Introducción

Las proteínas son macromoléculas complejas desde los puntos de vista físico y funcional, que
desempeñan múltiples funciones de importancia crucial. Por ejemplo, una red de proteína interna,
el citoesqueleto mantiene la forma y la integridad física celulares. Filamentos de actina y miosina
forman la maquinaria contráctil del músculo, la hemoglobina transporta oxígeno, mientras que los
anticuerpos circulantes defienden contra invasores extraños, etc. Las proteínas están sujetas a
cambios físicos y funcionales que reflejan el ciclo de la vida de los organismos en los cuales
residen. Una proteína típica nace en el momento de la traducción, madura a través de eventos de
procesamiento postraduccional, como proteólisis selectiva, alterna entre estados de trabajo y
reposo por medio de la intervención de factores reguladores, envejece por oxidación,
desamidación, etc. y muere cuando se degrada hacia los aminoácidos que la componen.

Objetivo

Aprender el uso de herramientas informáticas para la visualización, análisis y clasificación de la

estructura 3D de proteínas.

Objetivos específicos:

 Obtener la estructura primaria de proteínas de bases de datos

 Reconocer de los niveles de organización y análisis estructural de proteínas.
 Identificar laminas betas y hélices alfas en las distintas estructuras de las proteínas.

Marco teórico

Se habla que en la naturaleza la forma sigue a la función. Por tanto, para que un polipéptido recién
sintetizado madure a una proteína biológicamente funcional, capaz de catalizar una reacción
metabólica, impulsar el movimiento celular, o formar estructuras macromoleculares que
proporcionen integridad estructural a pelos, huesos, tendones y dientes, debe plagarse hacia una
disposición tridimensional especifica conocida como conformación.

En un principio se abordó las relaciones entre estructura y función en proteínas separándolas en

clases con bases en propiedades como solubilidad, forma o la presencia de grupos no proteínicos.
Así, las proteínas que se lograban extraer de las células usando soluciones acuosas a pH fisiológico
y fuerza iónica se clasificaban como solubles.

Las proteínas desempeñan complejas funciones físicas y catalíticas al colocar grupos químicos
específicos en una disposición tridimensional precisa. El andamio polipeptídico que contienen
estos grupos debe adoptar una conformación tanto eficiente desde el punto de vista funcional
como fuerte en el aspecto físico. En la síntesis de los esqueletos polipeptídicos de proteínas se
emplea un pequeño grupo de bloques de construcción comunes o módulos, los aminoácidos,
unidos por una conexión común, el enlace peptídico. De la misma manera una vía modular por
pasos simplifica el plegado y el procesamiento de polipéptidos recién sintetizados hacia proteínas
maduras.

La naturaleza modular de la síntesis y del plegamiento de proteína están incorporados en el

concepto de órdenes de la estructura de proteína: estructura primaria, la secuencia de
aminoácidos en una cadena polipeptídica; estructura secundaria, el plegado de segmentos de
polipéptidos cortos y contiguos, hacia unidades ordenadas de manera geométrica; estructura
terciaria, el montaje de unidades estructurales secundarias hacia unidades funcionales de mayor
tamaño, y por último, estructura cuaternaria, el número y los tipos de unidades polipeptídicas de
proteínas oligoméricas y su disposición espacial.