Instituţionalizarea conservării biodiversităţii în Republica Moldova a început în anul
1990, odată cu înfiinţarea Departamentului de Stat pentru Protecţia Mediului şi Resurselor Naturale. În prezent acest domeniu este patronat de Ministerul Ecologiei, Construcţiilor şi Dezvoltării Teritoriului al Republicii Moldova (MECDT), în cadrul căruia funcţionează următoarele subdiviziuni: 1. La nivel ministerial: a) Direcţia generală arii protejate şi biodiversitate cu două subdiviziuni: Secţia arii protejate; Secţia biodiversitate, certificare ecologică şi autorizări. b) Direcţia generală resurse naturale cu o subdiviziune: Secţia resurse silvice. Pe lângă minister din anul 2002 funcţionează Oficiul biodiversitate, constituit pentru implementarea planului de acţiuni în domeniul conservării diversităţii biologice. 2. În cadru Inspectoratului Ecologic de Stat funcţionează Direcţia de combatere a braconajului şi a tăierilor ilicite cu următoarele subdiviziuni: Secţia protecţia florei şi faunei; Serviciul Piscicol. În afară de MECDT responsabilă de conservarea diversităţii este şi ASS „Molsilva”, care gestionează Fondul Forestier Naţional (FFN), ce cuprinde 325,4 mii ha constituit din 800 de corpuri de pădure cu suprafaţa de la 5 până la 1500 ha. Sub gestionarea directă a ASS „Moldsilva” funcţionează 4 rezervaţii ştiinţifice: „Codru”, „Plaiul Fagului”, „Pădurea Domnească”, „Prutul de Jos”, în care se păstrează un număr impunător de specii de plante şi animale. De exemplu în Cartea Roşie (ediţia II, anul 2001) au fost incluse 242 de specii, inclusiv 117 specii de plante, 9 specii de ciuperci şi 116 specii de animale. Extrem de periclitate sunt unele specii de plante vasculare şi licheni, mamifere, păsări, reptile şi peşti. Semnificativ este faptul că numărul de specii de plante şi animale protejate de stat a sporit considerabil, atingând în anul 2002 până la 485. Cel mai mare număr de specii periclitate sunt cele din ecosistemele forestiere, după care urmează 32 – cele de stepă, 19 – petrofite, 18 – de luncă, 5 – pentru ecosistemele acvatice şi palustre. Pădurile de fag, gorun şi stejar reprezintă cele mai importante arii de concentrare a speciilor de plante şi animale periclitate. O concentraţie înaltă de specii periclitate şi vulnerabile au fost evidenţiate în pădurile şi poienile de pe pantele abrupte ale Nistrului (de exemplu sectorul Naslavcea - Dubăsari) şi Prutului (sectorul Teţcani). Unele specii de plante periclitate de stepă s- au păstrat în rezervaţiile de Stepă „Ciumai” şi „Bugeac” din sudul Moldovei. Lacurile Cahul, Manta, rezervaţia ştiinţifică „Prutul de Jos ”, luncile cursului inferior al Nistrului şi lacului Cuciurgan servesc ca habitate pentru multe specii periclitate acvatice şi palustre. A fost elaborată lista asociaţiilor vegetale şi evidenţiate 77 de asociaţii rare în baza speciilor edificatoare sau coedificatoare rare dintre care multe se află pe teritoriului rezervaţiilor naturale de stat. În anul 2002 a fost publicată Strategia Naţională şi Planul de acţiune în domeniul conservării diversităţii biologice, aprobate de Guvernul şi Parlamentul Republicii Moldova, care va fi implementată in vederea respectării : 1. Cărţii Roşii a Republicii Moldova (ediţia II, anul 2001); 2. Gestionării ariilor naturale protejate de stat; 3. Dezvoltării Reţelei Ecologice Naţionale. Făcând un studiu comparativ putem constata că în anul 2002 au fost luate măsurile de rigoare privind buna funcţionare (conservare) a ariilor protejate de stat (în total 6648, sau cca 2% din suprafaţa ţării). Nucleul ariilor naturale, protejate de stat îl constituie rezervaţiile peisagistice (51,5%) şi cele ştiinţifice (29,4%). Numărul total de specii aflate în anul 2002 sub ocrotirea statului constituie 269 de specii de plante, adică cu 219 mai multe specii decât în anul 1975. Numărul speciilor de animale ocrotite de stat constituie 215, în comparaţie cu 65 în anul 1975. Este semnificativ faptul că cca 20% din sectorul forestier sunt ocupate de reţeaua naţională de arii protejate (constituind cca 90% din suprafaţa totală a acestora). Se constată însă că regimul strict de conservare se respectă doar parţial în rezervaţiile ştiinţifice, cu excepţia rezervaţiei „Iagârlâc” de pe malul stâng al Nistrului. Se mai constată că în rezervaţiile ştiinţifice nu sunt efectiv protejate stejărişurile şi gorunişurile ceea ce constituie cca 10% din suprafaţa totală a comunităţilor forestiere respective din ţară. Landşafturile principale protejate de stat sunt: Codrii – 38%, podişurile de silvostepă – 24%, stepele şi luncile – cca. 29%. Se iau măsuri pentru crearea Reţelei Ecologice Naţionale (REN), care va contribui esenţial la restabilirea, menţinerea şi conservarea biodiversităţii. Structura REN va include: ariile naturale reprezentative pentru structura ecosferei (nucleul); coridoarele ecologice de migraţie; reţeaua ecologică reorganizată (agrocenozele); zonele de tampon. Ţinând cont de specificul geomorfologic al teritoriului Republicii Moldova REN va ocupa 11113 km2 sau 33% din teritoriul republicii. Suprafaţa pădurilor propuse pentru REN va constitui 207 mii ha, inclusiv de silvostepă – 176 mii ha, zona de stepă – 31% ha. Un rol ecologic important îl pot juca zonele umede: 1. zona de revărsase a Prutului în fluviul Dunărea (rezervaţia Biosferică „Delta Dunării”); 2. zona de revărsare a Nistrului în Mare Neagră. În anul 2003 a fost elaborat proiectul „Parcul Naţional Nistrul Inferior”, care va servi ca habitate pentru multe specii de păsări migratoare în direcţiile Sud – Nord şi Est – Vest. Bălţile din cursurile inferior şi mediu al Nistrului şi Prutului, rezervaţiile ştiinţifice „Codru”, „Plaiul Fagului”, „Pădurea Domnească”, „Prutul de Jos”, „Iagorlâc” etc. reprezintă componente de importanţă europeană. Un eveniment deosebit îl reprezintă definitivarea în anul 2002 – 2003 a proiectului privind conexiunea ecosistemului (inclusiv rezervaţia „Prutul de Jos”) cu Rezervaţia Biosferică Internaţională „Delta Dunării”. În ansamblu, la nivel naţional, componentele de bază ale REN sunt: luncile râurilor Răut, Bâc, Botna şi ale altor afluenţi ai Nistrului şi Prutului, rezervaţiile naturale, peisajele geografice reprezentative, rezervoarele mari de apă, locurile, zonele de recreaţie, perdelele forestiere de protecţie a câmpurilor agricole şi a apelor, etc. Conceptul REN corespunde principiilor internaţionale de conservare a biodiversităţii.