Biochemie?

Molecular Life Sciences

Molekular-
biologie

Biologie,
kologie

Chemie:
Organische Chemie, Bio-
Biochemie technologie
bes. Chemie der
C-Verbindungen
Bio-
informatik

Medizin,
Pharmakologie
1
 Biochemie
= Untersuchung der molekularen Grundlagen des Lebens

Aufklrung des Informationsflusses in der Zelle

versch. Organismen (Bakterien, Mensch) benutzen dieselben Bausteine:
- Fluss der genetischen Information DNA RNA Protein
- ATP ist universelle Quelle der freien Energie in biologischen Systemen
Aufklrung von Stoffwechselwegen und Stoffwechselprodukten
(Ausgangs,- Zwischen- und Endprodukte)
fast alle chem. Reaktionen in biologischen Systemen laufen ber enzymatische
Katalyse
Enzyme = Proteine mit Katalysatorwirkung
jeder Stoffwechselschritt wird von einem Enzym katalysiert
ca. die Hlfte der Trockensubstanz einer Zelle sind Proteine,
davon 80-90% Enzyme
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 Nhrstoffe, Sonne

chem. Reaktionen in der Zelle

Metabolismus fhrt zur
Entstehung einfacher Bausteine

Bausteine bilden Makromolekle

(DNA, RNA, Proteine)

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Die hufigsten Elemente biochemischer Verbindungen
Die beim Aufbau von biochemischen Verbindungen am hufigsten verwendeten chemischen
Elemente sind:

Kohlenstoff (chemisches Zeichen C)

Wasserstoff (H)
Sauerstoff (O)
Stickstoff (N)
Phosphor (P) und
Schwefel (S)

Anorganische Ionen Spurenelemente

Natrium: Na+ Elemente, welche der Organismus nur in sehr

Kalium: K+ geringen Mengen bentigt:
Calcium: Ca2+ Eisen: Fe
Magnesium: Mg2+ Zink: Zn
Chlorid: Cl- Kupfer: Cu
Kobalt: Co
Mangan: Mn
Jod: I
Selen: Se

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Chemische Bindungen

Entsprechend der Konfiguration ihrer Elektronenhlle knnen Atome nur ganz bestimmte Formen von
Verbindungen eingehen.
Bei Kohlenstoff-, Sauerstoff- und Stickstoffatomen knnen sich zwei Bindungsstellen zu einer
Doppelbindung vereinigen.
Bei C- und N-Atomen kommen auch Dreifachbindungen vor.
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Kohlenstoff: C

Kohlenstoffatome (C) sind vierwertig, d.h. dass ein Kohlenstoffatom

beispielsweise 4 Wasserstoffatome binden kann (Methan).
Mit wenigen Ausnahmen bildet Kohlenstoff das Gerst aller organischen
Molekle.
Er kann sich und andere Atome zu Ketten und Ringen verbinden.
Kohlenstoffatome knnen auch Doppelbindungen miteinander eingehen.

Kohlenwasserstoffe Konjugierte Doppelbindungen

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Aromatische Kohlenwasserstoffe (Benzol) Pyrimidin: 2 N-Atome sind in den Ring eingebaut
 Funktionelle Gruppen

Die wichtigsten funktionellen Gruppen sind:

Hydroxy-Gruppe: R-OH

Carbonyl-Gruppe: C= O

O
Carboxy-Gruppe: R-C
(-COOH) OH Gruppierungen von Atomen, die funktionell
eine Einheit bilden.
H
Amino-Gruppe: R-N Wichtig fr die Funktion von biochemischen
(-NH2) H Verbindungen.

Mit ihrer (noch) freien Bindungsstelle knnen

Phosphat-Gruppe: O sich funktionelle Gruppe an andere, grssere
(-P) Molekle binden
O- P O-

OH 7
 Vorlesungsinhalt

I. Grundlagen der Biochemie

Aufbau der Zelle
zentrale Molekle des Lebens: Aminosuren Proteine (Enzyme)
Nukleinsuren DNA, RNA
Kohlenhydrate
Lipide
II. Stoffwechsel
Abbaustoffwechsel und Energiegewinnung (Katabolismus)
Aufbaustoffwechsel (Anabolismus), Biosynthese von Zellbestandteilen

III. Integration zellulrer Prozesse

Prinzipien der Stoffwechselregulation
zellulrer Transport
Signaltransduktion

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I. Grundlagen der Biochemie: Aufbau der Zelle

Postulierte Evolution von prbiotischen Moleklen zu den heutigen Zellen

Archaebakterien Eubakterien Eukaryonten

Darwinsche Evolution
Progenoten
(postulierte erste Formen heutigen Lebens)

Protodarwinsche Evolution

Protobionten oder Protozellen

(postulierte erste Formen frhen Lebens)

Molekulare Evolution
Makromolekle
(zB. Polymere von Aminosuren)
Selbsorganisierte supramolekulare Strukturen (zB. Membranvesikel)

Molekulare Evolution
kleine prbiotische Molekle
(zB. Aminosuren, Fettsuren, Zucker, Nukleinsuren)
Chemische Evolution
Ausgangsmaterialien
(Bestandteile der primitiven Atmosphre,Hydrosphre u. Lithosphre;
C-Verbindungen aus Kometen, Meteroriten,..) 9
I. Grundlagen der Biochemie: Aufbau der Zelle

Evolution der Zelle

Mehrzellige Organismen: entstanden vor etwa 680

Millionen Jahren

Eukaryonten: vor etwa 1,5 Milliarden Jahren entstanden

Prokaryonten: vor ca. 3,5 Milliarden Jahren entstanden,

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I. Grundlagen der Biochemie: Aufbau der Zelle

Die Organismen werden in fnf Reiche

eingeteilt:
Protista (einzellige Eukaryonten)
Pilze (Fungi)
Eukaryonten
Tiere (Animalia)
Pflanzen (Plantae)

Bakterien, Blaualgen, Prokaryonten

Archaebakterien

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I. Grundlagen der Biochemie: Aufbau der Zelle

Ungefhre chemische Zusammensetzung einer Bakterienzelle

% des Zell-Gesamtgewichts

Wasser 70
Anorganische Ionen 1
Zucker und Vorlufer 3
Aminosuren und Vorlufer 0,4
Nukleotide und Vorlufer 0,4
Lipide und Vorlufer 2
Andere kleine Molekle 0,2
Makromolekle (Proteine,
Nukleinsuren, Polysaccharide) 23

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I. Grundlagen der Biochemie: Aufbau der Zelle

Prokaryont
Einzeller,
kein abgegrenzter Zellkern

eine sich teilende Escherichia coli Campylobacter jejuni (spiralfrmig)

Zelle (stbchenfrmig)

Eukaryont
Ein- und Mehrzeller,
abgegrenzter Zellkern,
alle Organellen
sich teilende Saccharomyces cerevisiae Dinoflagellat (einzellige Alge)
Zellen

Spinne Pferd
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I. Grundlagen der Biochemie: Aufbau der Zelle
Prokaryonten
- 2 Reiche: Archaebakterien
Eubakterien inkl. Blaualgen
(= Cyanobakt.)
Unterscheidung in Bau und Stoffwechsel
- sehr klein (1-10m)
- kein Zellkern: genet. Information als ring-
frmiges DNA-Molekl + Plasmide
- meist von Zellwand umgeben:
bei Eubakterien aus Murein versch. Dicke
(gram+, gram-)
bei Archaebakterien groe Variabilitt
- Vermehrung durch Zellteilung
(E. coli: 20 min)
- anaerob oder aerob
Eukaryonten
- 4 Reiche: Protisten (Einzeller)
Pilze (Fungi)
Pflanzen (Plantae)
Tiere (Animalia)
- groe Zellen (5-100m)
- Zellkern enthlt genet. Information in Form
von Chromosomen (DNA + Histone; Mensch:
23 Chromosomen und 1015 Zellen)
- Fhigkeit zur Differenzierung und Arbeits-
teilung
- flexible uere Membran (Plasmalemma)
- enthalten Organellen (Mitochondrien, ER,
Vesikel, Chloroplasten)
- hpts. aerob
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 I. Grundlagen der Biochemie: Aufbau der Zelle

Bakterienzelle Tierische Zelle

(1) Zellmembran (1) Zellmembran (7) Ribosom

(2) Zellplasma (Cytoplasma) (2) Zellplasma (8) Mitochondrium
(3) DNA (frei im Zellplasma) (3) Raues endoplasm. Retikulum (ER) (9) Lysosom
(4) Zellwand (4) Glattes ER (10) Golgi-Apparat
(5) Plasmid (5) Zellkern (11) Microbody, Peroxisom
(6) Membraneinstlpung (zur Zellatmung: Mesosom) (6) Kernkrperchen (Nukleolus) (12) Centriol (nur in tier. Zellen)
(7) Ribosomen (13) Mikrotubuli 15
(8) Bakterien-Geiel (nur manche Arten)
 I. Grundlagen der Biochemie: Aufbau der Zelle

Zellmembran (Cytoplasmamembran, Plasmalemma)

ca. 7-10 nm dick

besteht hauptschlich aus
Lipiden (ca. 40%) und Proteinen
(ca. 60%)
die Lipidmolekle sind in einer
zusammenhngenden
Doppelschicht angeordnet
(= "osmotische Schranke)
Transport kleiner Molekle
durch besondere Membran-
proteine (integral oder peripher)
Zellmembranen sind
dynamische, flieende Strukturen,
d.h. die meisten Lipid- und
Proteinmolekle knnen sich in
der Membranebene bewegen
Die Zellmembran und die in ihr
Aerobe Prokaryonten: Enzyme der Atmungskette in Zellmembran
eingebauten Enzyme steuern einen
Groteil der biochemischen
Hhere Eukaryonten: Zellmembran von Schicht aus Mucopolysacchariden,
Prozesse
Glycoproteinen u. Glycolipiden (Glycocalix) umgeben:
fr spez. Wechselwirkungen mit anderen Zellen (Zell-
Zell-Erkennung, Entwicklung des Gewebes)
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I. Grundlagen der Biochemie: Aufbau der Zelle

Zellwand von Eubakterien

besteht aus Murein (Peptidoglykan)

Ist auen an Zellmembran angelagert
einige Arten besitzen eine Schleimkapsel Bewegung mglich durch
(Polysaccharide oder Polypeptide) um die ZW Geieln (Flagellen) aus Protein

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I. Grundlagen der Biochemie: Aufbau der Zelle

Cytoplasma von Eubakterien

= wrige Lsung, in der sich weitere wichtige Bausteine der Zelle befinden:
- Erbsubstanz: Bakterien-Genom (ringfrmige DNA), Plasmide
- RNA Proteinbiosynthese
- Ribosomen: an Zellmembran adsorbiert oder
im Cytoplasma (Durchmesser ca. 18 nm)

- Enzyme: oft ber 20% der Gesamtmasse

- Zelleinschlsse: dienen als Nahrungs- und Energiespeicher: zB. Polysaccharide,

Fette, Poly-hydroxybuttersure (PHB), Polyphosphate,..

- niedermolekulare Verbindungen: zB. Anorganische Salze, Zwischenprodukte

- Gasvakuolen: bei vielen im Wasser lebenden Bakterien

- Mikrotubuli: fr Bewegungsvorgnge (Zellteilung) und Sttzfunktionen innerhalb

der Zelle

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I. Grundlagen der Biochemie: Aufbau der Zelle

Bestandteile eukaryontischer Zellen

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I. Grundlagen der Biochemie: Aufbau der Zelle

Endosymbionten Theorie:

Entstehung komplex aufgebauter Zellen mit einem vom Plasma abgegrenzten Zellkern und Zellorganellen
aus einer Symbiose von einfacher strukturierten Prokaryonten
Aufnahme kleinerer Zellen durch eine grere Zelle mittels Phagocytose und Entwickeln einer Symbiose:
- die Wirtszelle kann Nahrungsangebot mithilfe der Enzyme aus der Atmungskette der aerob
lebenden Bakterien effektiver nutzen
- der Endosymbiont ist im Inneren des Wirtes vor Umwelteinflssen gesicherter
Erst durch Bakterien, die als Endosymbionten innerhalb einer greren Zelle lebten, bildeten sich die
Organellen heutiger eukaryotischer Zellen
aus aeroben Bakterien entwickelten sich zB. Mitochondrien; Chloroplasten entstanden aus Photosynthese-
treibenden Bakterien (evtl.Cyanobakterien)

Untersttzung durch:
- Mitochondrien sind durch 2 Membranen umschlossen
(innere Membran enthlt best. Komponenten die in
Prokaryonten zu finden sind)
- DNA der Organellen ist wie bei Bakterien ringfrmig
- Organellen werden nicht aus der genet. Information des
Zellkerns gebildet
- die Ribosomen der Zellorganellen hneln im Aufbau eher bakt.
als eukaryont. Ribosomen
- heutige Endosymbiosen: Symbiose von marinen Kieselalgen
mit fdigen Cyanobakterien (der Symbiont wird ins Plasma der
Wirtszelle integriert
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I. Grundlagen der Biochemie: Aufbau der Zelle

Bestandteile eukaryontischer Zellen: MITOCHONDRIEN

Aufbau:
- lngliche Zylinder
- beweglich und verformbar, wandern im Cytoplasma umher
-Kraftwerk der Zelle: fr Zellatmung und Energie-
umwandlung der Zelle zustndig
Anzahl/Zelle abhngig von Stoffwechselaktivitt des Gewebes
(Leberzelle zB. ca. 800 Mitochondrien)

- von zwei Membranen begrenzt:

Auenmembran: enthlt Porine (Transportprotein):

bildet lange Kanle durch die Membran, durch die
Molekle von bis zu 5000 Dalton diffundieren knnen.
Intermembranraum: dort mehrere Enzyme, die das
aus der Matrix entlassene ATP zur Phosphorylierung
anderer Nucleotide verwenden.
Innenmembran: besitzt groe Einfaltungen (Cristae)
zur Oberflchenvergrerung und Produktivittssteigerung.
Matrixraum: dort befinden sich identische Kopien der
mitochondriellen DNA und viele Enzyme.

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 I. Grundlagen der Biochemie: Aufbau der Zelle

Bestandteile eukaryontischer Zellen: CHLOROPLASTEN

Pflanzenzellen mit Chloroplasten

- linsenfrmige Organellen, 2-8m, oft hunderte/Zelle

- von 2 Membranen umhllt, innere Membran geht ber
in Thylakoide (= Photosynthese-Membran)
- Thylakoidstapel = Granum
- In der Thylakoidmembran sind die Elektronen-
transportkette, das Photosystem und eine ATP-
Synthase
- Orte der Photosynthese in Pflanzen
- Grnfrbung durch Chlorophyll
- Die innere Membran umhllt das Stroma (enthlt Enzyme,
Ribosomen, RNA und DNA) 22
 I. Grundlagen der Biochemie: Aufbau der Zelle

Bestandteile eukaryontischer Zellen: ENDOPLASMATISCHES RETIKULUM (ER)

flaches Membransystem, das das Cytoplasma durchzieht

Transportsystem innerhalb der Zelle, Stoffwechsel zwischen Kern und Cytoplasma
an die ER-Membranflchen sind Enzyme gebunden (Stoffumwandlungen, zB. Abbau von Medikamenten, Herbiziden)
raues ER: enthlt gebundene Ribosomen, Ort der Proteinsynthese, steht in Verbindung mit der Kernhlle
glattes ER: keine Ribosomen gebunden, fr zB. Hormontransport und Glykogenspaltung

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 I. Grundlagen der Biochemie: Aufbau der Zelle

Bestandteile eukaryontischer Zellen: GOLGI-APPARAT (Dictyosom)

Funktion und Aufbau:

Besteht aus mehreren hintereinander gelagerten zusammen-
gefalteten Membranstapeln (Dictyosomen)
Dient der Sekretion von Zellprodukten (Proteine, Hormone)
Prozessieren von Proteinen (Glykosylierung, Hydroxylierung,
partielle Peptidspaltung, Methylierung)
Bildung der Plasmamembran

Proteinsynthese am rauen ER

Verpackung in Vesikel
(Abschnrung vom ER)

Transport zum Golgi-Apparat

(Verschmelzung durch Membranfusion)

Transport durch Golgi-Kompartimente

(Prozessieren)

Befrderung zu anderen Organellen oder

Exocytose (terminale Ausscheidung)

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I. Grundlagen der Biochemie: Aufbau der Zelle

Bestandteile eukaryontischer Zellen: ZELLKERN (NUKLEUS)

Nukleus:
grtes Organell
von Doppelmembran umgeben, die Kernporen enthlt
Nukleolus:
(Stoffaustausch mit dem Cytoplasma)
reich an RNA, Proteinen
enthlt Kernmatrix (Karyoplasma), Nukleolus und Chromatin (Chromosomen)
Bildungsort der Ribosomen
Steuerzentrale der Zelle: steuert Wachstum, Zellteilung,
Stoffwechselvorgnge
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 I. Grundlagen der Biochemie: Aufbau der Zelle

Bestandteile eukaryontischer Zellen: CYTOSKELETT

= System aus Proteinfasern im Inneren der Zelle

Besteht aus:
Actin-Filamenten (Mikrofilamente)
Mikrotubuli
Intermedir-Filamenten

Funktionen:

dynamisches System, stndig im Umbau begriffen grn: Golgi + ER

rot: Aktinfilamente
bestimmt die Lage der Zellorganellen (Verankerung)
Sttzfunktion
Transportwege

Mikrotubuli: fr zellulre Bewegung, Chromosomenwanderung, Organellentransport, Stabilisierung der Zellform

Mikrofilamente: fr Strukturgebung, an Bewegungsvorgngen innerhalb der Zelle und an der Bewegung der ganzen
Zelle beteiligt (Actin + Myosin fr Muskelkontraktion)

Intermedir-Filamente: hauptschlich strukturgebende Funktion, Verankerung der Zellkerns

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 I. Grundlagen der Biochemie: Aufbau der Zelle

Viren und Phagen: BAKTERIOPHAGEN

- Phagen und Viren sind keine eigentlichen Lebewesen:

besitzen keinen eigenen Stoffwechsel,
sind nicht zellulr organisiert,
bestehen meist nur aus Protein und Nukleinsure

- sind fr ihre Vermehrung auf lebende Zellen angewiesen

Phageninfektion: Wirtszelle ist Bakterium; temperente Phagen: Infektionszyklus lytisch oder lysogen

Lytischer Weg:
- Adsorption: ber Rezeptoren der Wirtszelle ber Bodenplatte u. Schwanz
- Injektion: Schwanz durchdringt die Zellwand, DNA wird eingeschleust
- Latenzphase: ber lngere Zeit im Bakterium keine Phagen nachweisbar, Umstellung des Stoffwechsels der
Wirtszelle, Bakterienchromosom wird abgebaut, Produktion von Phagenenzymen, Vermehrung
der Phagen-DNA, Synthese der Hllproteine des Phagen durch Proteinsynthesemaschinerie der
Wirtszelle, Produktion des Zellwandauflsenden Enzyms Lysozym
- Zusammenbau: Phagen-DNA schlpft in Kopfhlle
- Lyse: Auflsen der Bakterien-Zellwand durch Lysozym, Austreten der neuen Phagen
Lysogener Weg:
- Phagen-DNA wird in Wirts-DNA eingebaut und vermehrt sich mit dem Wirt 27
 I. Grundlagen der Biochemie: Aufbau der Zelle Membran

Viren und Phagen: VIREN

(Genom)

Schema HI-Virus aufgeschnitten

Name Membran Genom Anzahl

- Virusinfektion: Wirt ist Pflanze oder Tier Gene
- Genom: DNA oder RNA umgeben von Hlle (Capsid) Poxvirus nein dsDNA 240
und Membran (optional) Retrovirus ja RNA 3
Influenzav. Ja RNA 12
Infektion: Reovirus nein dsRNA 22
Adsorption an Oberflchenmolekle der Wirtszelle + Injektion Poliovirus nein RNA 8
Parvovirus nein ssDNA 3
Expression und Replikation des viralen Genoms:
- im Zellkern durch Wirts-spezifische Enzyme (Viren mit dsDNA)
- durch Virus-kodierte Enzyme (RNA-Viren)
- berschreiben des RNA-Genoms in dsDNA, Integration in Wirtszell-DNA und Transkription durch Wirts-Enzyme
(Retroviren)
Synthese der viralen Proteine durch Proteinsynthese-Apparat der Wirtszelle
Zusammenbau der Komponenten und Freisetzung
Replikation kann wirtsneutral oder wirtsschdigend ablaufen
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 was sollte man nun wissen?

Hauptbestandteile lebender Zellen?

Was zeichnet Kohlenstoff als Grundbestandteil aus?

Unterscheidungsmerkmale pro- und eukaryontischer Zellen?

Warum haben sich Vielzeller aus Eukaryonten und nicht

aus Prokaryoten entwickelt?

Besonderheiten der wichtigsten Zellbestandteile und Organellen?

Wozu brauchen Zellen Membranen?

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