Preguntas Temas 1 y 2

(Bioqumica Metablica)

1. Describe el mecanismo por el que pueden repararse los huecos que quedan en el DNA tras la
replicacin de una regin daada.

2. Cmo reconoce la RNA polimerasa bacteriana la posicin en el DNA donde debe comenzar la
transcripcin?

3. Describe la composicin de la RNA polimerasa bacteriana y la funcin de las distintas

subunidades.

4. Qu efectos tiene la estructura de la cromatina sobre la iniciacin de la transcripcin? Que

significado tienen los sitios hipersensibles a DNasa I?

5. Describa el proceso de iniciacin abortiva de la transcripcin.

6. Haga un esquema de la estructura de RNA polimerasa II durante la elongacin del complejo de

transcripcin bacteriana.

7. Dibuje el esquema estructural de la RNA polimerasa II en elongacin, indicando la posicin del

RNA naciente y las dos hebras de DNA.

8.Cul es la funcin de las protenas GreA o GreB cuando la RNA polimerasa sufre una deteccin
prolongada?

9. Papel de Nus G en la elongacin:

10. Describe brevemente la funcin de la protena nusA en la transcripcin bacteriana.

11. Describe la estructura de un terminador de la transcripcin independiente de rho y la

estructura y funcin de la protena rho.

12. Cmo se ve afectada la unin de la RNA polimerasa al promotor lac por la unin del represor
al operador?

13. Qu efecto tiene sobre la estructura del DNA y sobre la actividad de la RNA polimerasa la
unin de la portena CRP?

14. Qu aspecto de la transcripcin se regula mediante el fenmeno de atenuacin?.

Ponga algn ejemplo.

15. Qu es un ribointerruptor? Conoce algn ejemplo?

16. Describa o represente grficamente un circuito regulatorio de control negativo en el que
participe un corepresor (ejemplo: opern de triptfano).

17. En eucariotas, cmo regula el rRNA 5S su propia transcripcin?

18. Describe como se une la protena TBP ( TATA Binding Protein) al DNA y qu efectos tiene sobre
su estructura.

19. Qu protena componente del factor de transcripcin basal TFIIID de la RNA polimerasa II se
encuentra tambin presente en factores de transcripcin basal de las RNA polimerasa I y III? Qu
efectos tiene esta protena sobre la estructura del DNA.

20. Qu funcin se ha propuesto para la fosforilacin del dominio carboxi terminal (CTD) de la
RNA polimerasa II por TFIIH?

21. Cul es la funcin de TFIIH en el inicio de la transcripcin por RNA polimerasa II? Y en la
elongacin?

22. Cul es el papel del AMP cclico en la regulacin de la transcripcin en bacterias?

23. Cules son los dominios funcionales que podemos encontrar en un factor activador de la
transcripcin en eucariotas?

24. Cmo se crea el extremo 3 de los mRNAs eucariotas?

25. Cmo ejercen las secuencias potenciadoras (enhancers) su regulacin sobre la iniciacin de la
transcripcin?

26. Cmo se activa la transcripcin de una hormona esteroide?

27. Qu procesos realizan los complejos remodeladores de la cromatina?

28. Por qu es necesario en muchos casos el remodelado de la cromatina para poder activar la
transcripcin?

29. Cul es la estructura y funcin de la caperuza (cap) presente en el extremo 5`de los RNAs
eucariotas?

30. Cul es el mecanismo qumico de las reaciones utilizadas para eliminar los intrones en los
RNAm nucleares?

31. Cmo reconoce el espliceosoma el extremo 5 del intrn?y el punto de ramificacin utilizado
para formar el lazo durante el proceso de eliminacin del intrn?

32. Cul es la funcin de las snRPs U1 y U2 en la eliminacin de los intrones de los RNA
mensajeros nucleares?
33. En que oreden se ensamblan los componentes del espliceosoma sobre el precursor de RNAm?
34. Funcin de los RNAs U2 y U6 en el procesamiento de los intrones de los RNAs mensajeros
nucleares? Describa tanto el papel como las interacciones que establecen.

35. Cul es la funcin de las protenas SR?

36. Concepto de splicing alternativo, qu funcin tiene?

37. Describe el modo de accin de algn regulador de splicing alternativo.

38. Por qu los intrones del grupo II estn ms conservadas en secuencias y estructura que los
intrones de mRNAs nucleares?

39. Describa la diferencia que considera ms importante entre el mecanismo cataltico de los
intrones de grupo I y II.

40. Haga 1 esquema de la estructura de un intrn de tipo II indicando las partes ms relevantes
desde el punto de vista funcional.

41. Cul es la diferencia bsica en el mecanismo qumico del proceso de eliminacin de intrones
entre los mRNAs y los tRNAs eucariotas?

42. Haga un esquema del procesamiento de 1 precursor de tRNA indicando los principales enzimas
implicados.

43. Describa la reaccin catalizada por las endonucleasas de restriccin de tipo II cul es su
funcin biolgica?

44. Describe con tanto detalle como seas capaz la reaccin de formacin del enlace peptdico.

45. Haga un esquema de los 3 sitios funcionales del ribosoma indicando la posicin de los tRNAs
tras la formacin del enlace peptdico, y antes de la translocacin.

46. El complejo temario EF-Tu + GTP + aminoacil-tRNA y el factor EF-G no pueden unirse
simultneamente al ribosoma. Explique porqu.

47. Cmo detecta el ribosoma la interaccin correcta codn-anticodn?

48. Cul es la funcin del factor de elongacin EF-Tu en la sntesis de protenas? Qu efecto
tendra una mutacin en dicho factor que inactive su actividad GTPasa? Y una mutacin que
acelere diez veces la actividad GTPasa?

49. Cul es la funcin del factor de iniciacin de la traduccin eIF2 en las clulas eucariotas? Y la
del factor eIF4A?
50. Qu funcin tiene la cola de poli(A) del mRNA en la iniciacin de la sntesis de protenas en
eucaritas?

51. Describa brevemente el mecanismo por el que los ribosomas procariotas reconocen el sitio de
inicio de la traduccin.
52. Describa el mecanismo utilizado por el ribosoma para discriminar la interaccin codn-
anticodn correcta de la incorrecta

53. Indique la secuencia de los codones que pueden ser decodificados por tRNAs cuyo anticodn
tenga la siguiente secuencia:
a) 5-UGC-3
b) 5-GGC-3
c) 5-IGC-3
Razone la respuesta

54. Qu significa que un enzima es prosecivo? Ponga un ejemplo.

55. Qu mecanismos utiliza la DNA polimerasa para mantener una tasa baja de errores durante la
replicacin?

56. Qu actividad enzimtica es nica de la DNA polimerasa I? Cul le permite realizar el proceso
de desplazamiento de mella? Cul es la funcin de este proceso en la clula?

57. Cul es la funcin de la actividad exonucleasa 5 3 de la DNA polimerasa I?

58. Enumera las actividades enzimticas de la DNA polimerasa I. Cul es la funcin de cada una de
ellas?

59. Por qu la actividad exonucleasa 3 5 solo acta cuando la DNA polimerasa inserta un
nucletido erroneo?

60. Por qu la DNA polimerasa III de E. Coli tiene una estructura asimtrica?

61. Estructura de la DNA polimerasa III Cul es la subunidad responsable de la procesividad y

cmo funciona?

62. Cul es la funcin de la protena DnaA en la iniciacin de la replicacin?

63. Describa de forma esquemtica la estructura del origen de la replicacin de E. Coli.

64. Describa el mecanismo de eliminacin de cebadores y complementacin de la hebra retrasada

en eucariotas.

65. Cmo identifica la maquinaria de replicacin de una bacteria los errores introducidos durante
la replicacin del DNA? Cmo se reconoce cul de las dos hebras de DNA debe de repararse?

66. Describe dos mecanismos posibles que permitan reparar los dmeros de timina

67. Qu efecto tiene la presencia de un dmero de timina generado por luz UV sobre la replicacin
del DNA?

68. Por qu los agentes que metilan a la guanina son mutagnicos?