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Genética

Microbiana
Tamaño de los genomas
Se puede expresar como
el número de bases por
molécula.

Una molécula con 1000


bases es una Kb de ADN.
Si el ADN es de doble
hélice, se habla de pares
de kilobases (Kpb).

1 vuelta de ADN tiene


aproximadamente 10 pb.
1 Kb tiene 100 vueltas
(0.34µm).
Características del genoma
procariote
• Cromosoma circular.

• 105-106 pb.

• Aproximadamente 90%
codifica para proteínas y el 10%
para regulación.

•  Operones poligénicos o
policistrónicos (que tienen
muchos genes estructurales) y
operones monocistrónicos.

Genoma de E. coli 4.64 millones


de pares de bases (4640 kb).
Organización del genoma
procariote

El ADN de E. coli tiene una longitud de 1 mm, unas 400 veces su tamaño.
Se encuentra organizado en dominios (100) supererrollados, estabilizados
cada uno por proteínas específicas.
ADN superenrollado

• Superenrollamiento positivo: la doble hélice está sobrenrollada.

• Superenrollamiento negativo: la doble hélice esta infraenrollada. Torsión


de la doble hélice sobre su eje en sentido opuesto a la doble hélice. Esta
es la forma más común en la naturaleza.

• Topoisomerasas clase I.

• Topoisomerasas clase II.


Superenrollamiento negativo

• ADN-girasa (topoisomerasas clase II), presente en bacterias y muchas


arqueas.
• En bacterias la ADN girasa es inhibida por quinolona (ácido nalidíxico),
fluoroquinolonas (ciprofloxacino) y novobiocina que también parece
inhibir a la ADN girasa en algunas especies de arqueas.

• La Topoisomerasa I elimina el superenrollamiento y regresa la cadena al


estado relajado.
Características del genoma
eucariote
• Cromosoma lineal

• 107-109 pb

• Haploide y diploide

•  La codificación a proteínas varia


entre el 3% en humanos y 70% en
levaduras .

•  Presencia de intrones (regiones


no codificantes) y exones
(regiones codificantes).
Organización del genoma
eucariote
Clases de elementos genéticos
Organismo Elemento Tipo de ácido Descripción
nucleíco
Procariotas Cromosoma ADN de doble Muy largo, normalmente
cadena circular

Eucariotas Cromosoma ADN de doble Muy largo, lineal


cadena

Todos Plásmido* ADN de doble Molécula extracromosómica


cadena circular o lineal relativamente
corta
Todos Elemento ADN de doble Siempre se encuentra inserto
transponible cadena en otra molécula de ADN

Mitocondrias y Genoma ADN de doble De longitud media,


cloroplastos cadena normalmente circular

Virus Genoma ADN o ARN de Circular (relativamente) o


cadena doble o lineal
sencilla
*Los plásmidos son raros en eucariotas.

Brock. Biología de los Microorganismos, 12ª edición, 2009


Dogma Central
Replicación de ADN
•  Replicación semiconservativa

Hebra original

Hebra nueva

Enzimas:

•  ADN polimerasa(E. coli). Sitetizan en dirección 5’ à 3’.


I. Replicación en menor grado. Exonucleasa 5’ à 3’. Elimina al primer.
II. Participa en la reparación del ADN.
III. La enzima principal de la replicación.
IV. Participa en la reparación del ADN.
V. Participa en la reparación del ADN.

•  Primasa (RNA polimerasa)


Sintetiza un fragmento corto (cebador o primer) de 11 o 12 nucleótidos de
ARN sobre la cadena de ADN.
Replicación de ADN
• Origen de la replicación (solo uno en procariotas).
• Helicasa de ADN.
• ADN-girasa (topoisomerasa II).
• Proteínas de unión a ADN.
• Holoenzima. Dos DNA-pol III en el replisoma.
• ADN pol I.
• ADN-Ligasa.
Replicación en procariotes
•  Replicación bidireccional.

Estructura Theta θ
Replicación en
procariotes
•  Circulo rodante.

~ Plasmidos en Gram positivas.


~ Algunos virus.
~ Conjugación.

Cadena
continua

Cadena
discontinua
Replisoma
Esta compuesto por:

Dos copias de ADN-pol III,


•  Una helicasa y una primasa
(primosoma),
•  Proteínas de unión a ADNss.

Proteína que mantiene


juntas a las ADN-pol III y a la
helicasa.

La ADN-girasa elimina el
superenrrollamiento.

Nature Reviews Molecular Cell Biology 3, 859-870 (November 2002)


Transcripción
Promotores y Factor Sigma
• Promotores: sitios en el ADN
que reconoce la ARN
polimerasa para iniciar las
transcripción.
• Factor sigma: cadena
sencilla (SS) un factor de
inicio de la transcripción en
procariontes que permite la
unión específica de la ARN
polimerasa al promotor de
un gen.
• Hay diferentes factores
sigma que son activados en
respuesta a diversas
condiciones ambientales.
Transcripción en eucariotes
Síntesis de
proteínas
Elementos genéticos no
cromosómicos
• Plásmidos: DNA de doble cadena
circular, capaces de la replicación
autónoma. Existen plásmidos lineales
en Borrelia burgdorferi y
Actinomicetos.

• Elementos transponibles: Fragmentos


de ADN que cambian de lugar en el
genoma de un organismo. Presentes
en eucariontes y procariontes.

En procariontes hay 3 tipos:


~ Secuencias de inserción
~ Transposones
~ Virus especiales
Plásmidos

• Tamaño: de 1Kpb a 1Mpb.

• Están presentes en determinado


número de copias por célula
(1-3 ó más de 100)

• En Gram negativas se replican


de modo similar al cromosoma.
Replicación bidireccional
alrededor del círculo, aunque
algunas lo hacen unidireccional.

• En Gram positivas se replican


por el mecanismo de círculo
rodante, también algunas Gram
negativas y arqueas.
Plásmidos
• Episomas: pueden integrase al
cromosoma y se replican bajo el
control de este.

• Plásmidos conjugativos: los que


dirigen su propia transferencia
mediante el contacto entre células.
La región tra contiene genes que
codifican para transferencia y
replicación.

• Plásmidos no conjugativos: que no


pueden transferirse por sí mismos a
otra célula. Plásmido F (de fertilidad) de E. coli

• Plásmidos crípticos: que solo se Verde obscuro: genes de replicación.


Verde claro: genes de transferencia conjugativa.
sabe que se replican, no se sabe
Amarillo: elementos transponibles.
qué otra función tienen.
Fenotipos conferidos por plásmidos
Fenotipo Organismos procariotas
Producción de antibióticos Streptomyces
Conjugación Amplio rango de bacterias
Funciones metabólicas
Degradación de octano, alcanfor y naftaleno Pseudomonas
Degradación de herbicidas Alcaligenes
Formación de acetona y butanol Clostridium
Utilización de lactosa, sacarosa, citrato o urea Enterobacterias
Producción de pigmentos Erwinia, Staphylococcus
Producción de vesículas de gas Halobacterias*
Resistencia
Resistencia a antibióticos Amplio rango de bacterias
Resistencia a metales pesados Amplio rango de bacterias
Virulencia
Formación de tumores en plantas Agrobacterium
Nodulación y fijación simbiótica de nitrógeno Rhizobium
Producción de bacteriocina y resistencia Amplio rango de bacterias
Invasión de células animales Salmonella, Shigella, Yersinia
Coagulasa, hemolisina, enterotoxina Staphylococcus
Toxinas y cápsula Bacillus anthracis
Enterotoxina, antígeno K Escherichia
*Arqueobacteria.
Brock. Biología de los Microorganismos, 12ª edición, 2009
Plásmido conjugativo con
multirresistencia
Molecular structure of a circular,
conjugative multiresistance
plasmid from an Enterococcus
faecalis isolated from a raw
fermented sausage.

The molecule is made up of a


part originating from
Streptococcus (blue symbols)
and Enterococcus (black
symbols). Antibiotic resistance
genes are in white; the segment
responsible for conjugative
resistance transfer is indicated.
Insertion elements are shown as
boxes: they are potent tools to
excise and to insert genes into
DNA.

A total of 58 potential genes are


present. (© M. Teuber)

http://www.accessscience.com/popup.aspx?figID=YB030595FG0020&id=YB030595&name=figure
Elementos
transponibles en • Secuencias de inserción

bacterias (IS). Segmentos cortos de


ADN, aproximadamente
1000 nucleótidos, solo
contienen la información
genética que la necesaria
para moverse de un lugar a
otro.

• Transposones (Tn). Son más


grandes y tienen genes
adicionales. Se replican
como parte del ADN.

• Bacteriófago Mu. Que es a


la vez un virus y un
transposón.
Elementos de Inserción
• Secuencia de Inserción o Elemento de Inserción (IS): los transposones
simples contienen una secuencia central con información para la
transposasa y en los extremos una secuencia repetida en orden inverso
de entre 10 y 50 pb.
• Esta secuencia repetida en orden inverso no es necesariamente
idéntica, aunque muy parecida.
• Cuando un transposón simple se integra en un determinado punto del
ADN aparece una repetición directa de la secuencia diana (5-12 pb).

Video: http://classes.midlandstech.edu/carterp/Courses/bio225/chap08/lecture6.htm
Transposones compuestos
Contienen un elemento
de inserción (IS) en
cada extremo en orden
directo o inverso y una
región central que
además suele contener
información de otro
tipo. Por ejemplo, los
factores de
transferencia de
resistencia (RTF), poseen
información en la zona
central para resistencia
a antibióticos.

http://www.mun.ca/biochem/courses/3107/Topics/Mobile_elements.html
Transposones conservativos
Elementos Tn5
Transposones
replicativos
Elementos Tn3

• La transposición es hecha por un


proceso que involucra la replicación del
elementos transponible.

• La transposasa codificada en el


elemento participa en la interacción del
elemento y el potencial sitio de inserción.

• Durante la interacción el elemento es


replicado y una copia es insertada en un
nuevo sitio y la otra permanece en el sitio
original con la participación de la enzima
resolvasa.
Bacteriofago Mu

• Su genoma es lineal, con un tamaño variable de 38-39 Kb.

• Los productos de los genes a y b codifican para la proteína A


(transposasa) y para la proteína B (resolvasa).

• La expresión de los genes es reprimida por el producto del gen c. La


transposición requiere de dos secuencias terminales de Mu, attL y attR
(algunas veces llamado MuL y MuR).
Bacteriofago Mu
• El DNA viral incluye, además del genoma del virus, DNA bacteriano en los
extremos. El fragmento del genoma bacteriano es variable, en el extremo
izquierdo puede tener una longitud de 50-150 bases y en el derecho de
1000 a 2000 bases.
• Se produce la escisión del fago del cromosoma bacteriano. Primero se
produce un corte a la izquierda que incluye parte del DNA bacteriano
adyacente, comienza a encapsidarse y una vez llenada la cabeza del
virus se produce el segundo corte a la derecha y también tiene DNA
bacteriano (1000-2000 bases).

• En el fragmento extra


derecho del cromosoma
bacteriano puede incluirse
un gen completo de la
bacteria con lo que al
infectar a otra célula
puede introducir un gen de
una bacteria a otra.
Elementos genéticos móviles

Los factores de
virulencia pueden
estar codificados en
elementos genéticos
móviles.

Nature Reviews Microbiology 2, 123-140 (February 2004)


Transferencia horizontal de
genes en bacterias

Nature Reviews Microbiology 4: 36–45, 2006


Mecanismos de transferencia
Conjugación
Transferencia de material genético por contacto célula-célula.

Plásmido conjugativo F o factor de fertilidad.

• 100kb.
• Replicación autónoma.
• Formación del pili sexual.
• Funciones de conjugación.
• Contiene secuencias de inserción.
• Episoma.
• Una a tres copias.
Región tra (E. coli)

Aproximadamente 25 genes.

14 corresponden a la formación del pili sexual

• TraA corresponde a la pilina.


• En la punta TraN y TraG interactúan con OmpA.
• TraD forma el poro.
• TraY (proteína de unión a ADN) se une a oriT y permite la unión de TraI.
• TraI endonucleasa/helicasa desenrolla y guía la transferencia.
Sistema de Secreción tipo IV

Nature Reviews Microbiology 1, 137-149 (November 2003)


Transferencia por conjugación

F-
F+

F-
F+

F+

F+ F+ Modelo del círculo rodante.


Células Hfr
(High frequency of recombination)

• Integración del
plásmido F para formar
la cepa Hfr

• Ruptura del cromosoma


Hfr en el origen de la
transferencia.
Conjugación en otras células

• Plásmidos autotransmisibles.

• No hay presencia de pili sexual.

• Se ha demostrado en
Streptococcus, Enterococcus,
Bacillus, Clostridium y
Streptomyces.
Conjugación en otras células
• Agrobacterium tumefaciens
transfiere parte del plásmido Ti a
plantas (T-DNA) a la planta donde
se producen auxinas y citocinas
(producen un tumor), y opinas
(derivados de aminoácidos), que
sirven como fuente de energía a
A. tumefaciens.
Agrobacterium tumefaciens
Transformación
Involucra la adquisición de AND
libre del medio extracelular, y la
competencia genética es la
habilidad de llevar a cabo la
transformación.

Experimento de Griffith con


Streptococcus pneumoniae.

http://iescarin.educa.aragon.es/estatica/depart/biogeo/varios/BiologiaCurtis/
Competencia
Natural
• Streptococcus pneumoniae. Durante
el crecimiento se produce la proteína
CSP (competence-estimulating
peptide), se forma el translocasoma
que incluye la endonucleasa EndA
que degrada una cadena y facilita la
entrada de una hebra.
• Bacillus subtillis. Las células producen
un péptido, bajo ciertas condiciones
de estrés (alta densidad celular) la
acumulación induce la competencia
en las células.
Inducida
• Bacterias Gram negativas
• Electroporación
Haemophilus influenzae y Neisseria sp.
• CaCl2 y bajas temperaturas.
El transporte ocurre cuando
secuencias específicas DUS (DNA
uptake sequences ) son detectadas
por receptores.
SSTII y competencia

Nature Reviews Microbiology 2, 241-249 (March 2004)


Transformación
natural
Figure 2 | The natural transformation of
recipient bacteria and selection of
transformants. The steps involved in this
process include the release of extracellular
DNA into the environment and the uptake
of DNA into the cytoplasm of the recipient
bacterial cell that has developed a
regulated physiological state of
competence. Following uptake, for the
transferred DNA to persist it must integrate
into the bacterial genome through
homologous recombination or by
sequence-independent, illegitimate
recombination. Plasmids that succeed in
reconstituting a replication-proficient form
do not need to integrate into the host
genome. Modified with permission from REF.
159 © (1998) Blackwell Publishing, and REF.
160 © (1998) Elsevier

Nature Reviews Microbiology 3, 711-721 (September 2005)


Transducción
Experimento de Hershey-Chase.

Transferencia de marcadores
genéticos bacterianos de una
célula a otra por medio de
bacteriófagos.

Transducción generalizada
(cualquier fragmento) y
especializada (secuencias
específicas).

http://iescarin.educa.aragon.es/estatica/depart/biogeo/varios/BiologiaCurtis/
Ciclo lítico y lisogénico de un
bacteriófago
Figure 3 | Genes and components of tailed phages. The main components of the lambdoid
phage family and the conserved order of the genes for these components is shown. Heads
(or capsids), tails and fibres are composed of several proteins, some of which interact tightly
with a defined chronology during morphogenesis. This is probably why the order of some
genes is conserved although their sequences display no detectable similarity. Global analysis
of phage genome sequences should allow the identification of the building blocks and the
rules that govern their combination into functional phages. Component genes and their
protein products include: Nu1, terminase small subunit; A, terminase large subunit; W, head
stabilization; B, portal protein; C, capsid component; Nu3, scaffold protein; D, head-DNA
stabilization; E, major head protein; FI, DNA maturation; FII, head stabilization; Z–H, tail
components; M, L, K and I, tail assembly proteins; J, tail tip, host specificity; lom, outer
membrane protein; stf and tfa, tail fibre proteins. Modified with permission from REF. 88 © 1992
Academic Press.
Nature Reviews Microbiology 3, 722-732 (September 2005)
Transducción generalizada

Bacteriófago p22
Transducción especializada

Bacteriofago λ