TALLER 1 DE BIOTECNOLOGA 2016-I PROFESOR: CSAR A. GODOY V.

INTRODUCCIN AL CURSO Y BASES DE LA

BIOTECNOLOGA MODERNA.
Introduccin a la biotecnologa
1. Averige en los diferentes recursos bibliogrficos de los que disponga las
diferentes definiciones de Biotecnologa y sus principales clasificaciones. A
partir de ellas llegue a una definicin y clasificacin consenso de biotecnologa
y escrbala en no ms de tres renglones.

2. Segn lo visto en clase y de acuerdo a fuentes complementarias, seale

cual es la diferencia entre la biotecnologa clsica y la moderna; d al menos dos
ejemplos relacionados que representen cada uno de sus desarrollos.

Bases de la Biotecnologa: aminocidos, pptidos,

protenas, su anlisis y su purificacin.
3. Represente correctamente la estructura general de Fischer para los L-
aminocidos a pH fisiolgico.

4. Qu se entiende como punto isoelctrico (pI) para un aminocido,

pptido o protena? Realice las curvas de distribucin de especies
CUALITATIVAS para los aminocidos Glicina, Lisina y cido asprtico.

5. Dibuje esquemticamente la estructura de los siguientes tres pptidos:

AKD, KDA y DKA. Seale en ellos N y C terminales, cadenas laterales, enlaces
peptdicos y cadena C.

6. Diferencie entre estructura primaria, estructura secundaria, terciaria y

cuaternaria (y sus tipos) junto con lo anterior realice dibujos esquemticos que
ilustren a cada una y los tipos de interacciones (intra o intermoleculares segn
sea el caso) que se suelen presentar.

7. Complementando lo visto en clase con la respectiva revisin bibliogrfica,

indique la importancia del equilibrio entre rigidez y flexibilidad que debe
presentar una protena para poder ejercer su funcin biolgica. Cules
elementos estructurales aportar rigidez a una protena, cules elementos
flexibilidad? Qu relacin tiene esto con el concepto de regulacin alostrica?

8. Defina claramente qu se entiende por desnaturalizacin; Indique la

manera en que se podra desnaturalizar una protena cuyas fuerzas
intermoleculares sean predominantemente: a) puentes disulfuro; b) puentes de
hidrgeno; c) Interacciones con iones metlicos; d) interacciones hidrofbicas.

9. En adicin a la conservacin en temperaturas bajas (4C), el uso de

algunos aditivos como parte de la formulacin de medicamentos cuyo principio
activo son protenas, permite extender la vida til de las mismas a) averige qu
aditivos se suele emplear para ello; b) Indique un ejemplo donde la
desnaturalizacin de un pptido o de una protena sea un proceso deseado para
potenciar los beneficios del uso de un producto comercial.

10. Averige en qu consiste la cromatografa de exclusin de tamao (SEC) y

su aplicacin en la caracterizacin y purificacin de protenas.

11. Indique cules de las tcnicas cromatogrficas vistas en clase

(cromatografa de intercambio inico, cromatografa por interaccin con ion
metlico, cromatografa de afinidad, incluida la SEC) empleara para separar las
siguientes cuatro mezclas de biomolculas

a) Lisina y Glicina; b) Dos enzimas de la papaya: Papana (pI 9,60) y Lipasa (pI
8,97); c) Insulina (5,8 KDa, pI 8,0) y Receptor de Insulina (320 KDa, pI 8,0) y
d) Alcohol deshidrogenasa de hgado modificada colas de polihistidina
dentro de una mezcla de otras protenas provenientes del hgado.

Justifique su respuesta dando detalles generales de los tipos de columnas a

usar (grupos superficiales), las condiciones para retener los diferentes
componentes de la mezcla, para eluirlos y en el orden de elucin esperado
para las biomolculas de inters de acuerdo a las condiciones que usted
propone.

12. Realice los electroforegramas nativo (PAGE) y desnaturalizante (SDS-PAGE)

aproximados que se esperara obtener para una muestra que tiene una mezcla
de 3 protenas con las siguientes caractersticas:
 Protena A es un monmero con un peso de 60kDa y q=-120.
Protena B es un homodmero donde cada subunidad tiene un
peso de 60 kDa y una q=-60.
Protena D: es un heterodmero compuesto por la subunidad d
con un peso de 150 kDa y q=-85 y la subunidad d con un peso de 50
kDa y q=-15.

No olvide justificar su respuesta y sealar a qu/cules protena/s o

subunidades corresponde cada banda que pone en los
electroforegramas; asuma que los pesos y las cargas de las subunidades
son aditivos.
Recuerde que la movilidad electrofortica es aproximadamente
proporcional a la relacin carga/masa.

13. En media pgina indique cul es la importancia de: a) obtener un pptido

o una protena pura a la hora de poder comercializarlos como un producto
biotecnolgico que tenga una aplicacin como medicamento, en lo posible cite
un ejemplo concreto y b) de la protemica para la biotecnologa.

Bases de la Biotecnologa Blanca: enzimologa

14. Defina: enzima, dominio cataltico, centro activo, sustrato, energa de
activacin, Esquema de Energa vs. Coordenada de Reaccin, complejo
Enzima-Sustrato, Constante de formacin, Constante cataltica, Constante de
Michaelis. Holoenzima, apoenzima, coenzima (cofactor, grupo prosttico).

15. La siguiente es la ecuacin de Michaelis-Menten

Demuestre que [S] = Km cuando la velocidad V es la mitad de Vmax.

16. A usted le han solicitado que disee un biorreactor para descomponer urea
concentrada en agua (1000mM) y que disee un biosensor para detectar la
cantidad traza de urea que permanece en aguas tratadas.

Km frente a Urea Kcat(1/s)

Ureasa 1 1 x 10-5 M 10000
Ureasa 2 1 x 10-15 M 2500
a) Asumiendo que dispone de igual cantidad molar de enzimas a su disposicin
Cul usara para descomponer la rea y cul para disear un biosensor? Realice
una grfica de Michaeilis- Menten para explicar su eleccin en el rango de
concentraciones de urea de 1x10-20mM y 1000 mM.

b) Cul de estas enzimas ha evolucionado para estabilizar ms al sustrato

adsorbido (E-S, que es un intermediario en el modelo de Michaelis-Menten) y
cual para estabilizar ms al complejo activado de reaccin (E-S)? Explique
brevemente empleando una grfica de Energa vs. Coordenada de reaccin.

c) Cul es el valor del turnover number o nmero de recambio sabiendo que

las dos enzimas mostradas son homodimricas? Cul es el valor de la
eficiencia cataltica? Cul sera el significado a nivel molecular de cada uno?

17. En la siguiente tabla se relacionan los valores de actividad total (en unidades
internacionales, UI), actividad especfica (en UI/mg), cantidad de protena (mg),
y grado de purificacin (adimensional) en la secuencia de 4 pasos de
purificacin de una lipasa soluble termorresistente obtenida de E.coli
recombinante:
a) complete los espacios segn sea el caso:
Paso de Protena Actividad Actividad Rendimiento Grado de
purificacin total total especfica purificacin

Extracto crudo 800 100000 125 100% 1

Calentamiento 186 93000 500 93% 4
a 60C
Cromatografa 60 75000 1250
de interaccin
hidrofbica
Cromatografa 60000 60% 25
de intercambio
aninico
b) Si la actividad especfica de la protena pura relacionada en la tabla de arriba
es de 12000 UI/mg indique qu grado de purificacin se hubiera requerido para
obtener la protena pura.
c) Cmo se explica que uno de los pasos para purificar una enzima
termorresistente sea elevando la temperatura a 60C.
18. Averigen y resuman en media pgina y con ejemplos concretos cul ha
sido y es la utilidad de la purificacin de protenas (complemento de la
pregunta 12) y de la protemica para la biotecnologa.
19. Indique al menos tres ventajas que las enzimas tengan sobre catalizadores
inorgnicos; En qu casos (ejemplos) NO sera conveniente usar enzimas y por
qu?
Bases de la Biotecnologa moderna: cidos nucleicos,
sntesis in vivo (Replicacin, Transcripcin) e in vitro (PCR),
GMOs y produccin heterloga de protenas.
20. Defina cules son las funciones biolgica principales de los cidos nucleicos.

21. Dibuje un esquema de la estructura del DNA a) seale en el la cadena

fosfosdister, el enlace fosfodister, la desoxirribosa, enlace N-glicosdico y la
base nitrogenada b) especifique las fuerzas intermoleculares que intervienen en
la hibridacin de dos hebras de DNA.

22. El organismo hipottico X presenta en su DNA 10% de Adenina, mientras

que el organismo hipottico Y presenta 30% de Adenina. a) Cul es la
composicin (en % de nucletidos) del DNA para X y para Y? b) Cual DNA
tendr un Tm (melting point) mayor? Explique.

23. Defina que se entiende por replicacin de DNA, qu requisitos hay en

procariotas para que se inicie; Indique cul es la principal funcin de: a) La
girasa y la helicasa b); Las protenas SSB; c) la RNA primasa y el primer, d) la
polimerasa III; e) la polimerasa I y f) la ligasa.

24. Seale cuales son las diferencias ms notables entre ARN y ADN en
trminos de su estructura y funcin.

25. a) Seale los distintos mecanismos regulatorios en la transcripcin de

DNA. b) Por qu es necesario regular la transcripcin?

26. Diferencie entre: cromosoma, opern, gen, intrn, exn, sitio de

replicacin, codn.

27. Seale al menos tres mecanismos principales que permiten la regulacin

de la expresin de un gen.

28. a) Defina el proceso de Traduccin de genes en procariotas e indique

cules biomolculas claves participan; b) Tenga clara la razn de por qu el
extremo N-terminal de una protena se relaciona con el extremo 5 del gel y por
qu el extremo C-terminal de la protena se relaciona con el extremo 3.

29. Qu es una secuencia seal en una protena?; c) Qu se entiende por

modificaciones postraduccionales? relacione esto con el concepto de grupos
prostticos.
30. Cules seran algunas de las razones principales que no hacen posible (en
la gran mayora de los casos) producir protenas eucariotas en un procariota
como E.coli? (pista en su respuesta a la pregunta 28).

31. Se puede conocer la huella dactilar gentica de un criminal a partir de

cantidades traza de fluidos corporales, de restos de clulas, o de fibras que
puedan quedar en una escena del crimen. a) Qu tcnica experimental ha
permitido que esto sea posible? b) Imagine que Ud. est trabajando con 1ng de
ADN compuesto de 20 pb (pares de bases). (Si cree requerir este dato, asuma
que cada base presenta en promedio cerca de 600 g/mol). Qu masa de ADN
obtendra despus de usar la tcnica implcita en a despus de 50 ciclos?
Explique su respuesta con clculos.

32. Se ha logrado determinar la secuencia de la protena X. Con esa

informacin Cmo sera posible conocer la probable funcin biolgica de tal
biomolcula?

33. Defina: organismo donor del gen, organismo aceptor, ADN genmico,
ADN plasmdico (su estructura bsica y su relacin con los operones), Vector de
expresin, Enzimas de restriccin y secuencias de corte, Transformacin de
clulas, Seleccin de transformantes, Induccin de la expresin de protenas.

34. Qu diferencia en el diseo deben tener los Primers a usar en una PCR
cuando se quiere introducir una cola de 6 Histidinas en el N-terminal y cuando
se quieren introducir dichas histidinas en el C-terminal de una protena que
interesa producir. Explquelo claramente con un ejemplo de los Primers que
diseara sin olvidar incluir las secuencias de corte (para EcoR1), la metionina
inicial en N-terminal, y el codn de parada en C-terminal.

35. Una industria de produccin de detergentes le solicita a Ud. disee el procedimiento

para producir en cantidades considerables una lipasa bacteriana que sea muy estable a altas
temperaturas y en condiciones alcalinas. Adems le pide que incluya en la protena en el
extremo N-terminal 6His (cola de polihisitidina) para facilitar la purificacin. Emplee una base
de datos de internet (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/) para encontrar la secuencia de
aminocidos o el gen respectivo de una lipasa que se ajuste a tal criterio. Teniendo en cuenta
las respuestas 33 y 34. Indique cual sera el proceso para producir un clon de E. coli que sobre-
exprese la protena que Ud. eligi; Cmo la extraera? Cmo la purificara? (bsese en parte
en los criterios implcitos de su respuesta 11).