Todo comienza con la culminacin de "Aliens, el regreso", donde Ripley,

Hicks, Bishop y Rebecca ("Newt") continan su viaje hacia la Tierra.

Desafortunadamente, tambin les acompaaba un facehugger
(abrazacaras) que consigui penetrar en la nave antes del despegue. Este
ltimo produce un incendio elctrico, lo que provoc que Madre (el
ordenador de a bordo de la nave nodriza USS SULACO) comenzara
automticamente la evacuacin de emergencia y transporta a los cuatro
hacia un "EEV" (Vehculo de Escape de Emergencia. Emergency Escape
Vehicle, segn sus siglas en ingls).
El EEV aterriza en un planetoide del anillo exterior, donde se encuentra
una colonia penal siderrgica, habitada por prisioneros de tipo cromosoma
doble YY conocida bajo el nombre de Fiorina "Fury" 161. Es uno de los
campos de trabajo concesionados por la Weyland-Yutani, corporacin
ficticia que forma parte esencial de la pelcula Alien (1979) y sus secuelas.
Los reos se toman el trabajo de recuperar la unidad EEV y a causa del
violento alunizaje, fallecen Newt ahogada en el criotubo y Hicks atravesado
por un hierro, Bishop queda inoperable y Ripley es la nica superviviente.
Cuando ella recobra el conocimiento, Clemens, el mdico de la prisin, le
dice la mala noticia de que sus compaeros no han sobrevivido al
aterrizaje. Ella decide ver la unidad y al observarla ve claramente que en
unos de los Criotubos hay una especie de corrosin causada por el
Facehugger, entonces pide si se puede realizar una autopsia a Newt para
saber si posee un Alien en gestacin en su cuerpo pero da negativo, ya
que no puede explicar la historia de manera que suene racional, les miente
explicando que hay peligro de un brote de clera. Al no quedar conforme
pide a las autoridades que quemen los cuerpos para evitar sospechas y
as erradicar por completo cualquier rastro enemigo.
Durante el transporte del EEV hacia el basurero de la prisin, un
Facehugger ataca a un perro (un buey en la versin extendida),
colocndole el Alien en gestacin en su cuerpo. Este culmina su ciclo de
vida y empieza a matar a cada uno de los reos. Ripley empieza a
sospechar que algo extrao est pasando, ya que se enter de la muerte
de uno de los reos y poco convencida, acude a Bishop. Gracias a un
sistema de rastreo y de un kit de reparacin que encuentra en la EEV,
Ripley reconecta a Bishop, ste le dice que la criatura viaj con ellos y
nuevamente la Weyland-Yutani fue responsable de toda la operacin.
Cientficos de la compaa, se dirigen en camino hacia la prisin para
capturar el espcimen para su divisin de bioarmas. Ripley junto con los
reos intentarn eliminar a la criatura, antes de que sea demasiado tarde.
Los reos intentan eliminarlo con unos lquidos explosivos pero todo termina
en tragedia debido a un accidente. Planean arrojarlo al plomo derretido y
finalmente Ripley, que tena una cra de alien reina en ella, destruye el
Alien soltndole el plomo derretido. Luego, la compaa Weyland-Yutani
llega al lugar y trata de razonar con Ripley para salvarla, ella dndose
cuenta del engao y de sus intereses solo por el ser que lleva dentro,
sacrifica su vida y se lanza al horno de fundicin de metales para evitar el
nacimiento de la reina y terminar con dicha amenaza.