Normele care reglementează funcţionarea Comisiei au fost inscrise iniţial in art.
8-19 din Tratatul
CECO care se referă la Inalta Autoritate, in art. 4, 155-163 din Tratatul CEE, art. 124-135 din Tratatul CEEA, in art. 9-11 din Tratatul de Fuziune. Comisia Comunităţilor Europene reprezintă instituţia cea mai originală a sistemului comunitar indeplinind atribuţiile unui adevărat executiv, prefigurand viitorul guvern european supranaţional. In Tratatul CECO era denumită Inalta Autoritate şi a devenit Comisie in Tratatele CEE şi CEEA. Comisia este condusă de un preşedinte asistat de unul sau doi vicepreşedinţi. Preşedintele şi vicepreşedinţii sunt desemnaţi dintre membrii Comisiei, conform aceleiaşi proceduri după care sunt aleşi şi membrii Comisiei. Mandatul preşedintelui se aliniază de obicei pe durata de existenţă a unei Comisii, respectiv pe cinci ani, preşedintele fiind reales din doi in doi ani, durata de doi ani fiind cea reglementară. Membrii Comisiei trebuie să primească investitura Parlamentului European. După numirea membrilor Comisiei de către guvernele statelor, Comisia işi prezintă programul in faţa Parlamentului European pentru a fi dezbătut şi a obţine aprobarea acestuia. Organizarea Comisiei este dominată de principiul colegialităţii. Art 17 al Tratatului de la Bruxelles inscrie că deliberările Comisiei sunt aprobate cu majoritatea numărului membrilor săi, Comisia neputand delibera decat dacă cvorumul prevăzut prin regulamentul său intern este satisfăcut. Comisia se reuneşte cel puţin o dată pe săptămană in şedinţe care nu sunt publice. Serviciile Comisiei sunt compuse dintr-un număr de direcţii generale şi servicii orizontale, situate in majoritate la Bruxelles şi cateva la Luxemburg. Competenţele Comisiei sunt inscrise in art. 155 al Tratatului CEE, şi anume Comisia are: o putere de iniţiativă, de execuţie şi de reprezentare. Comisia are competenţe şi in ceea ce priveşte gestionarea fondurilor structurale comunitare, cum sunt Fondul european de orientare şi garanţie agricolă (FEOGA), Fondul european de dezvoltare regională (FEDR), Fondul social european (FSE).