Revista Internacional de Microbiologa Sistemtica y Evolutiva ( 2014), 64, 60-65 DOI 10.1099 / ijs.0.

054098-0

dentisani Streptococcus sp. nov., un nuevo miembro del grupo

mitis
Anny Camelo-Castillo, 3 Alfonso Ben 'tez-Pa'ez, 3 Pedro Ferre-Belda,
Rau' l Cabrera-Rubio y Alex Mira

Correspondencia Laboratorio microbioma oral, Genmica y el Departamento de Salud - Centro de Investigacin en Salud Pblica
Alex Mira (CSISP-FISABIO), Valencia, Espaa
mira_ale@gva.es

Se realizaron estudios genmicos, taxonmicos y bioqumicos en dos cepas de un- haemolticos que les ense a ser agrupado
con los principales miembros de la Streptococcus mitis
grupo. Estas cepas Gram-mancha-positivos se aislaron de las superficies del diente de los seres humanos libres de caries y

mostraron la forma esfrica clsica de especies de estreptococos que crecen en cadenas. El anlisis de secuencias de gen 16S y 23S

rRNA concatenado y Soda genes mostraron que estas cepas pertenecan al grupo mitis, pero ambos de ellos agrupados en una nueva

rama filogentica. Los genomas de estos dos aislados se secuenciaron, y de todo el genoma de identidad de nucletidos promedio

(ANI) demostraron que estas cepas difieren significativamente de cualquier especie de estreptococos, que muestra los valores de ANI

bajo 91% incluso cuando se compara con la especie filogenticamente ms prximos, tales como Streptococcus oralis y S. mitis. Bioqumicamente,

los dos aislados tambin mostraron distinta caractersticas metablicas en relacin con las especies estrechamente relacionadas,

como un- actividad galactosidasa. A partir de los resultados del presente estudio, el nombre dentisani Streptococcus sp. nov. se

propone para acomodar estas nuevas cepas, que han sido depositados en colecciones abiertas en la Coleccin Espaola de Cultivos

Tipo (CECT) y Collection Leibniz Institute DSMZ-Alemana de Microorganismos y Cultivos Celulares (DSMZ), siendo identificado

respectivamente como dentisani Streptococcus Str. 7746 ( 5 CECT 8313 5 DSM 27089) y dentisani Streptococcus Str. 7747 T ( 5 CECT

8312 T 5 DSM 27088 T).

el gnero Estreptococo comprende un gran nmero de especies, algunas de
ellas identificada como patgenos humanos y animales domsticos. No
obstante, las especies del gnero
Estreptococo tambin tienen efectos positivos sobre la salud humana, y algunos de
ellos han comenzado a utilizarse como probiticos en los trastornos del intestino
humano (Hempel et al., 2012). Hoy en da, ms de 70 especies se clasifican como
miembros del gnero
Estreptococo pero la identificacin de los aislamientos es todava ambigua dada
la baja especificidad de los mtodos de tipificacin tradicionales (Jensen et al., 1999;
Kikuchi et al., 1995). En particular, la identificacin de especies estrechamente
relacionadas que pertenece al grupo mitis de un- hemoltica o estreptococos
viridans puede resultar difcil incluso utilizando el enfoque de la hibridacin
clsica de ADN-ADN (Kikuchi et al., 1995).
3 Estos autores contribuyeron igualmente a este estudio.
abreviaturas: ANI, promedio de identidad de nucletidos; Anib, ANI obtiene usando EXPLOSIN; Anim,
ANI obtiene usando MUMmer. Los nmeros de acceso GenBank / EMBL / DDBJ para
el proyecto
secuencias del genoma de dentisani Streptococcus Str. 7746 y Str. 7747 T son
CAUJ01000001-CAUJ01000008 y CAUK01000001- CAUK01000006, respectivamente.
Aquellos por secuencias de genes de ARNr the16S de las dos cepas son HG315101 y
HG1315102, respectivamente; los de las secuencias del gen 23S rRNA son HG315103 y
HG315104, respectivamente.
Una figura complementario est disponible con la versin en lnea de este documento.
Este grupo de organismos estreptoccicos se han generalizado en la
cavidad oral humana y asociado con el estado saludable (Belda-Ferre et al. 2012)
en oposicin a los miembros de los estreptococos mutans, que se sabe que
son acidognica y se ha demostrado estar implicado en la caries dental y la
caries dental (Loesche et al., 1975). Dado el alto grado de similitud a nivel de
gentica y fisiolgica observada en los miembros del grupo mitis, diferentes
enfoques moleculares se han desarrollado o mejorado con el fin de
identificar de manera eficiente los aislados clnicos (Kilian et al., 2008). Entre
ellos, estudios filogenticos del gen 16S rRNA (Bentley et al., 1991) siguen
siendo ampliamente utilizados para establecer las relaciones genticas
dentro del gnero Estreptococo.
Sin embargo, el estudio de otros marcadores moleculares ha sido propuesta como
una alternativa al anlisis de genes 16S rRNA o para ser utilizado de una manera
combinada para mejorar la identificacin de especies. Esos marcadores incluyen
anlisis de rnpB
(Tapp et al., 2003), tuf ( Picard et al., 2004), rpoB
(Drancourt et al., 2004) y en particular Soda ( Poyart
et al., 1998) los genes. Enfoques para determinar las secuencias de tales marcadores
definitivamente han mejorado la identificacin de especies y las limitaciones de
estreptococos en trminos de uso y el coste estn siendo superar rpidamente con
enfoques de secuenciacin de nueva generacin (Innings et al., 2005). secuenciacin
masiva y paralela ha permitido a los investigadores para obtener secuencias de todo
el genoma de bacterias en pocos das despus de refinado

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procesamiento de la informacin. Por lo tanto, las comparaciones de todo el
genoma de aislados microbiolgicas de relevancia clnica o biotecnolgico
tienden a ser la mejor manera para determinar su posicin filogentica en un
grupo especfico de microorganismos, en sustitucin de los enfoques clsicos,
tales como ADN de ADN de hibridacin (Konstantinidis y Tiedje, 2005a; Richter &
Rossello' -Mo' ra, 2009). Como consecuencia, durante el presente estudio
taxonmico hemos realizado wholegenome secuenciacin de dos aislamientos a
partir de superficies de los dientes humanos libres de caries. En este manuscrito,
presentamos fenotpica y las comparaciones genticas de los genes 16S rRNA,
23S rRNA genes y Soda genes, as como anlisis genmico de nivel de conjunto,
que nos han llevado a proponer una nueva especie del gnero Estreptococo.
la placa dental supragingival de individuos adultos que nunca haban sufrido
de caries dental se obtuvo con excavadoras de cuchara estriles desde
vestibular y lingual superficies de los dientes. muestras de biofilm oral se
resuspendieron en solucin salina tamponada con fosfato estril (0.137M
NaCl, 0,003 m KCl, 0,010 M Na 2 HPO 4, 0,018 M KH 2 correos 4, pH 7,5) y
desglosados por breve agitacin en vrtex y pipeteo repetido. Pequeas
alcuotas de la suspensin de clulas fueron luego se extendi uniformemente
sobre Brain-Heart Infusion (BHI), Blood Agar chocolate (CBA), Luria-Bertani
(LB) y caldo de soja trptico (TSB) placas (de acuerdo con DSMZ frmulas
medios para
Estreptococo sp. culturas; www.dsmz.de) bajo condiciones aerbicas a 37 u C.
Cada colonia individual aislado fue objeto de cribado a gran escala para
detectar la inhibicin del crecimiento de las especies cariognicas Streptococcus
mutans UA159. Se seleccionaron dos colonias aisladas de diferentes
individuos para su posterior anlisis dada su capacidad para formar halos de
inhibicin en placas de BHI donde S. mutans UA159 haba sido difundida
previamente utilizando hisopos estriles. Los aislados con actividad
antimicrobiana en S. mutans se purificaron mediante varios pases sobre
placas BHI y fueron enviados a la Type Culture Collection espaol (CECT),
donde se almacenaron y se identificaron como dentisani Streptococcus sp.
nov. Str. 7746 ( 5 CECT 8313) y S. dentisani Str. 7747 T ( 5 CECT 8312 T). Se
solicit un segundo depsito a la Coleccin DSMZ-alemn Leibniz Instituto de
Microorganismos y Cultivos Celulares (DSMZ) donde S. dentisani Str. 7746 y
S. dentisani Str. 7747 T cepas fueron identificadas como DSM 27089 y DSM
27088 T, respectivamente. Los rasgos bioqumicos se determinaron con el
API 20 Strep y API 50 CHL tiras (bioMe'rieux) segn las instrucciones del
fabricante.
S. dentisani Str. 7746 y S. dentisani Str. 7747 T cepas se cultivaron durante la
noche en placas de BHI para preparar el inculo de clulas en el medio de
suspensin API con la densidad ptica apropiada demandada por este
procedimiento. En la tira API20, primeras lecturas se obtuvieron despus de 4 h
de incubacin a 37 u C en una atmsfera humidificada, y la segunda lectura
(cuando se requiera) se obtuvo despus de 24 h. En el kit API50 CH, las
lecturas se obtuvieron a las 24 y 48 h despus de la incubacin. Pruebas
positivas y negativas se evaluaron de acuerdo con el cdigo de color indicado
por el sistema API. A efectos de comparacin, Streptococcus mitis ATCC 49456 T,
Streptococcus oralis ATCC 35037 T, Streptococcus sanguinis ATCC 10556 T,
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caracterizacin de dentisani Streptococcus
Streptococcus salivarius ATCC 7073 T y infantis Streptococcus JCM 10157 T
se obtuvieron de la DSMZ (Braunschweig, Alemania).
Bajo examen microscpico despus de la tincin de Gram, tanto
S. dentisani Str. 7746 y S. dentisani Str. 7747 T clulas muestran tincin
Gram-positivas y forma esfrica, que crece en cadenas cortas (de dos a seis
clulas por cadena). S. dentisani Str. 7746 y S. dentisani Str. 7747 T formado
punta de alfiler colonias blancas en placas de BHI a 37 u C en condiciones
aerobias despus de 48 h de incubacin con un tamao de la colonia media de
1,5 mm de dimetro. En Columbia sangre placas (CB), el CECT 8313 y CECT
8312 T cepas mostraron un- hemlisis despus de 48 h de incubacin a 37 u C en
condiciones aerobias. Despus de las pruebas de diferentes medios de
comunicacin, S. dentisani Str. 7746 y S. dentisani Str. 7747 T clulas crecieron
ms rpidamente en medios BHI suplementado con 1% de glucosa en un rango
de temperatura entre 34 u C a 40 u C en condiciones aerobias, pero normal de
crecimiento tambin se alcanz bajo anaerobiosis. Su pH ptimo oscil entre 6,0
y 7,5, y se logr el crecimiento hasta que esta se redujo a pH 5,5. Los rasgos
bioqumicos para S. dentisani Str. 7746 y S. dentisani Str. 7747 T
y cinco cepas de tipo de especies relacionadas se determinaron utilizando
dos conjuntos de reactivos disponibles comercialmente. rasgos bioqumicos
diferenciales entre todas las cepas ensayadas se enumeran en la Tabla 1.
En la base de este perfil bioqumico, que comprende un total de 56 rasgos
metablicos, un dendrograma se obtuvo (Tabla 1, en la parte superior) en
la que el S. dentisani Str. 7746 y S. dentisani Str. 7747 T agrupados, de
acuerdo con los anlisis filogenticos y genmicos. Al mismo tiempo,
ambas cepas se agruparon con especies del grupo mitis del gnero Estreptococo,
reforzando su relacin evolutiva con estos otros miembros-orales derivada
del gnero Estreptococo. Notablemente,
S. dentisani Str. 7746 y S. dentisani Str. 7747 T metabolizar la lactosa claramente
como la mayora de los otros estreptococos mitis, y en el mundo que parecen ser
capaces de utilizar varios sacridos como fuentes de carbono. Adems, la
actividad de un- galactosidasa se presenta como un rasgo especfico de S.
dentisani Str. 7746 y S. dentisani Str. 7747, un rasgo que se confirm a nivel
gentico mediante la deteccin del gen correspondiente en el
S. dentisani genoma. Por otro lado, la actividad de fosfatasa alcalina es uno de los
rasgos metablicos para que S. dentisani se asemeja S. oralis. Aunque las pruebas
API indicaron incapacidad de fermentar la glucosa, se realiz una prueba
independiente usando medio de GP (pH 7,8) con 1% de glucosa como la nica
fuente de carbono, que contiene rojo de fenol como indicador de pH. Despus de
24 h, ambas cepas de S. dentisani fueron capaces de fermentar la glucosa, como
se indica por un cambio de color.
El ADN genmico de S. dentisani Str. 7746 y S. dentisani
Str. 7747 T se purific a partir de cultivos durante la noche en medios BHI
usando un kit MasterPure DNA Extraction (MCD85201; Epicenter).
Inicialmente, aproximadamente el 5 metro g de ADN genmico fue
fragmentado y se someti a secuenciacin singleended utilizando un GS
FLX instrumento 454 pirosecuenciacin (Roche). secuenciacin adicional
se realiz con la qumica de titanio siguiendo el protocolo par-fines, de
acuerdo con las instrucciones del fabricante. Mala calidad
61
A. Camelo-Castillo y otros

Tabla 1. rasgos bioqumicos de S. dentisani sp. nov. Str. 7746 y Str. 7747 T mediante la aplicacin JSpecies v1.2.1 (ra Richter & Rossello' Mo', 2009). Para
la comparacin, se utilizaron 65 completo y 72 proyectos de genomas [del
Proyecto del microbioma humano (HMP)] de especies del gnero Estreptococo disponible
Cepas: 1, Str. 7746; 2, Str. 7747 T; 3, S. mitis ATCC49465 T; 4, S. oralis
en el GenBank.
ATCC35037 T; 5, S. sanguinis ATCC 10556 T; 6, S. infantis JCM 10157 T;
7, S. salivarius ATCC 7073 T. C, rasgo incluido en el API 50 CH tira;
S, rasgo incluido en la tira Strep API 20. 2, Reaccin negativa; +, Reaccin positiva; (+), Despus de la secuenciacin y de novo reunin de S. dentisani Str. 7746 y S.
La reaccin dbilmente positiva. Slo los rasgos para los cuales no se incluyen son las dentisani Str. 7747 T genomas, se obtienen los proyectos de genomas de 1 981
diferencias entre las cepas. 087 nt y 1 884 389 nt, respectivamente. El contenido de ADN G + C para
ambas cepas se calcul que era 40,8% en moles, siendo muy similar a otros
Rasgo 1 2 3 4 5 6 7 valores de contenido de DNA G + C de las especies que pertenecen al grupo
mitis del gnero Streptococcus ( Kawamura et al.,
La amgdala (C) 222222+
Arbutina (C) 222222+
La inulina (C, S) 2 2 2 2 (+) 2 2 1998). Los valores Anib y Anim resultantes de
Lactosa (C, S) + + + + (+) + 2
La maltosa (C) 2 + + + + (+) +
La rafinosa (C, S) (+) (+) + 2 2 2 (+) Tabla 2. Anlisis medio identidad de nucletidos entre
Ribosa (C, S) 22+2222 dentisani Streptococcus sp. nov. y especies del gnero
El almidn (C, S) 2 2 2 2 2 2 (+) Estreptococo para los que las secuencias completas estn disponibles
La trehalosa (C, S) 2 2 2 + (+) 2 +
un- Galactosidasa (S) (+) (+) 2 2 2 2 2 Cepas: 1, Str. 7746; 2, Str. 7747. valores Anib corresponden a anlisis ANI usando el EXPLOSIN herramienta

La fosfatasa alcalina (S) + (+) 2 + 2 2 2 para la alineacin de la secuencia mientras que Anim representan valores obtenidos con la

VP-reaccin (S) 222222+ herramienta MUMmer. Cuando varios valores de ANI se obtuvieron de diferentes cepas que

segundo- Glucosidasa (C, S) 2 2 2 2 (+) 2 (+) pertenecen a una misma especie, se informa el valor medio ANI.

La celobiosa (C) 222222+

La fructosa (C) (+) (+) + + + + 2
La galactosa (C) 2 (+) + + + + 2 Colar para la comparacin Anib (%) Anim (%)
Gentiobiosa (C) 222222+
La glucosa (C) * 22++++2 1 2 1 2

cido hiprico (S) 22222+2

dentisani Streptococcus Str. 7746 100 94 100 94
Manosa (C) 2 (+) (+) + + + 2
dentisani Streptococcus Str. 7747 T 94 100 94 100
Metilo segundo- RE- xilopiransido (C) 22++++2
Streptococcus oralis 91 91 92 92
Streptococcus mitis 87 87 90 90
Sacarosa (C) 2 (+) + + + + 2
pseudopneumoniae Streptococcus 86 86 88 88
steotococos neumonia 85 85 88 88
* Aunque tiras API dieron un resultado negativo, ambas cepas aparecieron para fermentar glucosa en
infantis Streptococcus 81 81 86 86
una prueba diferente despus de 24 h de incubacin, as como la S. salivarius tipo de cepa. Todos
peroris Streptococcus 81 81 86 86
los rasgos se basan en el uso de los metabolitos mencionados como fuente de carbono a excepcin
oligofermentans Streptococcus 75 75 88 88
de los descritos como cido hiprico y fosfatasa alcalina.
cristatus Streptococcus 75 75 89 89
Streptococcus sanguinis 75 75 87 88
Streptococcus gordonii 75 74 88 88
australis Streptococcus 74 75 87 88
parasanguinis Streptococcus 74 74 87 87
lee se filtraron y recortado. de novo genoma de montaje fue asistido por
Streptococcus intermedius 73 73 86 86
Newbler (454 Life Sciences). Ocho y seis andamios de ADN se obtuvieron,
Streptococcus constellatus 73 73 86 86
respectivamente, para S. dentisani
anginosus Streptococcus 73 73 86 86
Str. 7746 y S. dentisani Str. 7747 T con tamaos entre 2000 y 1 100 000 nt.
Streptococcus salivarius 72 72 87 86
Esos andamios se presentaron al Archivo de nucletidos Europea (ENA) Streptococcus infantarius 71 71 86 86
en el EMBL-EBI travs de su plataforma Webin para el acceso pblico. Streptococcus suis 71 71 85 85
pasteurianus Streptococcus 71 71 85 86
Streptococcus equinus 71 71 86 86
Para ms estudios para aclarar la relacin de S. dentisani
Streptococcus pyogenes 71 70 86 86
Str. 7746 y S. dentisani Str. 7747 T con especies estrechamente
Streptococcus gallolyticus 71 71 86 86
relacionadas, como S. oralis y S. mitis y para definir su grado de identidad a
Streptococcus dysgalactiae 70 70 86 86
nivel de ADN, se realiz un anlisis promedio de identidad de nucletidos
Streptococcus mutans 70 70 85 85
(ANI) (Konstantinidis y Tiedje, 2005a) a travs de comparaciones de todo el downei Streptococcus 70 70 86 87
genoma. Los valores Anib y Anim (Konstantinidis y Tiedje, 2005a), basados Streptococcus agalactiae 70 70 85 85
en BLAST ( Altschul et al., 1990) y MUMmer (Kurtz Streptococcus uberis 70 70 87 86
Streptococcus equi 70 70 85 85
et al., Comparaciones 2004), respectivamente, se calcularon

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comparaciones con ms de 130 genomas completos o de tiro de especies
del gnero Estreptococo se enumeran en la Tabla 2. Los valores de ANI de
aproximadamente 94-96% se han establecido para representar el lmite
para que circunscribe taxonmicamente especies procariticas
(Konstantinidis y Tiedje, 2005a). Al mismo tiempo, esos valores se han
demostrado para reflejar el rango de hibridacin ADN-ADN de
aproximadamente 70% clsicamente adoptado como el lmite para las
especies procariotas novedosos (Goris et al., 2007; Konstantinidis y Tiedje,
2005a, b; Richter y Rossello' -Mo' ra, 2009). A nivel mundial, se obtuvieron
altos valores Anib y Anim cuando S. dentisani Str. 7746 y S. dentisani Str.
7747 T
genomas fueron alineadas con genomas de especies que pertenecen al grupo
mitis. Por lo tanto, las relaciones dan a conocer a partir de 16S y 23S rRNAs y Soda
genes estn soportados por una identidad de secuencia a nivel genmico entre
diferentes especies del gnero Estreptococo utilizado para este anlisis
comparativo. En particular, S. dentisani Str. 7746 y S. dentisani Str. 7747 T
mostraron los valores ms altos de ANI en comparacin con S. oralis
(Tabla 2). No obstante, los valores de ANI obtenidos a partir de todas las
comparaciones fueron muy por debajo del lmite para que circunscribe nuevas
especies de procariotas (Goris et al., 2007; ra Richter & Rossello' -Mo', 2009),
incluso con comparaciones ms conservadores
como que realizaron utilizando el
alineador MUMmer. Sin embargo, S. dentisani Str. 7746 y S. dentisani Str.
7747 T mostr un valor de ANI de 94% entre s y por lo tanto, proponemos
que estos dos microbiana oral asla aqu caracterizado son diferentes
cepas de
S. dentisani sp. nov.
los Soda, 16S y 23S genes fueron identificados en las secuencias del genoma y
se extrajeron para el anlisis. los FASTA- secuencias de ADN con formato de la
superxido dismutasa de Mn-dependiente ( Soda), genes de genes 16S y 23S
ARNr de varias especies del gnero Estreptococo fueron obtenidos de
GenBank mediante el acceso a los siguientes registros: NC_004116.1 ( Streptococcus
agalactiae 2603V / R), NC_012891.1 ( S. dysgalactiae subsp. equisimilis SGG
124), NC_002737.1 ( S. pyogenes M1 GAS), NZ_AENS00000000.1 ( S.
pseudoporcinus
SPIN 20026), NZ_AEUU00000000.2 ( S. porcinus Jelinkova
176), NC_012004.1 ( S. uberis 0140J cepa), NC_015558.1 ( S. parauberis KCTC
11537), NC_012471.1 ( S. equi subsp. equi
4047), NC_009442.1 ( S. suis cepa 05ZYH33), NC_015678.1 ( S.
parasanguinis ATCC 15912 T), NZ_AEQR00000000.1 ( S. australis ATCC
700641 T), NZ_AFNN01000000 ( S. infantis
SK1076), NZ_AEVF00000000.1 ( S. peroris ATCC 700780 T),
NZ_AEEP00000000.1 ( Estreptococo taxn oral de 071 cepa 73H25AP),
NC_015291.1 ( S. oralis Uo5), NC_003028.3 ( S. pneumoniae TIGR4),
NC_013853.1 ( S. mitis cepa B6), NC_
009.785,1 ( S. gordonii Challis), NC_009009.1 ( S. sanguinis SK36 cepa),
NZ_AEVC00000000.1 ( S. cristatus ATCC 51100 T),
NZ_AEKN00000000.1 ( S. downei F0415), NC_004350.2 ( S. mutans UA159
cepa), NZ_AFIM00000000.1 ( S. anginosus
SK52 T), NC_006449.1 ( S. thermophilus cepa CNRZ1066),
NZ_ACLO01000000 ( S. salivarius SK126), NZ_AEVI00000000.1 ( S.
vestibular ATCC 49124 T), NC_015215.1 ( S. gallolyticus
ATCC BAA-2069), NC_015600.1 ( S. pasteurianus ATCC
43144), NZ_AEEL00000000.1 ( S. bovis ATCC 700338),
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caracterizacin de dentisani Streptococcus
NZ_AEVB00000000.1 ( S. equinus ATCC 9812 T), NZ_ ABJK00000000.2 ( S.
infantarius ATCC BAA-102 T) y NZ_AEUV00000000.2 ( S. criceti HS-6).
Alineacin de secuencias mltiples se realiz mediante algoritmos de
refinamiento iterativas implementadas en MAFFT y herramientas ProbCons
(inters et al., 2005; Katoh et al., 2002). Los 16S y 23S rRNA genes mltiples
alineaciones se concatenan previamente por un enfoque filogentico.
modelos de sustitucin de ADN se analizaron utilizando el jerrquica
probabilidad clculo prueba de razn despus de
extensas pruebas modelo de sustitucin (Guindon et al., 2010; Posada, 2008;
Stamatakis, 2006). La topologa del rbol se calcul usando el vecino ms
cercano Interchange (NNI) mtodo y rama longitudes fueron apoyados por los
resultados de mxima verosimilitud. rboles de formato Newick se visualizaron
y se editan con la funcin ETE basado en Python (Huerta-Cepas et al.,
2010).
posicin filogentica de la S. dentisani Str. 7746 y S. dentisani Str. 7747 T fue
estudiada en profundidad mediante la reconstruccin de rboles sobre la base de
dos marcadores moleculares relevantes tales como Mndependent gen de la
superxido dismutasa y las secuencias de longitud completa de genes 16S rRNA.
Despus de estos anlisis, ambas cepas fueron siempre agrupados juntos y
separados por distancias genticas cortos entre ellos, lo que indica que podran
pertenecer a una sola especie (Fig. 1). Simultneamente, tambin se agrupan
con especies del grupo mitis del gnero Estreptococo como S. mitis, S. oralis, S.
pneumoniae
y S. peroris ( Figura 1). Aunque las relaciones cercanas se representan a
nivel de gen rRNA (Fig. 1a), los resultados globales indican que S. dentisani
Str. 7746 y S. dentisani Str. 7747 T parece representar una nueva especie
del gnero
Estreptococo muy estrechamente relacionado con S. oralis y que pertenece al
grupo de los estreptococos mitis el origen oral viridans. Dado el bajo grado de
variabilidad en el 16S rRNA dentro del grupo mitis, un rbol adicional fue
reconstruido con las secuencias concatenadas de genes 16S y 23S ARNr de
longitud completa (Fig. S1, disponibles en IJSEM en lnea), que contiene ms
de dos veces el nmero de sitios informativos. Este rbol mostr prcticamente
las mismas relaciones filogenticas, con cepas 7746 y 7747 T agrupacin juntos
y S. oralis, S. mitis, S. pneumoniae y S. peroris como los familiares ms
cercanos.
Los miembros del grupo de los estreptococos mitis son bien conocidos por la
diversidad gentica intraespecfica significativa (Kilian et al.,
2008). Por lo tanto, se requieren pruebas de coherencia significativa entre
las cepas de evidencia slida de una nueva especie dentro del grupo. En
este informe, muestran la coherencia en tres niveles: (i) filogenticos (rRNA
y Soda filogenias de genes muestran una agrupacin distinta con distancias
rama ms pequeas en las dos cepas); (Ii) metablica (un dendrograma
basado en 56 rasgos metablicos coloca las dos cepas en un grupo aparte
de otras especies probado); y (iii) genmicas (valores ANI entre las dos
cepas indican que estn ms estrechamente relacionados entre s que a
cualquier otra especie del gnero Estreptococo). La brecha existente entre
observ S. dentisani cepas y otros estreptococos secuenciado adems
demuestra que las cepas 7746 y 7747 T
pertenecen a la misma especie, ya que es precisamente este vaco o
discontinuidad entre los aislados que da apoyo a la
63
A. Camelo-Castillo y otros

(un) 1.39
Lactobacillus casei BL23
Streptococcus suis 05ZYH33
1,18E-06

0,0841
Streptococcus equi 4047

1
0,00375
Streptococcus uberis 0140J
Streptococcus parauberis KCTC 11537
0,0176 0.0151 0,0272

0,0095

0,0105
0,0145
porcinus Streptococcus Jelinkova 176
0.00198
0,0159
pseudoporcinus Streptococcus 20026 SPIN
1.39 0,0125
Streptococcus pyogenes GAS M1
0,0138

0.0191
0,0211
Streptococcus agalactiae 2603V / R
0,017
Streptococcus dysgalactiae subsp. equisimilis SGG 124
0,0313
0,074
downei Streptococcus F0415
0,0193
0,0728
Streptococcus mutans UA159
0.0765
0.009322e-07
anginosus Streptococcus SK52 T
0,0315
0.00546
Streptococcus gordonii Challis
0,0131
0,0218
cristatus Streptococcus ATCC 51100 T
0,0253
0,0236
oligofermentans Streptococcus AS 1.3089 T
0,0334
0,0153 0,0134
parasanguinis Streptococcus ATCC 903
Streptococcus sanguinis SK36
australis Streptococcus ATCC 700641 T
0.00837
0,0155

7e-08
0,0254
infantis Streptococcus SK1076
0,00121
0.000807
0.00299
dentisani Streptococcus Str. 7747
0,00164
dentisani Streptococcus Str. 7746
0,0147
0,031
peroris Streptococcus ATCC 700780 T
0,015

Streptococcus oralis Uo5

0.00703 0.000803

5.3E-07
Streptococcus mitis B6
0.000795
0.003380.00574

steotococos neumonia 670-6B

0.44
0.00198
Streptococcus gallolyticus ATCC BAA-2069
0,0104

0.00116 0 0
Streptococcus bovis ATCC 700338
0,0233 pasteurianus Streptococcus ATCC 43144
0.00335
0.00542
Streptococcus equinus ATCC 9812
0.00928 0.00439
Streptococcus infantarius ATCC BAA-102 T
16S rDNA 0.000411
vestibular Streptococcus ATCC 49124 T
0,0358

0.00117
3e-08
Streptococcus salivarius SK126
0,0032
Streptococcus thermophilus CNRZ1066

(segundo) 1.65
Lactobacillus casei BL23
0,126
parasanguinis Streptococcus ATCC 15912
0,0194 cristatus Streptococcus ATCC 51100 T
1 0.0545
0,0663
oligofermentans Streptococcus AS 1.3089 T
0,0277 0,0197
Streptococcus mitis B6
0,0187
1.65 0,0156
steotococos neumonia TIGR4
0,0472
0,0547
peroris Streptococcus ATCC 700780 T
0,0136 0.00995 Streptococcus oralis Uo5
0,0223
0,0251
dentisani Streptococcus Str. 7747
0.00992
0.000104 0.00488
dentisani Streptococcus Str. 7746
0.14
Streptococcus sanguinis SK36
0,0381
0,218
Streptococcus intermedius JTH08
0,0177
0,0638
Streptococcus gordonii Challis
0,129
Streptococcus suis ST3
0,0618 0,0523

0,121
0,106
criceti Streptococcus HS-6 T
0,101
downei Streptococcus F0415
0,0743
Streptococcus thermophilus CNRZ1066
0,158 0,109
1e-08
Streptococcus salivarius SK126
0,0247
1e-08
Streptococcus salivarius CCHSS3
0,182
Streptococcus mutans UA159
0,0261
0,0225 0.21
Streptococcus agalactiae 2603V / R
0.0668 0,214
Streptococcus pyogenes GAS M1
0,0534

0.64
0.2
Streptococcus parauberis NCFD2020
0,0411
0,034
0.13
Streptococcus uberis 0140J
0,0266
Streptococcus gallolyticus ATCC 43143
0,183
0,0162
pasteurianus Streptococcus ATCC 43144
0,134
Soda 0,0659
Streptococcus infantarius CJ18
0,0715
0,0153
Streptococcus equinus ATCC 9812
0.0913
0.00626
Streptococcus bovis ATCC 700338

Figura 1. colocacin filogentico de S. dentisani sp. nov. Str. 7746 y Str. 7747 T. ( a) Filogenia basado en la secuencia del gen 16S rRNA de longitud completa. (B) Filogenia
basado en el anlisis de secuencia del gen de la superxido dismutasa dependiente de Mn csped A. Valores a barras de escala corresponden a las distancias genticas
basadas en el nmero de sustituciones de nucletidos por sitio.

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64 Revista Internacional de Microbiologa Sistemtica y Evolutiva 64
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existencia de especies como entidades biolgicas (Caro Quintero y
Konstantinidis, 2012)
Descripcin de dentisani Streptococcus sp. nov.
dentisani Streptococcus ( den.ti.sa 9 ni. L. masc. norte. antros diente;
L. adj. sanus saludable; NL gen. norte. dentisani de un diente sano, perteneciente a
los seres humanos libres de caries, de la cual se aislaron los organismos).
Las clulas son no esporulante, no mvil, tincin de Gram-positivas y cocos
catalasa-negativa que crece en colonias de aproximadamente 1,5 mm de
dimetro y que crecen en cadenas cortas. anaerobios facultativos. un- Hemoltica
en placas de agar de sangre Columbia. Las caractersticas bioqumicas de las
especies se listan en la Tabla 1. El contenido de G + C del ADN es de
aproximadamente 40,8% en moles. La cepa tipo es Str. 7747 T ( 5 CECT 8312 T 5 DSM fenotpicas, resultados de hibridacin de ADN-ADN, y los resultados con un sistema
27088 T). Las cepas se aislaron de las superficies del diente libres de caries
humanos.
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