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ree vg PRINCIPIOS DE < “= = a ee < 24 si ae) C= s y DAVID L..NELSON MICHAEL M. COX % wi xiv Indice de materias, a ins, re Indice general Prologo Vo 1 Fundamentos de bioquimica 1 | ESTRUCTURAY CATALISIS 45 2 Hagia 47 3 Aminodcidos, péptides y proteinas 75 4 Estructura tridimensional de las protefnas 116 ‘5 Funcién de las proteinas. 187 8 Emimas 190 7 Glicidos y gucobiologia 238 8 Nucleétidos y dcidos nucleicos 273 9 Tocnologias de ia informacion basadas fen el DNA. 306 10 Lipidos 343 ‘11 Membranas blolégicas y transporte 369 42 Biosefalizacién 424 ENERGETICA Y METABOLISMO 481 Princpios de bioenergética 489 Glucdlisis, gluconeogéness y ruta de las pentosasfosfato 521 Principios de regulacién metabéli slucosa y glucdgeno 560 El ciclo del dcido ctico 601 Catabolismo de los Scidos grasos 631 Oxidacién de aminodcidos y produccién de urea 656 Fosforilacin oxidativayfotofostorilacién 690 Biosintesis de glicidos en plantas ybacterias 751 2A Biosintesis de lpidos 787 22 Biosintesis de aminodeidos, nuclestidos _—_-ymoléculas relacionadas 833 | 23. Integraci y regulacién hormonal del | metabolismo de los mamiferos. 881 | LAS RUTAS DE LA INFORMACION 921 24 Genes y cromosomas 923 _ 25 Metabolismo del DNA 948 26 Metabolismo del RNA 995 27 Metabolismo de as proteinas 1034 28 Regulacién de la expresién génica 1081 Apéndice A Abreviaturas comunes en I cientifia bioqulmicaA-1 Apéndice 8 Soluciones abreviadas de los problemas Sat Glosario GA Procedencia de las ilustraciones Plt indice alfabstico 1-1 iteratura 1 Fundamentos de bioquimica 1 41.4 Fundamentos colulares. 3 Las células son las unidades estructurales y funcionales de todos los organismos vivos 3 Las dimensiones celulares estn limitadas por la capacidiad de difusién del oxigeno 4 Los seres vivos se clasifican en tres dominios 4 Escherichia coli es ia eélula procariética mejor estudiada 5 Las células eucarioticas poseen diversos orgnilos memibranosos que pueden aislarse para su estudio 6 El citoplasma se organiza gracias al citoesqueleto yesaltamente dindmico 9 Las células construyen estructuras supramoleculares 10 Los estudios in vitro podrian no detectar interacciones importantes entre moléculas 11 41.2 Fundamentos quimicos 12 Tas biomoléculas son compuestos de carbono con una diversidad de grupos funcionales 13 Las macromoléculas son los principales constituyentes de las células 16 Recuadro 1-1 Peso molecular, masa molecular y las unidades ‘que deben utilizarse 15 La estructura tridimensional se deseribe en términos de configuracién y conformacion 16 Recuadro 1-2 Louls Pasteur y la actividad dptica: in vino, veritas 19 Tas interacciones entre las biomoléculas son esterevespecificas 20 13 Fundamentos fisicos 21 Los organismos vivos existen en un estado estacionario dindmico y no se encuentran nunca en equilibrio consuentomo 21 Los organismnos transforman energia y materia 22 Bl flujo de electrones proporciona energia para los organismos 22 Crear y mantener e] orden requiere trabajo y energia 23 El acoplamiento energético conecta las reacciones biologicas 23 Recuadro 1-3 Entropia: las ventajas do estar desorganizado 24 Keay AG? miden la tendencia de una reaccién para transcurrir espontineamente 26 Los enzimas facilitan las secuencias de reacciones quimicas 26 El metabolismo est regulado para conseguir equilibrio yeconomia 27 1.4 Fundamentos genéticos 28 La continuidad genética reside en las moléculas de DNA 29 La estructura del DNA hace posible su replicacion, y reparacion con fidelidad casi perfecta 29 La secuencia lineal del DNA codifica protefnas ‘con estructuras tridimensionales 29 1.5 Fundamentos evolutvos 31 Los cambios en las instrueciones hereditarias hacen posible laevolucion 31 as primeras biomoléculas aparecieron por evoluci6n quimiea 32 La evolucisn quimica puede simularse en el laboratorio 32 Los primeros genes y catalizadores podrian haber sido moléculas de RNA 0 precursores relacionados 32. La evoluciGn biologica empez6 hace mas de tres mil quinientos millones de afios 34 La primera célula fue probablemente quimioheterétrofa 34 Las células eucaridticas evolucionaron a partir de las procaridticas a través de diversas fases 35 1a anatomfa molecular revela relaciones evolutivas 86 La gen6mica fincional permite declucir la correspondencia entre genes y procesos celulares especificos 38 La comparacién de genomas tendré una importancia cada vez mayor en la biologa y medicina humanas 38 | ESTRUCTURAY CATALISIS 45 2 Elagua 47 2.1 Interacciones débites en los sistemas acuosos 47 Los puentes de hidrégeno confieren al agua sus propiedades extraordinarias 47 El agua forma puentes de hidrégeno con Jos solutos olares 49 El agua interacciona electrostaticamente con los solutos, cargados 50 Laentropia aumenta cuando se disuelve una sustancia, cristalina 51 Los gases apolares se disuelven mal en el agua 52 Los compuestos apolares fuerzan cambios desfavorables energéticamente en la estructura del agua 52 Las interacciones de van cler Waals son atracciones interatémicas débiles 54 Las interacciones débiles son cruciales para la estructura yfuncién de las macromoléculas 54 Los solutos afectan a las propledades coligativas de las disoluciones acuosas 56 Recuadro 2-1 Respuesta tdctil en plantas: un fenémeno osmético 59 2.2 lonizacién del agua, deldos débiles y bases déblles 60 El agua pura esté ligeramente ionizada 60 La ionizacién del agua se expresa mediante una constante de equilibrio 61 La escala de pH representa las concentraciones de H* yOu 61 Recuadro 2-2 El producto iénico del agua: dos problemas itustrativos 62 Las ticidos y bases débiles tienen constantes de disociacién caracteristicas 63 Las curvas de titulacién proporcionan el pk, de los dcidos débiles 64 2.3, Tamponamientos contra cambios do pH on ls sistemas blolégicos 65 Los tampones son mezclas de dcidos débiles y sus bases conjugadas 66 Una expresién sencilla relaciona pH, pK; y coneentracién de tampén 66 ‘Los dcidos 0 bases débiles tarnponan céhulas y tejidos contra cambios de pH 67 Recuadro 2-3 Resolucién de problemas con la ecuacién de Henderson-Hasselbalch 67 Recuadro 2-4 Sangre, pulmones y tampén: el sistema tampén del bicarbonato 69 2.4 El agua como reactvo 6 2.5 La adecuacin del ambiente acuoso a los organismos vos 70 Indice de materias xv 3 Aminodcidos, péptidos y proteinas 75 3.1 Aminoéeidos. 75 Los aminodcitos tienen caractersticas estructurales comunes 76 Los resichios aminodcidos de las proteinas son estereoisimeros. 77 Los aminofcidos se pueden clasificar segtin su grupo R78 Los aminodcidos no esténdar tienen también importantes funciones 80 Los aminofcidos pueden actuar como Scidos y bases. 81 Recuadro 3-1 Absorcién de Ia luz por las moléculas: ley de LambortBeer 82 Los aminodeidos tienen curvas de titulacion caracteristicas 82 La curva de titulaci6n predice la carga eléctrica de los aminodcidos 84 [Los aminoseidos difieren en sus propiedades éecido-base 84 3.2 Péptides y proteinas 85 Los péptidos son cadenas de aminodcidos 85 Los péptidos pueden distinguirse por su comportamiento de ionizacion 86 Existen péptidos y polipéptidos biolégicamente actives de uma gran variedad de tamafios 86 Los polipéptidos tienen una composicidn de aminodcidos caracteristica 87 Algunas proteinas contienen grupos quiimicos diferentes alos aminoécidos $8 Existen varios niveles de estructura de las proteinas 88 3.3 Tabajar con proteinas 99 Las protetnas se pueden separar y purificar 89 Las proteinas pueden separarse y caracterizarse por electroforesis 92 Es posible cuantificar las protefnas no aisladas 94 3.4 Estructura covalente de las proteinas 96 La funcion de una protefna depende de su secuencia de aminodeidos 96 Se ha determinado la secuencia de aminofcidos de millones de proteinas 96 Los polipépticos cortos se secuencian utilizando Procedimientos autorndticos 97 ‘Las proteinas grandes deben secuerciarse a partir de fragmentos més pequenios 99 Las secuencias de aminodcidos se pueden deducir también mediante otros métodos 100 Recuadro 3-2 Investigacion de tas proteinas mediante Inespectrometria de masas 102 Pueden sintetizarse quimicamente péptidos y protemas ‘pequefias 104 Ta secuencia de aminodcidos proporciona informacién Dioquimica importante 106 3.5 Secuencias de proteinas y evolucién 106 Las secuencias de proteina permiten deducir la historia dela vidaen la Tierra 107 4 Estructura tridimensional de las proteinas 116 4.1 Vision goneral sobre ln estructura protelea_116 La conformacién de una proteina esta estabilizada prineipalmente por interacciones débiles 117 Blenlace peptidico es plano rigido 118 xvi Indice de materias 42 Estructura secundaria de las protoinas 120 La hélice a es una estructura secundaria habitual en proteinas 120 La secuencia dle aminodcidos afecta a la estabilidad dela hélice a 121 Recuadro 4-1 Cémo distingulr dextrégiro de lovigiro 122 La.conformacién B organiza las cadenas polipeptidicas en forma de hoja 123 Los giros son frecuentes en las proteinas 123 Las estructuras secundarias comunes tienen angulos de enlace y un contenido de aminodcidos caracteristico 124 4.3 structures tereiaia y euatemaria de las proteinas 125 Tas proteinas fibrosas estan adaptadas a una funcién estructural 126 Recuadro 4-2 La ondulacién permanente es un elemplo de Ingenieria bioquimica 127 En las protesnas globulares la diversidad estructural refleja la diversiad funcional 129 Recuadto 4-3 Razones para que los marineres, exploradores y estudiantes universitarios consuman frutay verduras fescas 130, La mioglobina proporeioné las primeras claves acerca de la complejidad de las estructuras proteicas globulares 132 as proteinas globulares tienen estructuras terciarias diversas 134 Recuadro 4-4 Métodos para determina la estructura tridimensional dena proteina 136 Bl andlisis de numerosas protesnas globulares revela patrones estructurales communes 139 ‘Los motivos proteicos constituyen la base de la clasficacién estructural de las protefnas 141 Las estructuras cuatemnarias de las protefnas comprenden desde diimeros sencillos hasta grandes complejos 144 Bxisten limites al tamao de las proteinas 146 4.4 Desnaturalizacin y plegamiento de proteinas 147 La pérdida de la estructura conduce a la pérdida de funcion 147 La secuencla de aminodcidos determina la estructura terciaria 148, Los polipéptidos se pliegan répidamente y segtin un proceso de varias etapas 148 Recuadro 4-5 Muerte por un plegamiento incorrecte: las enfermedades priénicas 150 ‘Algunas proteinas sufren un plegamiento asistido 151 5 Funcién de las protefnas 157 5 Union reversible proteina-ligando: proteinas de unién a oxigeno 158 EL oxigeno puede estar unido a un grupo prostético hemo. 158 La mioglobina tiene un tinico sitio de fjacién para eloxigeno 159 Las interacciones proteina-ligando se pueden deseribir cuantitativamente 160 Laestructura proteica afecta al modo de union del igando 162 Bl oxigeno es transportado en la sangre por la rmioglobina 162, Las subunidades de la hemoglobina son similares estructuralmente alamioglobina 163 La hermoglobina experimenta un cambio estructural al unirse aloxigeno 164 Lahemoglobina une oxigeno de manera cooperativa 164 La unién cooperativa de ligando puede ser deserita cuantitativamente 167 Bxisten dos modelos que explican los mecanismos de la ‘unin cooperativa 167 Recuadro 5-1 Monéxido de carbono: un asesino silencioso 168 La hemoglobina tarmbién transporta H* y C03 170 La uni6n de oxigeno a la hemoglobina est regulada por el 2,-bisfosfoglicerato 171 La. anemia falciforme es una enfermedad molecular de la hhemoglobina 172, 5.2 Interacclones complementaras entre protefnas y ligandos: el sistema inmunitaro y las inmunoglobulinas 174 ‘La respuesta inmunitaria es el resultado de Ia aecién ide uma serie de eélulas y protefnas especializadas 175 Las células distinguen lo propio de lo ajeno exponiendo péptidas en su superficie 176 Los anticuerpos poseen dos sitios idénticos de unién antigen 178 Los anticuerpos se unen fuertemente al ant{geno de una manera especifica 180 Las interacciones antigeno-anticuerpo son la base de diversos pprocesos anatiticos importantes 180 ‘5.3 Interacclones protelcas moduladas por energia quimica: ‘actina, miosina y motores moleculares 182 Las principales proteinas del mtisculo son Ja actina ylamiosina 182 Otras proteinas adicionales organizan los filamentos delgado y grueso en estructuras ordenadas 184 Los filamentos gruesos de miosina se deslizan a lo largo de los flamentos delgados de actina 185 6 Enzimas 190 6.1 Introduccién a los enzimas 191 La mayorfa de enzimas son proteinas 191 Los enzimas se clasifican segtin las reacciones que catalizan 192, 6.2 06mo funcionan los enzimas? 193 ‘Los enaimas alteran las velocidades de reaccién pero no los equilibrios 193 Las velocidades de reacciGn y lo equilibrios tienen definiciones termodinamicas precisas 195 Unos pocos principios explican el poder catalitico y la especificidad de los enzimas 196 Las interacciones débiles entre enzima y sustrato ‘son 6ptimas en el estado de transicion 197 Los enzimas ulilizan la energia de fijacién para proporeionar especificidad de reaccion y catalisis 198 Grupos cataliticos especificos contribuyen alacatilisis 200 6.3 La cinética enzimética como método para comprender el mecanismo 202 La concentracién del sustrato afecta a la velocidad de las, reacciones catalizadas por enaimas 202, a relacion entre concentracidn de sustrato y velocidad de reaccion se puede expresar de manera cuantitativa 204 Para comparat las actividades enzimdticas se wtilizan los parametros cinéticos 205 Recuadro 6-1 Transformaciones de la ecuacién de Michaelis-Menten: grfica de dobles reciprocos 206, ‘Muchos enzimas catalizan reacciones en las que intervienen dos 0 mas sustratos 207 La cinética en el estado pre-estacionario puede aportar pruebas sobre pasos especificos de la reaccin 208 ‘Los enzimas estén sujetos a inhibicién reversible irreversible 209 Recuadro 6-2 Pruebas cinéticas para determinar los mecanismos de inhibicién 210 El pH afectaa la actividad enzimética 212 6.4 Ejemplos de reacciones enuiméticas 213 En el mecanismo de la quimotripsina se produce la acilacion ¥ desacilacién de un residuo de Ser 213 En la hexoquinasa se produce un encaje inducido durante laumion del sustrato 218 Elmecanismo de reaccién de la enolasa requiere la presencia de iones metilicos 219 Recuadro 6-3 Pruebas de la complementariedad entre el enzima yee estado de transiclén 220 Ellisozima utiliza dos reacciones de desplazamiento nnucleofflico sueesivas 222 6.5 Enzimas reguladores 225 ‘Los enaimas alostéricos experimentan cambios conformacio- nales en respuesta a la union del modulador 225 En muchas rutas las etapas reguladoras estén catalizadas por enzimas alostéricas 226 Las propiedades cinéticas de los enzimas alostéricos difleren del comportamiento de Michaelis-Menten 227 Algunos enzimas reguladores experimentan modificaciones covalentes reversibles 228 Los grupos fosforilo afectan a la estructura y la actividad catalitica de las proteinas 228 Las fosforilaciones miltiples permaiten un exquisito control dela regulacion 230 Algunos enzimas y otras proteinas son regulados mediante la rotura proteolitica de un precursor ervimitico 231 Algunos enzimas reguladores utilizan varios mecanismos de regulacién 232 7 Glicidos y glucobiologia 238 7A Monosacéridos y disacéridos 238 Las dos familias de monosacdiidos: aldosas y cetosas 239 ‘Los monosacaridos tienen centros asimétricos 239 Los monosacéridos comunes tienen estructura ciclica 240 Los organismos contienen numerosos derivados de las hhexosas 243 ‘Los monosacaridos son agentes reductores 244 Los disacaridos contienen un enlace glucosfdico 245 7.2 Polisacéridos 247 Algunos homopolisacéridos son formas de almacenamiento de combustible 247 Algunos polisacdridos tienen funcién estructural 248, Factores estéricos y los puentes de hidrégeno contribuyen al plegamiento de los homopolisacaridos 250 Las paredes celulares de algas y bacterias contienen heteropolisacdridos estructurales 252 ‘Los glucosaminoglucanos son heteropotisacaridos de la matrig extracelular 253 7.3 Glucoconjugades: proteoglucanes, glucoproteinas y dueolipides 255 ‘Los proteoglucanos son macromoléculas de la superficie celular y de la matriz extracelular que contienen glucosaminoghicanos 256 Las glucoproteinas contienen oligosacaridos unidos covalentemente 258 Los glucolipidos y los lipopolisacéridos son componentes delamembrana 260 Indice de materias it 74 Los ghieidos como moléculas portadoras de informacién: cel cédigo de los azicares 261 ‘Las lectinas son proteinas que leen el c6digo de los azticares € intervienen en muchos procesos biol6gicos 262 Las interacciones lectina-glicido son muy fuertes y muy. especifieas 264 7.5 Andlisis de ghicidos 267 8 Nucle6tidos y dcidos nucleicos 273 8.1 Algunos conceptos bésicos 273. {Los nucleétidos y dcidos nucleicos estan formados por bases ypentosas caracteristicas 273 Los mucleétidos sucesivos de os éeidas nucleicos estén, lunidos por enlaces fosfodiéster 276 Las propiedades de las bases de los nuclestidos influyen en la estructura tridimensional de los dcidos nucleicos. 278 8.2 Estructura de los deldos nucleloos. 279 ELDNA almacena informacién genética 280 Las moléculas de DNA tienen diferente composicién de bases 281 ELDNA estuna doble hélice 282 ELDNA adopta diferentes formas tridimensionales 283 ‘Algunas secuencins de DNA adoptan estructuras no habituales 285 Los RNA mensajeres codifican las cadenas polipeptidicas 287 Muchos RNA tienen estructuras tridimensionales complejas 288 8.3 Quimica de os éldos nucleices 291 ELDNA yel RNA de doble hélice pueden desnaturalizarse 291 Los dcidos nucleicos de especies diferentes pueden formar ‘brides. 292 Los nucleétidos y los écidos nucleicos experimentan transformaciones no enzimaticas 293. Algunas bases del DNA estén melladas 296 Bs posible determinar la secuencia de largas cadenas de DNA 296 La sintesis quimica de DNA ha sido automatizada 298 8.4 Otrasfunciones de los nucestidas 300 ‘Los nucleétidos transportan energia quimica cen las células 300 ‘Los nuclestidos de adenina forman parte de muchos

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