EPISTEMOLOGIA DE MICROBIOLOGIA AMBIENTAL

INTRODUCCIÓN
Desde su fundación inicial en el trabajo de Beijerinck y Winogradsky (1-3), la
microbiología ambiental se ha preocupado por la presencia, abundancia,
interacciones y actividades fisiológicas de microorganismos en ambientes
terrestres y acuáticos. [Nota: El término microbiología ha incluido
tradicionalmente cinco grupos de organismos microscópicamente visibles:
bacterias, virus, hongos, protozoos y algas (4). Basado en el análisis filogenético
de la molécula de ARN ribosomal (5-8), el primero de estos cinco grupos
corresponde a los dominios Archaea plus Bacteria, y los tres últimos grupos se
distribuyen a lo largo de varias ramas de Eukarya (8, 9). La extensión fisiológica,
morfológica, ecológica y filogenética de estos organismos es inmensa y resiste
la mayoría de las generalizaciones. En consecuencia, este trabajo abordará
principalmente un subconjunto importante del mundo microbiano,
microorganismos heterotróficos especialmente bacterias, pero también hongos
y protozoos. Debido a que las algas y algunos tipos de bacterias y protozoos son
fotosintéticos, es posible que los comentarios específicos relacionados con la
nutrición no siempre se apliquen a estos organismos. Algunos comentarios
también pueden no aplicarse a los virus debido a sus características únicas no
parasitarias y no celulares.]
La microbiología ambiental está relacionada con microbiología médica (10) e
industrial (11), pero distinta de la microbiología. Una razón para avanzar en la
microbiología ambiental es que una comprensión mecanicista de los
microorganismos y sus actividades mejora la capacidad humana para gestionar
los sistemas naturales y expande los productos y servicios biotecnológicos (12,
13) esenciales para la microbiología industrial y médica.
Los hábitats de la tierra presentan gradientes complejos de condiciones
ambientales que incluyen variaciones extremas de temperatura, luz, pH, presión,
salinidad y compuestos orgánicos e inorgánicos (materiales que van desde
azufre elemental a amoníaco, gas hidrógeno y metano y desde carbohidratos a
grasas; proteínas, lípidos, ácidos nucleicos y sustancias húmicas). Cada entorno
geoquímico (por ejemplo, turberas anaeróbicas, respiraderos hidrotermales
oceánicos, las superficies de humus del suelo, sedimentos del subsuelo
profundo) determina la inestabilidad de los recursos que pueden ser explotados
fisiológicamente por microorganismos. Las interacciones gobernadas
termodinámicamente entre estos recursos, sus entornos, los propios
microorganismos y 3.5 billones de años de evolución son probablemente la
fuente de la diversidad metabólica (14 -18) del mundo microbiano (Figura 1). Los
microorganismos son los principales agentes del cambio geoquímico. El tamaño
pequeño, distribución ubicua, área superficial específica alta, tasa de actividad
metabólica potencialmente alta, capacidad de respuesta fisiológica, maleabilidad
genética, tasa de crecimiento potencialmente rápida y diversidad enzimática y
nutricional inigualable arrojan microorganismos en el papel de agentes de
reciclaje para la biosfera (5, 19, 20). Las enzimas, clasificadas en seis grupos
principales (21), aceleran las velocidades de reacción entre sustancias
termodinámicamente inestables. Quizás la clase de enzimas de mayor
importancia ecológica cataliza reacciones de oxidación/reducción que permiten
que los microorganismos generen energía metabólica, sobrevivan y crezcan. Los
microorganismos procrean al llevar a cabo secuencias complejas genéticamente
reguladas de procesos intracelulares biosintéticos y asimilativos. Cada célula hija
tiene esencialmente la misma composición macromolecular y elemental que su
padre. Por lo tanto, el metabolismo integrado de todos los nutrientes (por
ejemplo, carbono, nitrógeno, fósforo, azufre, oxígeno, hidrógeno, etc.) está
implícito en el crecimiento microbiano. Este crecimiento y supervivencia de los
microorganismos impulsa el ciclo geoquímico de los elementos, desintoxica
muchos compuestos orgánicos contaminantes, hace que los nutrientes
esenciales estén presentes en la biomasa de una generación disponible para el
siguiente y mantiene las condiciones requeridas por otros habitantes de la
biosfera (3, 5, 14, 19, 20, 22). Los procesos llevados a cabo por microorganismos
en suelos, sedimentos, océanos, lagos y aguas subterráneas tienen un gran
impacto en la calidad ambiental, la agricultura y el cambio climático global (1, 3,
5, 17, 23, 24). Por lo tanto, el conocimiento de la microbiología ambiental
contribuye significativamente al conocimiento de la función de la biosfera.
El Oxford Companion to Philosophy (25) define la epistemología como "aquella
rama de la filosofía que se ocupa de la naturaleza del conocimiento, su
posibilidad, alcance y base general".
Sin embargo, la epistemología no existe solo en los reinos filosóficos. Seis
décadas antes, Cunningham (26) definió la epistemología como "la ciencia que
establece y establece la existencia del verdadero y cierto conocimiento humano,
los medios para adquirir tal conocimiento, y la norma por la cual podemos
distinguir tal conocimiento de la falsedad". Al forjar lazos aún más fuertes entre
la investigación científica y la epistemología, Bateson (27) afirmó que la
epistemología es "una rama de la biología", es "el proceso de adquisición de
información y su almacenamiento", es "la ciencia de cómo podemos saber algo".
A pesar del claro impulso para buscar el conocimiento de la microbiología
ambiental, a lo largo de su historia las limitaciones metodológicas (16, 28-33)
han impedido obtener respuestas a preguntas fundamentales como "quién, qué,
cuándo, dónde, cómo y por qué" de los microorganismos en la biosfera? ". Los
objetivos de este trabajo son examinar las limitaciones en el conocimiento de la
microbiología ambiental y describir cómo la integración y la acumulación de
nuevas metodologías en un continuo de campo y observaciones moleculares
progresivamente avanza la base epistemológica de la microbiología ambiental.
 FIGURA 1. Base conceptual para el desarrollo de la diversidad
metabólica microbiana. Esta diversidad resulta de las relaciones
entre la termodinámica, el establecimiento de los hábitats de la
biosfera, los recursos fisiológicos, los microorganismos y la
evolución. La caja más grande representa la termodinámica, que
rige todas las posibles reacciones químicas. La caja de tamaño
mediano representa los hábitats de la biosfera donde cada
contexto específico establece las inestabilidades químicas
termodinámicas de los recursos fisiológicos utilizados por los
microorganismos. La diversidad de microorganismos y sus
capacidades biogeoquímicas continúan desarrollando nuevas
formas de catalizar reacciones cinéticamente restringidas.
Las limitaciones metodológicas (16, 28-33) han impedido obtener respuestas a
preguntas fundamentales como "quién, qué, cuándo, dónde, cómo y por qué de
los microorganismos en la biosfera". Los objetivos de este trabajo son examinar
las limitaciones en el conocimiento de la microbiología ambiental y describir
cómo la integración y la acumulación de nuevas metodologías en un continuo de
campo y observaciones moleculares progresivamente avanza la base
epistemológica de la microbiología ambiental.
 RESTRICCIONES SOBRE EL CONOCIMIENTO IMPUESTAS POR LA
COMPLEJIDAD DEL ECOSISTEMA

Para saber que los microorganismos son los agentes del cambio geoquímico en
el suelo, sedimentos y aguas, los microbiólogos ambientales enfrentan el reto de
documentar tanto el cambio (por ejemplo, conversión de biomasa vegetal en
CO2 en sedimentos, fijación de nitrógeno en el suelo o producción de metano en
los humedales) y el papel de los microorganismos como agentes causales. Los
microorganismos viven y actúan en hábitats acuáticos y terrestres cuyas
complejidades presentan obstáculos que impiden medir directamente las
actividades in situ de los microorganismos residentes. Los suelos, sedimentos y
aguas donde habitan los microorganismos son cuerpos naturales heterogéneos
poco conocidos, cuyos límites laterales y verticales se presentan como
gradientes entre las mezclas de materiales de origen atmosférico, geológico y/o
biótico. Estos son sistemas abiertos continuos sujetos a flujos de energía (por
ejemplo, luz solar, viento, mareas) y materiales (por ejemplo, precipitación
acuosa, erosión, deposición, infiltración, escorrentía) (Figura 2). Por lo tanto, la
contabilidad precisa de las masas de materiales es difícil, si no imposible, en la
mayoría de los hábitats. Incluso si las explicaciones de los flujos de materiales a
través del sistema abierto fueran precisas, otra tarea sigue siendo distinguir las
actividades microbianas de la multiplicidad de otros procesos (transformaciones
químicas, físicas y fisiológicas u otras llevadas a cabo por organismos
superiores) que también influyen en los parámetros geoquímicos de campo. A
excepción de la fotosíntesis por plantas superiores, la mayoría de las reacciones
fisiológicas llevadas a cabo por organismos superiores tienen poca importancia
global. Sin embargo, en muchos hábitats localizados no se puede ignorar la
contribución de plantas y animales a la producción, el consumo y la
transformación de materiales geoquímicos. Aunque las interacciones dentro de
las redes tróficas pueden ser modeladas (34, Figura 2), aún no se ha logrado
una documentación exhaustiva de la multiplicidad de ciclos de nutrientes,
interacciones tróficas y bioquímicas en los sitios de campo (35). Los procesos
físicos y químicos (abióticos) que también deben considerarse al medir el cambio
geoquímico en el campo incluyen dilución, advección, dispersión, volatilización,
sorción, fotólisis, alteración por superficies de arcilla u otros materiales
inorgánicos, y equilibrios inorgánicos y orgánicos (36-39; Figura 2). Además,
dentro de cada hábitat microbiano, complejos cambios geoquímicos sinérgicos
son efectuados por consorcios de especies microbianas (40, 41). La complejidad
adicional de las actividades microbianas en los sitios de campo proviene de sus
cambios dinámicos en el tiempo y el espacio. Las condiciones físicas, químicas,
nutricionales y ecológicas de los microorganismos en el campo son
heterogéneas y varían desde el micrómetro hasta más allá de las escalas del
kilómetro (30, 31, 42, 43). Además, la biota y sus respectivas actividades
fisiológicas (por ejemplo, tasa de crecimiento, excreción, diferenciación, muerte)
y de comportamiento (por ejemplo, migración, depredación, competencia,
parasitismo, simbiosis) responden a cambios inducidos por el clima y/u otros
cambios ambientales.
Por lo tanto, si se encuentra que las concentraciones de amonio (una forma clave
de nitrógeno) fluctúan en los sedimentos lacustres, la interpretación de tales
medidas de campo es muy difícil: el conjunto de amonio en un momento dado
está controlado por procesos de producción (por ejemplo, amoníaco por
microorganismos). Consumo (p. ej., nitrificación por microorganismos, absorción
de nutrientes por parte de todos los organismos) y transporte (por ejemplo,
arrastre en el flujo de agua, difusión, perturbaciones físicas de las aguas
intersticiales de los sedimentos). Claramente, las numerosas complejidades
compuestas de los hábitats de campo y los microorganismos dificultan la tarea
de descifrar sus actividades geoquímicas.

FIGURA 2. Modelo de flujo del ciclo del nitrógeno en los

ecosistemas terrestres.
Se muestran las entradas básicas, los almacenamientos, los
procesos microbianos, los productos y las interacciones bióticas
y abióticas. Este diagrama simplifica considerablemente los
procesos que realmente ocurren en los sitios de campo porque
las reacciones comparables se aplican simultáneamente e
interactivamente a otros elementos nutrientes (C, S, P, O, H,
etc.). Por lo tanto, la complejidad del ecosistema dificulta la
obtención de conocimiento sobre microbiología ambiental (figura
modificada de Heal y Harrison; 35).
 RESTRICCIONES SOBRE EL CONOCIMIENTO IMPUESTAS POR LAS
METODOLOGÍAS

Los desafíos metodológicos de discernir las actividades microbianas en el suelo,

los sedimentos o el agua tal vez se puedan apreciar mejor al considerar cómo
sabemos que las plantas superiores realizan la fotosíntesis. Al examinar un
determinado paisaje, los humanos pueden reunir evidencia para la fotosíntesis
simplemente observando la ubicación de la vegetación. Los humanos y la
vegetación son aproximadamente de la misma escala (≈ metro); por lo tanto, la
detección de plantas y sus relaciones espaciales entre sí y sus hábitats es fácil.
La fotosíntesis es la principal función biogeoquímica de las plantas superiores;
sin ella no habría plantas ni cadenas alimenticias basadas en eso. Por lo tanto,
la presencia de plantas superiores proporciona evidencia para la conversión de
CO2 atmosférico a biomasa, y (debido a que las plantas enraizadas son
inmóviles), al mismo tiempo discernimos dónde se ha producido la fotosíntesis.
A simple vista, los humanos adquieren conocimiento biogeoquímico relacionado
con las plantas y abordan cuatro preguntas clave: ¿quién? (la planta), ¿qué?
(fotosíntesis), cuándo (historia reciente) y dónde? (la ubicación de la planta).
Para obtener conocimiento de las dos preguntas clave más comunes, "¿cómo?"
Y "¿por qué?", Confiamos en disciplinas biológicas reduccionistas que incluyen
fisiología, bioquímica, genética y biología molecular, algunas de las cuales se
pueden aplicar a muestras de plantas recolectadas en el campo o manifestarse
como cámaras desplegadas en sitios de campo. Ahora vamos a contrastar cómo
las seis preguntas clave pertinentes a la fotosíntesis de plantas se respondieron
con la forma en que se responden las mismas preguntas para las actividades
metabólicas de los microorganismos en los hábitats de campo.