Ecologa microbiana trata de como interacciona las comunidades microbianas unas con otras y con

su ambiente.
Componente
1- Biodiversidad
2- Actividad microbiana

En un cultivo de enriquecimiento se establece un medio y una seria de condiciones de incubacin

que sean selectivas para el organismo.

Un modo de estudiar un ecosistema microbiano consiste en aislar los m.o. y estudiar sus
propiedades en un cultivo de laboratorio a partir de capacidades metablicas se extraen
conclusiones referentes a cmo funciona el ecosistema microbiano.

Se puede obtener de muchos modos un cultivo axenico a partir de cultivos de enriquecimiento

-Siembra por estria y en profundidad.
-Por agotamiento/Estria escocesa
-Dilucion en liquido
-Observaciones microbianas

Tincion fluoresente con DAPI (azul brillante) Se enlaza con el DNA de las clulas.
-Tien m.o. a partir de cualquier hbitat
-No diferencia entre clulas vivas y muertas

Tincion de viables (colorante fluorescente) Permite diferenciar entre clulas vivas y muertas
-Celulas vivas (verdes) entra en toda la membrana > Penetra todas las clulas
-Celulas muertas (rojas) entran en las membranas que estn rotas > Penetra solo aquellas clulas
cuya membrana citoplasmtica ya no esta intecta

Hibridacion Fluorescente in situ (FISH) Preparan cortas secuencias de DNA de una sola hebra
llamada sondas que son complementarias de la secuencia de DNA que se quieren marcar y
examinar.
-Anomalias cromosmicas
-rRNA 16S en procariotas
-rRNA 18S en eucariotas
Transcripcin inversa in situ (ISRT) Utiliza sondas de DNA para atrapar una mRNA especficos
producido por clulas en una muestra natural Se aade la enzima transcriptora inversa para
realizar la transcripcin inversa que genera un cDNA a partir del mRNA cDNA se amplifica
mediante PCR

ISRT-FISH
-Para explorar factores que controlan la expresin gnica en poblaciones naturales
-Para ver como las perturbaciones ambientales afectan la transcripcin de determinados genes
-Para detectar grupos de organismos de X hbitat y si son metablicamente activos > Expresin
gentica

CARD-FISH
-Enzima peroxidasa en vez de colorante fluorescente Una vez producida la hibridacin se trata
la preparacin con tiramida (colorante muy fluorescente) La tiramida se convierte por actividad
de la peroxidasa en un intermediario muy reactivo que se une a la protena adyacente Esto
amplifica la seal para poder detectarla por Micro. Fluor. Cada peroxidasa activa muchas
triamidas de manera que se pueden visualizar incluso pocas copias de la diana.
-Estudio filogeneticosde procariotas que crecen muy lento

Deteccion de un gen especifico en una muestra medioambiental:

A) Reacciones en cadena de la polimerasa (PCR)
-Amplificacion enzimtica de un fragmento de ADN flanqueados por dos secuencias de
oligonucletidos que hibirdan en cadenas complementarias de la molecula molde que va a ser
amplificada.
-Etapas:
1) Desnaturalizacion Primero la molecula de ADN molde debe estar en cadena simple > calentar
a temp. de 90 a 95 C para que se rompan los puentes de hidrogeno > mantener por varios minutos
para asegurar rompimiento. Si se desnaturaliza parcialmente esta vuelve a renaturalizarse muy
rpido dificultando la hibirdacion.
2) Hibirdacion Cuando el ADN esta desnaturalizado se disminuye temperatura de la reaccin
hasta 40 o 60 C para producir hibirdacion de los cebadores a la secuencia flanqueante del
fragmento que se desea amplificar ( - temp hibridaciones inesperadas, + temp dificultan la
eficiencia)
3) Extension ADN polimerasa termorresistente incorpora nucletidos en el extremo 3 el
cebador utiliza como molde la cadena de ADN previamente desnaturalizada. Temperatura suele
ser 72 C pues la Taq polimerasa alcanza su mxima actividad.
-Al terminar ciclo el no. de copias se duplica, y despus de 20 ciclos se tiene aprox. 1 millon de
copias

B) Electroforesis en gel desnaturalizante en gradiente (DGGE)

- Mtodo que separa genes del mismo tamao que se
diferencian en su perfil de fusin debido a las diferencias en la
secuencia de base Emplea mezcla de urea y formamida.
- Gradiente lineal creciente de agentes qumicos
desnaturalizantes del ADN (urea y formamida) se incorporan a
lo largo de un gel de poliacrilamida > Temp. constante 50 a 65 C
> ADN de doble cadena migran por el gel hasta encontrar una
determinada concentracin de urea y formamida > las cadenas
se separan localmente y el desplazamiento de las molculas
disminuye.
Polimorfismo en la longitud de los fragmentos de restriccin terminal (T-RFLP)
-Se amplifica por PCR un gen de diana (mRNA) de DNA de una comunidad utilizando un conjunto
de cebadores en el que un cebador est marcado en el extremo con un colorante fluorescente >
Los productos del PCR se tratan con enzima de reaccin que corta en DNA en secuencias
especficas > Genera una seria de fragmentos de DNA cuyo numero depende de cuantos sitios de
corte de restricciones se encuentran en el DNA.

Genmica ambiental/Metagenomica
- Estudia los genomas de comunidades enteras de microbios sin la necesidad de aislarlos
previamente
- Se pueden muestrear todos los genes de la comunidad microbiana, lo que puede revelar
caractersticas de una comunidad microbiana.

Biorremediacin Eliminacin de aceites, sustancias qumicas toxicas u otros contaminantes de

un ambiente mediante microorganismos > Manera econmica de limpiar los contaminantes.

Lixiviacin microbiana de las menas minerales/Biolixiviacion

- Proceso natural de disolucin ejecutada por bacterias que tienen la habilidad de oxidar
compuestos inorganios.
- Se debe disponer de minerales o botaderos o en pilas sobre superficies impermeables
Regados por solucin de lixiviacin (acido, oxgeno y nutrientes) para favorecer la accin de
diferentes m.o. Se recupera solucin lixiviada que contiene cobre el cual se recupera por
mtodos qumicos o electrolticos La solucin que contiene cobre atraviesa un estanque que
contiene virutas de hierro que permanentemente reducen el cobre El cobre se separa y purifica
Las soluciones de lixiviacin son
reutilizadas para una nueva
lixiviacin.

- Ejemplo Acidithiobacillus
ferrooxidans
Detoxificacin Proceso mediante el cual una sustancia se transforma de toxica a no toxica

Bioacumulacion Hace referencia a la acumulacin neta (con el paso del tiempo) de

contaminantes en un organismo a partir de fuentes tanto biticas como abiticas > Permanece en
el cuerpo en un estado invariable.

Biomineralizacion
- Proceso por el cual los organismos producen minerales
- Proceso mediante el que los organismos vivos son capaces de producir solidos inorgnicos

Biosorcion Captacin de metales que lleva a cabo una masa biomasa completa (viva o muerta) a
travs de mecanismos fisicoqumicos como la adsorcin o el intercambio inico

Biodisponibilidad de contaminantes Asimilacion del contaminante por los organismos, y en

consecuencia la posibilidad de causar algn efecto > negativo/positivo