R Markdown

Abordagem totalmente reprodutvel para transformar suas

anlises em documentos, relatrios, apresentaes e painis de
alta qualidade.
R Markdown fornece uma maneira fcil de produzir uma anlise
reprodutvel rica e totalmente documentada. Permite ao usurio
compartilhar um nico arquivo que contenha toda a prosa, o
cdigo e os metadados necessrios para reproduzir a anlise do
incio ao fim. R Markdown permite que os "trocos" do cdigo R
sejam includos juntamente com o texto do Markdown para
produzir um arquivo com formato HTML, PDF ou Word com
formato agradvel sem ter que conhecer nenhum cdigo HTML
ou LaTeX ou ter que se preocupar com problemas de formatao
difceis. Um arquivo R Markdown pode gerar uma variedade de
formatos diferentes e tudo isso feito em um nico arquivo de
texto com alguns bits de formatao.
Ento, como isso funciona? Criar documentos com o R
Markdown comea com um arquivo .Rmd que contm uma
combinao de texto e fragmentos de cdigo R. O arquivo .Rmd
alimentado knitr, que executa todos os pedaos de cdigo R e
cria um novo documento markdown (.md) com a sada. O
Pandoc processa o arquivo .md para criar um relatrio concludo
na forma de uma pgina da Web, PDF, documento do Word,
apresentao de slides, etc.

Parece confuso, diga, no se preocupe. Muito do que aconteceu

acontece nos bastidores. Voc precisa primeiro se preocupar
apenas com a sintaxe necessria no arquivo .Rmd. Voc, ento,
pressiona um boto e sai do relatrio.

Criando um arquivo R Markdown

Para criar um arquivo R Markdown, voc pode
selecionar Arquivo Novo arquivo R Markdown ou voc
pode selecionar o atalho para criar um novo documento no canto
superior esquerdo da janela RStudio. Voc receber uma opo
para criar um documento HTML, PDF ou Word; No entanto, o R
Markdown permite que voc mude perfeitamente entre essas
opes depois de criar seu documento, ento eu costumo
selecionar a opo HTML padro.
Existem opes adicionais, como a criao de apresentaes
(HTML ou PDF), documentos brilhantes ou outros documentos
de modelo, mas, por enquanto, nos concentraremos nas opes
iniciais de documento HTML, PDF ou Word.

Componentes de um arquivo R Markdown

Existem trs componentes gerais de um arquivo R Markdown ao
qual voc acabar por se acostumar. Isso inclui o YAML ,
o componente de reduo geral (ou texto) e os pedaos de
cdigo .
Cabealho YAML

As primeiras linhas que voc v no relatrio R Markdown so

conhecidas como YAML .
---
title: "R Markdown Demo"
author: "Brad Boehmke"
date: "2016-08-15"
output: html_document
---
Essas linhas geraro um ttulo genrico no topo do relatrio
final. Existem vrias opes de YAML para aprimorar seus
relatrios, como o seguinte:

Voc pode incluir hiperlinks em torno do ttulo ou nome do

autor:
---
title: "R Markdown Demo"
author: "[Brad Boehmke](http://bradleyboehmke.github.io)"
date: "2016-08-15"
output: html_document
---
Se voc no quiser que a data seja codificada, voc pode incluir o
cdigo R para que, sempre que voc re-executar o relatrio, a
data atual ser impressa no topo. Voc tambm pode excluir a
data (ou informaes de autor e ttulo), incluindo NULLou
simplesmente excluindo essa linha:
---
title: "R Markdown Demo"
author: "[Brad Boehmke](http://bradleyboehmke.github.io)"
date: "`r Sys.Date()`"
output: html_document
---
Por padro, seu relatrio no incluir um ndice (TOC). No
entanto, voc pode facilmente gerar um, incluindo o toc:
trueargumento. Existem vrias opes de TOC, como o nvel de
cabealhos para incluir no TOC, seja para ter um TOC fixo ou
flutuante, para ter um TOC colapsvel, etc. Voc pode encontrar
muitas das opes de TOC aqui .
---
title: "R Markdown Demo"
author: "[Brad Boehmke](http://bradleyboehmke.github.io)"
date: "`r Sys.Date()`"
output:
html_document:
toc: true
toc_float: true
---
Quando knitr processa um arquivo de entrada R Markdown, ele
cria um arquivo markdown (md) que posteriormente
transformado em HTML por pandoc. Se voc deseja manter uma
cpia do arquivo de markdown aps a renderizao, pode faz-lo
usando a keep_md: trueopo. Isso provavelmente no ser
uma preocupao no incio, mas quando (se) voc comear a
fazer muita escrita on-line, voc achar que manter o arquivo .md
extremamente benfico.
---
title: "R Markdown Demo"
author: "[Brad Boehmke](http://bradleyboehmke.github.io)"
date: "`r Sys.Date()`"
output:
html_document:
keep_md: true
---
Existem muitas opes de YAML nas quais voc pode ler mais
sobre:

Relatrios
HTML: http://rmarkdown.rstudio.com/html_document_
format.html
Relatrios PDF
(LaTex): http://rmarkdown.rstudio.com/pdf_document_f
ormat.html
Relatrios de
Word: http://rmarkdown.rstudio.com/word_document_f
ormat.html
Formatao de texto

A beleza de R Markdown a capacidade de combinar facilmente

prosa (texto) e cdigo. Para o componente de texto, grande parte
da sua escrita semelhante ao de digitar um documento do
Word; no entanto, para executar muitas das formataes de texto
bsicas, voc usa o cdigo de reduo bsica, como:
Existem muitas opes de formatao adicionais que podem ser
visualizadas aqui e aqui ; No entanto, isso deve lev-lo bem no
seu caminho.

Pedaos de cdigo

R pedaos de cdigo podem ser usados como um meio para

renderizar a sada R em documentos ou para simplesmente exibir
cdigo para ilustrao. Os pedaos de cdigo comeam com a
seguinte linha: ```{r chunk_name}e terminam com ```. Voc
pode inserir rapidamente os pedaos em seu arquivo R
Markdown com o atalho de teclado Cmd + Option +
I (Windows Ctrl + Alt + I ).

Aqui est um pedao de cdigo R simples que resultar em ambos

o cdigo e a sada ser includa:

```{r}
head(iris)
```
A sada Chunk pode ser personalizada com muitas opes
knitr que so argumentos definidos no {}cabealho de um
pedao. Exemplos incluem:

1. echo=FALSEoculta o cdigo, mas exibe resultados:

```{r echo=FALSE}
x <- rnorm(100)
y <- 2 * x + rnorm(100)

cor(x, y)
```
2. results='hide'esconde os resultados, mas mostra o cdigo

```{r results='hide'}
x <- rnorm(100)
y <- 2 * x + rnorm(100)

cor(x, y)
```
3. eval=FALSEexibe o cdigo, mas no o avalia

```{r eval=FALSE}
x <- rnorm(100)
y <- 2 * x + rnorm(100)

cor(x, y)
```
4. include=FALSEavalia o cdigo, mas no exibe cdigo ou sada

```{r include=FALSE}
x <- rnorm(100)
y <- 2 * x + rnorm(100)

cor(x, y)
```
5. warning=FALSEe message=FALSEso teis para suprimir todas
as mensagens produzidas ao carregar pacotes

```{r, warning=FALSE, message=FALSE}

library(dplyr)
```
6. collapse=TRUEcolapsar sua sada para ser contida dentro do
pedao do cdigo

```{r, collapse=TRUE}
head(iris)
```
7. as fig...opes esto disponveis para alinhar e dimensionar
as sadas de figuras

```{r, fig.align='center', fig.height=3, fig.width=4}

library(ggplot2)

ggplot(iris, aes(Sepal.Length, Sepal.Width, color =

Species)) +
geom_point()
```
Pedaos de cdigo inline

Uma motivao chave para a pesquisa reproduzvel vincular

todos os resultados relatados diretamente aos dados e s funes
usadas para cri-los. Conseqentemente, voc nunca deve inserir
nmeros manualmente como "As milhas mdias por galo so
20.1". Em vez disso, os resultados do cdigo podem ser inseridos
diretamente no texto de um arquivo .Rmd ao incluir o cdigo
com `r `: "As milhas mdias por galo `r
mean(mtcars$mpg)`".

Agora, se as mudanas de dados subjacentes voc no precisa

lembrar todos os valores inline que voc inseriu
manualmente. Voc pode no gostar do fato de que a sada est
relatando todos os decimais. Voc pode incluir a roundfuno no
cdigo embutido: `r round(mean(mtcars$mpg), 1)` .
Lidar com tabelas

By default, the table outputs produced in R Markdown will look

like the output you would see in your console. However, if you
prefer that data be displayed with additional formatting you can
use the knitr::kable function. For example:

```{r, results='asis'}
knitr::kable(iris)
```
To include captions:

```{r}
knitr::kable(head(iris), caption = 'Example caption for the
iris data frame')
```
The simplest approach to print nice looking tables is to use
the printr package which can be downloaded from this
GitHub repo.

```{r}
library(printr)
head(iris)
```

There are several packages that can be used to make very nice
packages:
printr
xtable
stargazer
tables
pander

Knitting the R Markdown File

When you are all done writing your .Rmd document you have two
options to render the output. The first is to call the following
function in your console: render("document_name.Rmd",
output_format = "html_document"). Alternatively you can click
the drop down arrow next to the knit button on the RStudio
toolbar, select the document format (HTML, PDF, Word) and
your report will be developed.
The following output formats are available to use with R
Markdown.
Documents

html_notebook - Interactive R Notebooks

html_document - HTML document w/ Bootstrap CSS
pdf_document - PDF document (via LaTeX template)
word_document - Microsoft Word document (docx)
odt_document - OpenDocument Text document
rtf_document - Rich Text Format document
md_document - Markdown document (various flavors)
Presentations (slides)

ioslides_presentation - HTML presentation with ioslides

revealjs::revealjs_presentation - HTML presentation with
reveal.js
slidy_presentation - HTML presentation with W3C Slidy
 beamer_presentation - PDF presentation with LaTeX
Beamer

More

flexdashboard::flex_dashboard - Interactive dashboards

tufte::tufte_handout - PDF handouts in the style of Edward
Tufte
tufte::tufte_html - HTML handouts in the style of Edward
Tufte
tufte::tufte_book - PDF books in the style of Edward Tufte
html_vignette - R package vignette (HTML)
Github_document - GitHub Flavored Markdown
document
Bookdown - Escreva livros em HTML, PDF, ePub e Kindle
com R Markdown

Recursos adicionais
R Markdown uma ferramenta incrvel para pesquisas
reprodutveis e h muitos recursos disponveis. Aqui esto
apenas alguns dos recursos disponveis para saber mais sobre o
R Markdown.

Tutoriais Rstudio
R Markdown curso por DataCamp
Tutorial de Karl Browman
Daring Fireball
Curso de pesquisa reproduzvel em Coursera
Livro de Chester Ismay

Alm disso, voc pode encontrar a trapaa R Markdown aqui ou

dentro do console RStudio no menu Ajuda Cheatsheets.