Synthetic Biology, Hacking

● Théotime Calandra
● 1st  année de médecine
● Participation à l'iGEM 2010
● Computer Science (Hack)

/tmp/lab Présentation du 7 Juillet 2010

  lsdlive@laposte.org ­ www.lsdlive.org
 
Index
No Future? But the Future is now !

● Histoire de la génétique moderne.
● Biochimie, Biologie Synthétique, iGEM.
● Bio­éthique, Bio­hacking.

   
Part 1

Histoire de la génétique
moderne

   
Début de la génétique

● G. Mendel, XIXe siècle, lois d'hérédité.
● T. Morgan, 20's, redécouverte des lois d'hérédité 
de Mendel.
● Cricks & Watson, 1953, structure de l'ADN en 
hélice.

   
Biotechnologies

● Boyer, 1971, Recombinaison.
● Arber, Nathans, Smith, 1970, Enzymes de 
restriction, ”les ciseaux de l'ADN”.
● Mullis, 1973, PCR
● Sanger, Gilbert, 1975 Séquencage de l'ADN.

   
Synthetic Biology

● Tom Knight & MIT, XXIe siècle, BioBricks.

   
Part 2

Biochimie et Biologie Synthétique

   
Le vivant

● Eucaryote
● Procaryote
● Virus

   
Virus

   
Notion de gène
● ”Un gène est une séquence d'acides 
désoxyribonucléiques (ADN) qui spécifie la 
synthèse d'une chaîne de polypeptides ou d'un 
acide ribonucléique (ARN) fonctionnel. On 
peut également définir un gène comme une 
unité d'information génétique.”

Wikipedia, Gène.
   
ADN : Information
● ADN , support de l'information
● (Information → Conformation spécifique) + 
assemblage = Vie
● ADN = longue chaine de nucléotides (Phosphore 
+ Sucre + Base Acide) : A, T, G, C 
complémentaires A=T, G=C (liaisons 
hydrogènes).

   
ADN : Information
● ADN → ARN : Transcription
● ARN longue chaine comme l'ADN mais sucre 
différent (ribose), T → U.

● ARN → Proteine : Traduction
Conformation de la proteine = définit sa fonction 
dans l'organisme.
   
Proteine : Fonction

● Proteine (Polypeptide) : suite d'acides aminés 
(composés chimiques qui déterminent la forme 
de la proteine, grâce à des propriétés, comme la 
présence de fonctions alcools, ponts disulfures, 
hydrophobicité etc. 

   
Contrôle de l'expression du
génome

Quelques exemples :
● Procaryote : Opéron lactose.
● Eucaryote : Hétérochromatine et Euchromatine.

   
Opéron lactose

   
Opéron lactose

   
Hétérochromatine
● Euchromatine : ADN relaché, lisible.
● Hétérochromatine : ADN ultra­condensé, non 
lisible.

● Tissu spécifique : certaines parties du génome 
sont fermées grâce à la condensation de l'ADN : 
dans chaque cellule, le génome est le même, 
mais différement exprimé.
   
Circuits Biologiques

Exemples :
● L' oscillateur
● Le switch

   
L'oscillateur biologique

   
Le switch biologique

   
Abstraction

TTATCTATGGGTATATAGGC

Données brutes

   
Abstraction

   
Biotechnologies

● Automated Sequencing (lecture)
● PCR (écriture)
● Recombinante (écriture)

   
Bio-Engineering : Synthetic
Biology

● Standard
● Abstraction
● Automated Construction

   
Applications

● Industrie
● Sciences
● Art

   
iGEM
● Compétition annuelle internationale (~200 
équipes en 2010, 3 en France ).
● Conception et Création d'un système biologique 
durant 3 mois.
● Présentation du projet au MIT.
● Undergraduated Students, Lycée – Master, 
encadrés par des Advisors (M, PhD etc).
● Biologie, Mathématique, Chimie, Physique...
   
Part 3

Bio-ethique, Biohacking

   
Génétique Open Source

● Registry of Standard Biological Parts (MIT) avec 
les BioBricks.
● ”to develop and implement legal strategies to 
ensure that BioBrick™ standard biological 
parts remain freely available to the public.”
BioBricks.org

   
DIYBIO
Qu'est ce qu'un ”amateur”  peut apporter à la  
synthetic biology ?

● Créativité. Talent artistique. Alternatives.
● En hacking, il n'est jamais question du 
”pourquoi”, mais toujours du ”comment”.
● Le but n'est pas forcément d'apporter au Monde, 
mais à soi.
   
Roadmap

● Reverse Engineering : S'informer grâce à des 
articles scientifiques tel Science ou Nature.
● Design : Construire des circuits, pratiquer ”In 
Silico”. Apporter un model mathématique ou 
informatique.
● Practice : Construire en laboratoire ?

   
Roadmap

Le Bio-hacking ne peut pas se résumer à la

lecture de papiers, et à la conception de circuits
sur ordinateur. Une partie essentielle de la
science biologique est la pratique en laboratoire.

   
Biohack : Problème de
sécurité
Risques :
● Personnes non compétentes, inaptes à utiliser ces 
technologies.
● Erreurs humaines.
● Intentions frauduleuses.
● Non respect de règles de sécurité

   
Biosafety

● Problème potentiel sauf si il y a partage 
d'information et coopération entre des gens 
désirant apprendre et des gens qui peuvent 
proposer leur enseignement.
● Si chaque personne se responsabilise.

   
Biosecurité
● Il y a plus à craindre des vols dans un laboratoire, 
ou de création d'explosif dans un garage...
● ”Maintenant, s’il est en train de s’employer à produire 
une bactérie pathogène multi­resistante c’est autre 
chose. Non, oubliez ça. Pas besoin de bidouiller le 
génome de la bête, suffit de la cultiver en sélectionnant 
les naturellement résistantes. Plus simple et ça 
demande moins de connaissances.” 
coffeeandsci.wordpress.com
   
Biohack : Problème de
sécurité
Les problèmes sont les mêmes qu'en labo, mais
dans ce dernier cas, ils sont controlés. Les
scientifiques sont d'accord sur le fait qu'on doit
respecter un code ethique dès qu'on touche à
ce domaine (Asilomar).
Le DIYBio ne doit pas faire exception à la règle.

L'analogie Informatique/Synth.Bio trouve

rapidement ses limites dès qu'on sort du cadre
”in silico”.
   
On the Web
● http://www.boingboing.net/2010/07/05/help­fund­a­hackersp.html
● http://coffeeandsci.wordpress.com/2009/09/08/biohackers­je­prefere­biopunks/

● ”Love to see this stuff is happening. I'm a genetics grad 
student who is frustrated with bureaucracy, politics and 
general lack of inspiration in my current lab. It makes me 
question my career goal to become a genetics professor.
But to see that there are models for experimental, non­
hierarchical 'hacker' biology out there is a sign of light!”
● http://www.diybio.org/

   
Roadmap
● Hackerspace Laboratoire dans le cadre d'une 
association à but non lucratif.
● Respect des normes de sécurité et entente avec un 
comité de sécurité et d'ethique.
● Ouvert à tous et à toute ! Sans contrats, sans 
inscriptions. Liberté d'actions.
● Apprentissage, Informations, Création, 
Interdisciplinaire.
   
Final

Public Domain
Vous êtes libre de distribuer ce document.

Enjoy !

   
 Images
● Diapo 9 : http://fr.wikipedia.org/wiki/Fichier:Transduction_genetic_fr.svg
● Diapo 15 : http://fr.wikipedia.org/wiki/Fichier:Op%C3%A9ron_absence_lactose.svg
● Diapo 16 : http://fr.wikipedia.org/wiki/Fichier:Op%C3%A9ron_presence_lactose.svg
● Diapo 19 : http://fr.wikipedia.org/wiki/Fichier:Lc_circuit.svg
● Diapo 20 : http://en.wikipedia.org/wiki/File:RS_Flip­flop_%28NOR%29.svg
● Diapo 19 & 20 : Synthetic biology: applications come of age, Ahmad S. Khalil* and 
James J. Collins
● Diapo 22 : registrypart.org