Documente Academic
Documente Profesional
Documente Cultură
BM Gena 2015 PDF
BM Gena 2015 PDF
Bilan
GENE
Definiții, diversitate, organizare, funcții
1. Scurt istoric
2. Definiții
3. Clasificarea genelor umane
4. Expresia genelor nucleare
5. Organizarea generală a genelor
6. Particularităţile genelor nucleare
6.1. Gene de clasa II
6.1.1 Particularitățile expresiei genelor de clasa II
6.1.2 Structura genelor de clasa II
Promotorul
Regiunea codificatoare
Terminatorul
Enhancer și Silencer
6.2 Gene de clasa I
6.3 Gene de clasa III
7. Familii de gene
8. Psudogene
8.1 Rolul pseudogenelor
9. Transpozonii
9.1 Clasa I: retrotranspozoni
9.2 Clasa II: transpozoni ADN
9.3 Rolul transpozonilor în funcţionarea genomului uman
10. Gene mitocondriale
11. Concluzii
1
Biologie moleculara Gene: definiții, diversitate, organizare, funcții S.Capcelea, A.Bilan
1. Scurt istoric
Prima ipoteză despre structura şi funcţia materialului genetic a fost formulată de
Gregor Mendel (1865). Pentru a explica geneza unor caractere fenotipice ereditare şi modul lor
de transmitere la descendenţi, el a presupus existenţa unor “factori ereditari”. Aceste elemente,
care iniţial erau pur ipotetice, au devenit, în timp, structuri reale, materiale.
După descoperirea şi descrierea cromozomilor (Waldeyer, 1988) Boveri şi în special
Sutton (1902) au emis şi susţinut ipoteza că factorii ereditari sau genele (după termenul introdus
de Wilhelm Johansen, 1903) sunt părţi din cromozomi.
Această idee a fost confirmată de Thomas Hunt Morgan şi colaboratorii săi (1910-1925).
În felul acesta, gena încetează să mai fie o supoziţie logică, abstractă, a geniului mendelian şi
capătă un conţinut concret, material.
Cercetările ulterioare au demonstrat natura chimică a cromozomilor şi genelor.
În 1944 Oswald Avery şi colaboratorii săi au demonstrat că materialul genetic este
reprezentat de molecula de ADN.
2. Definiții
Gena deţine secvenţa de nucleotide ce controlează sinteza diferitor molecule de ARN
(ARNm, ARNr, ARNt, ARNsn) şi a diferitor molecule de proteine. Fiecare genă are o
succesiune specifică de baze, de regulă de pe ea se sintetizează un singur tip de ARN.
Complexitatea structurilor şi funcţiilor organismelor vii este determinată de spectrul proteinelor
pe care le conţine. În setul diploid de cromozomi umani se conţin circa 25 000–40 000 perechi
de gene diferite codificatoare de proteine.
Genele care codifică ARNm, tradus în lanţuri polipeptidice specifice, sunt denumite gene
structurale. Pentru acestea se utilizează și termenul de cistron. Genele care se transcriu
independent poartă denumirea de unităţi transcripţionale monocistronice (caracteristice pentru
eucariote), iar mai multe gene ce se transcriu în comun – unităţi transcripţionale policistronice
(caracteristice procariotelor).
2
Biologie moleculara Gene: definiții, diversitate, organizare, funcții S.Capcelea, A.Bilan
4
Biologie moleculara Gene: definiții, diversitate, organizare, funcții S.Capcelea, A.Bilan
Gene de clasa I Gene de clasa III Gene de clasa II, Gene de clasa III
ARNr ARNr structurale ARNt
(I) Transcripția ADN genic (I) Transcripția ADN (I) Transcripția ADN genic (I) Transcripția ADN
cu sinteza preARNr 45S genic cu sinteza preARNr cu sinteza preARNm genic cu sinteza
preARNt
(II) Processingul ARNr cu (II) Processingul ARNr 5S (II) Processingul ARNm (II) Processingul ARNt
formarea ARNr 18S, 5,8S CAParea
și 28S Polyadenilarea
Splicingul
(III) Asamblarea subunităților ribozomale 40S și 60S
(IV) Exportul subunităților ribozomale din nucleu în (III) Exportul ARNm din (III) Exportul ARNt
citoplasmă nucleu în citoplasmă din nucleu în
citoplasmă
(V) Asamblarea ribozomului 80S pentru inițierea (IV) Translația ARNm cu (IV) Activarea ARNt
translației ARNm și sinteza proteinei sinteza polipeptidului cu formarea
complexului
aminoacil-ARNt și
(V) Maturizarea transportul
polipeptidului cu formarea aminoacizilor spre
proteinei funcționale ribozomi pentru sinteza
polipeptiduluiu
Cunoașterea etapelor expresiei unei gene permite înțelegere structurii ei. Gena conține:
proximal – secvențe reglatoare ale inițierii transcripției și recunoaștere a SIT +1;
central – secvențe codificatoare de ARN/proteine și situsurile de control al
processingului;
distal – secvențe reglatoare ale terminării transcripției.
6
Biologie moleculara Gene: definiții, diversitate, organizare, funcții S.Capcelea, A.Bilan
necodificatoare – introni. Intronii în timpul processingului ARN sunt înlăturați și astfel, regiunea
codificatoare conține și situsuri de splicing (detaliile le găsiți mai jos).
Terminatorul este plasat la sfârşitul unităţii transcripţionale şi reprezintă o secvenţă de
nucleotide care controlează terminarea transcripției.
De-a lungul genei se află anumite situsuri/boxe (secvenţe mici de nucleotide), ce servesc ca
locuri de interacțiune pentru factorii de transcripţie, activatori, represori etc.
Figura 4. Clasificarea genelor umane codificatoare de proteine Venter et al. (2001). În aceasă diagramă sunt omise
încă 13000 de gene funcția cărora nu este cunoscută.
Figura 5. Categoriile de gene umane caracterizate după funcție, numărul genelor cunoscute și procentaj la
numărul total de loci nucleari (Uniprot).
7
Biologie moleculara Gene: definiții, diversitate, organizare, funcții S.Capcelea, A.Bilan
8
Biologie moleculara Gene: definiții, diversitate, organizare, funcții S.Capcelea, A.Bilan
Figura 7. Ordinea liniară a secvențelor unei gene de clasa II, de regulă, este următoarea:
Promotorul cu boxele de interacțiune cu factorii de transcripție ajutori ai ARN-
polimerazei II;
SIT +1 – situsul de inițiere a transcripției cu primul nucleotid încorporat în preARNm,
fiind și situs de CAPare a ARNm;
Secvența lider, regăsită în regiunea 5' a ARNm, situs de interacțiune cu ribozomul pentru
inițierea translației;
ATG, codonul de inițiere a translației;
Exoni (număr variabil) - secvențe nucleotidice codificatoare pentru polipeptid;
Introni (separă exonii, cu situsurile de splicing 5'GT și 3'AG, număr variabil) - secvențe
nucleotidice necodificatoare;
codonul stop (TAA, TGA, sau TAG) al translației pe ultimul exon;
Terminatorul cu situsul Poly(A), responsabil de terminarea transcripției, și
poliAdenilarea 3' al ARNm;
Secvențe modulatoare ale ratei transcripției (enhanceri și silenceri);
Unele gene pot conține mai multi promotori alternativi și, respectiv, SIT +1; pot conține situsuri
alternative de splicing sau situsuri alternative de polyAdenilare.
9
Biologie moleculara Gene: definiții, diversitate, organizare, funcții S.Capcelea, A.Bilan
Promotorul
Promotorul genei de clasa II conţine o serie de secvenţe consens, care reprezintă situsuri
specifice pentru factorii de transcripţie.
10
Biologie moleculara Gene: definiții, diversitate, organizare, funcții S.Capcelea, A.Bilan
Regiunea codificatoare
S-a demonstrat că la eucariote genele codificatoare de proteine au o structură
discontinuă, mozaică. Regiunea transcriptibilă a genelor la eucariote cuprinde secvenţe
codificatoare denumite exoni şi secvenţe necodificatoare – introni.
Paradoxul valorii C confirmă că din totalul ADN-ului genomic doar o parte (2-3%)
participă la sinteza proteinelor. S-a constatat o discordanţă între dimensiune moleculei de
ARNm, cu cea a ARN precursor (transcript primar) şi dimensiunea secvenţei de ADN care a
servit ca matriţă pentru transcripţia ARN respectiv. P. Sharp (1977) a emis ipoteza structurii
discontinue, sau în mozaic, a genei la eucariote.
Exonii reprezintă secvenţe codificatoare ale genei ce se transcriu, sunt prezenţi în ARN
precursor, în ARNm şi se regăsesc în secvenţa de aminoacizi a proteinei. La capătul 5′ al
primului exon este o secvenţă scurtă de câteva zeci de nucleotide (secvenţa lider) cu rol de
iniţiere a translaţiei care este urmată de codonul universal de iniţiere a translaţiei – ATG. La
capătul 3′ al ultimului exon se află unul din cei trei codoni de STOP informaţional (TAA, TAG
sau TGA) ce determină terminarea sintezei proteinei şi o secvenţă scurtă netranslată.
11
Biologie moleculara Gene: definiții, diversitate, organizare, funcții S.Capcelea, A.Bilan
Numărul exonilor la diferite gene este diferit, dependent de numărul de domenii pe care
le are proteina codificată. În fig. 9 este reprezentată dependenţa dintre numărul de exoni şi
frecvenţa lor în genomul vertebratelor.
Intronii
În antiteză cu exonii, vin intronii, care sunt nişte secvenţe necodificatoare ale genei şi se
transcriu împreună cu exonii. Intronii reprezintă secvenţe necodificatoare ale genei ce se
transcriu, sunt prezenţi în ARN-precursor, dar nu sunt prezenţi în ARNm (fig. 8.4). În timpul
maturizării ARNm (splicing) intronii sunt eliminaţi din ARN-precursor.
Intronii au o lungime cuprinsă între 100 şi 10000 pb şi, de regulă, sunt mai lungi decât
exonii (fig. 10). Majoritatea intronilor prezintă la extremitatea 5' secvenţa dinucleotidică GT iar
la 3' AG, astfel sunt recunoscuţi de factorii ce îi înlătură în timpul splicing-ului.
Anterior se considera că intronii nu sunt altceva decât „deşeuri” destinate distrugerii în
urma splicing-ului, dar studiile recente au presupus şi demonstrat unele funcţii ale acestora. Unii
introni în urma splicing-ului devin precursori pentru procesarea ulterioară a altor ARN
codificatori, precum ARNsn (small nuclear), microARN şi ARN necodificatori lungi (long non-
coding RNAs). Alţi introni au o durată lungă de viaţă şi pot fi exportate în citoplasmă, sugerând
că aceştia au roluri în translaţie. Unii introni care se acumulează după splicing joacă un rol
important, dar misterios, în latenţa virală.
În genomul uman majoritatea genelor sunt constituite din exoni și introni, dar sunt gene
doar cu un exon, fără introni:
- Genele pentru Histone;
- Genele pentru Interferon;
- Genele pentru majoritatea ribonucleazelor;
- Genele pentru proteinele șocului termic (chaperoni);
- Genele pentru proteine G cuplate cu receptori;
- Gene pentru majoritatea receptorilor hormonali și neurotransmițători.
12
Biologie moleculara Gene: definiții, diversitate, organizare, funcții S.Capcelea, A.Bilan
13
Biologie moleculara Gene: definiții, diversitate, organizare, funcții S.Capcelea, A.Bilan
Enhanceri și Silenceri
Enhancerii și Silencerii sunt elementele din vecinătatea promotorului genelor de clasa II
și sunt localizate într-un interval de 200 pb faţă de situsul de start +1. Multe astfel de elemente,
conţinând mai puţin de 20 pb, pot fi utile în reglarea unei gene particulare.
14
Biologie moleculara Gene: definiții, diversitate, organizare, funcții S.Capcelea, A.Bilan
15
Biologie moleculara Gene: definiții, diversitate, organizare, funcții S.Capcelea, A.Bilan
7. Familii de gene
Diferite familii de gene pot fi recunoscute în dependenţă de omologia secvențelor
nucleotidice și similaritatea structurală a produselor proteice.
În familiile de gene cu membrii strâns înrudiţi, genele au un grad înalt de omologie a
secvenţelor în cea mai mare parte din lungimea genei sau a secvenţei codificatoare. Exemplele
includ familiile genelor pentru histone (histonele sunt puternic conservate și membrii subfamiliei
sunt aproape identici) şi familiile genelor -globinei şi -globinei.
Fig. 13. Familia genelor α este localizată pe crs. 16, si conține in următoarea ordine: o genă zeta (ζ), o
pseudogenă ζ (ψζ), o pseudogenă α (ψα) si doua gene α, care codifică α2-globina si α1-globina. Gena α1-globinei
codifică un polipeptid format din 141 a.a. (exonul 1 cotifică primii 31 a.a., exonul 2- de la 32 la a.a.99 și exonul 3
codifică de la a.a.100 pînă la 141.
Familia genelor β este localizată pe crs.11 și conține în următoarea ordine: o genă epsilon (ε) două gene gama (γ
G și A), o genă delta (δ) și o genă beta (β). Gena β-globinei codifică un polipeptid din 146 a.a..
Ambele familii se expresează dependent de perioada ontogenetică și țesut, cooperează pentru formarea HB E
(embrionară) –ζ2γ2 sau ζ2ε2 – în sacul vitelin; HB F(fetală) - ɑ2γ2 – în ficat; HB A (adultului) - ɑ2β2 – în
măduvă. roșie a oaselor.
2q31, 7p15,
Genele HOX 38 Organizate în 4 clastere
12q13, 17q21
17
Biologie moleculara Gene: definiții, diversitate, organizare, funcții S.Capcelea, A.Bilan
8. Pseudogene
Pseudogenele sunt nişte copii defecte ale genelor funcţionale. Acestea pot fi duplicaţii
parţiale sau complete ale genelor codificatoare de polipeptide sau ARN. Secvenţa ADN a unei
pseudogene este structural asemănătoare cu gena originală (ancestrală) funcţională, dar conţine
numeroase mutaţii care inactivează gena. Gena funcţională codificatoare de polipeptide conţine
o secvenţă deschisă de citire (open reading frame), o porţiune lungă de nucleodite care sunt
transcrise şi ulterior translate într-o secvență de aminoacizi, întrerupţi de codoni-stop. În contrast
cu acestea, pseudogenele derivate din genele menţionate anterior sunt copii defecte, ce și-au
pierdut capacitatea de a forma proteine: pot prezenta codoni STOP în mijlocul genei; nu au
promotor; sunt trunchiate; prezintă doar fragmente de genă, au acumulat numeroase mutații.
19
Biologie moleculara Gene: definiții, diversitate, organizare, funcții S.Capcelea, A.Bilan
9. Transpozonii
Transpozonul este o secvența de ADN care îşi poate schimba poziţia în cadrul
genomului, uneori creînd sau inversând mutaţii şi alternând dimensiunea genomului celulei.
Dupa mecanismul transpoziţiei, fie acesta “copy and paste” sau “cut and paste”,
transpozonii se clasifică în doua clase.
Transpozonii îşi pot pierde abilitatea de a sintetiza transpozaze prin mutaţii, totuşi
continuă să „sară” prin genom, deoarece alţi transpozoni înca mai produc transpozaze. Este
posibil ca unii transpozoni să devină transpozoni prin simple mutaţii, acestea producând secvenţe
care transmit semnale transpozazelor.
20
Biologie moleculara Gene: definiții, diversitate, organizare, funcții S.Capcelea, A.Bilan
Figura 16. Genele structurale codifică pentru citocrom oxidaze (COX) subunitățile 1,2 și 3; NADH
dehidrogenaze (ND) subunitățile 1, 2, 3, 4, 4L, 5 și 6; ATP sintetaze (ATPS) subunitățile 6 și 8; și citocromi b
(Cytb). ND6 și 8 gene ARNt sunt localizate pe catena L. Celelalte gene sunt loc lizate de-a lungul catenei H. Genele
ARNt sunt indicate cu o singură literă, cu abrevierea aminoacizilor.
21
Biologie moleculara Gene: definiții, diversitate, organizare, funcții S.Capcelea, A.Bilan
11. Concluzii
Genomul uman conține 46 molecule de ADN nuclear și 2-10 molecule de ADN
mitocondrial.
Informația genetică înscrisă în diferite gene presupune sinteza coordonată a unor proteine
celulare și extracelulare necesare organizării și funcționării corecte a organismului la diferite
perioade ontogenetice și în anumite condiții de mediu.
22
Biologie moleculara Gene: definiții, diversitate, organizare, funcții S.Capcelea, A.Bilan
*****
Genele de clasa I:
Organizare:
Funcții;
a) La nivel molecular – codifică pentru sinteza unui polipeptid;
b) La nivel celular – dependent de proteina codificată, asigură formarea sau funcționarea
unei structuri celulare, asigură desfășurarea unui lanț metabolic, asigură derularea unui
lanț de semnalizare, etc.;
c) La nivel de organism – asigură expresia unui caracter fenotipic morfologic, sau
fiziologic, sau psihic, sau comportamental.
23
Biologie moleculara Gene: definiții, diversitate, organizare, funcții S.Capcelea, A.Bilan
24