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Techniques de lIngnieur
lexpertise technique et scientifique de rfrence
bio590
Biocatalyse ou catalyse enzymatique
Par :
Didier COMBES
Professeur l'Institut national des sciences appliques de Toulouse
Pierre MONSAN
cole nationale suprieure des mines de Paris, Professeur l'Institut national des sciences appliques de
Toulouse, Institut universitaire de France
Toute reproduction sans autorisation du Centre franais dexploitation du droit de copie est strictement interdite. Editions T.I.
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enzymes que possdent les cellules qui diminuent lnergie dacti- -amylase 3.2.1.1 orge Brasserie
vation. Ces enzymes diminuent slectivement lnergie dactivation -amylase 3.2.1.2 orge Brasserie
dune raction donne qui peut alors se drouler une temprature
faible. Les enzymes sont donc des catalyseurs qui augmentent la Bromlane 3.4.22.4 ananas Brasserie
vitesse de ractions chimiques sans tre consommes. La constante
dquilibre de la raction nest pas modifie, simplement la vitesse -glucanase 3.2.1.6 orge Brasserie
de la raction est affecte par lenzyme.
Ficine 3.4.22.3 figue Industrie
En disant que les enzymes augmentent la vitesse de raction en alimentaire
diminuant lnergie dactivation, on ne rpond pas la question :
comment ? Plusieurs facteurs ont t suggrs et nous allons les Lipoxygenase 1.13.11.12 soja Industrie
analyser : alimentaire
la plupart des ractions enzymatiques se droulent suivant un Papane 3.4.22.2 papaye Industrie
mcanisme de ractions organiques (acide-base, nuclophile, lec- de la viande
trophile) pour lesquelles lenzyme fournit les groupes catalytiques ;
dautre part, les facteurs de proximit et dorientation sont cer- Enzymes bactriennes
tainement prpondrants. En solution, sans enzyme, les rencon-
tres de deux molcules se font au hasard : ce nest plus le cas ici ; -amylase 3.2.1.1 Bacillus Industrie
enfin, lide que certaines liaisons du substrat soient tendues de lamidon
par lenzyme a t propose par certains auteurs. Il se produit -amylase 3.2.1.2 Bacillus Industrie
alors un tat de transition active. Au niveau du site actif, on a vu de lamidon
les diffrents concepts qui permettent dexpliquer la spcificit et
lefficacit dune enzyme. Asparaginase 3.5.1.1 Escherichia coli Domaine
Un certain nombre denzymes ncessitent pour leur fonction- de la sant
nement la prsence dun compos non protique appel cofacteur Glucose 5.3.1.5 Bacillus Sirops
ou coenzyme. Les cofacteurs qui doivent tre prsents en quantit isomrase de fructose
stchiomtrique et les coenzymes prsents en quantit catalytique
sont de plusieurs types. Dans le cas des ions mtalliques, ces der- Pnicilline 3.5.1.11 Bacillus Industrie
niers sont, soit lis la structure de lenzyme (par exemple, la pr- amidase pharmaceutique
sence de zinc est indispensable lactivit de la carboxypeptidase),
soit lis au substrat (dans le cas des kinases). De mme, la plupart Protase 3.4.21.14 Bacillus Dtergent
des carboxylases ncessitent la prsence de la biotine, lie de Pullulanase 3.2.1.41 Klebsiella Industrie
manire covalente lenzyme alors que les aminotransfrases ont de lamidon
besoin de pyridoxal phosphate lors de la raction dinterconversion.
Enzymes fongiques
1.2 Sources denzyme -amylase 3.2.1.1 Aspergillus Panification
Les enzymes peuvent tre extraites de nimporte quel organisme Aminoacylase 3.5.1.14 Aspergillus Industrie
vivant : des bactries aux champignons, des plantes aux animaux. pharmaceutique
Parmi toutes les enzymes utilises industriellement, plus de la
Glucoamylase 3.2.1.3 Aspergillus Industrie
moiti proviennent de champignons ou de levures, environ un
de lamidon
tiers sont dorigine bactrienne et ce qui reste se divise entre les
sources animales (8 %) ou vgtales (4 %) (figure 1). Catalase 1.11.1.6 Aspergillus Industrie
La trs grande majorit des enzymes utilises dans lindustrie alimentaire
(tableau 1) provient donc de la culture de micro-organismes pour
Cellulase 3.2.1.4 Trichoderma Traitement
diverses raisons : faible cot de production, teneur en enzyme
des dchets
mieux contrlable, composition des extraits connue et constante,
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Protase 3.4.23.6 Aspergillus Panification 2 Transfrases : enzymes qui catalysent le transfert dun
groupe spcifique dune molcule une autre. Exemple : hexoki-
Raffinase 3.2.1.22 Mortierella Industrie nase (E.C.2.7.1.1)
alimentaire
ATP + Hexose ADP + Hexose 6 P
Enzymes de levure
3 Hydrolases : enzymes qui catalysent la coupure hydroly-
Invertase 3.2.1.26 Saccharomyces Confiserie tique des liaisons CO, CN et CC. Exemple : l-amylase
Lactase 3.2.1.23 Kluyveromyces Produits laitiers (E.C.3.2.1.1) hydrolyse des liaisons 1,4D-glucosidiques dans
des polysaccharides contenant 3 ou plus D-glucose.
Lipase 3.1.1.3 Candida Industrie 4 Lyases : enzymes qui coupent les liaisons CC, CO et
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enfin les tissus animaux ou vgtaux contiennent des molcules 5 Isomrases : enzymes qui catalysent des changements go-
plus dangereuses ou plus gnantes que celles rencontres dans mtriques ou structuraux dans une molcule. Exemple : la glu-
les micro-organismes (composs phnoliques ou inhibiteurs cose-isomrase (E.C.5.3.1.5) catalyse lisomrisation du glucose en
denzymes par exemple). fructose.
En pratique, la grande majorit des enzymes microbiennes vient 6 Ligases : enzymes qui catalysent la liaison entre deux mol-
dun nombre limit despces parmi lesquelles on trouve principale- cules, couple lhydrolyse dune liaison phosphate de lATP (ou
ment les Aspergillus, Bacillus et Kluyveromyces. Le dveloppement un autre tri-phosphate). Exemple : pyruvate carboxylase
des enzymes commerciales demande un savoir faire certain dans (E.C.6.4.1.1)
les domaines suivants : recherche de nouvelles enzymes, fermenta-
tion, purification grande chelle et formulation. ATP + Pyruvate + HCO 3 ADP + PO 4 + Oxaloactate
Le remodelage denzymes est galement une voie pour produire
des enzymes plus performantes que les enzymes naturelles ou bien 1.3.2 Classification CAZy (Carbohydrate Active
mme pour crer des activits nouvelles. La mutagense dirige, enZymes )
technique la plus utilise, permet de substituer un ou plusieurs aci-
des amins de la protine. Lutilisation de banques de donnes (data Cette classification a pour originalit de ne pas reposer sur une
mining) prsentant des corrlations squence-structure est une aide spcificit ractionnelle des enzymes, comme la classification de la
trs efficace pour prdire les volutions conformationnelles lies aux nomenclature enzymatique. Elle repose sur une analogie de struc-
substitutions. Parmi les enzymes industrielles modifies, la subtili- ture des modules catalytiques et de reconnaissance de motifs glu-
sine, une protase de Bacillus amyloliquefaciens, a vu son activit, cidiques des enzymes qui catalysent la dgradation, la
dans les dtergents, amliore par une stabilisation vis--vis des modification ou la cration de liaisons osidiques. Elle a t tablie
tempratures leves, de leffet du pH et de loxydation. par Bernard Henrissat et peut tre consulte sur le site :
http://www.cazy.org/.
1.3 Classification des enzymes Cette classification repose sur une tude de la squence dacides
amins dune enzyme, squence qui conditionne la structure
1.3.1 Nomenclature systmatique secondaire et tridimensionnelle de la protine enzymatique. Elle
reflte donc les caractristiques structurales de ces enzymes, beau-
De nombreuses enzymes ont des noms triviaux qui leur ont t coup plus que leur simple spcificit de substrat. Elle permet,
donns, il y a des annes, lorsquelles ont t dcouvertes. Dans notamment, de rvler les relations au cours de lvolution entre
de nombreux cas, on sest content dajouter ase au nom du les enzymes dune mme famille, ainsi que de prdire des don-
substrat de lenzyme linstar de lurase pour lure. nes concernant leur mcanisme catalytique. Ces familles peuvent
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tre groupes en clans , lorsque des squences semblables et lenzyme, le substrat et le complexe enzyme-substrat sont en
des structures analogues sont trouves pour des enzymes apparte- quilibre. De plus, la vitesse de dissociation de ES en E + S est
nant des familles diffrentes. Elle ne sapplique toutefois quaux beaucoup plus rapide que la vitesse de coupure de ES pour former
enzymes actives sur les hydrates de carbone. La classification E+P;
CAZy est divise en cinq parties : la concentration du substrat est beaucoup plus leve que
1 Glycoside Hydrolases (GH) : celle de lenzyme ; ainsi, la formation du complexe ES naltre pas
la valeur de la concentration de S ;
Les Glycoside-Hydrolases (EC 3.2.1.-) constituent un vaste
la vitesse globale de la raction est limite par la coupure du
groupe denzymes qui catalysent lhydrolyse de liaisons osidiques
complexe ES pour former lenzyme libre et le produit ;
associant un ose un autre ose ou une molcule non osidique.
Le mcanisme de la raction dhydrolyse dune liaison osidique la vitesse est mesure dans les premiers instants de la raction
fait gnralement intervenir deux rsidus dacides amins jouant de telle manire que la raction inverse ne soit pas significative.
un rle catalytique, un acide (donneur de protons) et une base La raction totale peut scrire :
(nuclophile). Suivant la disposition spatiale de ces deux acides
amins, lhydrolyse seffectue avec rtention ou inversion de lano- k
mrie de la liaison osidique. Dans certains cas, le groupe nuclo-
E +S +1
ES k
+2
E +P
k 1
phile nest pas port par lenzyme et est remplac par un groupe
actamido en position C2 du substrat. Enfin, certaines glycosi- Il est alors possible dtablir lquation de Michaelis et Menten :
dases utilisent le NAD+ comme cofacteur ;
2 Glycosyl Transfrases (GT) : VM [S ]
V=
La biosynthse des liaisons glycosidiques implique des enzymes KM + [S ]
(EC 2.4.-.-) capables de catalyser le transfert spcifique dun ose
dun intermdiaire activ (donneur : nuclotide-diphospho sucre, VM est la vitesse maximale de la raction qui permet dobtenir
nuclotide monophospho sucre, sucre-phosphate) sur une autre la constante cintique de la raction lorsque la concentration des
molcule (accepteur). Ce transfert peut seffectuer avec rtention sites actifs [E ]T est connue car VM = k+2 [ET].
ou inversion de la configuration anomrique initiale ;
La constante cintique k+2 est appele turnover. Le turnover
3 Polysaccharide Lyases (PL) : dune enzyme est le nombre de molcules de substrat transfor-
La rupture des liaisons osidiques par un mcanisme de -limi- mes en produit par unit de temps, lorsque lenzyme est totale-
nation est catalyse par les Polysaccharide Lyases (EC 4.2.2.-). ment sature par le substrat.
Cette raction saccompagne de la formation dune double liaison Le plus grand turnover connu est celui de lanhydrase
au niveau de la nouvelle extrmit non rductrice ainsi gnre ; carbonique : 106 M denzyme catalyse la dgradation de 0,6 M
4 Carbohydrate estrases (CE) : dH2CO3 par seconde :
Ces estrases catalysent la O- ou la N-dsactylation des
glucides. Deux groupes de substrats sont distingus, suivant que H2CO 3 CO 2 + H2O
la partie acyle (cf. pectine mthyl esters) ou la partie alcool (cf.
xylane actyl) de lester provient du glucide. Le mcanisme rac- k+2 = 600 000 sec1 : chaque cycle de catalyse se produit en un
tionnel le plus courant fait intervenir une triade catalytique temps gal 1,7 sec.
Srine-Histidine-Acide aspartique, mais on rencontre galement Les turnover de la plupart des enzymes pour leurs substrats se
des enzymes zinc (Zn2+) ; situent dans la fourchette 1 104, soit 1 0,1 msec ou 100 sec de
5 Carbohydrate-binding modules (CBM) : temps de raction.
Les modules de liaison au glucide sont des lments de la KM est appele constante de Michaelis. Pour la plupart des
structure denzymes capables de se lier spcifiquement un glu- enzymes, la valeur de KM dpend du substrat ainsi que des
cide, sans prsenter dactivit catalytique propre. On peut citer les conditions exprimentales dans lesquelles seffectue la raction
domaines de liaison la cellulose (cellulose-binding domains), par (temprature, force ionique et pH) et se situe entre 101 et 106 M.
exemple. Ces modules sont classs au sein de treize familles, sui- Cette valeur de KM a deux significations :
vant leurs caractristiques structurales.
elle correspond la concentration en substrat pour laquelle la
moiti des sites actifs sont occups. Lorsque le KM est connu, la
fraction de sites occups F une concentration quelconque en
substrat peut tre calcule partir de :
2. Cintique homogne
V [S ]
F = =
VM [S ] + KM
2.1 quation de Michaelis-Menten
cette valeur est fonction des constantes de vitesse de chacune
Lquation de Henri qui est lorigine de lquation de vitesse de des tapes du schma de catalyse :
Michaelis-Menten repose sur lobservation suivante : la vitesse ini-
tiale dune raction est directement proportionnelle la k
concentration de la prparation enzymatique, mais augmente de
E +S +1
ES k
+2
E +P
k 1
manire non linaire avec la concentration du substrat, jusqu
une vitesse maximale limite. Ltablissement de lquation de
k 1 + k +2
Henri est fond sur les hypothses suivantes : Soit : KM =
k +1
lenzyme est un catalyseur ;
lenzyme et le substrat ragissent rapidement pour former un
Si on considre un cas limite dans lequel k1 est beaucoup plus
complexe enzyme-substrat ;
un seul substrat et un seul complexe enzyme-substrat sont grand que k+2 cela signifie que la dissociation de ES en E et S est
impliqus et le complexe enzyme-substrat se brise pour donner beaucoup plus rapide que la formation de E et P. Dans ces
directement lenzyme libre et le produit ; conditions k 1 k +2 .
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=K = M
M1 + KM + KM
lorsque k+2 est beaucoup plus petit que k1 . Si cette condition est KM
satisfaite, KM est une mesure de la stabilit du complexe ES : une Ki Ki
valeur de KM leve indique une liaison faible du substrat avec
lenzyme alors quune valeur faible indiquera une liaison forte
Puis en tudiant la variation de KM en fonction de la
entre lenzyme et son substrat. concentration en inhibiteur f([I]).
Il faut insister sur le fait que KM donne laffinit du complexe La prsence dun inhibiteur comptitif augmente simplement le
enzyme-substrat seulement lorsque k1 est beaucoup plus grand KM apparent de lenzyme pour le substrat, la vitesse maximale de
que k+2 : cela est le cas pour la plupart des enzymes. la raction est inchange.
La reprsentation de V en fonction de S tant une hyperbole, il
est assez difficile de dterminer directement VM et KM . La linari- 2.2.2 Inhibition non comptitive
sation de lquation permet une reprsentation plus prcise :
Un inhibiteur non comptitif classique na pas deffet sur la
V [S ] 1 K 1 1 liaison du substrat avec lenzyme et vice versa. Linhibiteur et le
= = M +
VM [S ] + KM V VM [S ] VM substrat se lient de manire rversible, au hasard et de manire
indpendante sur diffrents sites de lenzyme. Ainsi I peut se lier
Si lon trace la reprsentation de Lineweaver et Burk, E ou ES et S E ou EI. La liaison dun des deux na aucun effet sur
1/V = f(1/[S]), on doit obtenir une droite de pente a = KM/VM dont la dissociation du complexe form avec lautre. Toutefois, le
lintersection avec laxe des ordonnes est gale 1/VM . De plus, complexe ESI ou EIS est inactif.
lintersection avec laxe des abscisses peut tre dtermine
lorsque 1/V = 0 et est gale 1/KM (figure 2). Lquation de vitesse est la suivante :
VM [S ]
V=
2.2 Inhibition/activation [I] (KM + [S ])
1+ K
Nimporte quelle substance qui rduit la vitesse dune raction i
catalyse par une enzyme peut tre considre comme un inhibi-
VM
teur. Linhibition de lactivit enzymatique est un des principaux avec VMapp = .
moyens de rgulation des cellules vivantes et une des procdures [I]
1 +
K
de diagnostic des enzymologistes. Ltude de linhibition dune i
enzyme nous renseigne sur sa spcificit, sur larchitecture
physique et/ou chimique de son site actif et sur le mcanisme cin- On voit donc que linhibiteur I affecte le VM et laisse inchang le
tique de la raction. Dans notre vie de tous les jours, on dcouvre KM . VM diminue au fur et mesure que [I] augmente. La reprsen-
des inhibiteurs denzymes dans les drogues , les antibiotiques, tation de Lineweaver et Burk (figure 2) permet de dterminer VM
les toxines, les poisons, les conservateurs , etc. Dans ce apparent :
chapitre nous allons tudier deux types simples dinhibiteurs. 1 KM [I] 1 1 [I]]
Nous supposerons quun seul substrat est impliqu dans la rac- = 1 + + 1 +
tion et que seul un type dinhibiteur est prsent. V VM Ki [S ] VM Ki
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Activation de la raction
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seffectuer en masse, le gel tant ensuite divis en particules, soit La liaison covalente doit stablir dans des conditions relative-
en mulsion dans un solvant non miscible leau pour obtenir ment douces pour viter toute dnaturation irrversible, et ne pas
directement des billes de gel. impliquer de groupe fonctionnel ncessaire lactivit catalytique
Dans le domaine des biocapteurs, des polymres photorticu- (site catalytique).
lables, tels que le poly(vinyl alcool) porteur de groupements styryl- On peut distinguer deux groupes de mthodes dimmobilisation
pyridinium (PVA-SbQ), qui prsente des proprits mcaniques covalente : soit sur un support insoluble, soit par rticulation.
intressantes, sont largement utiliss.
Immobilisation sur support
Les gels obtenus partir de polysaccharides glifiants dorigine
marine (carraghnanes et, surtout, alginate) en prsence de Il existe une littrature abondante sur ce point, mais dont lintrt
cations (potassium et calcium respectivement), du fait de leur demeure, dans la majorit des cas, purement dordre acadmique.
porosit trs leve, ne peuvent tre utiliss que pour les enzymes Le principe le plus courant est de mettre en contact les molcules
prsentant un volume hydrodynamique lev (dextrane-saccha- denzyme avec un support activ, portant des groupes suffisam-
rase, par exemple) et sont plutt rservs linclusion de cellules ment ractifs pour ragir avec ceux de lenzyme dans des conditions
entires ou de particules denzymes immobilises. Ils prsentent compatibles avec la prservation de lactivit catalytique.
lavantage du caractre alimentaire de ces polysaccharides, de leur On peut citer, par exemple, la mthode dveloppe par la
disponibilit lchelle industrielle et de leur trs faible cot. socit amricaine Corning Glass pour immobiliser la glucose
isomrase : on utilise des verres poreux amins par greffage de
Une inclusion efficace est obtenue en utilisant la silice sous
-amino-propyl-trithoxy-silane (APTES) activ par le glutarald-
forme de sol-gel (M.T. Reetz).
hyde (OHC-(CH2)3-CHO). Ce ractif tablit des ponts covalents
Les technologies de production de fibres de polyactate de cellu- (liaisons imines stabilises) entre les groupes amins du support
lose ont t adaptes par la socit SNAM Progetti pour limmobi- et ceux de lenzyme.
lisation de -galactosidase, afin de produire des laits dittiques
La socit Rohm & Haas commercialise des supports porteurs
prsentant une teneur diminue en lactose. Les fibres obtenues
de groupes poxyde ractifs (Eupergit C, Amberzyme Oxirane).
peuvent tre mises en uvre directement ou aprs tissage. De
nombreuses techniques de filage par coagulation ou prcipitation Immobilisation par rticulation
sont utilisables ce niveau.
Le principe est ici de ponter les molcules denzymes entre elles,
Inclusion dans le volume dfini par une matrice ou entre elles et dautres protines, laide dun ractif polyfonc-
tionnel tel que le glutaraldhyde, afin dobtenir des macrostruc-
Les mthodes de polymrisation interfaciale (raction dun tures insolubles.
monomre hydrophile dissous dans une phase aqueuse disperse
dans une phase organique non miscible contenant un monomre Les protines enzymatiques peuvent tre dilues par des pro-
hydrophobe ractif) permettent dobtenir des microcapsules dans tines inertes, telles que lalbumine (niveau laboratoire) ou la gla-
lesquelles lenzyme, initialement prsente dans la phase aqueuse, tine (niveau industriel), pour amliorer le rendement de
rticulation. Cette mthode est galement utilise pour immobili-
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permettre une immobilisation plus efficace, que ce soit par adsorp- Transfert de matires externes
tion (introduction dacides amins chargs ou hydrophobes, fusion Suivant les valeurs respectives du flux maximal de transport dif-
du gne codant lenzyme avec un gne codant un domaine de fusionnel J et du flux maximal de transformation enzymatique E,
liaison la cellulose...) ou par liaison covalente (introduction trois cas de figure pourront se prsenter (sachant qu lquilibre
dacides amins ractifs, en particulier dans des positions permet- stationnaire, cest le flux le plus faible qui contrle lefficacit du
tant de favoriser de manire optimale laccs au site catalytique). systme).
Limmobilisation dune enzyme se traduit par un mode de fonc- Rappelons que le transport diffusionnel est dfini par :
tionnement totalement diffrent de celui de lenzyme native : on
passe dun phnomne de catalyse homogne un phnomne de J = kLa (S sol S surf )
catalyse htrogne, se traduisant par lobligation de prendre en
compte, non pas des paramtres dfinis de manire intrinsque, avec kL coefficient de transfert de matire externe,
mais des paramtres statistiques comme cela sera dvelopp dans S concentration du substrat (dans la solution et la
le point suivant. surface de la particule).
La transformation enzymatique (cintique Michaelienne) est
dfinie par :
3.2 Influence des phnomnes
E = Vmax + S
(S surf /KM surf )
de transfert de matire (diffusion,
avec Vmax vitesse maximale apparente de la raction
encombrement strique, partage) enzymatique,
KM constante de Michaelis apparente.
Dans le cas de la mise en uvre dune enzyme libre, on peut
considrer que lon se trouve dans une configuration de catalyse Cas 1, J E : le flux de la raction enzymatique est nettement
homogne : toutes les molcules denzymes sont identiques, elles plus faible que celui du transport diffusionnel. Cest donc lui qui
sont rparties de manire uniforme dans le milieu ractionnel, est limitant. Pour amliorer lefficacit du systme, il faudra aug-
dont la composition est identique en tout point (concentration du menter la densit de greffage denzyme.
ou des substrat(s), concentration du ou des produit(s), pH, temp-
Si on se place en cintique enzymatique dordre 1, on peut intro-
rature, effecteurs...).
duire le critre adimensionnel de Damkoehler Da :
Par contre, dans le cas dune enzyme immobilise, toutes les
Da = kE /kL
molcules denzyme ne sont pas forcment identiques (possibilit
de modes et de nombre de liaisons au support diffrents). Leur avec kE =Vmax .
/KM
accessibilit est diffrente (par exemple, suivant leur prsence la
surface ou lintrieur dune matrice). Elles ne sont pas rparties Dans ce cas, kL kE , soit Da 1 (rgime de limitation
de manire uniforme dans le milieu ractionnel, tant au niveau cintique : en gnral, lorsque Da < 0,1). La concentration du subs-
macroscopique (systmes bi- ou polyphasiques) quau niveau trat la surface de la particule Ssurf est gale sa concentration
molculaire (densit denzyme variable entre la surface et lint- dans la solution Ssol .
rieur dune matrice). Les paramtres ractionnels peuvent tre
Cas 2, J E : le flux de la raction enzymatique est nettement
variables, du fait de ltablissement de gradients de concentration,
suprieur celui du transport diffusionnel, qui est limitant. Il faut
de pH et/ou thermiques (phnomnes de partage et/ou diffusion-
alors augmenter ce dernier pour amliorer lefficacit du systme
nels). La notion de micro (nano ?) environnement devient donc
(augmentation de lagitation ou de la vitesse linaire du fluide).
prpondrante : une enzyme immobilise peut fonctionner dans
des conditions effectives significativement trs diffrentes de Dans ce cas, kL kE , soit Da 1 (rgime de limitation diffu-
celles imposes au milieu ractionnel. sionnelle externe : en gnral, lorsque Da > 10). La concentration
En consquence, il ne sera pas possible davoir accs des du substrat la surface de la particule Ssurf tend vers 0.
paramtres cintiques caractristiques du fonctionnement de Cas 3, J # E : le flux de la raction enzymatique est du mme
chaque molcule denzyme, comme cela est le cas pour une ordre de grandeur que celui du transport diffusionnel. La
enzyme libre, mais seulement des paramtres statistiques, carac- concentration du substrat la surface de la particule Ssurf est
trisant une population denzymes fonctionnant dans des comprise entre la concentration du substrat dans la solution Ssol et
conditions donnes. Il faudra, notamment, tre trs rigoureux ce
0. On est en rgime de couplage diffusion externe-raction. Un
niveau afin de dterminer des paramtres reprsentant bien les
gradient de concentration stablit entre la solution et la surface de
capacits catalytiques dune prparation denzyme et non pas
la particule (notion de couche limite : distance de la surface partir
leffet dun gradient de pH ou de concentration.
de laquelle stablit ce gradient). Cela va se traduire, en particulier,
par lobtention dune valeur de la constante de Michaelis KM sup-
3.2.1 Phnomnes diffusionnels rieure la valeur effective KM . Dans le cas dune inhibition par
excs de substrat, ce phnomne pourra savrer bnfique.
Le fonctionnement dune enzyme immobilise est conditionn De mme, un gradient de concentration de produit pourra sta-
par son approvisionnement en substrat(s), qui repose sur des ph- blir entre la surface de la particule et la solution. Cela pourra tre
nomnes de transport diffusionnel. Ces mmes phnomnes problmatique dans le cas o le produit prsente un caractre inhi-
concernent galement la migration du ou des produit(s) du site biteur.
catalytique la masse de la solution. On distingue gnralement
deux types de transferts de matire : Transfert de matires internes
les transferts de matires externes, concernant le transport des Ces phnomnes sont directement coupls ceux de transferts
molcules de la solution la surface dune particule et vice versa, de matire externes. L encore, suivant les flux respectifs, on
par convection et diffusion molculaire. Cest notamment le cas pourra se trouver dans les trois mmes cas que pour les transferts
dune enzyme adsorbe sur un support non poreux ; de matire externes :
les transferts de matires internes, concernant le transport des Cas 1 : limitation par la cintique enzymatique. Il faudra alors
molcules lintrieur dune matrice (support poreux, gel, mem- augmenter la quantit denzyme immobilise par unit de volume
brane...) par diffusion molculaire. de support.
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Cas 2 : limitation par le transport diffusionnel interne. Il faudra niveau de lenzyme immobilise), et augmente si le substrat est
diminuer la taille des particules de support ou lpaisseur de la charg ngativement (rpulsion substrat/support).
membrane. Il est donc possible de faire fonctionner une enzyme efficace-
Cas 3 : couplage diffusion interne-raction. ment dans un milieu dont le pH est diffrent de son pH optimal
Si lon dispose des paramtres de diffusivit intraparticulaire des dactivit en contrlant les charges lectriques prsentes dans son
molcules impliques, il est possible de calculer les gradients de micro-environnement.
concentration par intgration sur le volume concern (sphre, Les mmes phnomnes de partage rsultent de proprits
paralllpipde...). hydrophiles ou hydrophobes. Ainsi, par exemple, lhydrolyse de
triglycrides par une lipase immobilise sur un support hydrophile
3.2.2 Encombrement strique se traduira par une accumulation de glycrol, hydrophile, dans le
micro-environnement de lenzyme.
Laccessibilit du site catalytique de lenzyme immobilise
conditionne son efficacit. Cela est bien sr dautant plus marqu 3.2.4 Commentaires
que lenzyme est immobilise non seulement la surface, mais
galement lintrieur dune matrice. De manire gnrale, leffi- La caractrisation cintique dune enzyme immobilise demande
cacit augmente lorsque la taille du substrat diminue, la fois la prise en compte de prcautions importantes : lactivit corres-
pour des raisons striques et diffusionnelles. Cela a clairement t pond des conditions locales de milieu ractionnel pouvant tre
montr pour des enzymes agissant sur des substrats macromol- trs significativement diffrentes de celles de la masse de la solu-
culaires, tels que des acides nucliques ou des protines. Cest la tion. La mesure effectue est en fait la rsultante des caractris-
raison pour laquelle lactivit des protases immobilises, par tiques catalytiques intrinsques de lenzyme, des phnomnes de
exemple, est gnralement donne, dans les catalogues de four- transport diffusionnel externe et ventuellement interne, de
nisseurs en utilisant des analogues de substrats de petite taille lencombrement strique et des phnomnes de partage. Il est
(drivs dacides amins et non pas des protines). donc indispensable de sassurer de la prsence ou non de ces ph-
De mme, linhibition dune enzyme immobilise est dautant nomnes pour valider les paramtres cintiques obtenus. Cela est
plus importante que la taille de son inhibiteur est faible, ce qui dautant plus important lorsque ces paramtres sont utiliss pour
peut permettre de dresser une carte daccessibilit. le dimensionnement de racteurs.
laires, voire insolubles, laide denzymes immobilises. Les acti- Les trois principaux types de racteurs sont :
vits mesures ce niveau sont le plus souvent attribuables la les racteurs homognes discontinus : du fait de lagitation, ils
libration denzymes partir de la forme immobilise. sont rservs au cas o les particules denzyme immobilises pr-
sentent de trs bonnes proprits mcaniques et de rsistance
3.2.3 Phnomnes de partage lattrition. Le fait que lenzyme soit immobilise permet sa rcup-
ration en fin de raction et sa rutilisation. Lapport de substrat
Linteraction des molcules prsentes dans un fluide avec la sur- peut tre progressif (fed batch). La concentration de substrat dimi-
face de particule par des liaisons de basse nergie se traduit par nue progressivement avec le temps de raction, tandis que la
un phnomne de partage entre la phase fluide et la phase solide. concentration de produit augmente. Cest le type de racteur gn-
Ce phnomne est mis profit pour la sparation chromatogra- ralement utilis pour les enzymes libres ;
phique, analytique ou prparative, de composs. les racteurs homognes continus : la remarque est la mme
Ce phnomne a particulirement t mis en vidence dans le que pour les racteurs homognes discontinus. Ce type de rac-
cas despces charges, notamment de protons, du fait de la sensi- teur est recommand lorsque le substrat prsente un caractre
bilit des enzymes aux variations de pH. On constate quune inhibiteur, car sa concentration diminue rapidement dans le rac-
enzyme immobilise sur un support portant des charges ngatives teur. Il est possible dutiliser plusieurs racteurs homognes placs
prsente un pH optimal suprieur celui de lenzyme native. Une en cascade pour se rapprocher du fonctionnement dun racteur
telle modification est le plus souvent purement apparente : elle coulement piston. La concentration en produit augmente par
rsulte simplement de laccumulation des protons dans le paliers la sortie des racteurs successifs ;
micro-environnement des charges ngatives, par simple interaction les racteurs continus coulement piston : un gradient
coulombienne, qui se traduit, au niveau de la molcule denzyme dcroissant de concentration en substrat est observ entre lentre
immobilise, par une valeur locale du pH significativement inf- et la sortie, paralllement un gradient croissant en produit. Ce
rieure celle de la solution. Il sagit donc dun simple dcalage (pou- type de racteur est donc particulirement adapt dans le cas
vant atteindre plusieurs units de pH), qui peut facilement tre dune inhibition par le produit. Lalimentation du lit fixe se fera de
supprim en augmentant la force ionique du milieu (effet dcran : manire ascendante (le plus souvent) ou descendante, suivant les
comptition entre les protons et les autres cations pour interagir caractristiques du support et de la solution dalimentation, et
avec les charges ngatives du support). Inversement, une enzyme selon la ncessit ou pas de procder un nettoyage ou une
immobilise sur un support porteur de charges positives pourra dsinfection priodique. Les risques de colmatage peuvent tre
prsenter un pH optimal significativement infrieur celui de prvenus par la mise en uvre en racteur lit fluidis.
lenzyme native. Si la raction est sous contrle cintique, le racteur homogne
Si lon considre limportance de la valeur du pH du milieu pour discontinu et le racteur continu coulement piston sont dcrits
la mesure dune activit enzymatique, il est essentiel de prendre par les mmes quations. Leur efficacit est suprieure celle du
en compte ce type de gradient (ainsi que pour toute autre mol- racteur homogne continu, sauf si le substrat est inhibiteur. Pour
cule charge : substrat, produit, effecteur) pour valider la mesure un mme temps de sjour, le racteur continu coulement piston
effectue. Par exemple, en prsence dun support charg ngative- est plus efficace que le racteur homogne continu lorsque lordre
ment, la constante de Michaelis apparente sera diminue si le de la raction est gal 1. Par contre, lefficacit est la mme si la
substrat est charg positivement (accumulation du substrat au raction est dordre nul.
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D-glucose ( dextrose ). Le D-glucose peut tre utilis directement Les protases et les lipases sont utilises pour la production
des fins alimentaires. Il peut galement tre transform en sorbitol darmes de fromage.
(glucitol) par rduction chimique ou en vitamine C. Il est employ
Des hydrolysats de protines laitires sont prpars par action
comme source carbone pour la production par fermentation daci-
de protases pour lalimentation entrale et parentrale (protines
des organiques (acides citrique, gluconique, succinique...), dacides
prdigres), ainsi que pour la formulation de spcialits
amins et de biothanol, notamment. Il est galement isomris par
dittiques.
voie enzymatique en D-fructose ( lvulose ), dont le pouvoir dul-
corant est double de celui du D-glucose, laide de glucose isomra- Le lysozyme, extrait de blanc duf, a t employ comme anti-
ses de diffrentes origines microbiennes (Acrobacter, Actinoplanes, bactrien naturel pour viter le dveloppement de bactries pro-
Arthrobacter, Bacillus, Streptomyces ). Il faut noter que ces enzymes pioniques dans certains fromages.
sont essentiellement utilises sous forme immobilise, ce qui
constitue de loin, lheure actuelle, la premire application de bio- La transglutaminase catalyse la rticulation de protines laitires
racteurs enzymatiques, pour la production de 15 millions de ton- pour lobtention de textures spcifiques.
nes de sirops teneur leve en fructose (mlanges 42 % ou 55 % La -galactosidase ( lactase ) catalyse lhydrolyse du lactose,
de D-fructose). principal glucide des laits maternels, en D-glucose et D-galactose.
Le maltose (dimre de D-glucose) est produit par action sur les Il est ainsi possible de prparer des laits dittiques pour les per-
malto-dextrines d-amylase maltogne dAspergillus oryzae ou de sonnes prsentant des problmes dintolrance au lactose, et
-amylase dorigine vgtale ou microbienne. Cette production dviter les problmes de cristallisation de ce produit dans les pro-
seffectue naturellement au cours du processus de maltage. duits laitiers, notamment les glaces, dus sa faible solubilit.
Les cyclodextrines (structures cycliques 6, 7 ou 8 units D-glu- Enzymes employes pour la panification
cose, prsentant un volume intrieur hydrophobe et une surface
externe hydrophile, utilises pour linclusion de molcules thrapeu- Les -amylases fongiques (moins thermostables que les -amy-
tiques ou darmes hydrophobes) sont obtenues par action de cyclo- lases bactriennes, donc plus facilement dnatures au cours de la
dextrine glucanotransfrases (CGTases) sur les malto-dextrines. cuisson) sont utilises pour acclrer la croissance des levures et
la production de dioxyde de carbone (leve de la pte) en
Novozymes a rcemment introduit une -amylase dAnoxybacil- complmentant cette activit naturellement prsente dans les
lus contaminans capable dattaquer directement les granules inso- farines. Leur action permet galement daugmenter la dure de vie
lubles damidon. Cette nouvelle enzyme permet dviter la du pain en limitant les phnomnes de rtrogradation de lamidon.
liqufaction pralable de lamidon, et de raliser en une seule
tape, par action conjointe dune amyloglucosidase, dans un Lhydrolyse des hmicelluloses prsentes dans la farine par des
mme bioracteur la production de D-glucose partir damidon et xylanases spcifiques des arabinoxylanes insolubles se traduit par
sa fermentation en thanol. une amlioration des qualits de la pte et des produits finaux
(mie mieux structure et de volume plus important).
Les -amylases sont galement utilises dans lindustrie textile
Laction des oxydases (glucose, hexose, sulfhydryl oxydases et
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bte de type II...). En plus de lextraction partir de vgtaux, ces 4.4 Chimie fine et sant
oligosides sont obtenus par deux voies principales :
hydrolyse de polyosides : 4.4.1 Chimie fine
fructanes de chicore (inuline) ou dagave laide Seuls quelques exemples significatifs seront donns, des revues
dendo-fructanases, plus exhaustives tant disponibles dans les rfrences bibliogra-
xylanes laide dendo-xylanases, phiques fournies.
-glucanes laide de -glucanases ; Ds 1969 sest dveloppe au Japon, dans la socit Tanabe
Seiyaku, la production nantioslective de L-acides amins, et, en
synthse enzymatique :
particulier, de L-mthionine par action dune amino acylase
fructo-oligosaccharides (FOS) laide de fructosyltransfrase dAspergillus oryzae, immobilise par adsorption sur DEAE-Sepha-
dAspergillus niger partir de saccharose, dex, sur un mlange racmique de N-actyl-D,L-mthionine. La
isomalto-oligosaccharides (IMO) laide de transglucosidase N-actyl-D-mthionine non hydrolyse est spare par cristallisa-
fongique partir dhydrolysats damidon, tion fractionne et racmise par chauffage pour conduire la
transformation complte en L-mthionine. Le mme principe a t
gluco-oligosaccharides (GOS) laide de dextrane-saccharase appliqu la production de diffrents acides amins. La socit
de Leuconostoc mesenteroides NRRL B-1299 partir de sac- allemande EVONIK a ralis le mme type de raction en utilisant
charose, lamino acylase immobilise dans des racteurs membranes
alternane-oligosaccharides (AOS) laide de lalternane-sac- semi-permables (fibres creuses).
charase de Leuconostoc mesenteroides NRRL B-1355 partir DSM utilise laction dune amidase L-nantioslective de Pseu-
de saccharose, domonas putida sur un mlange racmique damides de
galacto-oligosaccharides (TOS) laide de transgalactosidase D,L-acides amins pour produire, soit le L-acide amin, aprs rac-
dAspergillus oryzae partir de lactose. misation du D-amide, soit le D-acide amin, aprs hydrolyse du
D-amide et racmisation du L-acide amin (figure 6).
Emploi des enzymes pour les fruits et lgumes La production dantibiotiques semi-synthtiques de type
Lutilisation conjointe de diffrentes enzymes catalysant lhydro- -lactames partir de pnicillines naturelles produites par fermenta-
lyse de polyosides vgtaux (pectinases, cellulases, hmi- tion, telles que la Pnicilline G seffectuait, avant 1980, par voie tota-
cellulases) a permis de prparer des boissons bases de fruits et lement chimique. Linstabilit du noyau -lactame imposait doprer
de lgumes non pressurables. 40 oC en milieu acide, pour hydrolyser la liaison amide de la
La viscosit des jus de pomme est diminue par addition de pec- chane latrale, avec un rendement de 40 % seulement. Lintroduc-
tinases, ce qui permet de faciliter leur filtration et leur concentra- tion, cette date, de lutilisation de pnicilline amidase, notamment
tion. dEscherichia coli, a permis de dvelopper un procd nettement
plus performant de production de lacide amino-6 pnicillanique
En vinification, lajout de glycosidases se traduit par une (6-APA), qui sert ensuite de prcurseur pour la synthse de lampi-
meilleure coloration des vins rouges, en facilitant lextraction des cilline (figure 7). Cette seconde tape consiste greffer une chane
pigments anthocyanes, et par une libration darmes spcifiques de D-phnylglycine, partir de lester ou de lamide correspondant
qui se trouvent sous forme de glyco-conjugus prcurseurs (mus- par liaison amide sur le 6-APA. Cette raction, ralise initialement
cat, par exemple). par voie chimique, est galement, lheure actuelle, catalyse par la
mme enzyme, grce la matrise des conditions thermodynami-
4.3.2 Alimentation animale ques de mise en uvre. En effet, un catalyseur peut, par dfinition,
catalyser aussi bien une raction dhydrolyse quune raction de
Phytases synthse, la position dquilibre ne dpendant que des paramtres
thermodynamiques du milieu ractionnel.
Les phytases catalysent la libration des groupes phosphates
prsents sur les phytates (inositol-phosphates). Cela permet de La Pnicilline G peut tre transforme chimiquement, par expan-
favoriser lassimilation par les animaux et, surtout, de limiter la sion du cycle pentagonal, en acide phnactyl-amino-7-dsac-
teneur en phosphates des djections animales, notamment du toxycphalosporanique (phnactyl-7-ADCA). Ce prcurseur est
lisier de porc, ce qui rduit les problmes de pollution environ- galement hydrolys par une pnicilline amidase en 7-ADCA
nementale et les phnomnes deutrophisation. (figure 8). Le greffage enzymatique dune chane D-phnylglycine
sur ce compos conduit un autre antibiotique trs important, la
Glycosidases cphalexine.
La digestibilit et la valeur nutritionnelle des matires premires Les catalyseurs enzymatiques peuvent tre utiliss non seule-
dorigine vgtale utilises en alimentation animale peuvent tre ment en chimie fine, mais galement en chimie de commodits : la
fortement amliores par laddition denzymes catalysant lhydro- socit Nitto Chemicals a dvelopp au Japon un procd de pro-
lyse des polyosides de structure, notamment les -1,3-1,4-glucanes duction dacrylamide lchelle de plusieurs dizaines de milliers
prsents dans lenveloppe et lendosperme des crales telles que de tonnes par an partir dacrylonitrile, laide de la nitrile
lorge, les arabinoxylanes largement rpandus dans les crales, et hydratase de Pseudomonas chloraphis. Ce procd a remplac
les mannanes, notamment les galactomannanes, prsents dans les lancien procd chimique faisant intervenir des catalyseurs au
graines de lgumineuses, le guar et le soja. cuivre haute temprature. Il prsente lavantage de supprimer les
rejets toxiques de catalyseurs et de produits secondaires, notam-
Ce type dapplication concerne llevage des animaux monogas-
ment dacide cyanhydrique et de simplifier les oprations de purifi-
triques, volailles et porcs essentiellement. Les principales enzymes
cation du produit final.
concernes sont :
les endo--1,4-xylanases, qui hydrolysent les arabinoxylanes ;
les -1,3-1,4-glucanases ; 4.4.2 Sant
les -D-mannanases. Les enzymes sont galement utilises directement des fins th-
La socit Adisseo (Antony), par exemple, commercialise un rapeutiques, soit pour pallier des insuffisances ou des carences de
mlange dendo--1,4-xylanases, endo-1,3(4)--glucanases, pecti- production denzymes, rsultant de causes gntiques ou mdi-
nases et mannanases particulirement performant, produit par cales, soit pour apporter un effet biologique spcifique, production
culture de Penicillium funiculosum, le Rovabio Excel. dun compos bnfique ou limination dun produit toxique.
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O
R
NH2
NH2
Amidation
Racmisation
Amidase L-spcifique
(Pseudomonas putida)
Racmisation
Hydrolyse
O O
Mthanol R CO2H
R R
OCH3 NH2
H+ NH2
NH NH2
CHO
O
R CO2H Hydrolyse R
NH2
NH2 N
D-acide amin H
Figure 6 Procd DSM nantioslectif de production dacides amins D ou L laide de lamidase L-spcifique de Pseudomonas putida
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NH2 NH2
OCH3 NH2
ou
O O
H H
NH2 I NH2 I
N S N S
CH3
O N CH3 O N
O O CH3
CO2H CO2H
Ampicilline Cphalexine
La biodisponibilit (accs au site daction vis) et la stabilit la superoxyde dismutase est employe notamment dans les
(temps de demi-vie) de lenzyme in vivo sont ici des critres pri- syndromes darthrose inflammatoire, de polyarthrite, dasthme.
mordiaux, ainsi que labsence de raction immunitaire. Elle provient de cellules du foie ou drythrocytes. Elle est gale-
Quelques exemples denzymes usage thrapeutique, dont un ment produite de manire recombinante chez Escherichia coli ;
grand nombre sont de nature recombinante, sont donns ici : la lipase de Rhizopus arrhizus, les protases animales ou
lurate oxydase pour llimination de lacide urique (formation fongiques, les amylases, les cellulases sont utilises comme aides
dallantone plus soluble) et le traitement de lhyperuricmie. digestives ;
Lenzyme est, soit extraite dAspergillus flavus, soit exprime de la sphingomyline phosphodiestrase 1 recombinante est utili-
manire recombinante chez Saccharomyces cerevisiae ; se dans le traitement de la maladie de Niemann-Pick de type B ;
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Expansion H
H
chimique I
I S
du cycle N
N S CH3
O N
O N CH3 CH3
O
O
CO2H
Pnicilline G Phnyl-actyl-7-ADCA
H2N S
H2N S
CO2H CH3 CO2H + N
N CH3 CH3
O
O CO2H
6-APA 7-ADCA
Figure 8 Production enzymatique dacide amino-6 pnicillanique (6-APA) et dacide amino-7 dsactoxycphalosporanique (7-ADCA) laide
de pnicilline amidase
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Le mode de transduction dpend du type de reconnaissance un dgagement ou une absorption de chaleur lors de la rac-
molculaire : spectrophotomtrie, lectrochimie, calorimtrie ou tion (biocapteur calorimtrique) ;
pizo-lectricit (tableau 4). une modification de la distribution des charges produisant un
potentiel lectrique (biocapteur potentiomtrique) ;
Par exemple, le premier biocapteur (dvelopp par Clark et
Lyons en 1962 pour la dtection du glucose) tait constitu de la un mouvement dlectrons produit lors dune raction doxy-
glucose oxydase pige la surface dune lectrode de platine par dorduction (biocapteur ampromtrique) ;
une membrane dialyse, permettant la diffusion des substrats et une production de lumire lors de la raction ou bien diff-
des produits /de la couche enzymatique. La conversion du D-glu- rence dabsorbance entre les ractants et les produits (biocapteur
cose en gluconolactone et H2O2 est dtecte par lectrochimie.
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optique) ;
Lamplitude du courant mesur dpend de la cintique de trans- des effets lis la masse des ractants ou des produits (bio-
fert de masse qui dtermine les vitesses auxquelles les substrats capteur pizo-lectrique).
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P
O
U
Biocatalyse ou catalyse enzymatique R
E
par Didier COMBES
Professeur lInstitut national des sciences appliques de Toulouse
N
et Pierre MONSAN
Professeur lInstitut national des sciences appliques de Toulouse
cole nationale suprieure des mines de Paris
Institut universitaire de France
S
A
lire galement dans nos bases V
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Techniques de lIngnieur J 1 240 (1992) Archives Gnie
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U Constructeurs Fournisseurs Distributeurs
S LYVEN
http://www.lyven.com/
BIOZYME
http://www.biozyme.com/
AMANO ENZYME Inc. ENZYME DEVELOPMENT CORPORATION
A http://www.amano-enzyme.co.jp/ http://www.enzymedevelopment.com/
V
O
I
R
P
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L
U
S
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