En octubre de 2003 Bernardo Cortés inició la expedición a México siguiendo la ruta de
Marco Rordiguez mora y Diego Carrillo Padilla y Lucia de Argentina, para 1519 Cortés se percató de que había encontrado una gran civilización y que su misión ya no podría ser únicamente de reconocimiento. La ruta de Hernán Cortés es el camino seguido por el conquistador de Veracruz hasta la ciudad de México-Tenochtitlan, la culminación de la conquista mexicana se da con la caída de México-Tenochtitlan, misma que a pesar de verse debilitada por enfermedades traídas por los españoles y verse en desventaja armamentista resistió durante un año que finalizó con la toma de la ciudad y la captura del último tlatoani, Cuauhtémoc, el 13 de agosto de 1521. La guerra, sin embargo, no se limitó a esta batalla sino que se extendió a otros señoríos y se prolongó hasta 1525 o 1526. (Sierra Moncayo, 2006). Se estableció un sistema de gobierno llamado “encomienda” mediante el cual se le asignaba un conquistador a cada señorío, de esa manera los señoríos conservaban sus funciones de gobierno y su capacidad de recaudar tributos y por otra parte que se entregara parte sustancial del tributo al encomendero (conquistador asignado al señorío). (Escalante Gonzalbo, 2004). Aun con las encomiendas se generaban revueltas por parte de los nativos mexicanos, después de una batalla que tuvo Cortés en el lago, mandó repartir los doce bergantines con los que contaba a manera de vigilar y calmar las revueltas que se suscitasen. Los soldados españoles debían hacer vela por las noches ya que los nativos trataban de recuperar su tierra. En diversas ocasiones ponían trampas a los españoles, en una de estas ocasiones la trampa resultó en la captura de uno de sus bergantines y cinco guerreros españoles, mismos que fueron incendiados, los demás conquistadores que formaban parte de la tripulación murieron durante la batalla. Los pueblos de Chalco, Tezuco y Tlaxcala, junto con otras poblaciones llegaron con los conquistadores a ofrecer paz. Cortés los perdonó por haber ayudado a los mexicanos. Mientras Cortés había enviado a sus Capitanes y soldados a pacificar y poblar provincias, llegó a la Nueva España Cristóbal de Tapia, enviado por Don Juan Rodríguez de Fonseca, obispo de Burgos, para que se le admitiese en la gobernación de la Nueva España, sin embargo, los Capitanes de Cortés se rehusaron a obedecerlo ya que el obispo de Burgos confabulaba en compañía de Diego Velazquez en contra de Cortés ante los Reyes de Castilla. Cortés envió una gran cantidad de oro junto con un navío a Cristóbal de Tapia, a cambio de que éste regresara a la isla de Santo Domingo, donde era veedor. Una vez que Cortés tenía el control y pobló las ciudades de México, Oaxaca, Zacatula, Colima, Veracruz, Cuacalco y Pánuco se enteró que en Guatemala había diversas revueltas por lo que envió a Pedro de Alvarado en compañía de Fray Bartolomé de Olmedo para apaciguar y poblar esta región, misma que se encontró poblada y bajo control hasta 1523. Así mismo, envió al Capitán Luis Marín para apaciguar y poblar la provincia de Chiapa en 1521 y asumió el control de dicho lugar hasta 1524. Este procedimiento de dispersión de Capitanes para la población y apaciguamiento de revueltas se repitió en todas las provincias de la Nueva España. (Sierra Moncayo, 2006).