Cheile Vârghişului sunt situate la contactul dintre Carpaţii Moldo-Transilvăneni şi Carpaţii
Curburii, în partea nordică a Munţilor Perşani, cunoscuţi şi sub denumirea de Munţii Vârghişului, la contactul cu Munţii Harghita. Se află la limita dintre judeţul Covasna cu judeţul Harghita, în administraţia a două comune: Mereşti şi Vârghiş. În acest areal de chei redus ca întindere, s-au efectuat destul de puţine cercetări geografice. În schimb, cele mai multe cercetări au fost întreprinse de către speologi şi arheologi. Trebuie amintit faptul că prima menţiune a arealului carstic din Cheile Vârghişului datează din perioada apariţiei speologiei ca o nouă disciplină. Cheile Vârghişului sunt dezvoltate într-un depozit calcaros aparţinând Jurasicului şi Triasic, depozite formate într-o perioadă care debutează în Triasicul mijlociu – Anisian (245 – 241 Ma) și care continuă cu câteva lacune stratigrafice până la sfârșitul Doggerului (Jurasic mediu) – Callovian (165 – 161 Ma). Hipsometric, regiunea este încadrată de altitudini cuprinse între 570 m şi 935 m, ceea ce impune o energie de relief de 365 m, cu văi adânci şi cu procese erozionale mai intense. Altitudinea maximă (935 m) este înregistrată in Vf. Tiva, iar cea minimă este înregistrată de-a lungul albiei minore a râului Vârghiş. În cadrul arealului studiat, se remarcă predominanţa pantelor cu valori de peste 45°, urmate de cele cu valori cuprinse între 15° şi 40°. Valorile densităţii fragmentării reliefului sunt cuprinse între 1 km/km² şi 4 km/km². Cele mai mari densităţi se înregistrează în partea sudică a cheilor. Predomină versanţii cu orientare sudică şi sud-vestică, urmaţi de cei cu orientare vestică şi nord-vestică. Arealul corespunde etajului pădurilor nemorale (păduri de fag şi de gorun), cu o vegetaţie şi o faună deosebit de variată şi bogată. Din punct de vedere pedologic, zona de studiu aparţine domeniului solurilor zonale din clasele cambisoluri şi luvisoluri, caracteristic pentru munţii joşi. Climat, Cheile Vârghişului se caracterizează print-o temperatură medie anuală situată în jurul valorii de 7,6°C, cu valori ale cantităţii de precipitaţii cuprinse între 21.2 mm – 92.4 mm, având o valoare medie anuală de 552 mm. Regimul vânturilor este influenţat de direcţia de curgere a Vârghişului, de prezenţa culoarului de vale şi de mişcarea generală a maselor de aer. Astfel, direcţia dominantă a vânturilor din cadrul arealului este Vest – Est. Realizarea unei baze de date GIS pentru arealul carstic din Cheile Vârghișului poate constitui o punct de pornire pentru crearea unui tipar de locuire a peșterilor din această regiune. Integrarea în baza de date a unor parametri precum orienta-rea portalului peșterii și dimensiunile acestuia, raportate la etapele de locuire ne poate oferi răspuns la motivația alegerii peșterilor de diversele comunități umane care au locuit în areal. Informațiile legate de altitudinea relativă a peșterilor ne vor ajuta să separăm nivelele care puteau fi locuite la nivelul diferitelor perioade din preistorie, în funcție de condițiile de mediu din perioada respectivă.