3.- Cul es la relacin entre la concentracin de agarosa y la migracin de las molculas?

La concentracin de la Agarosa es un factor que afecta o modifica la tasa de migracin del ADN
en geles de agarosa. Un fragmento lineal de ADN de un tamao dado migra a diferentes tasas a
travs de geles que contienen diferentes concentraciones de agarosa. Existe una relacin lineal
entre el logaritmo de la movilidad electrofortica del ADN () y la concentracin del gel (),
descripta por la siguiente ecuacin:

Log = log 0 -Kr

Donde: 0 es la movilidad electrofortica libre del ADN y Kr es el coeficiente de retardo, una

constante relacionada con las propiedades del gel y al tamao y forma de las molculas que
migran. As mediante la utilizacin de los geles con diferentes concentraciones de agarosa, es
posible resolver un amplio rango de tamaos de molculas de ADN.

Otro punto importante de resaltar es la relacin inversamente proporcional entre la

concentracin de agarosa y la velocidad de migracin de las molculas .Ello lo podemos
observar cuando el aumento de la concentracin de agarosa de un gel reduce la velocidad de
migracin de estas molculas y adems permite la separacin de molculas de ADN. La
concentracin que elijamos depender de lo que se quiera separar.
4.- En qu ocasiones se recomienda usar geles de poliacrilamida?

Los geles de poliacrilamida constituyen un excelente medio de soporte para separaciones

electroforticas, dado que renen una serie de propiedades idneas: transparencia, elasticidad,
porosidad controlable y compatibilidad con una gran variedad de compuestos qumicos.

Entre las diversas tcnicas de electroforesis en gel de poliacrilamida (PAGE, por sus siglas en
ingls "polyacrylamide gel electrophoresis"), probablemente la ms utilizada es la modalidad
que se lleva a cabo en presencia del detergente duodecilsulfato de sodio (SDS-PAGE), tanto para
analizar mezclas de protenas, como para ser combinada con tcnicas de
inmunoelectrotransferencia.

En la tcnica de SDS-PAGE, se mezclan las protenas con el detergente aninico SDS para formar
complejos desnaturalizados, cargados negativamente. La cantidad de SDS unido a las protenas
es proporcional a su tamao: el SDS se une en una proporcin aproximada de 1,4 g SDS/g
protena.

Existen 3 formas diferentes de realizar electroforesis en geles de poliacrilamida: lmina vertical,

varilla cilndrica y lmina horizontal.

Los geles ms finos son ms econmicos porque emplean menos reactivos y pueden ser
eficientemente refrigerados durante la corrida, por lo tanto pueden ser corridos a mayor voltaje,
logrndose as una alta resolucin en corto tiempo. Los tiempos de tincin y destincin son
menores tambin porque la difusin es muy rpida; sin embargo como el gel es tan fino es ms
propenso a perturbaciones y problemas en la polimerizacin.8

Una modalidad de la electroforesis vertical es la realizada con geles en gradiente en los que la
concentracin de acrilamida (%T) aumenta progresivamente desde la parte superior del gel
hasta la inferior, es decir, el tamao de poro decrece de forma inversa. Este gradiente de
concentracin de acrilamida puede ser lineal o no (cncavo, en pasos, etc.), aunque los primeros
son los ms utilizados. Con estos geles el intervalo de tamaos de protenas que pueden
separarse se incrementa considerablemente frente a los geles homogneos y presentan una
mayor resolucin. Adems, las molculas de la parte delantera de la banda se frenan ms
(encuentran antes los poros ms pequeos) que las molculas de la parte trasera, con lo que las
bandas se estrechan, concentrndose sobre su parte delantera, produciendo bandas muy finas
y con una gran resolucin.