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Unidad 2 Fase 4
ABP De Ácidos Nucleicos
Director de Curso
Alberto García
Índice General
ÍNDICE GENERAL........................................................................... 2
TABLA DE FIGURA.........................................................................3
OBJETIVO GENERAL.......................................................................4
Objetivos específicos........................................................................................................................................... 4
1. Analice............................................................................................................................................................ 7
Análisis 1.....................................................................................................................................................................7
2. Analice............................................................................................................................................................ 8
Análisis 2.....................................................................................................................................................................8
3. Analice.......................................................................................................................................................... 11
Análisis 3...................................................................................................................................................................11
LA INHIBICIÓN ENZIMÁTICA..........................................................13
SOLUCION..................................................................................15
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UNIDAD 2: FASE 4. ÁCIDOS NUCLEICOS
SOLUCIÓN..................................................................................15
SOLUCION..................................................................................16
SOLUCION..................................................................................18
SOLUCION..................................................................................19
SOLUCION..................................................................................20
CONCLUSIONES........................................................................... 20
BIBLIOGRAFÍA............................................................................. 20
Tabla de ilustraciones
IMAGEN 1. MAPA CONCEPTUAL METILACIÓN DEL 0-1..................................................................................5
INTRODUCCIÓN
La bioquímica es una ciencia que comenzó a emerger desde comienzos del siglo pasado. Es
frecuentemente descrita como el estudio de la química de la vida e incluye el estudio de todas las
formas de vida y utiliza los conceptos básicos derivados de la biología, química, física y
matemáticas.
La Bioquímica es, comparativamente con otras áreas del conocimiento, una disciplina
científica joven, que integra múltiples conceptos de la Física, la Química y la Biología en un
cuerpo coherente de generalizaciones que permiten comprender cómo operan los organismos
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UNIDAD 2: FASE 4. ÁCIDOS NUCLEICOS
vivientes. Sus puntos de contacto con otras áreas son múltiples y no siempre es fácil establecer
las fronteras respectivas. La comprensión de las propiedades estructurales y funcionales de las
principales moléculas que intervienen como constituyentes de los alimentos y del papel que ellas
juegan en el metabolismo, nos proporciona criterios para juzgar el valor nutritivo de un alimento
de uso común o de una fuente nutricional potencialmente utilizable.
En este trabajo se profundizará a cerca de la metilación del ADN y la inhibición enzimática por
medio de análisis específicos a las situaciones presentadas.
Objetivo general
Conocer los conceptos básicos de bioquímica como son las generalidades, clasificación y
estructura de los ácidos nucleicos.
Diferencia los tipos de bases nitrogenadas que conforman los ácidos nucleicos.
Analizar la formación de nucleósidos y nucleótidos.
Analizar la estructura química de nucleósidos y nucleótidos.
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a un caso de SBW. Existen, por otra parte, algunas figuras de cerámica provenientes de la zona
oeste de México (Colima) del 200 aC, donde puede observarse macroglosia y onfalocele o hernia
umbilical, lo que sugiere que esta patología ya era reconocida en la antigüedad. El SBW se
incluye dentro de 10s llamados síndromes de sobrecrecimiento o hipercrecimiento. La frecuencia
es de aproximadamente, 1: 14000 y es el más común dentro de este grupo. Es causado por una o
varias mutaciones en el brazo corto del cromosoma 11 región 15.5 (1 1 pl5.5). La gran mayoría
de 10s casos es esporádico, si bien existen algunos informes familiares (Tabla I). Varios genes se
están estudiando como sus responsables probables. (Pablo Lapunzina, 1999)
metiladas se ubican casi exclusivamente en islas CpG, fragmentos de secuencias ricas en citosina
y guanina (CG, 500 pb) que sirven como promotores para los genes asociados a éstas.
Aproximadamente el 70% de los dinucleótidos CG en el genoma humano está
constitutivamente metilado; sin embargo, las islas CpG generalmente no lo están (Lu et al, 2006).
Tal es la importancia reguladora de estas zonas, que un estudio realizado en 1993
determinó que alrededor de la mitad de los genes en mamíferos contienen islas CpG (Antequera
& Bird, 1993) y que el 76% de los genes humanos tiene este tipo de promotor (Marino-Ramirez
et al, 2004; Davuluri et al, 2001).
Ahora se sabe que la metilación de citosinas en plantas y animales se concentra
principalmente en elementos repetitivos. Gran parte de esta metilación se da en transposones, los
cuales constituyen más del 45% del genoma humano (Smit & Rigs, 1996).
Mecanismo de metilación del ADN. SAM= S-adenosil-metionina; CH 3 =grupo metilo;
DNMT = ADN metil transferasa (Adaptado de Strathdee et al, 2002).
Metilación de ADN en dinucleótidos CpG en mamíferos. Los grupos metilo pueden ser
introducidos al ADN no-metilado por las enzimas de metilación de novo DNMT3a y DNMT3b.
Cuando el ADN se replica, el grupo metilo de la hebra guía es reconocido y se introduce
uno nuevo en la hebra hija por medio de la actividad DNMT1, la cual puede estar asociada a la
maquinaria de replicación. En presencia de DNMT1, el ADN hemimetilado se metila y así los
patrones de metilación se mantienen. La desmetilación puede ocurrir en ausencia de DNMT1 en
rondas continuas de replicación de ADN (desmetilación pasiva) y de forma activa (sin
replicación de ADN) (Adaptado de Reik & Walter, 2001).
2. Analice
Por qué la metilación del ADN es de vital importancia para mantener el silenciamiento
génico en el desarrollo normal, la impronta genómica y la inactivación del cromosoma X.
Análisis 2.
La función más reconocida de la metilación de ADN es la supresión (silenciación) de la
actividad de genes asociados, al promover la agrupación de proteínas de unión a CpG, como
MeCP2 y MBD2, que atraen complejos de inactivación de la cromatina que contienen
desacetilasas (HDACs) e histona-metiltransferasas (HMT). Así, se favorece una condensación
local de la cromatina y una configuración transcripcionalmente inactiva.
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Análisis 3.
Existe una pérdida neta de citosinas metiladas en varios genomas tumorales, lo cual es
inconsistente con los niveles de DNMT1. Hasta el momento no se ha reportado mutación o
amplificación del gen Dnmt1 en cáncer, por lo que no hay evidencia de que sea un oncogén. No
hay información genética que implique a alguna ADN-metiltransferasa o factor relacionado en
carcinogénesis (Baylin & Bestor, 2002).
Nuevas investigaciones sugieren que el ajuste alternativo produce varias isoformas de
DNMT1 para satisfacer los diferentes patrones correspondientes al metabolismo de metilación de
ADN. La enzima DNMT1b es una variante de DNMT1 que contiene 48 pb adicionales entre los
exones 5 y 6 para producir una enzima con 16 aminoácidos más que DNMT1 [Hsu et al. 1999].
Se ha probado que, in vitro, DNMT1b tiene características similares a DNMT1 ya que la
expresión de su ARNm es ubicua (Bonfils et al, 2000).
Un grupo de investigación describió que la expresión de DNMT1b se encuentra en un
nivel 40-70% con respecto al DNMT1 (Hsu et al, 1999).
La función específica de esta variante aún no ha sido dilucidada. El ajuste alternativo de
exones 5 sexo - específicos produce al menos dos variantes ARNm de DNMT1 denominados
DNMT1o y DNMT1p. La isoforma DNMT1o es la única encontrada, de las DNMT1, en oocitos
y en embriones pre-implantados. Además, se ha observado que DNMT1o experimenta una
translocación dependiente del desarrollo: inicialmente se encuentra en el citoplasma y después,
durante la etapa octacelular, se transporta al núcleo (Robertson 2002).
Se piensa que este cambio de posición está relacionado con el establecimiento de
patrones normales de metilación en regiones de impronta (Cardoso & Leonhardt, 1999; Doherty
et al, 2002) DNMT2 La enzima DNMT2 es sintetizada a partir de un gen ubicado en el locus
10p15.1 (Yoder and Bestor, 1998) y es la más conservada de todas las citosina-metiltransferasas.
Se ha encontrado que el ARNm de DNMT2 se encuentra de forma ubicua a pequeñas
concentraciones (Okano et al, 1998a; Yoder and Bestor, 1998).
Esta es la DNMT más distribuida, ya que sus homólogos están presentes aún en especies
que aparentemente no metilan su ADN (p.e. Schizosaccharomyces pombe, Caenorhabditis
elegans). No obstante, hasta el momento no se ha reportado actividad metiltransferasa in vitro en
DNMT2 (Dong et al, 2001; Okano et al, 1998a; Yoder and Bestor, 1998); aunque sí forma
complejos proteicos estables in vitro (Dong et al, 2001).
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Por lo tanto, DNMT2 podría ser una subunidad catalítica de un complejo ADN-metilasa
que está inactiva cuando se encuentra sin ciertos cofactores (aún no determinados). Por otro lado,
también podría tener un campo de reconocimiento que actúa más allá de los dinucleótidos CpG.
Los grupos metilo pueden ser introducidos al ADN no-metilado por las enzimas de
metilación de novo DNMT3a y DNMT3b. Cuando el ADN se replica, el grupo metilo de la hebra
guía es reconocido y se introduce uno nuevo en la hebra hija por medio de la actividad DNMT1,
la cual puede estar asociada a la maquinaria de replicación.
En presencia de DNMT1, el ADN hemimetilado se metila y así los patrones de metilación
se mantienen.
La desmetilación puede ocurrir en ausencia de DNMT1 en rondas continuas de
replicación de ADN (desmetilación pasiva) y de forma activa (sin replicación de ADN)
(Adaptado de Reik & Walter 2001).
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La inhibición enzimática
El sistema digestivo está compuesto por variedad de órganos que se pensaban que
cumplían con funciones bastante básicas, las cuales solo eran triturar, lubricar, adsorber y
excretar, pero con todos los avances que ha tenido la medicina y la química se ha podido
determinar que este sistema regula muchas cosas que solo aportar los nutrientes necesarios para
realizar las actividades cotidianas, un caso notable de esto es el equilibrio que hay entre estas dos
compuestos como lo son la Insulina y el Glucagón, cuando en nuestras actividades diarias no
podemos ingerir alimentos a las horas habituales; el hígado por el órgano que regula todo el paso
de nutrientes en el proceso de digestión, acumula glucosa cuando está disponible para poder dar
energía cuando por los motivos anteriormente mencionados el cuerpo no ha ingerido alimentos,
realizando las diferentes degradaciones de esta, la insulina desvía estos compuestos para la
estimulación de la desfosforilaciòn de enzimas del grupo fosfatasa y glucagón activa estas misma
enzimas pero realizando la fosforilación en las proteínas cinasa, dando así una carga de energía a
nuestro cuerpo para que siga realizando las diferentes actividades.
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2. Analice Las enzimas alostéricas son aquellas para las cuales la catálisis en el sitio activo
puede modularse por la presencia de efectores en un sitio alostérico.
SOLUCIÓN
Las enzimas pueden realizar estos tipos de actividades uno es que reaccione con el sustrato
o puede que regule la actividad enzimática del lugar donde este, y esto es gracias a las cadenas
de polipéptidos que están compuestas, ya que no tiene solo dos y con esta condición puede
realizar estas funciones.
Primera parte: Cinética enzimática
Para esta actividad realice el cálculo de la tabla 1. Para dichos cálculos, utiliza el método
de Lineweaver – Burk, Calcule los recíprocos de la actividad enzimática y concentración de
sustrato y grafique 1/v como función de 1/ [S].
De esta gráfica, determine los valores para Vmax y Km, determinando los recíprocos de los
interceptos en Y y X de la gráfica. Consulte el documento: Aplicación de las herramientas
informáticas en el tratamiento de la información científico de Mauricio Restrepo Gallego.
En experimentos de laboratorio, se utilizaron dos decarboxilasas (A y B) obtenidas de diferente
microorganismo (ver tabla). Decida cual enzima demuestra un mayor coeficiente de
especificidad, (Vmax/ Km), recuerde que entre mayor sea el valor del coeficiente de
especificidad más específica es la enzima por el substrato.
Enzima A Enzima B
SOLUCION
Enzima A
X Y
1/[S] 1/Vo
0,0002 0,3373 Vmax=1/b 0,29856094
0,002 0,3364 Km=m/b 589,26972
0,0005 0,4945
0,0005 0,4957
0,001 3,764
0,001 3,407
0,005 10,636
0,006 11,706
0,004 9,641
0,01 20,751
Enzima A 1 1
Enzima A 2 1
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Enzima B
1/[S] 1/Vo
0,005 0,3962
0,005 0,3857
0,001 0,4163 Vmax=1/b 3,417635
0,005 0,413 Km=m/b 25,1059467
0,05 0,5606
0,05 0,5689
0,1 0,9862
0,1 0,7909
0,25 2,2011
0,25 2,2015
Enzima B 1 1
Enzima B 2 1
Ecuación de Michaelis-Menten
El sitio activo se constituye de cadenas laterales compuesta de aminoácidos que forma una
estructura tridimensional y es allí donde se uno los sustratos, es ente donde se forman el
complejo se sustrato-enzima para convertirse después en enzima-producto donde finalmente se
disocian.
Analice Significado biológico de Km. En términos prácticos la Km, como una medida de
la afinidad de la enzima por su sustrato, más pequeño es su valor mayor es la afinidad de la
enzima por el sustrato.
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SOLUCION
La Km permite discernir entre el sustrato natural y sus análogos, ya que el enzima trabaja
mejor con el sustrato que presenta menor Km.
3. Analice Las enzimas con una Km muy baja (10-6-10-8M) son importantes en el metabolismo.
SOLUCION
Las enzimas con una Km muy baja ayudan a regular el metabolismo y a prevenir algunas
enfermedades como la leucemia; aquellas enzimas con el valor de Km muy bajo (poseen una
mayor afinidad por el sustrato) serían capaces de provocar la hidrólisis de la Asn, Los valores
bajos de Km significan alta afinidad
Conclusiones
Por medio del análisis de las diferentes situaciones presentadas pudimos analizar
adecuadamente las vías metabólicas más importantes con referencia a su importancia relativa en
el conjunto de metabolismos y la correlación con otras vías.
Profundizamos los conceptos básicos de la bioquímica, haciendo énfasis en las generalidades,
clasificación y estructura de los ácidos nucleicos.
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Bibliografía
http://repository.unad.edu.co/bitstream/10596/9281/1/201103_Modulo_bioquimica_1_201
3%20_final_45_leccione_WORD.pdf
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