UNIVERSIDAD INDUSTRIAL DE SANTANDER

ESCUELA DE INGENIERIA QUIMICA

MICROBIOLOGIA INDUSTRIAL
TALLER BIOMOLÉCULAS 3. AMINOÁCIDOS Y PROTEÍNAS

1. Defina que es un aminoácido y que tipo de isomería presentan.

Un aminoácido, como su nombre indica, es una molécula orgánica con un grupo amino (-NH2 ) y
un grupo carboxílico (-COOH; ácido). Los aminoácidos más frecuentes y de mayor interés son
aquellos que forman parte de las proteínas. Dos aminoácidos se combinan en una reacción de
condensación que libera agua formando un enlace peptídico. Estos dos "residuos" aminoacídicos
forman un dipéptido. Si se une un tercer aminoácido se forma un tripéptido y así, sucesivamente,
para formar un polipéptido. Esta reacción ocurre de manera natural en los ribosomas, tanto los
que están libres en el citosol como los asociados al retículo endoplasmático.

2. En cuales y cuanto grupos se clasifican los aminoácidos.

Los aminoácidos proteicos, canónicos o naturales son aquellos que están codificados en el
genoma; para la mayoría de los seres vivos son 20:
1. alanina, 8. glutamato, 15. prolina,
2. arginina, 9. glutamina, 16. serina,
3. asparagina, 10. histidina, 17. tirosina,
4. aspartato, 11. isoleucina, 18. treonina,
5. cisteína, 12. leucina, 19. triptófano y
6. fenilalanina, 13. lisina, 20. valina
7. glicina, 14. metionina,
Sin embargo, hay excepciones: en algunos seres vivos el código genético tiene pequeñas
modificaciones y puede codificar otros aminoácidos. El aminoácido número 21 es
la selenocisteína, que aparece tanto en eucariotas como procariotas y arqueas, y el número 22 es
la pirrolisina que aparece solo en arqueas.

3. Defina que es un aminoácido esencial y no esencial y nombre cuales pertenecen a cada

clasificación.
Aminoácidos Esenciales: son aquellos que el propio organismo no puede sintetizar por sí mismo,
es decir, que no los elabora y se deben obtenerse a través de la dieta diaria, estos son;
 arginina,  leucina,  fenilalanina,
 histidina,  lisina,  treonina,
 isoleucina,  metionina,  triptofano y valina.

Aminoácidos No Esenciales: son los que puede fabricar o sintetizar el propio cuerpo, estos son:
 alanina,  glutamato,  serina
 asparagina,  glutamina,  tirosina.
 aspartato,  glicina,
 cisteina,  prolina,
4. Cuando decimos que un aminoácido es “ZWITERIÓNICO”a qué hace referencia?, ¿Cuáles
aminoácidos son zwiteriónicos?

Los aminoácidos a pH bajo (ácido) se encuentran mayoritariamente en su forma catiónica (con

carga positiva), y a pH alto (básico) se encuentran en su forma aniónica (con carga negativa). Sin
embargo, existe un pH especifico para cada aminoácido, donde la carga positiva y la carga negativa
son de la misma magnitud y el conjunto de la molécula es eléctricamente neutro. En este estado
se dice que el aminoácido se encuentra en su forma de ion dipolar o zwitterión.

5. Escribir la estructura aniónica predominante en cada uno de los siguientes amino ácidos: glicina,
Treonina, Aspartato, Lisina, Serina y Prolina.

6. Qué es un péptido y que tipo de enlaces lo conforman?

Se llama enlace peptídico a la unión de dos aminoácidos mediante la pérdida de una
molécula de agua entre el grupo amino de un aminoácido y el grupo carboxilo del otro. El
resultado es un enlace covalente CO-NH. El enlace peptídico sólo permite formar
estructuras lineales, sin ramificaciones, que se denominan péptidos; estas estructuras son
muy estables, pues los enlaces peptídicos son covalentes. Todos los péptidos tienen un
grupo amino en un extremo y un grupo carboxilo en el otro. La reacción química en que se
forma un enlace peptídico se llama condensación, y su descomposición en aminoácidos es
la hidrólisis.
En función de su número de aminoácidos, los péptidos se pueden clasificar en:
Oligopéptidos: unión de unos pocos aminoácidos.
Polipéptidos: unión de muchos aminoácidos.
Proteínas: grandes cadenas de aminoácidos con una estructura tridimensional definida. Se
suele llamar proteínas a los polipéptidos con masa molecular superior a 10000. Las
proteínas generalmente están formadas por entre 100 y 300 aminoácidos, aunque algunas
pueden tener más de un millar de aminoácidos.
7. Qué es una proteína?
Las proteínas son biomoléculas formadas básicamente por carbono, hidrógeno, oxígeno y
nitrógeno. Pueden además contener azufre y en algunos tipos de proteínas, fósforo,
hierro, magnesio y cobre entre otros elementos. Pueden considerarse polímeros de unas
pequeñas moléculas que reciben el nombre de aminoácidos y serían, por tanto, los
monómeros unidad.
Las proteínas son cadenas de aminoácidos que se pliegan adquiriendo una estructura
tridimensional que les permite llevar a cabo miles de funciones. Las proteínas están
codificadas en el material genético de cada organismo, donde se especifica su secuencia
de aminoácidos, y luego son sintetizadas por los ribosomas.

8. Cómo se clasifican las proteínas según su estructura?

Estructura de las proteínas La función de las proteínas está basada en su estructura
tridimensional (orientación en el espacio de las cadenas polipeptídicas). Existen 4 niveles
de complejidad creciente y cada uno se construye a partir del anterior: Estructura
primaria, secundaria, terciaria y cuaternaria.
1. Estructura primaria Está constituida por la secuencia de aminoácidos de la cadena
polipeptídica. Las distintas proteínas se diferencian por el número, tipo y orden en
que se encuentran los aa, lo cual es consecuencia del mensaje genético. Cualquier
alteración en el orden de los aa determina otra proteína.
Esta estructura se mantiene por la rigidez de los enlaces peptídicos. Pero el resto
de los enlaces pueden girar libremente. La secuencia de aa determina los demás
niveles estructurales al establecer un plegamiento tridimensional específico y se
utiliza para estudios evolutivos. Ejemplo:
Ala-arg-asn-asp-cys-gln-gly-phe-met-lys-ala-lys-gln
2. Estructura secundaria Es la disposición espacial que adopta la secuencia de aa
debido a la capacidad de giro de los enlaces. De los posibles plegamientos hay
algunos que dan lugar a estructuras estables y son los que se mantienen: La
estructura secundaria puede ser de dos tipos: • Hélice α • Estructura β o en lámina
plegada
3. Estructura terciaria Es la disposición espacial que adopta la secundaria al
replegarse adquiriendo una conformación más o menos redondeada. En general,
presenta hélice α en los tramos rectos y estructura β en las dobleces.
4. Estructura cuaternaria La presentan aquellas proteínas que tienen más de una
cadena peptídica. Cada cadena constituye una subunidad. La agrupación de varias
subunidades forma un oligómero. Los enlaces estabilizadores son los mismos que
en la estructura terciaria, aunque en general no covalentes.
Si están formadas por dos subunidades se llaman dímeros: ej: β- queratina.
Si están formadas por tres subunidades se llaman trímeros: ej: colágeno
Si están formadas por cuatro subunidades se llaman tetrámeros: ej: hemoglobina
Si están formadas por muchas subunidades se llaman polímeros: ej: filamentos de
actina.
9. Cómo se clasifican las proteínas según su función?
• Estructural: Forman parte de la membrana celular, cilios y flagelos, microtúbulos,
fibrillas contráctiles,… Ejemplos: colágeno, gelatina, glucoproteínas, queratinas,…
• Catalítica o enzimática: Muchas son enzimas y catalizan reacciones químicas que son la
base de la vida.
• Reguladora u hormonal: Muchas son hormonas, cuya acción es parecida a la de las
enzimas pero en vez de ser local se realiza en todo el organismo. Ejemplo: insulina, FSH,
tiroxina,…
• Reserva: Como las albúminas y la caseína que actúan como almacén de aminoácidos.
• Defensiva: Las γ-globulinas o anticuerpos actúan defendiendo al organismo de
sustancias extrañas.
• Contráctil: Algunas como la actina y la miosina intervienen en la contracción muscular.
• Transportadora: Pueden transportar distintos tipos de sustancias. Ejemplo: la
hemoglobina, citocromos, lipoproteínas.
• Homeostática: Algunas colaboran en mantener estables las constantes del medio, como
el PH y la concentración osmótica.

10. Qué es un grupo prostético?

Un grupo prostético es el componente no aminoacídico que forma parte de la estructura
de las heteroproteínas o proteínas conjugadas, estando unido covalentemente a
la apoproteína. No debe confundirse con el cofactor que se une a la apoenzima de las
enzimas (ya sea una holoproteína o heteroproteína) por enlace no covalente.

11. Describa el fundamento de los siguiente métodos de separación de proteínas:

Cromatografía de intercambio iónico.

La cromatografía de intercambio iónico conserva los analitos basándose en las interacciones
de Coulomb. La fase estacionaria muestra en la superficie grupos funcionales iónicos (R-X) que
interactúan con iones de carga opuesta del analito.
Este tipo de cromatografía se subdivide a su vez en dos técnicas. La cromatografía de intercambio
catiónico y la cromatografía de intercambio aniónico:
 La cromatografía de intercambio catiónico retiene cationes cargados positivamente debido a
que la fase estacionaria muestra un grupo funcional cargado negativamente, como podría ser
un ácido fosfórico.

 La cromatografía de intercambio aniónico retiene aniones usando grupos funcionales

cargados positivamente, como un catión de amonio cuaternario.

R-X+ es el analito presente en la columna, C+ es el catión, A- es el anión, M+ es la muestra y B+ es

el ion de la muestra.
Un dato a tener en cuenta es que tanto la fuerza iónica de los C+ como la de los A- en la fase móvil
se puede ajustar para cambiar la posición de equilibrio, cambiando de este modo el tiempo de
retención.
El cromatograma de iones que se muestra en esta sección corresponde a uno típico obtenido con
una columna de intercambio aniónico.

Cromatografía de exclusión molecular

El método está basado en la circulación de una fase móvil (que arrastra a la mezcla de
compuestos a separar), a través de una fase estacionaria. Dependiendo de la afinidad
relativa que por ambas fases tengan los distintos compuestos presentes en la mezcla
resultará su separación.
(a menudo también llamada filtración en gel o de tamiz molecular) es una de las técnicas
más sencillas de las empleadas en la separación de proteínas y ácidos nucleicos. Este tipo
de cromatografía se realiza en columnas cilíndricas rellenas con algunos de los geles que
se fabrican con este fín y que pueden ser de varios tipos: dextranos con enlaces cruzados
(sephadex), agarosa (sepharose, Bio-gel A), poliacrilamida (Bio-gel B), etc. Todos estos
geles (fase estacionaria) se hallan constituidos por gránulos (particulas) de un material
esponjoso hidratado, que contiene poros con un tamaño de diámetro determinado.
 Cromatografía de afinidad a ligando

Las moléculas que han quedado retenidas en la columna debido a su afinidad por la fase
estacionaria se liberan mediante un cambio del medio eluyente a condiciones en las que la
interacción se debilite: generalmente se cambian el pH (lo que afecta al estado de ionización de las
biomoléculas), la fuerza iónica (concentración de sales, que afecta a las interacciones iónicas) o la
polaridad del eluyente.

Al igual que en otros tipos de cromatografía, las moléculas que interaccionan más favorablemente
con la fase estacionaria (relleno de la columna) avanzan más despacio y salen por la parte inferior
más tarde (eluyen más despacio). A diferencia del ejemplo de cromatografía de exclusión, aquí no
se recogen fracciones del eluido, sino que se detecta en éste de forma continua la concentración
de componentes de la muestra (por ejemplo, una medida de absorbancia en el ultravioleta
permite detectar proteínas y ácidos nucleicos); en ambos casos sirven ambos planteamientos de
detección.

Electroforesis de proteínas
La electroforesis es un método de separación basado en la tasa diferencial de migración
de especies cargadas al estar en un campo eléctrico de DC
La tasa de migración
– Depende de la carga y del tamaño
– La separación se basa en explotar las diferencias en las proporciones carga-tamaño
Dos técnicas básicas
1. Las moléculas están en solución libre: capilares de calibre pequeño
2. Están en una matriz no conductora (agarosa, gel de poliacrilamida “PAGE”)
– El calentamiento por corriente es mínimo
– El efecto de criba (coladera) del gel permite separar especies que tengan la misma
proporción de carga contra tamaño, si tienen diferentes tamaños.
La eficiencia de esta técnica depende de
– La mobilidad electroforética
– El flujo electroosmótico del “bulto” de la solución (EOF)
– El calentamiento debido a la resistencia (o “Calentamiento Joule”)

Isoelectroenfoque
Principio: La separación se basa en las diferentes movilidades electroforéticas adquiridas
por los analitos dentro del capilar al aplicar un campo eléctrico.
Se basa en el desplazamiento de las moléculas en un gradiente de pH. Las
moléculas anfotéricas, como los aminoácidos, se separan en un medio en el que existe
una diferencia de potencial y un gradiente de pH. La región del ánodo es ácida y la del
cátodo es alcalina. Las sustancias que inicialmente se encuentran en regiones de pH
inferior a su punto isoeléctrico estarán cargadas positivamente y migraran hacia el cátodo,
mientras aquéllas que se encuentran en medios con pH más altos que su punto
isoeléctrico tendrán carga negativa y migrarán hacia el ánodo. La migración las conducirá
a una región donde el pH coincidirá con su punto isoléctrico, tendrán una carga neta nula
y se detendrán. De esta forma las moléculas anfotéricas se sitúan en estrechas bandas
donde coincide su punto isoeléctrico con el pH.

12. Cómo se realiza la secuenciación de proteínas y qué técnicas son usadas para esto?