Universidade Federal do Rio Grande do Sul

Instituto de Biociências
Departamento de Biologia Molecular e Biotecnologia

BIO12002 - Biologia Molecular - FAR

Questionário de Orientação de Estudos

Prof. Giancarlo Pasquali
PRIMEIRA ÁREA
1. Considerando as estruturas dos ácidos desoxirribonucléicas e ribonucléicas,
justifique, química e biologicamente, por que moléculas de RNA são mais lábeis do
que moléculas de DNA, genericamente.
2. Conhecendo a estrutura e as diferenças físico-químicas das moléculas de RNA e
DNA, justifique um método para a eliminação de RNA contaminante em
preparações de DNA.
3. Qual (is) a(s) relevância(s) prática(s)/experimental(is) da propriedade de
desnaturação e renaturação das moléculas de DNA?
4. Genericamente, que diferenças existem entre a organização de genes bacterianos e
de genes de organismos eucarióticos?
5. O que são seqüências de DNA repetitivo e qual a relevância destas seqüências para
as células?
6. Disserte sobre as principais diferenças químicas e estruturais entre os dois mais
importantes tipos de ácidos nucléicos.
7. O que são operons? Em que tipo de organismos ocorre os operons?
8. Qual a mais provável origem da enorme quantidade de DNA repetitivo nos
genomas de eucariotos superiores?
9. O que são elementos genéticos móveis e qual a relevância destes elementos de
DNA sobre a evolução dos genomas?
10. Descreva as principais funções protéicas e enzimáticas participantes da replicação
do DNA bacteriano.
11. Quais são as funções dos primers de RNA e dos fragmentos de Okazaki durante a
replicação de DNA?
12. Considerando o processo de replicação do DNA em organismos procarióticos, o
que significam os termos “semi-conservativo, semi-descontínuo e bidirecional?
13. Qual a relevância de seqüências nucleotídicas ricas em A/T e de fatores como as
proteínas DnaA, DnaB/DnaC de Escherichia coli para a replicação de DNA nestes
organismos?
14. Quais os fatores que determinam a separação dos ácidos nucléicos durante a
eletroforese em géis de agarose?
15. Qual será a influência dos fatores abaixo listados sobre a migração/resolução de
ácidos nucléicos durante uma eletroforese horizontal?
 a) concentração de agarose;
b) concentração de íons da solução tampão;
c) voltagem;
d) corantes como brometo de etídeo.
16. Em um experimento de clonagem molecular, qual é a função:
a) da(s) endonuclease(s) de restrição;
b) da DNA-ligase;
c) do vetor de clonagem;
d) dos antibióticos utilizados.
17. O que são bibliotecas de genes? Qual a diferença entre biblioteca de expressão e
biblioteca genômica?
18. Nos procedimentos de construção de bibliotecas de genes, o que são os vetores de
DNA e qual a importância destas “ferramentas”.
19. O que são e qual a utilidade prática/experimental de enzimas das classes de
exonucleases e endonucleases.
20. O que são seqüências palindrômicas de DNA, sítios de restrição e sítios de
multiclonagem?
21. O que são extremidades coesivas (cohesive ends) e extremidades cegas (blunt ends)
de DNA geradas por endonucleases e qual a relevância destes produtos em um
procedimento de clonagem molecular?
22. Cite pelo menos três classes de vetores de clonagem e suas aplicações.
23. Quais as diferenças fundamentais entre projetos “Genoma” e projetos
“Transcriptoma”?
24. Entre as principais funções protéicas e enzimáticas participantes da replicação do
ADN bacteriano estão:
a. Nenhuma das opções abaixo;
b. Todas as opções abaixo;
c. Endonuclease, ADN-ligase, exonuclease, primase, helicase,
topoisomerase;
d. ADN-polimerase, ADN-ligase, nucleotídeo-fosfocinase, helicase,
endonuclease, girase;
e. ADN-polimerase, exonuclease, nucleotídeo-fosfocinase, girase, helicase,
topoisomerase;
f. ADN-polimerase, ADN-ligase, primase, girase, helicase, topoisomerase;
25. Na questão anterior, sublinhe os termos INCORRETOS, se presentes, nas opções
(c), (d), (e) e (f).
26. As proteínas DnaB/DnaC possuem como primordial função na replicação do ADN
bacteriano:
a. Helicases, realizando a separação da dupla-hélice de ADN às custas da
energia provida por moléculas de ATP;
b. Girases, realizando a separação da dupla-hélice de ADN às custas da
energia provida por moléculas de ATP;
c. Topoisomerases, realizando o relaxamento das supertorções da dupla-
hélice de ADN;
 d. Helicases, realizando o relaxamento das supertorções da dupla-hélice de
ADN às custas da energia provida por moléculas de ATP;
e. Girases, realizando o relaxamento das supertorções da dupla-hélice de
ADN;
f. Topoisomerases, aliviando a pressão das supertorções do ADN pela
quebra momentânea da dupla-hélice e posterior reunião das mesmas;
27. Na questão anterior, sublinhe as definições CORRETAS para as funções
enzimáticas apresentadas.
28. Quais são as funções dos primers de ARN e dos fragmentos de Okazaki durante a
replicação de DNA?
a. Facilitar o reconhecimento da origem de replicação e permitir o início da
síntese;
b. Permitir a síntese da cadeia-filha de síntese contínua, ou leading strand;
c. Permitir o reconhecimento das seqüências de término da replicação;
d. Permitir a síntese da cadeia-filha de síntese descontínua, ou lagging
strand;
e. Mais de uma das opções acima;
f. Nenhuma das opções acima;
29. Considerando o processo de replicação do ADN em organismos procarióticos, o
que significa o termo “semi-conservativo”?
a. Significa que, a partir da dupla-hélice de ADN da célula-mãe, uma nova
dupla-hélice é sintetizada e herdada por uma das células-filhas;
b. Significa que uma das fitas-filhas de ADN é sintetizada continuamente a
partir da origem de replicação em sentido 5’®3’, enquanto a outra é
sintetizada em fragmentos, também em sentido 5’®3’;
c. Significa que, a partir da dupla-hélice de ADN da célula-mãe, uma
cadeia-mãe e uma cadeia recém sintetizada formarão a dupla-hélice das
células-filhas;
d. Significa que, a partir da origem de replicação, complexos de ADN-
polimerase sintetizam fitas-filhas de ADN em ambas as direções;
e. Significa que ambas as fitas-filhas de ADN são sintetizadas
continuamente a partir da origem de replicação em sentido 5’®3’;
f. Significa que, a partir da origem de replicação, complexos de ADN-
polimerase sintetizam fitas-filhas de ADN em uma única direção;
g. Todas as opções acima;
h. Nenhuma das opções acima.
30. Considerando o processo de replicação do ADN em organismos procarióticos, o
que significa o termo “semi-descontínuo”?
a. Significa que, a partir da dupla-hélice de ADN da célula-mãe, uma nova
dupla-hélice é sintetizada e herdada por uma das células-filhas;
b. Significa que uma das fitas-filhas de ADN é sintetizada continuamente a
partir da origem de replicação em sentido 5’®3’, enquanto a outra é
sintetizada em fragmentos, também em sentido 5’®3’;
c. Significa que, a partir da dupla-hélice de ADN da célula-mãe, uma
cadeia-mãe e uma cadeia recém sintetizada formarão a dupla-hélice das
células-filhas;
d. Significa que, a partir da origem de replicação, complexos de ADN-
polimerase sintetizam fitas-filhas de ADN em ambas as direções;
 e. Significa que ambas as fitas-filhas de ADN são sintetizadas
continuamente a partir da origem de replicação em sentido 5’®3’;
f. Significa que, a partir da origem de replicação, complexos de ADN-
polimerase sintetizam fitas-filhas de ADN em uma única direção;
g. Todas as opções acima;
h. Nenhuma das opções acima.
31. Considerando o processo de replicação do ADN em organismos procarióticos, o
que significa o termo “bidirecional”?
a. Significa que, a partir da dupla-hélice de ADN da célula-mãe, uma nova
dupla-hélice é sintetizada e herdada por uma das células-filhas;
b. Significa que uma das fitas-filhas de ADN é sintetizada continuamente a
partir da origem de replicação em sentido 5’®3’, enquanto a outra é
sintetizada em fragmentos, também em sentido 5’®3’;
c. Significa que, a partir da dupla-hélice de ADN da célula-mãe, uma
cadeia-mãe e uma cadeia recém sintetizada formarão a dupla-hélice das
células-filhas;
d. Significa que, a partir da origem de replicação, complexos de ADN-
polimerase sintetizam fitas-filhas de ADN em ambas as direções;
e. Significa que ambas as fitas-filhas de ADN são sintetizadas
continuamente a partir da origem de replicação em sentido 5’®3’;
f. Significa que, a partir da origem de replicação, complexos de ADN-
polimerase sintetizam fitas-filhas de ADN em uma única direção;
g. Todas as opções acima;
h. Nenhuma das opções acima.
32. A relevância de seqüências nucleotídicas ricas em A/T nas origens de replicação
bacterianas semelhantes a oriC de E. coli justifica-se:
a. Para que o par de proteínas DnaB/DnaC possa continuar a separação das
fitas da dupla-hélice de ADN após iniciada a replicação;
b. Para facilitar a separação das cadeias da dupla-hélice de ADN pelas
proteínas DnaA e dar início à replicação cromossômica;
c. Para que a proteína DnaG possa sintetizar primers de ARN no início da
replicação cromossômica;
d. Para que a ADN-polimerase possa realizar as pontes fosfodiésteres entre
nucleosídeos-fosfato da cadeia nascente;
e. Todas as opções acima;
f. Nenhuma das opções acima.
33. Considerando a fita de mRNA abaixo, qual será a seqüência da dupla fita de DNA
codificadora, levando-se em conta que a fita inferior é molde (template) para o
RNA? Indique, também, as orientações (extremidades 5’ e 3’) das fitas de DNA.
5’-GAUUGUCAUACUGAUCUAGCUAUAAUGGCCUUA-3’
34. Por que as moléculas de hnRNA sofrem modificações antes de serem
transportadas para fora do núcleo eucariótico?
35. Diferencie os processos de replicação e transcrição em pelo menos três aspectos.
36. Quais são as funções genéricas do complexo multiprotéico que constitui uma
RNA polimerase de procariotos?
37. Como se processa a tradução de um mRNA procariótico após a formação do
complexo de iniciação?
38. Descreva as típicas transformações ocorridas com os transcritos primários (pré-
mRNAs ou hnRNAs) da RNA-polimerase II à medida que esta atua sobre as
seqüências gênicas no DNA.

SEGUNDA ÁREA

39. Descreva, sucintamente, como podem ser separadas as células geneticamente

transformadas das células que não receberam transgenes?
40. Apresente uma seqüência lógica de passos experimentais para o isolamento de um
gene.
41. De posse de uma seqüência nucleotídica de aproximadamente 5.000 bp, que tipo de
análise in silico poderia ser realizada para se definir se a mesma codifica uma
proteína ou não?
42. O que significam os termos abaixo apresentados ou qual a relevância dos mesmos
na definição da possível função de seqüências nucleotídicas:
a) orf
b) códon AUG
c) códon UAA, UAG ou UAC
d) poli(A)
43. Células geneticamente transformadas podem ser selecionadas, ou seja, não
eliminadas, das células que não receberam transgenes de interesse:
a. Pela identificação de seqüências de ADN definidas como marcadores
moleculares;
b. Pela atividade de proteínas ou enzimas codificadas por genes repórteres;
c. Pela presença de hormônios e reguladores de crescimento nos meios de
cultura celular;
d. Pela atividade de proteínas ou enzimas codificadas por genes
marcadores;
e. Pela expressão exclusiva do transgene de interesse, desde que a proteína
codificada esteja envolvida na síntese de aminoácidos;
44. Genes marcadores são:
a. Genes capazes de conferir a resistência celular a determinados
antibióticos e, conseqüentemente, a seleção de células geneticamente
modificadas;
b. Padrões de bandas de ADN ou resultantes das atividades de isoenzimas e
que permitem a identificação ou diferenciação de organismos;
c. ADN codificador de enzimas-repórter como GUSA ou GFP, facilitando a
avaliação da eficiência de transformação ou da função de seqüências
reguladoras de ADN;
 d. Técnicas necessárias para o isolamento de ADN ou ARN, fragmentação
destes ou síntese de cDNA, e construção de bibliotecas de genes;
e. Todas as opções anteriores;
f. Nenhuma das opções anteriores.
45. Genes repórteres são:
a. Genes capazes de conferir a resistência celular a determinados
antibióticos e, conseqüentemente, a seleção de células geneticamente
modificadas;
b. Padrões de bandas de ADN ou resultantes das atividades de isoenzimas e
que permitem a identificação ou diferenciação de organismos;
c. ADN codificador de enzimas como GUSA ou GFP, facilitando a
avaliação da eficiência de transformação ou da função de seqüências
reguladoras de ADN;
d. Técnicas necessárias para o isolamento de ADN ou ARN, fragmentação
destes ou síntese de cDNA, e construção de bibliotecas de genes;
e. Todas as opções anteriores;
f. Nenhuma das opções anteriores.
46. Vegetais geneticamente modificados podem ser gerados por técnicas como as que
seguem:
a. Biobalística, Agrobacterium tumefaciens e microinjeção de ADN;
b. Microinjeção de ADN, biobalística e Southern blot;
c. Agrobacterium tumefaciens, RAPD e VNTR;
d. VNTR, RAPD e Southern blot;
e. Todas as opções acima;
f. Nenhuma das opções acima.
47. Na questão anterior, sublinhe os termos INCORRETOS, se presentes, nas opções
(a), (b), (c) e (d).
48. Entre as aplicações da transformação genética de organismos estão:
a. Aumento da produtividade agrícola e da resistência à doenças causadas
por fungos;
b. Redução da sensibilidade a estresses ambientais e aumento da qualidade
nutricional;
c. Resistência a doenças causadas por vírus e bactérias e eliminação de
proteínas ou outros componentes tóxicos;
d. Resistência a insetos-praga e aumento da qualidade nutricional;
e. Todas as opções acima;
f. Nenhuma das opções acima.
49. Na questão anterior, sublinhe os termos INCORRETOS, se presentes, nas opções
(a), (b), (c) e (d).
50. Como é iniciada a tradução de um mRNA em células procarióticas?
51. Como transcorre a tradução de um mRNA procariótico após o seu início e antes
de seu término?
52. Como é encerrada a tradução de um mRNA procariótico?
53. O que são e quais as funções dos fatores IF e eIF?
54. O que são e quais as funções dos fatores EF-Tu e EF-Ts?
55. O que é e quais as funções dos fatores RF?
56. O que é uma tirosinil-tRNA-sintetase?
57. Os elementos fundamentais para se iniciar a tradução de um mRNA procariótico
são:
a. tRNAi-Glyfor, rRNA, pequena e grande subunidades ribossômicas, IF1,
IF2, IF3;
b. IF1, IF2, IF3, mRNA, tRNA i-Metfor, pequena e grande subunidades
ribossômicas;
c. Pequena e grande subunidades ribossômicas, eIF1, eIF2, eIF3, mRNA,
ATP;
d. IF1, IF2, eIF3, mRNA, rRNA, tRNAi-Metfor;
e. Todas as opções acima;
f. Nenhuma das opções acima.

1ª Posição 2ª Posição 3ª Posição

(extremidade 5’) (extremid
ade
’) 3
UCAG
58. Considerando a tabela de código
U
Phe Ser Tyr Cys U
genético ao lado e a fita de mRNA abaixo Phe Ser Tyr Cys C
Leu Ser STOPSTOPA
onde o primeiro nucleotídeo da cadeia Leu Ser STOPTrp G
está em fase de leitura, qual a seqüência
de aminoácidos do peptídeo codificado?
(1,0)
C Leu
Leu
Leu
Leu
Pro
Pro
Pro
Pro
His
His
Gln
Gln
Arg
Arg
Arg
Arg
U
C
A
G

A
Ile Thr Asn Ser U
Ile Thr Asn Ser C
Ile Thr Lys Arg A
Met Thr Lys Arg G

G
Val Ala Asp Gly U
Val Ala Asp Gly C
Val Ala Glu Gly A
Val Ala Glu Gly G

5’-AUGAAUCGGAACGCUAGGCACGGGGGCAACAAAUGAAUUUCAUAAAUG-3’

59. Na questão anterior, sublinhe os termos INCORRETOS, se presentes, nas opções

(a), (b), (c) e (d).
60. EF-Tu e EF-Ts são:
a. Fatores de alongamento da tradução de Escherichia coli fundamentais
para carregar o ribossomo com tRNAs ligados aos seus respectivos
aminoácidos e GTP para permitir sua própria liberação;
b. Fatores de iniciação da tradução de E. coli fundamentais para carregar o
ribossomo com tRNAi-Metfor e ATP e, assim, permitir o início da tradução dos
mRNAs;
c. Formas especiais de tRNA importantes para o término da tradução de
mRNAs em organismos procarióticos;
 d. Elementos reguladores da transcrição dos genes Tu e Ts de E. coli
capazes de, respectivamente, ativar e bloquear o acesso da RNA-polimerase
aos sítios promotores;
e. Todas as opções acima;
f. Nenhuma das opções acima.
61. Quais os níveis possíveis de regulação da expressão de genes eucarióticos e qual
destes níveis é considerado o mais importante para a célula?
62. Utilizando-se de um exemplo real ou fictício, explique um modo de regulação
positiva da transcrição de um gene bacteriano.
63. A atenuação é um mecanismo de regulação da expressão gênica exclusivo de
bactérias. Qual é a lógica deste mecanismo de regulação?
64. Um fragmento de DNA ligado a um vetor qualquer tem um tamanho
aproximado de 6 kpb (6.000 pares de bases). Supondo a disponibilidade de
iniciadores (primers) específicos complementares às regiões do vetor que
flanqueiam o fragmento e sabendo que reações de seqüenciamento individuais
permitem a determinação de, no máximo, 1.000 pares de base, proponha uma
estratégia para a determinação da seqüência nucleotídica completa do DNA
clonado.
65. Em uma PCR, cada ciclo tem uma etapa de desnaturação, uma de anelamento e
uma de alongamento. A temperatura de desnaturação é sempre elevada (superior a
90°C), para promover o rompimento das pontes de hidrogênio entre bases
complementares, e a temperatura de alongamento é determinada pela DNA-
polimerase termoestável utilizada, por exemplo, a DNA-polimerase de Thermus
aquaticus, que tem atividade máxima em temperaturas em torno de 75°C. O que
determina a temperatura de anelamento a ser utilizada no ciclo? Explique.
66. As metodologias de terapia gênica são divididas em duas classes principais,
aquelas executadas in vivo e aquelas executadas ex vivo. Explique o princípio desta
divisão.
67. O que é necessário para realizar uma reação em cadeia da DNA-polimerase
(PCR)?
68. Em biologia molecular, o que é PCR e o que é necessário para a sua execução?
69. O que é expressão gênica e quais são os níveis possíveis de regulação da mesma
em organismos eucarióticos?
70. O que são fatores de transcrição? Como podem ser classificados?
71. Explique como pode ocorrer uma regulação negativa da expressão gênica em
procariotos em nível de transcrição.
72. Descreva como pode ser seqüenciado um ácido nucléico.
73. RAPD e RFLP estão entre as técnicas mais exploradas para gerar marcadores
moleculares. Explique o que são marcadores moleculares e o princípio de uma
dessas técnicas.
74. A técnica de Southern blot permite:
 a. Transferir moléculas de ADN e ARN de géis de agarose para membranas
de nitrocelulose ou náilon;
b. Transferir moléculas de ADN de géis de agarose para membranas de
nitrocelulose ou náilon;
c. Amplificar regiões do ADN a partir de primers flanqueadores destas
regiões;
d. Identificar marcadores moleculares do tipo RAPD;
e. Marcar fragmentos de ADN gerando sondas para a detecção da presença
de genes.
75. Marcadores moleculares são:
a. Genes capazes de conferir a resistência celular a determinados
antibióticos e, conseqüentemente, a seleção de células geneticamente
modificadas;
b. Padrões de bandas de ADN ou resultantes das atividades de isoenzimas e
que permitem a identificação ou diferenciação de organismos;
c. ADN codificador de enzimas-repórter como GUSA ou GFP, facilitando a
avaliação da eficiência de transformação ou da função de seqüências
reguladoras de ADN;
d. Técnicas necessárias para o isolamento de ADN ou ARN, fragmentação
destes ou síntese de cDNA, e construção de bibliotecas de genes;
e. Todas as opções anteriores;
f. Nenhuma das opções anteriores.
76. A técnica de marcadores moleculares que tem por fundamento a identificação de
padrões de bandas de ADN em géis submetidos à eletroforese, resultantes da
amplificação aleatória de ADN pela reação em cadeia da ADN-polimerase a partir
de oligonucleotídeos iniciadores (primers) de cerca de 10 nucleotídeos é:
a. Nenhuma das opções abaixo;
b. Todas as opções abaixo;
c. SSR;
d. VNTR;
e. RFLP;
f. RAPD.
77. A técnica de marcadores moleculares que tem por fundamento a identificação de
padrões de bandas de ADN resultantes da hibridização de sondas de ADN de
seqüências conhecidas ou desconhecidas, a membranas de náilon (ou nitrocelulose)
contendo cópias de ADN genômico digerido por enzimas de restrição e resolvidos
por eletroforese em gel é:
a. Nenhuma das opções abaixo;
b. Todas as opções abaixo;
c. SSR;
d. VNTR;
e. RFLP;
f. RAPD.
78. Em biologia molecular, a abreviatura RFLP significa:
a. Nenhuma das opções abaixo;
b. Todas as opções abaixo;
c. Polimorfismos de tamanhos de ADN gerados por enzimas de restrição;
d. Número variável de repetições em tandem;
 e. Reação em cadeia da ADN-polimerase;
f. Polimorfismos de ADN pela amplificação aleatória.
79. Em biologia molecular, a abreviatura RAPD significa:
a. Nenhuma das opções abaixo;
b. Todas as opções abaixo;
c. Polimorfismos de tamanhos de ADN gerados por enzimas de restrição;
d. Número variável de repetições em tandem;
e. Reação em cadeia da ADN-polimerase;
f. Polimorfismos de ADN gerados pela amplificação aleatória.
80. Em biologia molecular, a abreviatura PCR significa:
a. Nenhuma das opções abaixo;
b. Todas as opções abaixo;
c. Polimorfismos de tamanhos de ADN gerados por enzimas de restrição;
d. Número variável de repetições em tandem;
e. Reação de polimerização em cadeia;
f. Polimorfismos de ADN pela amplificação aleatória.
81. Microssatélites de ADN são caracterizados por:
a. Seqüências repetitivas de ADN em tandem que podem expandir-se por
centenas de milhares de nucleotídeos e cujas unidades de repetição são
constituídas por um pequeno número de nucleotídeos;
b. Padrões de bandas de ADN ou resultantes das atividades de isoenzimas e
que permitem a identificação ou diferenciação de organismos;
c. ADN codificador de enzimas-repórter como GUSA ou GFP, facilitando a
avaliação da eficiência de transformação ou da função de seqüências
reguladoras de ADN;
d. Técnicas necessárias para o isolamento de ADN ou ARN, fragmentação
destes ou síntese de cDNA, e construção de bibliotecas de genes;
e. Seqüências repetitivas de ADN em tandem que podem expandir-se por
centenas de milhares de nucleotídeos e cujas unidades de repetição são
constituídas por um grande número de nucleotídeos.