Ecole Pluri-Elles

Institut Saint-Laurent

1 re Assistant(e)s
pharmaceutico-techniques

La Microbiologie

Unit de formation :
Sciences naturelles et microbiologie

Caroline Elo

Reproduction interdite
 Chapitre 1 : Classification des
microorganismes

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C.Elo - Microbiologie
 I. Introduction

1. Dfinition :
Cest ltude des tres vivants microscopiques. On les appelle microbes
lorsquils provoquent des maladies et/ou des putrfactions. Ils sont
caractriss par leur petite taille et ncessite lutilisation dun microscope.

2. Des microbes dans nos vies

On a tendance a associ ces petits organismes seulement aux grandes
maladies comme le sida, au rhume et la grippe ou certains dsagr-
ments communs tels que les aliments gts.
Cependant, la plupart des micoorganismes jouent un rle indispensable au
bien-tre de la plante en participant au maintien de lquilibre cologique
entre les organismes vivants et les composs chimiques dans lenvironne-
ment.

- Dans leau sale ou leau douce, ils sont les premiers maillons de la
chane alimentaire des ocans, des lacs et des rivires.
- Dans le sol, ils contribuent la dgradation des dchets et au recy-
clage des lments chimiques dans le sol, lair et la matire vivante.
- Lhomme et beaucoup danimaux dpendent des microbes prsents
dans leurs intestins pour bien digrer et faire la synthse de
quelques vitamines ncessaires lorganisme, dont certaines vita-
mines B pour le mtabolisme et la vitamine K pour la coagulation du
sang.
- Les microorganismes servent aussi dans un grand nombre dappli-
cations industrielles. On les utilise dans la synthse :
! de lactone
! de certains acides
! de vitamines
! denzymes
! dalcools
! de mdicaments

- Lindustrie alimentaire utilise aussi les microbes pour prparer :

! du vinaigre
! de la choucroute
! des cornichons
! des boissons alcoolises, des olives vertes
! de la sauce soja
! du fromage
! du yogourt
! du pain

- Grce aux progrs rcents de la science et de la technologie, on

peut maintenant manipuler gntiquement les microbes de telle
sorte quils produisent des substances quils ne synthtisent pas na-
turellement :

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 ! la cellulose
! des eupeptiques (des additifs qui facilitent la digestion)
! des nettoyeurs dgouts
! des substances thrapeutiques comme linsuline

3. Classification des microorganismes :

Les procaryotes :
" les bactries
" les cyanobactries (capable de photosynthse)
Les eucaryotes :
" les algues
" les protozoaires
" les champignons infrieurs (moisissures,levures)
Les acaryotes ou virus
Les prions

4. Combien y a-t-il de microorganismes ?

Les microorganismes reprsentent la biomasse la plus importante de la
Terre.
1 g de yaourt contient 109 bactries
1 g de terre 25x109 (4 fois plus que dHommes sur Terre)
1 g de fces 1011 (autant de cellules que dans le cerveau)
Intestin humain 1014 (10 fois plus que le nombre de cellules qui
constituent notre corps)

5. Les rservoirs des microorganismes

Ils sont ubiquistes
Lenvironnement :
Leau
Le sol
Lalimentation
Lair par ses poussires et ses arosols

Les tres vivants dans leur flore normale :

La flore cutane
La flore intestinale
La flore des voies ariennes suprieures
La flore vaginale

Seulement 1 % des microorganismes prsents sur terre sont connus ce jour

Les bactries jouent des rles essentiels dans la biosphre :

Le recyclage des lments chimiques

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 - les dcomposeurs dgradent tous les organismes morts et la
matire organique afin de recycler les atomes.
- les autotrophes utilisent le CO2 pour produire des composs
organiques, qui entreront ainsi dans la chane alimentaire.
- seuls certaines bactries sont capables de fixer lazote.
Les relations symbiotiques
Une symbiose est lassociation despces diffrentes (= symbiontes)
vivant en contact troit. Il existe trois types de symbiose :
" le mutualisme dans lequel les deux espces tirent profit de la
relation (ex les bactries luminescentes des poissons, les
bactries de notre systme digestif).
" le commensalisme dans lequel un seul des deux partenaires tire
profit de la relation, sans cependant nuire lautre.
" le parasitisme dans lequel un des symbiontes, le parasite, vit aux
dpens de lhte.

II. La cellule procaryote : les bactries

1. Introduction

Les procaryotes sont des organismes vivants unicellulaires, caractriss par

une structure cellulaire particulire : absence de noyau et dorganites.

2. Structure des bactries

a) La taille, la forme et le groupement des cellules bactriennes

Il y a une trs grande diversit de tailles et de formes de bactries.

La plupart dentre elles ont de 0,2 2m de diamtre et de 2 8m de long. La
petitesse des bactries, par rapport la grosseur des cellules humaines par
exemple, est un lment important qui favorise leur croissance et leur multiplica-
tion si rapides.
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C.Elo - Microbiologie
 b) Les structures lextrieur de la paroi cellulaire
La capsule
Cest lenveloppe suprieure la plus externe compose de polysaccharides, de
polypeptides ou des deux. Sa composition chimique diffre dune espce
lautre.

Son rle :
" Chez certaines espces, la capsule joue un rle important dans la virulence
de la bactrie ( = capacit causer la maladie)
" La capsule protge la bactrie pathogne contre la phagocytose par les cel-
lules de lhte
" La capsule permet ladhrence des bactries les unes aux autres et de se
fixer une surface cible (pierres dans cours deau, racines de plantes, dents
humaines, filtres des humidificateurs,)

Les flagelles
Les flagelles sont des structures protiques ancres dans la membrane plas-
mique. En forme dhlice, ils permettent la bactrie de se dplacer. La bactrie
peut donc se diriger vers un environnement favorable ou fuir de mauvaises condi-
tions.
On utilise la localisation des flagelles afin de dterminer les bactries

Les pilis (ou fimbriae)

Les pilis sont des lments facultatifs de la bactrie Gram ngatif. Ils sont de na-
ture protique et plus court que les flagelles. Ils permettent ladhrence de la bac-
trie ce qui lui donne une certaine virulence. Ils jouent un rle dans le processus
de la conjugaison.

c) La paroi cellulaire

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 La coloration de Gram

Cest une mthode de coloration la plus utilise en bactriologie mdicale. Elle

permet de colorer les bactries et de les distinguer lexamen direct par leur aptitude
fixer certains colorants. Lintrt de cette mthode est un rsultat rapide qui permet
une orientation rapide sur la nature de la bactrie.

Le principe de cette coloration repose sur laction dun colorant, le cristal violet que
lon fait ragir avec de liode, puis de lalcool et enfin de la safranine. Dans un
premier temps le colorant pntre dans la paroi et le cytoplasme. Dans un second
temps, liode ragit avec le colorant et le rend insoluble. Les bactries Gram ngatif
dcolorent dans lalcool, la paroi est plus mince et retient moins le colorant. Les
bactries Gram positif restent colores en violet ou mauve, leur paroi est plus
paisse. Une contre coloration ( en rose) permet de visualiser nouveau les
bactries Gram ngatif.

La structure

La paroi est constitue dune substance appele peptidoglycane (association de

glucide et de protines) qui est spcifique des bactries. La paroi est perfore de
pores.
Ces peptidoglycanes sont une cible de choix pour les antibiotiques. Ils dtruisent la
paroi ce qui rend la bactrie vulnrable aux chocs osmotiques.

Les parois cellulaires Gram positif

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 Les parois cellulaires Gram ngatif

Les parois cellulaires atypiques

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 Certaines cellules procaryotes nont pas de paroi ou ne possdent que des rudi-
ments de paroi. Elles appartiennent au genre Mycoplasmes . Ce sont les plus pe-
tites bactries connues pouvoir crotre et se reproduire hors dune cellule hte
vivante. Ces bactries traversent les filtres antibactriens.

d) Les structures lintrieur de la paroi cellulaire

La membrane plasmique
Cette membrane a une structure classique, en double feuillet, mais moins rigide
que les membranes eucaryotes car elles ne possdent pas de strols (sauf les
mycoplasmes).
" Composition
Cette membrane est compose de 30 40 % de lipides (phos-
phoglycrolipides) et de 60 70 % de protines.

" Fonction
Cest une barrire semi-permable qui permet le transport de
certaines molcules grce des protines ayant rle de canaux.

La membrane plasmique joue aussi un rle important dans la d-

gradation des nutriments et la production dnergie. Elle contient
des enzymes capables de catalyser des ractions chimiques et
de produire de lATP.

La membrane peut avoir un rle de respiration grce la pr-

sence de cytochrome.

Le cytoplasme
Il contient 80% deau. On y retrouve surtout des protines (des enzymes), des
glucides, des lipides, des ions,

Le nuclode
Cest la zone nuclaire. Le chromosome bactrien unique est attach la membrane
plasmique. On y trouve les protines ncessaires la rplication et la sparation
du chromosome dans la cellule fille.

Le chromosome est le support de lhrdit, il peut-tre transcrit en ARN et lARN

traduit en protine. Il subit la rplication pour assurer sa descendance.

Les plasmides
Ce sont des molcules ADN extrachromosomiques qui ne constituent pas le
gnome bactrien. Ils peuvent se reproduire de faon autonome et codent
pour une information gntique non indispensable.
Ils donnent la bactrie :
- La possibilit de synthses spciales
- Une rsistance des antibiotiques
- Une pathogncit
- Tolrance aux mtaux lourds
- Production de toxines

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 La prsence de plasmide augmente la virulence de la bactrie.

3. La reproduction des bactries

Mode de reproduction
Les bactries se multiplient par le phnomne de scissiparit. Elles recopient leur
molcule dADN circulaire, elles doublent leur cytoplasme. Elles se divisent en deux
et entranent un chromosome avec elle.

Les cellules obtenues sont des clones.

Lvolution des populations bactriennes est exponentielle.

Le temps que met une cellule se diviser sappelle temps de gnration.
Ce temps est pour la plupart des bactries de 1 3 heures et de 20 min dans des
conditions idales.

Les bactries se reproduisent trs rapidement, pour E. Coli toutes les 20 minutes.

La variabilit gntique :

# erreur de copie de lADN : la copie de lADN bactrien peut avoir

des erreurs, une mutation gntique apparat. Les bactries qui
seront les mieux adaptes leur milieu seront favorises et se
reproduiront prfrentiellement.

# La TRANSFORMATION : Des fragments dADN nus (libres dans

le milieu de culture) peuvent pntrer dans une bactrie et se re-
combiner par crossing- over avec lADN de la bactrie.

Cette technique est utilise dans le gnie gntique.

# La TRANSDUCTION : Un virus emporte un fragment dADN

dune bactrie et lapporte dans une autre bactrie (voir les
virus).

# La CONJUGAISON : voir les plasmides

Comme mode de communication original, les bactries utilisent
le transfert d'information gntique, c'est--dire de morceaux
d'ADN. Le transfert direct de bactrie donatrice rceptrice est
appel conjugaison . Ceci ne peut avoir lieu que si la
premire possde un appendice allong ( pilus sexuel ) pour
harponner la bactrie rceptrice. Les deux partenaires entrent
ensuite en contact et l'ADN est transfr. Bien que les bactries

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 Conditions de croissance des bactries :
1. Besoin en eau

Les bactries ont besoin dun certain taux d'humidit pour se dve-
lopper. On retrouve dans la nature des bactries partout o il y a de
l'eau sous forme liquide.

2. La temprature

La plupart des bactries se dveloppe dans une gamme de temp-

rature recouvrant 30 40C.

On classe les bactries suivant la gamme de temprature dans la-

quelle elles se dveloppent :

o Bactries psychrophiles se dveloppent jusqu' une temprature

infrieure 20C.

o Bactries msophiles se dveloppent dans une gamme de tem-

prature comprise entre 10 et 45C.

o Bactries thermophiles se dveloppent une temprature sup-

rieure 45C.

3. Le pH
La plupart des bactries se dveloppent un pH compris entre 5.5
et 9. Il existe des bactries acidophiles se dveloppant des pH
trs bas,jusqu' un pH = 1, et des bactries alcalinophiles.

La sporulation
En milieu trs hostile, certaines bactries sont capables de former des cellules
rsistantes, appeles endospores.
Celles-ci sont formes par rplication du chromosome, qui est ensuite entour dune
paroi rsistante. Le reste de la cellule dorigine disparat alors. Lendospore arrte
son mtabolisme et se dshydrate. Il n'y a plus d'change avec le milieu extrieur, la
bactrie ne se nourrit plus et stoppe toute activit. Elle pourra se rhydrater et
reprendre son mtabolisme quand les conditions seront redevenues favorables. Le
retour dune endospore ltat vgtatif sappelle la germination.

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 4. Classification mtabolique des bactries

Selon leur besoin en oxygne, on dfinit plusieurs classes de bactries.

- les bactries arobies : elles ont besoin d'une teneur en O2 voisine de la teneur
de l'O2 dans l'atmosphre normale.
(un milieu avec une bonne turbulence, comme une rivire en eau vive, est trs bien
ar).
- les bactries aroanarobies facultatives : elles peuvent vivre indiffremment en
prsence ou en absence d'O2.

- les bactries microarophiles : elles ont besoin d'une faible teneur en oxygne
pour se dvelopper.

- les bactries anarobies : l'oxygne leur est toxique. Elles se dveloppent en

milieu trs rducteur, par exemple dans le fond des marcages, dans les eaux
stagnantes, galement dans le tube digestif des animaux.

5. Pouvoir pathogne des bactries

Les bactries pathognes sont responsables de maladies infectieuses, souvent

contagieuses. La dangerosit dune bactrie est lie sa virulence (son pouvoir de
multiplication) et sa toxicit (sa capacit laborer des toxines).

A) La virulence
Cest la capacit dune bactrie se multiplier dans un hte et de
causer des lsions tissulaires, dobstruer des voies de passage, de
dtruire des lments utiles.
Chaque bactrie possde une virulence propre qui dpend de facteurs :

Anatomique

*
*
*
*

Enzymatique
Les bactries produisent des enzymes qui facilitent leurs dispersions
(enzymes qui dtruisent le collagne) ou qui augmentent leur
rsistance (ex. enzyme qui dtruit les globules blancs).

La virulence dune bactrie est dtermine par la dose minimale

mortelle (DDM). Elle correspond la quantit ncessaire de bactrie
pour tuer tous les animaux tests. La dose ltale 50 correspond la
quantit de bactries ncessaire tuer 50% des animaux tests.

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 B) La toxicit
Les bactries produisent des toxines qui agissent sur lhte.

Exotoxine (bactries Gram + et Gram -)

Ce sont des substances de nature protique rejetes par la bactrie

dans le milieu extrieur. Elles sont spcifiques une espce
bactrienne. Elles agissent trs faible dose, une petite quantit est
suffisante pour causer des dommages importants, car leur action peut
se poursuivre sur une priode prolonge. Elles produisent des effets
physiopathologiques trs spcifiques sur les tissus du corps et figurent
parmi les poisons les plus mortels qu'on connaisse. Ce sont de trs
bons antignes qui seront reconnus par notre systme immunitaire.

Endotoxine (bactries Gram -)

Elles sont de nature glyco-lipido-protique et proviennent donc de la

paroi. Elles sont libres lorsque la bactrie est tue.
Elles sont pyrtiques et entranent des troubles cardio-vasculaires.
Il faut de plus forte dose dendotoxine que dexotoxine pour avoir un
effet toxique.

III. Microorganismes eucaryotes

Il existe plusieurs microorganismes eucaryotes : les myctes, les algues, les
protozoaires et les helminthes.

1. Les myctes
Les myctes jouent un rle important dans la chane alimentaire parce quils
dcomposent la matire vgtale morte, recyclant ainsi des lments vitaux.

On y retrouve les moisissures (pluricellulaires) et les levures (unicellulaires).

Une levure est un champignon unicellulaire (certaines levures sont cependant

capables d'arborer un aspect pseudo pluricellulaire) apte provoquer la fermentation
des matires organiques animales ou vgtales. Les levures sont employes pour la
fabrication du vin, de la bire, des spiritueux, des alcools industriels, du pain et
d'antibiotiques.
Ces microorganismes d'environ 6 microns sont gnralement ovales, et se
multiplient par bourgeonnement ou par fission (scissiparit). Ils sont souvent
capables d'accomplir une sporulation soit dans un but de dormance en milieu
dfavorable, soit dans un but de dispersion.
Le terme courant de levure dsigne gnralement le genre Saccharomyces (levure
de bire ou levure de boulangerie). Il existe beaucoup d'autres genres de levures.

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Les mycoses

Une mycose est une infection fongique. Les mycoses sont en gnral des infections
chroniques, de longue dure parce que les myctes croissent lentement.

Pourquoi le traitement des mycoses chez lhumain et les autres animaux sont
souvent difficile ?

..

Mycoses systmiques

Mycoses sous-cutanes

Mycoses opportunistes

..
..

Cinq classes de mycoses :

Pneumocystis

Stachybotrys

Rhizopus et Mucor

Aspergillose

Candidose

2. Les algues
Les algues sont des tres vivants capables de photosynthse et vivent gnralement
en milieu aquatique. Elles sont aussi utilises dans l'alimentation humaine, par
l'agriculture et par l'industrie.
Quelques algues sont lorigine dintoxication alimentaire.

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 3. Les protozoaires
Les protozoaires sont des eucaryotes unicellulaires. On trouve ces
microorganismes dans leau et dans le sol. Ils se nourrissent de bactries et de
petites particules de matire.
Quand les conditions du milieu sont trop difficiles, certains protozoaires produisent
une enveloppe protectrice appele kyste.
Il y a environ 20 000 espces de protozoaires et il y en a peu qui causent des
maladies et ceux-ci svissent pour la plupart dans les pays tropicaux.

Exemples :
Plasmodium : est un genre de protozoaires parasites, dont cinq espces
causent le paludisme chez l'Homme. Le parasite est transmis lHomme par
une piqre danophle (moustique des rgions chaudes et marcageuses).
Toxoplasma gondii :est un parasite intracellulaire des humains. Son cycle vital
fait intervenir le chat domestique. Ce parasite est dangereux chez les femmes
enceintes.

4. Les helminthes
Les helminthes sont des animaux eucaryotes pluricellulaires. Leur cycle vital est
extrmement complexe car il peut comprendre une suite dhtes intermdiaires pour
chacun des stades larvaires et un hte dfinitif pour le stade adulte.

Les helminthes, selon l'espce considre et leur tape de dveloppement,

parasitent diffrents organes, dont :

intestin
rseaux sanguin et lymphatique,
tissus conjonctifs,
organes creux : cavits urognitales, poumons

Exemples :
La douve
Le tnia
Loxyure
Lascaris

5. Les arthropodes
Les arthropodes sont dots dun corps segment, dun squelette externe et de pattes
articules. Ceux qui transportent des microorganismes pathognes et transmettent
ainsi des maladies sont appels vecteurs (tique, moustique, poux, punaise,..).
Par ailleurs la gale est une maladie cause directement par larthropode.

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 voie orale
voie cutane
voie transplacentaire.
Voie gnitale

Parfois il y a transmission des virus par certains animaux comme les in-
sectes. Le virus simplante dans les cellules proches de la porte dentre,
puis il gagne de proche en proche et stend aux tissus voisins. Les symp-
tmes apparaissent quand un nombre suffisant de cellules sont lses.
Parfois il y a passage dans le sang, cest la virmie et linfection se pro-
page distance.

4. Le virus et le cancer
Les virus capables de provoquer la formation de tumeurs sappellent virus
oncognes.
Il faut que le matriel gntique des virus oncognes sintgre lADN de
la cellule hte, ce qui nest pas systmatiquement le cas.

Ces virus sont classifis en six catgories :

Herpsvirus(ADN), ex: Epstein Barr (cancer du pharynx, des voies nasales) ;

Adnovirus (ADN), ex: Adnovirus type 12 (cancer des voies respiratoires,
tube digestif) ;
Papovavirus (ADN), ex: Papillomavirus humain (cancer du col de l'utrus...) ;
Hpadnavirus (ADN), ex: Hpatite B (carcinome hpatique) ;
Rtrovirus (ARN), ex: ALV (Avian Leukosis Virus) (leucmie aviaire), VIH... ;
Hpacivirus (ARN), ex: Hpatite C.

5. Les infections virales latentes

Dans une infection virale latente, il y a dabord une primo-infection qui gu-
rit. Ensuite le virus reste dans la cellule hte toute la vie et pendant de
longues priodes il reste sans se manifester par une maladie.
Sous leffet dun stimuli, la multiplication virale redmarre et la maladie
peut rapparatre.
Comme par exemple le virus de lherps (bouton de fivre) et le zona.

6. Les infections virales chroniques

Les infections virales chroniques sont caractrises par la prsence continue du
virus dans le sang. Le systme immunitaire ne parvient pas lliminer.
Exemple : virus HIV, hpatite.

La personne peut donc transmettre le virus en permanence.

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C.Elo - Microbiologie
 7. Le virus de la grippe

Le virus influenza ou virus de la grippe est un virus ARN. Ses huit molcules d'ARN
se trouvent dans une capside protique, l'intrieur d'une enveloppe. Le virus
influenza se transmet par voie arienne.
L'enveloppe des virus comporte deux sortes de protines :
l'hmagglutinine (H), qui permet l'attachement du virion la cellule et qui va
de H1 H18
la neuraminidase (N), qui va de N1 N11

Il existe trois types de grippe saisonnire A, B et C.

Les virus grippaux de type A se subdivisent en sous-types en fonction des diffrentes
sortes et associations de protines de surface du virus. Parmi les nombreux sous-
types des virus grippaux A, les sous-types A(H1N1) et A(H3N2) circulent
actuellement chez lhomme.
Les rservoirs de la grippe A circulent chez diffrents animaux, oiseaux et
mammifres (porc), alors que les virus B et C sont essentiellement prsents chez
l'Homme.
Des virus grippaux circulent dans toutes les rgions du monde. Les cas de grippe de
type C surviennent beaucoup moins frquemment que ceux des types A et B. Cest
pourquoi seuls les virus grippaux A et B figurent dans la composition des vaccins
contre la grippe saisonnire.

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V. Les prions

Les prions sont des protines infectieuses dpourvues dacide nuclque qui ont t
dcouvertes dbut des annes 80.

Des travaux rvlent que cette protine prion (PrP en abrg) est un constituant nor-
mal de lorganisme. Cest une protine prsente la surface de la membrane de
nombreux types de cellules, des neurones aux spermatozodes, avec cependant une
prfrence pour les neurones.

Cette protine existe sous deux formes qui diffrent uniquement par leur structure en
trois dimensions :

La forme normale, appele PrPc pour protine cellulaire, qui existe ltat
normal dans lorganisme.

La forme anormale, ou PrPsc pour protine prion scrapie.

Les maladies des aux prions affectent le systme nerveux et provoquent une
dgnrescence du systme nerveux central. Ces maladies sont toujours fatales.

Affections animales telles que l'encphalopathie spongiforme bovine (ESB ou

maladie de la vache folle), la tremblante du mouton et de la chvre, .

Chez lhomme, il est responsable de la maladie de Creutzfeldt-Jakob qui se

caractrise par une dmence prcoce aboutissant au dcs.

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