Teorica 1 ACL2012

Biologa de sistemas moleculares
Wednesday, October 10, 12

Qu es un sistema?
Cada objeto que la biologa estudia es un sistema de sistemas, Francois Jacob 1974.
Un conjunto de partes que

Sistema nervioso interactan entre s para
Sistema social producir una funcin
Sistema legal Las partes, a su vez, pueden

ser sistemas en s mismos
Sistema escolar
(subsistemas)
Ejemplo:
Una ruta de transduccin de seales
es un sistema compuesto por
subsistemas:
transmisin de la seal al ncleo

transcripcin
traduccin
ejecucin de la respuesta

Qu es una funcin (en biologa)?
Funcin: es la respuesta a la pregunta del tipo:
Por qu existe un dado objeto o proceso en un

sistema que evolucion por seleccin?
Mecanismo: es la respuesta a la pregunta del tipo:
Cmo opera un objeto o proceso?

Qu es una propiedad de sistema?
Nuevas propiedades que surgen en el sistema como resultado de la
interaccin de sus componentes. Estas propiedades no son obvias al
inspeccionar a las partes constituyentes
El significado de una oracin

Transmisin del sonido por un conjunto muy grande de molculas
de aire
Tensin superficial: muchos puentes de hidrgeno entre
molculas de agua
Osciladores bioqumicos/genticos
Potencial de accin
...
Vida
Fitness (xej: velocidad de crecimiento de un organismo)

Biologa de sistemas
Puede ser considerada desde varios ngulos:
1.Un paradigma diferente, en oposicion al clsico paradigma reduccionista

de la biologa molecular.
"Systems biology...is about putting together rather than taking apart, integration rather than
reduction. It requires that we develop ways of thinking about integration that are as
rigorous as our reductionist programmes, but different...." Denis Noble, en The music of
life: Biology beyond the genome, 2006.
Component thinking System thinking

2.Un campo de estudio: el estudio de las interacciones entre componentes
biolgicos y de cmo estos componentes dan lugar a la aparicin de
nuevas funciones y comportamientos.
16

Biologa de sistemas
Puede ser considerada desde varios ngulos (cont):
3.Una serie de mtodos y protocolos operativos para hacer investigacin:
el ciclo entre modelado terico, analtico y/o computacional para

proponer hiptesis testeables acerca de un determinado sistema
biolgico, seguido de validacin experimental cuantitativa, seguido de
refinamiento del modelo utilizando estos nuevos datos, seguida de
nueva validacin experimental, etc.
4.La aplicacin de la teora matemtica de sistemas dinmicos a la biologa

molecular.
5.Como un fenmeno socio-cientfico definido como la estrategia de integrar

datos complejos acerca de las interacciones dentro de sistemas biolgicos
obtenidos de diversas fuentes experimentales (genmicos, protemicos,
metabolmicos, single cells, imgenes, etc) utilizando herramientas y
personal interdisciplinario.
16

Biologa de sistemas
Estos varios ngulos ilustran el hecho de que la BS
se refiere a un grupo de conceptos perifricamente
solapados ms que a un campo de investigacin
claramente delimitado
16

Las patas histricas de la Biologa de sistemas
1 Datos moleculares en high-throuput.

Desde mediados/fines de los 90 (95 primer genoma)
con el avance de los mtodos genmicos (secuenciacin
seguido de microarrays) aparece la biologa data rich
Biologa
Mediciones a nivel de clulas
2 individuales vivas en tiempo real
Desde mediados de los 90 (94 expresin de GFP El anlisis a nivel de
en E.coli y C.elegans) se desarrollan mtodos sistema se hace
cuantitativos basados de GFPs para single cells. relevante (crtico?) para
la biologa molecular (y
afines)
3 Biofsica
Especialmente enfocada en canales inicos, se
nutri mucho de la fsica. Aporta experiencia en
dinmica no lineal, mediciones cuantitativas, Biologa/Fsica
imgenes, etc.
Teora de sistemas biolgicos y

3 mtodos de simulacin. Sistemas
Desde los 30 con las teoras de termodinmica fuera del
equilibrio. Acelerado aumento del poder de cmputo.
Luego de la reduccin, la integracin
Identificar todos los genes, las protenas y
sus conecciones en un organismo es como No es suficiente para
tener la lista completa de las partes y del entender cmo vuelva el
plano de un avin. avin
Estos diagramas de conecciones proveen un conocimiento limitado sobre cmo va a

evolucionar un sistema en el tiempo cuando se altera alguna de sus partes, por
ejemplo.
Para comprender como funciona un sistema, debemos examinar cmo sus partes
interactan dinmicamente durante el funcionamiento.

Biologa de sistemas (moleculares)
El estudio de la biologa utilizando una combinacin de matemtica, computacin y
observacin experimental.
La biologa de sistemas postula que con ayuda de modelos matemticos se pueden capturar
y explicar los comportamientos dinmicos que exhiben los procesos biolgicos, en los que en
general participan grupos relativamente numerosos de componentes interactuantes.
Estos modelos deben ser predictivos del comportamiento del sistema natural, por ejemplo en
respuesta a perturbaciones definidas. Esto requiere la constante interaccin entre modelo y
observacin directa.
Pregunta: Predecir comprender?

Un objetivo: obtener un
conocimiento/comprensin cuantitativo de la
Biologa Fsica
funcin biolgica de procesos (redes, sistemas)
gentico/bioqumicos.
Qumica
Otro objetivo: abstraer/derivar reglas ms o
menos simples que nos ayuden a comprender
Matemtica Computacin cmo funcionan los sistemas biolgicos
Ingeniera

Biologa de Sistemas (moleculares) Biologa de Redes
Fisiologa Molecular
Si bien se puede conocer la funcin de las protenas A - F en detalle, eso no es suficiente para
revelar la funcin biolgica de la relacin INPUT -> OUTPUT
Un enfoque a nivel del sistema es necesario para revelar la funcin de la red
Por ejemplo, cul es la funcin de las interacciones (feedbacks y feedforwards loops) en el
contexto de la red como un todo?

Magritte

Temas tpicamente
considerados en BioSisMol
Procesos estocsticos Motivos de redes
(ruido) y
distribuciones
Transmisin de
informacin
Individualidad vs
poblacin
Ritmos (x.ej.,
circadianos)
Switches genticos y
bioqumicos vs
Quimiotaxis
gradualidad
Ciclo celular
Robustez vs ajuste
fino
Polarizacin
Transduccin de
seales Desarrollo embrionario

El switch del fago
The lysis-lysogeny decision is a genetic switch
Image by MIT OCW. After Ptashne, Mark. A genetic switch : phage lambda. 3rd ed. Cold Spring Harbor, N.Y. :
Cold Spring Harbor Laboratory Press, 2004.

El switch del fago

El switch del fago

Quimitaxis bacteriana
PresenceCon
Absence of chemical attractant ofatractante
chemical attractant
Sin atractante
Tumble Attractant
Tumble
Run
Run
Chemical Gradient Sensed in a Temporal Manner
Image by MIT OCW. Image by MIT OCW.

cmara velocidad normal
cmara lenta

Biologa de sistemas
(mtodo, procedimiento operativo general)
Hiptesis terica, Datos/literatura/ideas pre-

analtica, computacional existentes
=> modelo => predicciones
Rechazo/Refinamiento de Test/validacin
n-veces
hiptesis => nuevo modelo experimental
=> nuevas predicciones
Un aspecto importante de BS es relacionar la propiedad del sistema

en estudio con las propiedades moleculares de los componentes.
16

Modelos empricos vs. mecansticos
Empricos Mecansiticos
Incorporan todo el conocimiento

Independientes de
previo, implican una descripcin
supuestos previos.
mecanstica del proceso
Impulsados por los datos
(data-driven) Input
Output
Modelos vs simulaciones
Modelar consiste en establecer las relaciones cuantitativas correctas entre
el sistema real a estudiar y el modelo de ese sistema. Usualmente involucra
crear una representacin matemtica del sistema.
Ej: funcin exponencial para modelar el crecimiento de un cultivo
Simular consiste en implementar los modelos, en general usando una

computadora, para obtener los resultados que permitan comparar al modelo
con el sistema real.
Grado de validez: hasta qu punto el modelo est de acuerdo con la

realidad.
Validez replicativa: reproduce los datos existentes
Validez estructural: refleja el modo en que el sistema real funciona.
Validez predictiva: predice resultados que no fueron utilizados en la

16
construccin del modelo
Propsito de las simulaciones
Comprender el funcionamiento: abstraer reglas generales
(simplificando)
Predecir el comportamiento del sistema en condiciones no

testeadas ->modelo completo
Demostrar que un comportamiento es posible (feasability),

aunque no necesariamente ocurra
Con modelos bien validados, se testean hiptesis (en vez de

hacer los experimentos):
ahorrar tiempo y dinero
permite hacer experimentos in silico (secos) que no son

posibles de realizar (mojados)

Clases de simulaciones
Contnuas vs. discretas
Determinsticas vs. estocsticas vs. mixtas:
Determinsticas: todos los parmetros estn definidos de

ante mano y no hay azar.
Estocsticas: los parmetros o el momento en que ocurren

los eventos se determinan al azar o mediante probabilidades
Estado estacionario vs dinmica
En biologa celular/molecular/fisiolgica hay de todas las combinaciones:

Contnuo - determinstico - estacionario: ej: flujo metablico
Discreto - estocstico - dinmico: ej: regulacin de la expresin gnica

Cuando uno hace un
modelo:
Hay que tener en cuenta:
Las bases fsicas
El nivel de resolucin (atmico, molcula, clula,

individuo)
Acorde al problema
Acorde a la exactitud que se pretende de los

resultados
19

Quin debe hacer las
simulaciones?
Computadores cientficos, matemticos, fsicos,
qumicos o biolgos?
Respuesta: Un equipo multidisciplinario
20

Algunos casos tempranos de
biologa de sistemas
1953 - Hodgkin & Huxley - Modelo del potencial de accin del axn
gigante del calamar.
1957 - Novick & Weiner - La induccin del operon lac es un fenmeno

todo o nada.
1961 - Mitchells - Modelo quimio-osmtico de la sntesis de ATP
1981 - Koshland & Golbeter - Mecanismo terico de switch enzimtico de

Orden Cero.
1982 - Groen et al - Demuestran que la teora de la enzima limitante no

es general. Ejemplo: control de la velocidad de la respiracin mitocondrial.
1995 - Ferrel - Mecanismo del switch madurativo de los ovocitos de

Xenopus basado en ultrasensibilidad de las cascadas de kinasas +
retroalimentacin positiva 20

Life, logic and information
Nurse, Nature 2008

Del Rigor de la Ciencia
...En aquel Imperio, el Arte de la Cartografa logr tal Perfeccin
que el mapa de una sola Provincia ocupaba toda una Ciudad, y el
mapa del Imperio, toda una Provincia. Con el tiempo, esos Mapas
Desmesurados no satisficieron y los Colegios de Cartgrafos
levantaron un Mapa del Imperio que tena el tamao del Imperio y
coincida puntualmente con l. Menos Adictas al Estudio de la
Cartografa, las Generaciones Siguientes entendieron que ese
dilatado Mapa era Intil y no sin Impiedad lo entregaron a las
Inclemencias del Sol y de los Inviernos. En los desiertos del Oeste
perduran despedazadas Ruinas del Mapa, habitadas por Animales y
por Mendigos; en todo el Pas no hay otra reliquia de las Disciplinas
Geogrficas
Jorge Luis Borges

Property E.coli Yest (S . cerevisiae) Mammalian ( Human

Fibroblast)
Cell volume ~ 1 m 3 ~ 50 m3 5000 m3
Proteins/cell ~ 4 106 ~ 4 lO9 ~ 4 1010
Mean size of protein 5 nm
Size of genome 4.6 106 bp 1.3 107 bp 3 109 bp
4500 genes 6600 genes -30,000 genes
Size of: Regulator binding site ~ 10 bp ~ 10 bp ~ 10 bp
Promoter ~ 100 bp ~ 1000 bp ~104 to 105 bp
Gene ~ 1000 bp ~ 1000 bp ~ 104 to 106 bp (with introns)
Concentration of one ~ 1.5 nM ~33 pM ~ 0.3 pM
molecule/cell
Concentration of ATP ~2 mM (1.3 106 molecs) ~2 mM (60 106 molecs) ~2 mM (6600 106 molecs)
Diffusion time of protein ~ 0.1 sec ~ 1.25 sec ~ 20 sec
across a cell (D=10 m2/sec)
Diffusion time of small ~ 1 msec, ~ 12.5 msec ~ 0.2 sec
molecule across cell
(D= 1000 m2/sec)
Time to transcribe a gene - 1 min -1 min -30 min (including mRNA
(80 bp/s) processing)
Time to translate a protein ~ 2min ~ 2 min -30 min (including

28 mRNA nuclear
(40 aa/sec) export)
Diauxia
Esta figura, tomada de la tesis de doctorado de Jacques Monod (La

Croissance des Cultures Bactriennes, 1942), ilustra el fenmeno bsico
que llev directamente al descubrimiento de la regulacin de la expresin
gnica en bacterias por represores, y a un premio Nobel.
Sin embargo, para entender este fenmeno

fue indispensable un anlisis cuantitativo.

Esquema del Sistema del Operon Lac visto hoy
Kalinsky et al, 2007

Uri Alon lab
-gal
-gal -gal
Represor
Lac (R)
R:A

Enzyme induction is an
all-or-none phenomenon
Novick y Weiner, PNAS 1957

Qu saban?
No conocan nada de la gentica/organizacin del opern lac.
No conocan al represor lac
Seymour Benzer (1953) haba descubierto que cuando el opern Lac se induce por un
inductor gratuito, todas las bacterias se inducen rpidamente, o sea que la media
poblacional es un buen indicador de lo que hace cada clula.
Jacques Monod haba descubierto que haba dos procesos independientes

involucrados en la induccin de la sntesis de -gal:
1. La tasa de sntesis, que depende de la concentracin de inductor dentro de la

bacteria.
2. El transporte del inductor de afuera hacia adentro. ste es transportado

activamente hacia adentro de la bacteria, por lo que la concentracin intracelular
es mucho mayor que la extracelular. Con niveles mximos de permeasa, la
concentracin de inductor (TMG) es ~100 mayor dentro.

El quimiostato: la mquina del estado
estacionario Se utiliza medio donde algn
componente es limitante: N, C, P, S.
Entrada = Salida El organismo crece lo ms rpido que
puede en esas condiciones
En estado estacionario, la tasa de
crecimiento del micro-organismo es igual
a la tasa de dilucin del quimiostato (D):
Velocidad)a)la)que)
agrego)medio)fresco
El tiempo de duplicacin es igual al tiempo

de recambio de 1 volumen del quimiostato.

Estado estacionario del operon lac
TMG lacZ (Y)

dY
= Y
Gal dt
=tasa de sntesis,
Sntesis Degradacin)+) =tasa de degradacin + dilucin
dilucin en el equilibrio:
dY
= 0 Yst =
dt

Tiempos de respuesta (tiempo hasta el 50% del valor final)
Si)a)t)=)0)sacamos)al)inductor Si)a)t)=)0))agregamos)al)inductor
dY
= Y
dt
Si)agregamos)al)inductor
Si)sacamos)al)inductor
1/2

Alto TMG: la tasa de sntesis de -gal constante
Agrego
TMG
El)aumento)de)ac;vidad)es)
exponencial,)tal)cual)esperbamos

Bajo TMG: aumento lineal en la tasa de sntesis de -gal
Probabilidad constante de que una bacteria se induzca

Concentracin intermedia de TMG: mantenimiento
Cuando cultivos inducidos con alto inductor son transferidos a medio con bajo inductor,
la tasa de sntesis de -gal no disminuye sino que se mantiene indefinidamente!
Existen concentraciones bajas de inductor que llamaremos concentraciones de

mantenimiento que no inducen la sntesis en bacterias que venan creciendo sin
inductor!
Es decir, el sistema tiene memoria (o histresis). Quiere decir que la historia importa!
-gal
Histresis
(memoria) en el
opern lac
TMG
~5x10-6M.
Histeresis
(del griego hysteros: tarde o hysteerein: llegar tarde)
Un sistema con histeresis tiene memoria, al menos de su pasado

inmediato. Como consecuencia, se comporta en el presente diferente
de acuerdo a de donde viene.
En un sistema determinstico SIN histeresis es posible predecir el

output del sistema en un determinado instante dt con slo saber el
input en ese instante.
En un sistema determinstico CON histeresis eso no es posible. Hay

que saber necesariamente la historia que transit el sistema, o sea,
hay que saber la historia del input. En el caso del operon lac
tratado con TMG, venimos de bajo TMG o de alto TMG?

Muchos sistemas fsicos y biolgicos naturales tiene
histeresis:
Un pedazo de hierro que se acerca a un magneto

(discos rgidos). Hay que desmagnetizarlo para que
vuelva a su estado original.
Goma elstica, que tarda en volver a su forma

original luego de que se deja de aplicar fuerza
Termostato.
Agar: se funde a ~80C y se solidifica a ~30C
Ciclo celular
Potencial de accin: perodo refractario

El termostato
input rango aceptable de mi sistema
temperatura
30
20
output
termostato
caldera
on off
estado de la caldera
(output)
1
^
(on) en esta zona no hay forma de

^ saber slo mirando al input si
^ la caldera est prendida o
apagada sin saber la historia
0 del sistema
^
(off) 20 30 temp (oC)

Sistema con histeresis
Un ensayo de clulas individuales
dilucin
lmite
en medio
Cultivo a testear con
TMG de mantenimiento
crecimiento hasta 108 bact
ensayo -gal
-gal
de cultivos que crecieron
70% 70% on + 30% off
30% 30% on + 70% off
TMG
La induccin es un
fenmeno todo o nada
Dos preguntas:
A niveles de TMG submximos, por qu hay clulas se no se inducen?
Por qu los cultivos de mxima actividad (donde todas las bacterias estn
mximamente inducidas) se pueden mantener indefinidamente en TMG de
mantenimiento mientras que los cultivos con menos que el mximo pierden
lentamente actividad -gal?
Respuesta: las clulas no inducidas crecen ms rpido!
en todo cultivo mixto, tienden a ganar.
Pregunta: por qu entonces no ocupan toda la poblacin?
Respuesta: por la tasa de induccin
nmero de No inducido
bact
(log)
tasa de induccin
Inducido
En niveles de TMG submximos,
se equilibran la tasa de
induccin con la diferencia de
tasas de crecimiento

Cmo testeo la hiptesis del
balance entre induccin espontnea y velocidad de
crecimiento?
Experimento de reconstruccin
inducido
100%
no 80% (I) +
inducido 20% (NI)

Conclusiones
El comportamiento todo o nada y la heredabilidad del estado inducido en bajo TMG
se explica por el feedback positivo de la permeasa.
Para cada concentracin de TMG existe un nivel umbral de permeasa que concentra
suficiente inductor para inducir al opern.
El aumento lineal por varias generaciones de la capacidad de sntesis de -gal indica

que la probabilidad de inducir es constante en el tiempo, por lo que debe ser causado
por un nico evento estocstico (al azar): la adquisicin de suficiente permeasa.
En la concentracin de mantenimiento qu pasa?
1. Se necesita ms permeasa que la provista por ese nico evento al azar --> muy
poco probable que una bacteria no inducida lo obtenga al azar.
2. Las bacterias preinducidas tienen mucha permeasa y la probabilidad de que al

dividirse una bacteria herede menos del umbral es muy baja.

Feedback positivo en el Operon Lac
Histresis
-gal
TMG
Kalinsky et al, 2007

Uri Alon lab
Biologa Molecular vs Biologa de sistemas
moleculares
Sistema del
operon Lac
Cul es la estructura del represor lacI? Cul es la funcin del feedback positivo?
Qu secuencia reconoce en el DNA? Cul es el rol del ruido en la induccin?
Qu aminocidos son importantes Cmo es que el feedback determina la
para unin de la alolactosa? Y para histresis (memoria)?
tetramerizar?
El switch es sensible a cambios en los
Cmo reprime la transcripcin? parmetros?

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Un conjunto de partes que

Sistema legal Las partes, a su vez, pueden

transmisin de la seal al ncleo

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Por qu existe un dado objeto o proceso en un

Mecanismo: es la respuesta a la pregunta del tipo:

Cmo opera un objeto o proceso?

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El significado de una oracin

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1.Un paradigma diferente, en oposicion al clsico paradigma reduccionista

Component thinking System thinking

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el ciclo entre modelado terico, analtico y/o computacional para

4.La aplicacin de la teora matemtica de sistemas dinmicos a la biologa

5.Como un fenmeno socio-cientfico definido como la estrategia de integrar

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1 Datos moleculares en high-throuput.

Teora de sistemas biolgicos y

Estos diagramas de conecciones proveen un conocimiento limitado sobre cmo va a

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Pregunta: Predecir comprender?

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Chemical Gradient Sensed in a Temporal Manner

Image by MIT OCW. Image by MIT OCW.

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Hiptesis terica, Datos/literatura/ideas pre-

Un aspecto importante de BS es relacionar la propiedad del sistema

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Incorporan todo el conocimiento

Ej: funcin exponencial para modelar el crecimiento de un cultivo

Simular consiste en implementar los modelos, en general usando una

Grado de validez: hasta qu punto el modelo est de acuerdo con la

Validez replicativa: reproduce los datos existentes

Validez estructural: refleja el modo en que el sistema real funciona.

Validez predictiva: predice resultados que no fueron utilizados en la

Predecir el comportamiento del sistema en condiciones no

Demostrar que un comportamiento es posible (feasability),

Con modelos bien validados, se testean hiptesis (en vez de

ahorrar tiempo y dinero

permite hacer experimentos in silico (secos) que no son

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Determinsticas vs. estocsticas vs. mixtas:

Determinsticas: todos los parmetros estn definidos de

Estocsticas: los parmetros o el momento en que ocurren

Estado estacionario vs dinmica

En biologa celular/molecular/fisiolgica hay de todas las combinaciones:

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Las bases fsicas

El nivel de resolucin (atmico, molcula, clula,

Acorde a la exactitud que se pretende de los

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Respuesta: Un equipo multidisciplinario