Sunteți pe pagina 1din 10

UNIVERSITATEA DE MEDICIN I FARMACIE

CRAIOVA
COALA DOCTORAL

TEZ
DE
DOCTORAT
METODE I MODELE
COMPUTAIONALE N
ANATOMIA PATOLOGIC

REZUMAT

Conductor de Doctorat:
Profesor Universitar Dr. Iancu Emil PLEEA
Student - Doctorand:
Mircea Sebastian erbnescu

2015
Metode i modele computaionale n anatomia patologic Rezumat

CUPRINS

Cuprins
Introducere
Stadiul cunoaterii
Capitolul I Tehnici de preprocesare de imagine
Capitolul II Tehnici de reducere a zgomotului din imagini
Capitolul III Tehnici de segmentare de imagine
Capitolul IV Tehnici de extragere de caracteristici din imagini
Capitolul V Tehnici de clasificare a imaginilor
Contribuia personal
Capitolul VI Metode i modele computaionale n macroscopie. Model:
morfometrie aortic
Capitolul VII Metode i modele computaionale n citopatologie. Model:
morfometria lichidului pleural
Capitolul VIII Metode i modele computaionale n histopatologie. Model:
morfometrie miocardic
Capitolul IX Metode i modele computaionale n histopatologie. Model:
morfometrie stromal hepatic
Capitolul X Metode i modele computaionale n histopatologie. Model:
cancerul hepatic - primitiv sau secundar?
Capitolul XI Metode i modele computaionale n histopatologie. Model: nou
parametru n morfometria stromal prostatic
Capitolul XII Normalizarea coloraiei imaginilor histologice pentru diagnosticul
automat
Concluzii
Bibliografie
Lista publicaiilor

CUVINTE CHEIE

anatomie patologic digital, lama digital, algoritm computaional, analiz de


imagine, cuantificare de imagine, normalizarea imaginilor, diagnostic automat

1
Metode i modele computaionale n anatomia patologic Rezumat

R E Z U M AT

Printre cele mai noi cmpuri n medicin se numr i anatomia patologic


digital care, ca entitate distinct, a nceput s fie menionat n publicaii cu recenzie
ncruciat (jurnale) abia n anul 2000, cu toate c nceputurile dateaz din anii 1990.
ntr-o carte dedicat anatomiei patologice digitale (Digital Pathology; Sucaet Yves,
Waelput Wim - SpringerBriefs in Computer Science) se arat c n 2014 existau 188
de articole relevante despre acest subiect, dintre care 164 (87%) au fost publicate
dup anul 2009. Dei creterea numrului de articole este impreionant, este doar
vrful unui iceberg, fiind vorba de o entitate ce este reprezentat de mai multe
concepte, fiecare din ele reprezentnd un nou domeniu de cercetare. La fel cum la
medicin nu se mai studiaz dect cateva materii care conin cuvntul medicin la fel
i n cazul anatomiei patologice digitale cercettorii sunt nteresai de definirea i
cercetarea componentelor ei, mai degrab dect a entitii n sine.
Vzut simplu, anatomia patologic digital reprezint conversia unei imagini
optice de lam histologic clasic (din sticl) ntr-o imagine digital care poate fi
ncrcat pe un computer.
Anatomia patologic digital este un mediu informaional bazat pe imagini,
dezvoltat cu ajutorul computerului, ce permite gestionarea informaiilor generate de o
lam virtual. Anatomia patologic digital este posibil doar prin utilizarea
microscopiei digitale, care implic convertirea unei lame histologice (de sticl), ntr-o
lam digital care poate fi afiat, manipulat i analizat cu ajutorul computerului.
Apariia lamelor digitale deschide mai multe direcii de utilizare i automat, de
cercetare:
1. Obinerea, stocarea i managementul lamelor virtuale.
2. Telepatologia.
3. Asistarea i automatizarea diagnosticului care permite obiectivarea i
transformarea acestuia din calitativ n cantitativ.
Obinerea, stocarea i managementul lamelor virtuale a reprezentat primul pas
n promovarea scannerelor de lame i a noii metode diagnostice. Majoritatea marilor
productori de aparatur medical destinat anatomiei patologice ofer astzi
scannere de lame (Olympus, Leica, Hamamatsu, 3D Histech) precum i softwareul
necesar managementului lor.

2
Metode i modele computaionale n anatomia patologic Rezumat

Telepatologia este practicarea anatomiei patologice la distan.


Telepatologia folosete tehnologia telecomunicaiilor ca s faciliteze
transmiterea de imagini anatomo-patologice ntre locaii situate la distan n scop
diagnostic, educaional sau de cercetare. Tot marii productori de echipamente
medicale dein monopolul acestei zone, dar au aprut i firme software sau
combinate anatomo-patologice-software care ofer soluii de telepatologie cum ar fi
HistogenX sau Pathomation.
De departe cel mai vast domeniu al anatomiei patologice digitale este cel ce se
ocup cu asistarea i automatizarea diagnosticului. Dac n cazul celorlate dou
direcii formalizarea conceptelor a fost realizat, n prezent ncercndu-se
implementri ct mai bune a acesotra, n materie de asistare i automatizare a
diagnosticului totul este n desfurare. Baza larg a direciei de dezvoltare este dat
de mai muli factori printre care, dar far a se limita: tehnicile de colorare care sunt
greu de standardizat, diversitatea aspectelor imaginilor analizate i nu n ultimul rnd
personalul implicat - medici far cunotine tehnice n domeniul informaticii i
informaticieni fr cunotine medicale - rezultnd o colaborare greoaie.
n acest tez mi-am propus s trasez posibilele direcii de asistare i
automatizare n anatomia patologic digital i s prezint implementarea, rezultatele
i concluziile mai multor proiecte, bazate pe metode software, dar i hardware,
pentru diagnosticare cantitativ i mbuntire de tehnic n anatomia patologic, pe
care le-am finalizat n decursul a 4 ani de pregtire doctoral.
n prima parte a lucrrii am trecut n revist principalele tehnici digitale prin care
calculatorul poate simula diagnosticul uman. Astfel fcnd o analiz a modului uman
de procesare al imaginilor am mprit stadiul cunoaterii n 5 capitole, dup cum
urmeaz: Capitolul I Tehnici de preprocesare de imagine, Capitolul II Tehnici de
reducere a zgomotului din imagini , Capitolul III Tehnici de segmentare de imagine
[Serbanescu, 2012], Capitolul IV Tehnici de extragere de caracteristici din imagini i
Capitolul V Tehnici de detecie [Serbanescu 2013a], [Serbanescu 2013b] i
clasificare [Serbanescu, 2011], [Belciug et. All, 2013a], [Belciug et. All, 2013b] a
imaginilor.
Partea a doua, contribuia personal, este mprit n 7 capitole, reprezentnd
studii independente unde am aplicat mai multe metode i modele computaionale
pentru a cuantifica diveri parametrii morfometrici sau pentru a mbunti calitatea

3
Metode i modele computaionale n anatomia patologic Rezumat

imaginilor histopatologice. Studiile fiind complet diferite att ca material ct i ca


metod vor fi prezentate separat, astfel spre deosebire de lucrrile clasice fiecare
capitol va avea subcapitole proprii pentru introducere, material i metod, rezultate i
discuii, precum i pentru concluzii. n capitolul VI am cuantificat diametrele aortei n
diverse localizri la persoane decedate din cauze cardiace si non-cardiace [Mirea et.
All, 2014], [Ancuta et. All, 2013]. Datele rezultate au fost folosite pentru antrenarea
unei reele neuronale capabile s indice cauza (cardiac/non-cardiac) decesului n
funcie de msuratorile efectuate [Serbanescu et. All, 2014]. n Capitolul VII am
cuantificat populaiile celurare din frotiuri de lichid pleural din pleurezia TBC. n
Capitolul VIII am cuantificat gradul de fibroz cardiac la pacienii programai pentru
transplant cardiac. n Capitolul IX, folosind coloraia tricromic Masson, am
cuantificat gradul de fibroz hepatic n afeciunile hepatice de cauze virarle. n
capitolul X am cuantificat patternul de cretere n cancerul hepatic, datele obinute
au fost folosite pentru antrenarea unei reele neuronale capabile s indice dac
procesul neoplazic este primitiv sau metastatic [Gheonea et. All 2013]. n capitolul
XI am cuantificat patternul de cretere n cancerul prostatic folosind un algoritm
propriu de calculare a dimensiunii fractale [Serbanescu et. All, 2015c], [Serbanescu
et. All, 2015d], [Serbanescu, 2015] fcnd aprecieri i asupra asocierii stromale i
vasculare cu patternurile de cretere [Stoiculescu et. All, 2012], [Plesea et. All, 2013],
[Plesea et. All, 2015a], [Plesea et. All, 2015b], [Plesea et. All, 2015c]. n capitolul XII
am dezvoltat o metod de normalizare a coloraiilor histologice pentru obinerea de
imagini standard, pretabile diagnosticului automat [Serbanescu et. All, 2015a],
[Serbanescu et. All, 2015b].
n contextul unei medicine bazat pe dovezi i a unei nevoi mereu crescnd
de diagnostice de mare precizie, prezenta lucrare, constituit din 7 studii
independente, arat cum algoritmii computaionali pot fi folosii pe de-o parte pentru
asistarea i cuantificarea numeric a diagnosticului, iar pe de alt parte pentru
mbuntirea imaginilor digitale necesare unui diagnostic corect.
n primul studiu folosind imagini macroscopice, calibrate cu o rigl marcat,
am cuantificat dimensiunea exact a diametrului arterei aorte la 4 niveluri (inel,
cros, descendent toracic i descendent abdominal) stabilind astfel dou profile
de variaie a diametrelor, unul pentru pacienii cu deces de cauz cardiovascular,
iar altul pentru cei cu deces de cauz non-cardiovasculare. Mai mult datele au fost

4
Metode i modele computaionale n anatomia patologic Rezumat

folosite pentru antrenarea unei reele neuronale capabil s prezic cauza decesului.
Rezultatele de clasificare corect de aproximativ 80% i posibilitatea evaluarii in-vivo,
prin ecografie, a diametrelor ofer un mare potenial practic metodei de a prezice
decesul de cauz vascular/non-vascular al pacienilor.
n cel de-al doilea studiu, am cuantificat populaii de celule izolate, din frotiuri
de lichid pleural provenite de la pacieni cu pleurezie TBC. Ignornd alte tipuri de
celule posibil prezente pe aceste frotiuri, celulele au fost cuantificate cu precizie i
mprite n 4 clase: limfocite, hematii, polimorfonucleare i mezoteliale. Rezultatele
cuantificrii au fost folosite pentru trasare profilelor tipurilor de frotiuri cu prezentarea
exact (numeric) a variaiei tipurilor de celularitate.
n cel de-al treilea studiu, folosind preparate histologice clasice, colorate cu
hematoxilin-eozin am cuantificat aria de fibroz intramuscular i diamentrul mediu
al fibrei musculare cardiace la pacieni cu afeciuni ce au necesitat transplant cardiac.
Am putut astfel trasa profilul histologic al cordului ce necesit transplant cardiac i
am observat c procesul de fibroz afecteaz diferit diversii perei componeni ai
cordului.
n cel de-al patrulea studiu, folosind preparate histologice clasice, colorate cu
coloraia special tricromic Masson am cuantificat cantitatea de fibre de colagen la
pacieni cu fibroz hepatic de cauz viral. Am observat corelaii puternice ntre
aprecierea nostr cantitativ i aprecierea prin scorul Metavir, confirmnd astfel
calitatea lui. Profilul clinic arat diferene minime date de sex i difenee mari n
funcie de varst n ceea ce privete gradul de fibroz. Morfologic apariia de puni de
fibroz i accentuarea gradului de fibroz se nsoete de creterea ariilor totale a
spaiilor porte, ns exist o cretere minim a cantitii de fibroz portal, dovedind
c la nivel portal exist un echilibru ntre raportul cantitii de fibre de colagen i aria
spaiului port, indiferent de gradul de fibroz.
n cel de-al cincilea studiu, folosind preparate histologice clasice, colorate att
cu hematoxilin ct i imunohistochimic cu CD34/CD31 pentru colorarea vaselor am
cuantificat patternul de cretere n cancerul hepatic primitiv i metastatic. Calculnd
dimensiunea fractal a dispoziiei nucleilor i vaselor de snge, att n esut hepatic
normal, ct i n esut hepatic neoplazic (primitiv sau metastatic) am antrenat o reea
neuronal capabil s indice tipul de neoplazie malign: primar sau metastatic.
Rezultatele excelente ale reelei ne-au facut s apreciem c modelul propus poate fi

5
Metode i modele computaionale n anatomia patologic Rezumat

folosit cu succes n telemedicin, pregtire medical, sau n eficientizarea timpului


diagnostic pentru cancerul hepatic.
n cel de-al aselea studiu, am propus un nou algoritm de cuantificare a
dimensiunii fractale. Algoritmul se bazeaz pe aprecierea raportului dintre volumul
curent i amplitudinea maxim i are avantajul aplicrii directe pe imagini n tonuri de
gri, srind astel peste un pas foarte de greu de ajustat binarizarea pas necesar
algoritmului clasic de de apreciere a dimensiunii fractale de tip box-counting.
Algoritmul a fost testat pe o baza de date public cu texturi precum i pe o un set de
date clasificat cu patternuri Gleason de cancer de prostat, n ambele seturi de date
demonstrndu-i superioritatea disciminatorie fa de algoritmul standard.
n ultimul studiu, am propus un algoritm de normalizare a coloraiei pentru
imaginile digitale cu preparate histologice. Normalizarea propus, necesar oricrei
aprecieri cantitative asupra tinctorialitii imaginii, se bazeaz pe o soluie proteic
solid, de concentraie constant, adaugat lng fiecare preparat histologic i care
parcurge toi pai pe care i parcurge i preparatul biologic pn la obinerea imaginii
digitale. maginea digital este astfel corectat n funcie de acest preparat,
obinndu-se o nou imagine, colorat standard. Metoda a fost testat testat att
numeric ct i perceptual i a demonstrat rezultate superioare unei normalizari pur
digitale.
n final dup ce am demonstrat avantajele folosirii diverselor metode i modele
computaionale pentru asistarea diagnosticului anatomopatologic n macroscopie,
citopatologie, histopatologie i pentru mbuntirea tehnicii de vizualizare/msurare
prezicem c acesta este doar nceputul, iar cu timpul din ce n ce mai muli algoritmi
vor fi implicai n diagnostic i, de ce nu, prin prisma corelaiilor anatomo-clince, n
prevenie.

B I B L I O G R AF I E P R O P R I E
1. Serbanescu Mircea-Sebastian. Linear neural network-based decision
model in breast cancer detection and recurrence. Journal of Knowledge,
Communications and Computing Technologies, 2011, 3(2):1-8.
2. Stoiculescu A, Plesea IE, Pop OT, Alexandru DO, Man M, Serbanescu M,
Plesea RM. Correlations between intratumoral interstitial fibrillary network

6
Metode i modele computaionale n anatomia patologic Rezumat

and tumoral architecture in prostatic adenocarcinoma. Rom J Morphol


Embryol, 2012, 53(4):941950.
3. Ancuta Anca, Mirea Oana , Serbanescu MS, Zdrancota Catalina, Uscatu D,
Alexandru D, Plesea RM, Plesea IE. Left ventricle remodeling in subjects
deceased due to a cardiovascular event: an autopsy study. Current Health
Sciences Journal, 2013, S13(1):5-10.
4. Belciug Smaranda, Gorunescu Florin, Serbanescu Mircea Sebastian.
Improving MLP classification accuracy for breast cancer detection through
evolutionary computation, partially connectivity and feature selection.
Egyptian Computer Science Journal, 2013a, 37(5):1-15.
5. Belciug Smaranda, Serbanescu Mircea-Sebastian, Gorunescu Florin,
Badea Radu. Evolutionary-based Intelligent Decision Model to Optimize the
Liver Fibrosis Stadialization. Annals of the University of Craiova,
Mathematics and Computer Science Series, 2013b, 40(2):237248.
6. Plesea IE, Stoiculescu A, Serbanescu M, Alexandru DO, Man M, Pop OT,
Plesea RM. Correlations between intratumoral vascular network and tumoral
architecture in prostatic adenocarcinoma, Rom J Morphol Embryol, 2013,
54( 2):299308.
7. Serbanescu MS. Simple Texture Descriptors for Classification of Mitotic
Cells Figures of Histopathological Images from Breast. Buletinul Stiintific al
Universitatii Politehnica din Timisoara, 2013b, 58(72), 50-54.
8. Serbanescu Mircea-Sebastian. Semi Automated Mitosis Detection in
Histopathological Images of Breast. Annals. Computer Science Series -
Tibiscus University of Timisoara, 2013a, 11(1):66-70.
9. Gheonea DI, Streba CT, Vere CC , Serbanescu M, Pirici D, Comanescu M,
Streba LA, Ciurea ME, Mogoanta S, . Rogoveanu I. Diagnosis system for
hepatocellular carcinoma based on fractal dimension of morphometric
elements integrated in an artificial neural network, Biomed Res Int, 2014,
Article ID 239706, p. 1-10.
10. Mirea Oana Cristina, Ancuta Anca Adriana, Serbanescu Mircea Sebastian,
Postolache Paraschiva, Uscatu Constantin Daniel, Marin Catalina, Plesea
Iancu Emil, Chiutu Luminita Cristina. Analysis of aortic size in subjects died

7
Metode i modele computaionale n anatomia patologic Rezumat

due to cardiovascular and non-cardiovascular events a necropsy study. Rom


J Morphol Embryol, 2014, 55(S3):11051109.
11. Plesea RM, Serbanescu MS, Alexandru DO, Ciovica V, Stoiculescu A, Pop
OT, Simionescu Cristiana, Plesea IE. Correlations Between Intratumoral
Interstitial Fibrillary Network and Vascular Network in Gleason Patterns of
Prostate Adenocarcinoma. Current Health Sciences Journal, 2015,
41(4):345-354.
12. Serbanescu Mircea Sebastian, Plesea Iancu Emil. A hardware approach
for histological and histopathological digital image stain normalization. Rom
J Morphol Embryol, 2015a, in press.
13. Serbanescu Mircea Sebastian, Plesea Iancu Emil. R-VA a new fractal
parameter for grayscale image characterization. Annals. Computer Science
Series - Tibiscus University of Timisoara, 2015c, 13(1):9-14.
14. Serbanescu MS. Clustering of Mitotic Cells Figures of Histopathological
Images from Breast Cancer. Proceedings Conference of the Romanian
Society of Medical Informatics - ROMEDINF, Timisoara, 2012, p. 1-5.
15. Foarfa Camelia, Bala Serenada, Bazavan Mihaela, Zdrancota Catalina,
Giurea Iuliana, Serbanescu M. Melanomul maliogn nazal si de siunus
paranazal - prezentare de caz. Al XI-lea Simpozion National de Morfologie
Microscopica cu Participare Internationala, Craiova 2013, p. 105.
16. Streba Liliana, Mogoanta SS, Streba CT, Serbanescu M, Mogoanta L.
Novel fractal analysis tool for the quantification of histology images of
colorectal adenocarcinoma: a pilot study. Al XI-lea Simpozion National de
Morfologie Microscopica cu Participare Internationala, Craiova, 2013a, p.
172-173.
17. Streba Liliana, Mogoanta SS, Streba Letitia Aedla Maria, Serbanescu M,
Mogoanta L. Application of fractal box counting algorithms for morfological
measurements in colorectal adenocarcinoma: comparison of three methods.
Al XI-lea Simpozion National de Morfologie Microscopica cu Participare
Internationala, Craiova, 2013b, p. 174-175.
18. Serbanescu Mircea Sebastian, Uscatu Constantin Daniel, Marin Catalina
Floriana, Plesea Iancu Emil. Prediction of Cardiovascular Death by Cardiac

8
Metode i modele computaionale n anatomia patologic Rezumat

and Aortic Morphometry a Preliminary Autopsy Study. 12th European


Congress on Digital Pathology, Paris, 2014, p. 51.
19. Serbanescu Mircea Sebastian. A new parameter with fractal behavior that
can be applied directly to grayscale images. APHS2015 - Actualitati si
perspective in hard si soft, Editia a VIII-a, Tibiscu, Timisoara, 2015.
20. Serbanescu Mircea Sebastian, Plesea Iancu Emil. Digital image perception
among pathologists. Al XIII-lea Simpozion National de Morfologie
Microscopica, cu participare internationala, Craiova, 2015b, p. 129.
21. Plsesa Razvan Mihail, Serbanescu Mircea Sebastian, ALexandru Dragos,
Ciovica Viorel, Stoiculescu Adrian, Pop Oltin Tiberiu, Simionescu Cristiana,
Plesea Iancu Emil, Correlations Between Intratumoral Interstitial Fibrillary
Network and Vascular Network in Gleason Patterns of Prostate
Adenocarcinoma, Al XIII-lea Simpozion National de Morfologie
Microscopica, cu participare international, Craiova, 2015c, p. 116.
22. Serbanescu Mircea Sebastian, Plesea Razvan Mihail, Ciovica Viorel,
Plesea Iancu Emil. Gleason pattern evaluation based on fractal dimension of
stromal intratumoral fibrillar network. 27th European Congress of Pathology,
Belgrad, 2015d, 467(1):S235.
23. Plesea Razvan Mihail, Serbanescu Mircea Sebastian, Ciovica Viorel,
Plesea Iancu Emil. Stromal fibrillary component/vascular network
relationship in different Srigley system patterns of prostate adenocarcinoma.
27th European Congress of Pathology, Belgrad, 2015a, 467(1):S270.