PRACTICA 1 LENNARD-JONES.

CHOQUE ELASTICO POR

CONDICIONES A LA FRONTERA

Universidad Nacional Autónoma de México

Facultad de Química

Introducción a la simulación molecular

Profesora: Laura Domínguez Dueñas

Introducción

Dinámica molecular

Esta técnica permite realizar el cálculo de las propiedades de transporte y equilibrio de

sistemas clásicos de varias partículas, el movimiento de las partículas obedecen las leyes de
la mecánica clásica, se sigue la evolución del sistema con el tiempo para cada partícula
conforme se resuelven las ecuaciones de movimiento de Newton.
Los tiempos de simulación actuales varían desde los femtosegundos hasta los milisegundos.
Las estructuras iniciales que se crean en los simuladores poseen energías mucho mayores a
las que tendría un objeto real, por esta razón, se utilizan algoritmos para calcular las
posiciones y fuerzas originales, con el objetivo de minimizarlas y que sean más realistas. [1]

Mecánica clásica
La dinámica estudia la relación entre el movimiento de un cuerpo y las causas de este
movimiento. El movimiento de un cuerpo es el resultado directo de sus interacciones con
los otros cuerpos que lo rodean; las interacciones se describen convenientemente por un
concepto matemático denominado fuerza.
La suma de la energía cinética y potencial de una partícula se denomina energía total o
energía mecánica.
La energía mecánica de un sistema de partículas se conserva si las fuerzas que actúan sobre
el sistema son conservativas. Esto nos dice que la energía mecánica final es igual a la energía
mecánica inicial. [2]
Lennard-Jones
Lennard-Jones consiste en; un término repulsivo pronunciado, y un término atractivo más
suave, que representa las fuerzas de dispersión. El modelo de Lennard-Jones no es la
representación más fiel de la superficie de energía potencial, sino que su uso está muy
extendido debido a su conveniencia computacional. Viene dado por la siguiente ecuación:

También se expresa como

V es el potencial intermolecular entre los dos átomos o moléculas.

ε es la profundidad y una medida de la fuerza con que las dos partículas se atraen entre sí.

σ es la distancia a la cual el potencial intermolecular entre las dos partículas es cero

σ da una medida de cuán cerca pueden estar las dos partículas que no se unen y así se
conoce como el radio de van der Waals. Es igual a la mitad de la distancia internuclear entre
partículas que no se unen.

r es la distancia de separación entre ambas partículas (medida desde el centro de una

partícula hasta el centro de la otra partícula).

A = 4εσ12, B = 4εσ6
Valor mínimo de Φ12(r) en r= rmin. [3]

Python
El creador del lenguaje es un europeo llamado Guido Van Rossum. Hace ya más de una
década que diseño Python, ayudado y motivado por su experiencia en la creación de otro
lenguaje llamado ABC. El objetivo de Guido era cubrir la necesidad de un lenguaje orientado
a objetos de sencillo uso que sirviese para tratar diversas tareas dentro de la programación.
Dispone de muchas funciones incorporadas en el propio lenguaje, para el tratamiento de
strings, Existen muchas librerías que podemos importar en los programas para tratar temas
específicos como la programación de ventanas o sistemas en red o cosas tan interesantes
como crear archivos comprimidos en .zip. [4]
Una de las características más reseñables de Python es que es un lenguaje interpretado,
esto significa que no se compila a diferencia de otros lenguajes como Java o C/C++, sino que
es interpretado en tiempo de ejecución. Además, es de tipado dinámico, aunque
opcionalmente desde la versión 3.5 podemos hacer uso de tipado estático. [5]

Proceso de elaboración
Mediante el programa de python hemos realizado la simulación dinámica molecular de un
sistema de 10 partículas, donde se definieron velocidad, posición y condiciones de
frontera. Obteniendo finalmente una animación, a través de la importación de librerías en
el programa.

Referencias
[1]revistas.ucr.ac.cr/index.php/ingenieria/article/view/8720/15608
[2]faa.unse.edu.ar/apuntes/fisica/mec_clas.pdf

[3]chem.libretexts.org/Core/Physical_and_Theoretical_Chemistry/Physical_Properties_of
_Matter/Ato

[4] desarrolloweb.com/articulos/1325.php

[5] www.paradigmadigital.com/dev/es-python-el-lenguaje-del-futuro/