SIGNAL SEQUENCES GOVERN GENOME REARRANGEMENTS

Several long segments of chromosomal DNA carrying clusters of V segments,

D gene segments, and J gene segments of both mice and humans have now been
sequenced, and the resulting nucleotide-pair sequences suggest the presence of
specific V-J, V-D, and D-J joining signals. The same signals sequences are found
adjacent to all V gene segments. Similarly, all J gene segments have identical signal
sequences located adjacent to their coding sequences; however, their signal sequences
is different from that adjacent to V gene segments. Likewise, D and C gene segments
have their own adjacent signal sequences.
The signal sequences controlling V-J, V-D, and D-J joining contain 7-base
pair (heptamer) and 9-base-pair (nonamer)- long sequences separated by spacers of
different, but specific lengths. For VK-JK joining, the spacer in the VK signal
sequence is 22 nucleotide-pairs long. The heptamer and nonamer sequences located
after (to the right as drawn in 16.8) the VK gene segments are complementary (with
the exception of one base-pair) to those preceding (to the left as drawn in Fig. 16.8)
the JK gene segments. These signal sequences have the potential to form stem and
loop structures as diagrammed in Fig. 16.8, thus bringing the VK and JK gene
segments into juxtaposition for joining. Apparently, joining will occur only when one
signal sequence contains a 12-base pair spacer and the other contains a 22-base-pair
spacer. This requirement would supposedly be enforced by the specific proteins
mediating the joining process. Very similar signal sequences appear to control VH-D
and D-JH joining, whereas somewhat different signal sequences mediate class
switching.
Figure 16.8 Signal sequences and their proposed role in VKJK joining. The germ line
and B lymphocyte DNA arrangements shown in (a) and (c), respectively, as well as
the heptamer and nonamer sequences and spacer sizes shown in (b), are known. The
stem and loop structure shown in (b) is a hypothetical intermediate.
 Urutan Sinyal Mengatur Genome Rearrangements
Beberapa segmen panjang dari kelompok kromosom DNA yang membawa
kluster segmen V, segmen gen D, dan segmen gen J dari kedua tikus dan manusia
sekarang telah diurutkan, dan rangkaian nukleotida yang dihasilkan menunjukkan
adanya sinyal pembawa VJ, VD, dan DJ yang spesifik. . Urutan sinyal yang sama
ditemukan berdekatan dengan semua segmen gen V. Demikian pula, semua segmen
gen J memiliki urutan sinyal identik yang terletak berdekatan dengan urutan
pengkodeannya; Namun, urutan sinyal mereka berbeda dari segmen gen V yang
berdekatan. Demikian juga, segmen gen D dan C memiliki urutan sinyal berdekatan
mereka sendiri.
Urutan sinyal yang mengendalikan rakitan V-J, V-D, dan D-J mengandung
sekeranjang 7-base pair (heptamer) dan 9-base-pair (nonamer) - sekuens panjang
yang dipisahkan oleh spacer yang berbeda namun panjangnya spesifik. Untuk VK-JK
bergabung, spacer dalam urutan sinyal VK adalah 22 pasang nukleotida. Urutan
heptamer dan nonamer yang terletak "setelah" (ke kanan seperti yang digambarkan
pada 16,8) segmen gen VK saling melengkapi (kecuali satu pasangan dasar) dengan
yang "sebelumnya" (ke kiri seperti yang digambarkan pada Gambar 16.8) segmen
gen JK. Urutan sinyal ini berpotensi membentuk struktur "batang dan lingkaran"
seperti yang digambarkan pada Gambar 16.8, sehingga membawa segmen gen VK
dan JK menjadi penjajaran untuk bergabung. Rupanya, bergabung hanya akan terjadi
bila satu urutan sinyal berisi spacer 12-base spacer dan yang lainnya berisi spacer 22-
base-pair. Persyaratan ini seharusnya ditegakkan oleh protein spesifik yang
memediasi proses penggabungan. Urutan sinyal yang sangat mirip muncul untuk
mengendalikan VH-D dan D-JH bergabung, sedangkan urutan sinyal yang agak
berbeda menengahi switching kelas.
Gambar 16.8 Urutan sinyal dan peran mereka yang diusulkan dalam
bergabung dengan VKJK. Garis kuman dan susunan DNA limfosit B yang
ditunjukkan pada (a) dan (c), masing-masing, serta urutan heptamer dan nonamer dan
ukuran spacer yang ditunjukkan pada (b), diketahui. Struktur "batang dan lingkaran"
yang ditunjukkan pada (b) adalah intermediate hipotetis