Investigacin documental y de campo

Informe final

Desarrollo software y programas

informticos en el rea de la Biologa.

Luis Antonio Mrquez Snchez

Septiembre, 2017
INDICE

INDICE .............................................................................................................................. 1

INTRODUCCIN: .............................................................................................................. 2

METODOLOGA................................................................................................................ 3

MARCO TERICO ............................................................................................................................... 3

OBJETIVOS Y PROPSITO DE LA INVESTIGACIN. ................................................................................. 4
HIPTESIS. ........................................................................................................................................ 4

RESULTADOS. ................................................................................................................. 5

OBSERVACIN, VISITAS, RECORRIDO Y DIARIO DE CAMPO..................................................................... 5

ENTREVISTA ...................................................................................................................................... 5
ANLISIS DE LA ENCUESTA. ................................................................................................................ 7

CONCLUSIONES Y RECOMENDACIONES: .................................................................... 8

REFERENCIAS Y FUENTES DE CONSULTA: ................................................................. 9

ANEXOS: ........................................................................................................................ 10

IMGENES DEL RECORRIDO DEL LUGAR DE LA ENCUESTA ................................................................... 10

PREGUNTAS DE LA ENTREVISTA. ....................................................................................................... 11
Blog audio de la entrevista ........................................................................................................ 11
ENCUESTA ...................................................................................................................................... 12
GRFICAS ....................................................................................................................................... 15

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INTRODUCCIN:

El Desarrollo de software y programas informticos es muy importante en la biologa,

ayudan en el estudio y anlisis e investigacin en esta rea. Desde hacer modelos
matemticos de crecimientos de microorganismos, y esto para que nos sirve se puede
vigilar el crecimiento por ejemplo de plantn en una cuenca y as poder saber en
condiciones est el cuerpo de agua, y poder predecir sus condiciones en periodos de tiempo
largos, cabe mencionar que incluso en la enseanza es de importancia haciendo material
multimedia interactivo y as mejorar el aprendizaje de los alumnos.

El tema en el desarrollo de software y programas de informtica en el rea de biologa lo

escog porque, cuando curse la Lic. de Biologa me intrigo el uso de software para el
desarrollo de modelos matemticos en organismos vivos y en el anlisis para proyectar
conclusiones muy cercanas a la realidad sobre el curso o desarrollo en un determinado
sistema, adems el uso de software estadsticos para deducir investigaciones tanto en la
medicina, comunidades ecolgicas y comportamiento social de una determinada poblacin.

Por tal motivo me intereso investigar que tantos avances, opiniones y proyectos de eta
tecnologa de la informacin.

En este trabajo se hizo un anlisis por medio de una encuesta sobre lo que las personas
conocen acerca del desarrollo de software y programas informticos en esta rea, adems
se entrevist a un alumno en dedicado en el desarrollo de modelos matemticos de
microorganismos desarrollando scripts que abren en el software Octave para conocer las
curvas de crecimiento de estos y predecir los puntos crticos del crecimiento.

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Metodologa

Marco terico

El desarrollo de software y programa para el rea de Biologa tiene ya tiene varios

desarrollos por ejemplo:

Se produjo un software educativo para la enseanza de la Biologa en la tercera etapa de

Educacin Bsica, de herramientas multimedia denominado Bio Tutor 2000, Versin 1.0 el
cual es un sustento de varios autores acerca de la aplicacin a nivel cognitivo de la
tecnologa en la educacin se lleva a cabo un proyecto para ayudar en la enseanza de la
biologa. En este estudio se desarroll una investigacin de tipo documental, en marcada
en el procedimiento sobre proyecto factible, el cual se define como una propuesta de accin
para resolver un problema prctico o satisfacer una necesidad. Es indispensable que dicha
propuesta se acompae de la demostracin de su factibilidad o posibilidad de realizacin
(Fuentes, Villegas, & Mendoza, 2005). Otro proyecto parte del desafo de pensar nuevas
formas de acceso al conocimiento, y consolidar el uso de la informtica para la enseanza
de la fotosntesis. Las ciencias biolgicas han progresado rpidamente, y este enorme
crecimiento, junto con los cambios producidos. Se trata de enriquecer el pensamiento del
estudiante y de cultivar en l habilidades y aptitudes para descubrir y usar los conocimientos
biolgicos, que son clsicamente difciles para el alumnado por su nivel de abstraccin
(Daniele, y otros, 2005).

La aplicacin de Model-Lab para la estudio, docencia en las universidades como

herramienta para hacer modelos matemticos de datos ecolgicos, y as facilitar el trabajo
del estudiante y del investigador. Es una herramienta software orientada a la construccin
de modelos de sistemas ecolgicos. El software permite construir modelos relativamente
complejos siguiendo todas las fases de desarrollo de modelos ecolgicos: construccin del
modelo conceptual, inclusin de ecuaciones y parmetros, evaluacin, anlisis de
sensibilidad y validacin, evidencindose que el alumno modifica en gran medida su
apreciacin de los modelos ecolgicos, pasando de percibirlos como un conjunto de
ecuaciones esttico a comprenderlos como un sistema dinmico, entendiendo claramente
la utilidad de stos como herramienta predictiva en el estudio de los ecosistemas (Garca
R, Barciela F, & Fernndez S, 1998).

Otra nueva rea resultado de la tecnologa y las ciencias biolgicas es la bioinformtica es

el resultado de la unin indisoluble entre las tecnologas informticas y las ciencias

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biolgicas. Fue concebida en principio para resolver interrogantes como los siguientes:
cmo almacenar y organizar secuencias de ADN? Cmo hallar intrones y exones en
secuencias de ADN genmico? Cules son las condiciones necesarias para la
transcripcin de un determinado gen? Cmo conocer ms acerca de la estructura de una
protena? Cmo comparar secuencias de protenas o predecir su estructura? En esta era
postgenmica, la adquisicin de nuevas y mejores herramientas computacionales ha hecho
posible que la bioinformtica se convierta en pieza clave para aplicaciones como filtro
gentico, diagnstico molecular, hallazgo de nuevos frmacos y mejoramiento gentico de
cultivos (Franco, Cediel, & Payn, 2008).

El aprovechamiento de las computadoras en los estudios cualitativos en el desarrollo de

las ciencias reclama mayor rigor, precisin y exhaustividad en los anlisis. Como una
cantidad importante de ellos tienen como materia prima y como resultado final material
discursivo (textos) la abundancia de datos hace que su procesamiento resulte una tarea
que insume un tiempo desproporcionadamente grande en relacin a la duracin habitual de
los proyectos de investigacin. Al automatizar las tareas ms mecnicas y rutinarias el
investigador ahorra tiempo para poder invertirlo en la toma de las decisiones ms
importantes, en la elaboracin de interpretaciones de los datos y en la construccin de
teora, tareas en las que no puede ser sustituido por la mquina (Rodrguez, 1997).

Para hacer simulacin de modelos matemticos existe un software libre que se llama
Octave. Tambin se lo puede reemplazar por MatlabOctave permite la modelacin y
significado de los modelos, aportando gran motivacin a la hora de ensear (Ditz , 2015).

Objetivos y propsito de la investigacin.

Revisar documentos relacionados con el desarrollo de software y programas de informtica

relacionados con la biologa, adems realizar una encuesta para conocer qu tan difundido
o conocido es el tema.

Hiptesis.

Se obtendrn resultados favorables acerca del conocimiento del desarrollo de software y

programas de informtica relacionado con la biologa entre la poblacin.

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RESULTADOS.

Observacin, visitas, recorrido y diario de campo.

Diario

a) Realicemos una primera visita o recorrido de reconocimiento del sitio en el cual tiene
lugar en la Fes Zaragoza Campus 2 con la direccin Batalla 5 de Mayo S/N, Iztapalapa,
Ejercito de Oriente, 09230 Ciudad de Mxico, CDMX.

Lunes 7 de Agosto.

b) Mientras llevamos a cabo la exploracin tomamos nota puntual de todos y cada uno de
los pormenores que vayan sucediendo

En la sala de cmputo se puede observar los diversos manuales de lenguaje para

desarrollar programas de cmputo y varios alumnos programando en octave y un libro de
Anlisis Estadstico. Un enfoque prctico con Statgraphics.

c) Como parte de este primer recorrido, identificamos a las personas o informantes clave
para concertar con ellos una cita y realizar una entrevista.

Visite el rea de cmputo para poder concretar una cita con el Maestro y Jefe de carrera de
Biologa Armando Cervantes Sandoval, que desarrolla modelos matemticos en el rea de
biologa, pero me dieron una mala noticia que l se encontraba de salida de campo y que
regresaba hasta la prxima semana.

Con tal problemtica tome la decisin de entrevistar a uno de sus alumnos de proyecto
terminal que se va recibir de Lic. Qumico Farmacutico Bilogo que est desarrollando un
proyecto de modelos matemticos en crecimiento bacteriano con Escherichia coli.

Pregunte a alumna Damaris Ludin Flores Salinas si pudiera hacerle una entrevista para el
tema de desarrollo de software, me dijo que si y concretamos el da 18 de Agosto 2017 a
las 2 pm.

Entrevista

Documento con el guion de la entrevista, la gua de observacin del segundo recorrido y la

URL de la grabacin o la transcripcin, en caso de que no hubiese sido posible grabar la
entrevista

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Entrevista: Alumno Damaris Ludin da 18 de Agosto 2017 a las 2 pm.

Cmo te llamas?

Damaris Ludin Flores Salinas

Cuntos aos tienes?:

24

De Licenciatura eres?

Lic. Qumico Farmacutico Bilogo

Qu proyecto estas desarrollando en este Laboratorio?

Estoy haciendo un programa para poder predecir la curva de crecimiento Escherichia coli
que es una bacteria que se encuentra en el intestino y constituye parte de la flora intestinal
en el ser humano, esta bacteria es un Bacilo Gram negativo, Catalasa positivos, Oxidasa
negativos, Reducen nitratos a nitritos y Producen vitamina B y K el medio que utilizamos es
un medio de cultivo selectivo y diferencial que inhibe el crecimiento de bacterias Gram
positivas y algunas Gram negativas y muestra si las Gram negativas que crecen son o no
fermentadoras de lactosa.

Las colonias de E. Coli en agar eosina y azul de metileno tienen 2 a 4 mm de dimetro, un

centro grande de color oscuro e incluso negro, y tienen brillo verde metlico cuando se
observan con luz refleja.

Cmo se hace este modelo matemtico?

Bueno primero se toman los datos y la cuantificacin de los cultivos por medio de la tcnica
de Estimacin del nmero de clulas mediante el uso de una cmara de conteo Petroff-
Hausser. El fundamento de esta cmara se basa en medir la densidad de un fluido antes
y despus del crecimiento bacteriano.

Despus de haber obtenido la cuantificacin de las bacterias se procede revisar la literatura

en la cual se establece el modelo, esto es, describe el crecimiento Modelo de fisin binaria
de bacterias que se reproducen por fisin binaria, cuyo crecimiento responde a la
progresin geomtrica 1, 2, 4, 8,... Ya que las bacterias se reproducen por fisin binaria,
cada vez que se duplica el nmero de organismos representa una generacin. Por tanto, si
se conocen el nmero de individuos al inicio y final de un perodo de tiempo, el nmero de

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generaciones o divisiones puede calcularse por medio de una serie geomtrica, despus,
se procede entonces a linealizar la ecuacin para encontrar el nmero de generaciones
aplicando una funcin logartmica.

Los datos del conteo y el modelo matemtico ya establecido en la literatura para el

crecimiento de poblacin de microorganismo.

Qu modelo matemtico se escoge?

Por ejemplo el modelo de permite representar el crecimiento de una poblacin de

organismos que habita en ambiente ilimitado y favorable. A medida que transcurre el
tiempo, el nmero de individuos se incrementa cada vez con mayor rapidez hasta que el
nmero de organismos tienda a infinito. En s, se escoge el modelo que ms convenga con
tu investigacin.

Cmo hace el modelo en la computadora?

Se utiliza el programa OCTAVE que es un GNU, con licencia GPL y es un software de

distribucin libre, consiste en un lenguaje de alto nivel, enfocado principalmente a realizar
clculos numricos con enfoque vectorial y matricial para resolver, numricamente,
problemas lineales y no lineales y para resolver de manera sencilla sistemas de ecuaciones
diferenciales, as como otros experimentos numricos. Su lenguaje es totalmente
compatible con el software comercial Matlab.

Los datos se aplican a un script y este cdigo se puede correr como archivo *.m,
cambiando los valores numricos por nuestros datos de trabajo as es como obtenemos los
grficos en los cuales se podr observar el comportamiento del crecimiento de la bacteria.

En si es lo que hacemos en resumida cuenta aqu en el Laboratorio de computo.

Muchas gracias por concedernos esta entrevista.

Anlisis de la encuesta.

El formato de la encuesta se encuentra en el anexo.

De la grfica 1 se puede concluir que el conocimiento sobre las Tics (Tecnologas de la

informacin y comunicacin) y las Tics en la biologa, el 80% de los encuestados opinan
conocer esta tecnologa y el 20% no conoce ninguno de los dos trminos, de la grfica 2
los encuestados opinan que en el rea de la ciencia de mayor uso de las Tics es la Biologa
40%, Sociologa, matemticas y astronoma respectivamente con 20%, los modelos

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matemticos son conocidos en un 60% de estos el 80% conoce lo los software matemticos
y estadsticos (grafica 3), adems el 100% de los encuestados conoce los Software para
desarrollar modelos matemticos los cuales son Matlab y Octave (grafica 4), del rea de
biologa los encuetados opinaron que el 40% conoce los script (archivos *.m) y el 40% opino
que se usa ms en la ecologa con un 29% en citologa y otras.

CONCLUSIONES Y RECOMENDACIONES:

El desarrollo de Software y programas de informtica en la biologa est avanzando mucho,

con software para la educacin y la investigacin, son muchos programas que se utilizan
para la investigacin por ejemplo Excel, SPSS, R, Minitab, Matlab, Octave entre otros
muchos, lo que me impresiono es ver que muchos programas son libres (GNU), la mayora
desarrolladas por universidades por ejemplo Octave (Ditz , 2015), los cuales ayudan a los
investigadores a realizar anlisis, predicciones y la toma de decisiones que influyen incluso
a comunidades, en la entrevista concluy que el factor y la importancia del crecimiento de
un microrganismo es importante para la salud del ser humano en crecimiento normal la
Escherichia coli no perjudica al ser humano incluso ayuda a metabolizar algunos
polisacridos que no puede digerir el intestino, pero en concentraciones altas produce
diarrea, por tal motivo es importante conocer su comportamiento en su crecimiento y que
factores lo hacen ser peligroso para el ser humano, de la encuesta pude observar que
muchos de los encuestados conocan las Tics, software y programas para realizar modelos
matemticos lo cual indica que la hiptesis es cierta, como recomendaciones propongo una
mejor investigacin, ya que la investigacin realizada tiene sesgos como por ejemplo que
la encuesta la publique en los foros de UnAMD y de mi Facebook en los cuales son
personas que conocen de Software ya por lo general mis contactos son universitarios, por
lo cual se tuvo un alto ndice del conocimiento en el tema, adems de utilizar una poblacin
ms variada recomiendo hacer una austera investigacin ya que el corto tiempo del
propedutico no me permiti indagar ms acerca del tema.

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REFERENCIAS Y FUENTES DE CONSULTA:

Daniele, M., Angeli, S. E., Solivellas, D. B., Mori, G., Greco, C., Romero, D., . . . Fischer, S.
(2005). Desarrollo de un software educativo para la enseanza de la fotosntesis.
Universidad Nacional de Ro Cuarto Facultad Cs. Exactas, Fco-Qcas y Naturales:
JEITICS.

Ditz , A. (2015). Modelos matemticos para problemas en biologa: poblacin y competicin

entre el cncer y el sistema inmune: Repositorio Digital de la Facultad de Ciencias
Exactas y Naturales de la UNLPam. Recuperado el 4 de Septiembre de 2017, de
ReDi: Repositorio Digital de la FCEYN - UNLPAM Web site:
http://redi.exactas.unlpam.edu.ar/xmlui/bitstream/handle/2013/168/modelosmatem
aticosenbiologia-yditz.pdf?sequence=1

Franco, M. L., Cediel, J. F., & Payn, C. (2008). Breve historia de la bioinformtica.
Colombia: Corporacin Editora Mdica del Valle.

Fuentes, L., Villegas, M., & Mendoza, I. (2005). Software educativo para la enseanza de
la Biologa. Universidad del Zulia, Maracaibo, Venezuela: Opcin.

Garca R, E., Barciela F, R., & Fernndez S, E. (1998). Un ambiente de aprendizaje basado
en software para la enseanza de modelos matemticos en Ecologa: Model-Lab.
Vigo - Espaa: Departamento de Lenguajes y Sistemas Informticos, Facultad de
Ciencias - Universidad de Vigo, Lagoas-Marcosende., Departamento de Ecologa y
Biologa animal, , Facultad de Ciencias - Universidad de Vigo, Lagoas-Marcosende.

Rodrguez, P. (1997). Fundamentos de anlisis de datos cualitativos para el desarrollo de

software para Ciencias Sociales. La Plata-Argentina: Equipo NAyA.

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ANEXOS:

Imgenes del recorrido del lugar de la encuesta

Observacin, visitas, recorrido y diario de campo.

Diario

a) Realicemos una primera visita o recorrido de reconocimiento del sitio en el cual tiene
lugar en la Fes Zaragoza Campus 2 con la direccin Batalla 5 de Mayo S/N, Iztapalapa,
Ejercito de Oriente, 09230 Ciudad de Mxico, CDMX.

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Lunes 7 de Agosto.

Preguntas de la entrevista.

Documento con el guion de la entrevista, la gua de observacin del segundo recorrido y la

URL de la grabacin o la transcripcin, en caso de que no hubiese sido posible grabar la
entrevista

Cmo te llamas?

Cuntos aos tienes?:

De Licenciatura eres?

Qu proyecto estas desarrollando en este Laboratorio?

Cmo se hace este modelo matemtico?

Qu modelo matemtico se escoge?

Cmo hace el modelo en la computadora?

Blog audio de la entrevista

URL: https://propedeuticounadm2017luisa.blogspot.mx/2017/08/s6-actividad-2.html

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Encuesta

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9 de septiembre de 2017 13
Encuesta:

URL: https://goo.gl/forms/bZaMtXDWuPdueCeI3

Blog

URL: https://propedeuticounadm2017luisa.blogspot.mx/2017/08/s6-actividad-3.html

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Grficas

Grafica 1, Conocimiento sobre la Tics y las Tics en la Biologa

Grafica 2, Uso de las Tics en la Ciencia.

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Grafica 3, Conocimiento sobre los modelos de programacin y sobre software matemtico
y estadsticos.

Grafica 4, Conocimiento sobre programas para desarrollar modelos matemticos.

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Grafica 5, Conocimiento sobre los script.

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