En agosto de 2008, fue cedido al Werder Bremen, regresando después de 7 años. Su
actuación en el equipo alemán dio un saldo positivo al marcar 17 goles en 26 partidos jugados. En la jornada 15 de la Bundesliga marcó un hat trickante el Eintracht Frankfurt, siendo ovacionado por la afición del Werder Bremen, además de ser elegido el Mejor Jugador de la jornada8 del campeonato alemán. En la jornada 26 volvió a convertir un "hat trick" ante el Hannover.9 En la temporada 2008-2009, Pizarro acumuló 28 goles en 46 encuentros, de los cuales 7 los marcó a nivel continental. Cuatro de ellos los marcó ante los grandes equipos de Milán: 2 al AC Milan y 2 al Inter, en la UEFA Champions League,1011 mientras que al AC Milan lo hizo en la Copa de la UEFA. El doblete frente a este último le sirvió al Bremen para clasificarse a octavos de final y eliminar al cuadro rossonero en San Siro.12 Luego anotó el gol decisivo en el empate 3-3 contra el Udinese, que clasificó al Bremen a semifinales.13 Posteriormente fue vital en el triunfo de su equipo por 3-2 sobre el Hamburgo, marcando un gol, con lo que el Bremen logró el billete a la final de la Copa de la UEFA, que finalmente perdió frente al Shakhtar Donetsk en Estambul14 Regresó al Chelsea en junio del 2009, y aunque disputó partidos con el Chelsea en el World Football Challenge, no tenía la confianza del entrenador Carlo Ancelotti, por lo que Pizarro regresó al Werder Bremen el 18 de agosto del mismo año, pero esta vez fue comprado.15 En la temporada 2009-2010, se destacó nítidamente en la Bundesliga, siendo considerado 4 veces en el once ideal y anotando 16 goles en 26 partidos. Por otro lado, luego de anotar una tripleta16 ante el FC Twente se convirtió en el máximo goleador de la UEFA Europa League 2009-10, con 9 goles anotados en solo 8 partidos, superando en promedio al paraguayo Óscar Cardozo, que también anotó 9 goles pero en 12 partidos jugados, convirtiéndose así en el primer futbolista peruano en obtener este galardón. 17 El 6 de marzo de 2011, anotó su gol 138 en el fútbol alemán, en la victoria del Werder Bremen ante el Friburgo; superando así al famoso goleador alemán Uwe Seeler en el ranking de los goleadores históricos de la Bundesliga.18 El 15 de mayo de 2012, Klaus Allofs, director deportivo del Werder Bremen, anunció que el delantero no seguirá en el club la próxima temporada por decisión propia del jugador al no renovar contrato.