag-
A captura hbrida um ensaio rpido no radioativo, no nstico para a deteco de marcadores tumorais. Vrias em-
qual as molculas de DNA alvo se hibridizam a sondas de presas esto desenvolvendo testes de predisposio com
RNA especficas. Aps uma etapa de hibridizao em solu- base nas variaes genmicas associadas a fases anteriores
o, os hbridos de DNA/RNA formados so capturados por do cncer. Alm disso, o codesenvolvimento do diagnstico
uma superfcie slida coberta com anticorpos especficos anti- molecular e teraputica alvo associados uma estratgia bem
hbridos e detectados por um sensvel sistema de amplifica- sucedida no desenvolvimento de drogas anticncer.(2,50,51)
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Autor correspondente
Gustavo Barcelos Barra
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