INTRODUCCIÓN A PROTEÍNAS

Las proteínas desempeñan una enorme variedad de funciones unas transportan y almacenan moléculas pequeñas (por ejemplo el caso de la
hemoglobina, la miohemoglobina que transporta el O2 al eritrocito y al músculo respectivamente; la transferrina que transporta el hierro en el
plasma, la ferritina que lo almacena en el hígado), otras constituyen gran parte de la organización estructural de las células y tejidos. La
contracción muscular que se lleva acabo por el movimiento deslizante de dos clases de filamentos proteicos, la miosina y la actina, la
respuesta inmunitaria, y la coagulación de la sangre, se producen todas ellas mediante proteínas pero quizás la mas importante de todas las
Proteínas sean las enzimas, los catalizadores que facilitan la enorme variedad de reacciones que ocurren durante el metabolismo, para
cumplir esta diversidad de funciones cada tipo de célula varios miles de clases de Proteínas, las Proteínas son por lo tanto extremadamente
complejas.

AMINOÁCIDOS
ESTRUCTURA DE LOS α-AMINOÁCIDOS
La característica común es que todos son polímeros que están formados por aminoácidos que son los monómeros que se unen en forma
covalente unos a otros en secuencia mediante lo que se llama un enlace peptídico. Empezamos con una descripción de las unidades de
estructura química comunes a todos las Proteínas los aminoácidos.
Los aminoácidos tienen un grupo amino y un grupo acido por eso decimos que son bifuncionales.
O
δ γ β α
C–C–C–C–C–C

NH OH
Forma Proteínas 2
O
δ γ β α
C–C–C–C–C–C
NH2 OH
No forma Proteínas
La naturaleza se limita a los aminoácidos que tienen el NH 2 en Cα, el carbono contiguo al grupo carboxilo, de aquí proviene el
nombre de α-aminoácidos. Al Cα de cada aminoácido también esta unido un átomo de hidrogeno y una cadena lateral R. los distintos
α-aminoácidos se diferencias por sus cadenas laterales.

ESTEREOQUÍMICA DE LOS α-AMINOÁCIDOS

Los enlaces alrededor del carbono α son tetraédricos. El
Cα es quiral o simplemente suele llamarse carbono
asimétrico. Si una molécula contiene un carbono
asimétrico existen dos Estereoisómeros distinguibles; se
trata de imágenes especulares que no se pueden
superponer una a la otra, o enantiomeros (enantiómero L
y enantiómero D).
Para nuestros fines, el hecho importante es que todos los
aminoácidos que incorporan los organismos a las
Proteínas son de la forma L.
En algunas bacterias, algas y peces incorporan
aminoácidos de la forma R a sus Proteínas, pero son
muy raros los casos que se pueden presentar.

REQUERIMIENTOS NUTRICIONALES DE AMINOÁCIDOS EN LOS MAMÍFEROS

Aproximadamente entre 120 a 150 aminoácidos se encuentran en los
organismos vivos, de estos solo 24 se encuentran repetitivamente en las
Proteínas, existe un remanente que son mas de 100 aminoácidos que no
son repetitivos se denominan aminoácidos aberrantes, estos los podemos
encontrar en las Proteínas por error.
De los 24 aminoácidos, 4 aminoácidos no los encontramos en todas las
Proteínas, son los aminoácidos especiales (tiroxina, cistina, hidroxiprolina
y hidroxilisina), solo los vamos encontrar en Proteínas específicas.
Los 20 aminoácidos son esenciales metabolitamente, es decir todas las
Proteínas necesitan de los 20 aminoácidos, si faltara alguno no se podría
formar ninguna proteína.
Los aminoácidos que han de proporcionarse en el alimento para
satisfacer las necesidades metabólicas de un animal se denominan
“aminoácidos esenciales nutricionalmente”. Los aminoácidos que no son necesarios proporcionar, porque pueden sintetizarse
en cantidades suficientes, se denominan “aminoácidos no esenciales nutricionalmente”. En general, los aminoácidos
esenciales son aquellos que tienen estructuras comp1ejas, como anillos aromáticos y cadenas laterales hidrocarbonadas,
tienen un vía metabólica complicada por eso tenemos que comerlos en la dieta. Los aminoá cidos no esenciales son los que se
sintetizan con facilidad a partir de metabolitos abundantes, como los intermediarios de la glucólisis o del ciclo del ácido
cítrico.
Tanto en el ser humano como en las ratas, la Arginina y la AMINOÁCIDOS ESENCIALES
Histidina son clasificados como aminoácidos esenciales,
auque los estudios nutricionales indican que son Lactantes prematuros
necesarios en la alimentación de niños muy pequeños en
su etapa de crecimiento, y estos dos aminoácidos recién
Niños en crecimiento
los fabricamos al madurar el aparato metabólico.
Hay también dos aminoácidos la cisteína y la tirosina que
son necesarios en la alimentación de lactantes prematuros. Adultos
El hecho de poder sintetizar o no aminoácidos es un
Isoleucina Arginina Cisteína
proceso evolutivo, los organismos mas inferiores como
las bacterias, algas, hongos pueden fabricar todos sus Leucina Histidina Tirosina
aminoácidos, pero conforme el organismo se va Lisina
especializando y se hace mas complejo pierde la
capacidad de sintetizar algunos aminoácidos. Algunos Metionina
científicos dicen que este proceso evolutivo es negativo, Fenilalanina
porque nos hace dependientes de los organismos
inferiores (de las plantas) ya que tenemos que comerlos Treonina
para poder formar nuestras Proteínas, otros dicen que es Triptofano
favorable ya que fabricar estos 10 aminoácidos demanda
bastante energía, debido a que su síntesis es bastante Valina
compleja , nos ahorraríamos bastante energía.

CLASIFICACIÓN DE LOS AMINOÁCIDOS

I.DE ACUERDO A LA CADENA LATERAL (RADICAL), A LAS CARACTERÍSTICAS DE SU CARGA.

 No polares
 Polares
 Ácidos
 Básicos

II. DE ACUERDO A LOS CONSTITUYENTES DE LA CADENA LATERAL

 Alifáticos
 Aromáticos
 Oxhidrilados
 Amidicos
 Azufrados
 Imidicos
 Ácidos
 Básicos

NO POLARES
a) Alifáticos
1. Glicina (Gly o G)
PI = 5,97
No tiene enantiómero, Cα asimétrico
Nomenclatura: Acido-2-amino-etanoico
Acido-α-amino-acetico

2. Alanina (Ala o A)
PI = 6,0
Nomenclatura: Acido-2-amino-propanoico
Acido-α-amino-propanoico

3. Valina (Val o V)
PI = 5,96
Nomenclatura: Acido-2-amino-3-metil-butanoico
Acido-α-amino-β-metil-butirico

4. Leucina (Leu o L)
PI = 5,98
5. Isoleucina (Ile o I)
PI = 6,02

b) Aromaticos
6. Fenilalanina (Phe o F)
PI = 5,48

7. Triptofano (Trp o W)
PI = 5,89
Es precursor de la síntesis de Serotonina, es un neurotransmisor que lo
utilizamos para que se comuniquen las células del cerebro (usado por las neuronas
cerebrales)

8. Tirosina (Tyr o Y)
PI = 5,66
Precursor de la síntesis de Acetil colina, Dopamina

9. Tiroxina
Es el primer aminoácido especial, no tiene siglas, lo encontramos formando parte
de la Tiroglobulina, puede tener diferentes PI, debido a que este aminoácido va
tener diferentes cargas, y las cargas preferentemente van a ser aportadas por la
cadena lateral (este aminoácido en su cadena lateral puede tener 4, 3 o 2 yodos y
esto al final hace que varié su PI).

c) Iminoácidos

10. Prolina (Pro o P)

PI= 6,40
Difícil de sintetizar
El Cα tiene un grupo imino (NH), de ahí viene el nombre de Iminoácidos, se
denomina imino porque el amino del Cα se encuentra ciclado formando parte de la
cadena lateral.

11. Hidroxiprolina
PI = 5,83
Es el segundo especial, solo lo encontramos en colágeno.

d) Azufrados
12. Metionina (Met o M)
PI= 5,74
Cuando se fabrican las proteínas, estas se sintetizan a partir de una secuencia de
nucleótidos que tenemos en el DNA, pero el DNA tiene secuencias tan grandes
que no son tan solo para sintetizar Proteínas. La pregunta seria ¿en que parte del
DNA debe iniciarse la síntesis de Proteínas?, la respuesta seria cuando se
identifique una secuencia de nucleótidos que codifique para Metionina, este
vendría a ser el primer aminoácido en todas las Proteínas, sin embargo después de
fabricarse parte de la proteína durante este proceso unas enzimas cortan la
metionina original, es por eso que algunas Proteínas no tiene la metionina al inicio,
pero al sintetizarse la proteína, inicialmente si la tienen.
Por lo tanto la Metionina es la señal de iniciación para la síntesis de una proteína.

POLARES
Continuación de los azufrados
13. Cisteina Cys o C)
PI= 5,07
Este aminoácido contiene el grupo Sulfhídrilico, si la cadena de una proteína
contiene varias cisteinas, si dos cisteinas llegaran a estar cercanas (cola con cola),
sus grupos sulfhídrilicos (SH) reaccionan inmediatamente formando puentes
disulfuro, estas uniones generan la estructura tridimensional de la proteína (forma
espacial).
14. Cistina
PI= 4,60
Es el tercer aminoácido especial, se forma de la reacción de dos cisteinas.
Lo encontramos en mayor concentración en Proteínas vegetales especialmente en
el nabo, rabanito, cebolla, ajo, etc.

e) Hidroxilados
15. Serina (Ser o S)
PI= 5,68
16. Treonina (Thr o T)
PI= 6,16

f) Amidicos
17. Asparagina (Asp o N)
PI= 5,41
18. Glutamina (Gln o Q)
PI= 5,70
g) Ácidos
19. Acido Aspartico (Asp o D)
PI= 2,77
Un derivado del acido Aspartico el Aspartame, esta siendo utilizado por sus
propiedades edulcorantes.
20. Acido glutamico (Glu o E)
PI= 3,22
h) Básicos
21. Lisina (Lys o K)
PI= 9,74
22. Arginina (Arg o R)
PI= 10,16
Presenta el grupo guanidina (-NH-C(NH)NH2), que es el responsable de que sea el
aminoácido mas básico. No lo podemos sintetizar de niños, por que es necesario
ingerirlo. A partir de la Arginina se sintetiza la “Ornitina”, que viene a ser un
aminoácido aberrante, esta Ornitina es importante porque apartir de ella se
sintetizan unas moléculas conocidas como poliaminas, las más importantes son las
siguientes: Putrecina (material putrefacto), cadaverina (en cadáveres), espermidina
y espermina (en semen).
Son moléculas importantes para la diferenciación celular, y las células lo utilizan
cuando se encuentran en un medio adverso, por ejemplo cuando se produce la
muerte de un organismo vivo, no hay circulación de sangre, las células
inmediatamente comienzan a sintetizar cadaverina (poliamina) para poder
protegerse. Los espermatozoides una vez que salen de los testículos tienen que
fabricar su acrosoma para poder penetrar el oocito, y los responsables de esto son
poliaminas (diferenciación celular). Algunos parásitos como el Tripanosoma que es
el causante de leshmania (parasito alargado y con cola), al penetrar en la célula
tienen que volverse redondo y sin cola, este cambio es posible gracias a las
poliaminas que sintetiza.
23. Histidina (His o H)
PI= 7,59
Este aminoácido tampoco lo podemos sintetizar de niños. A partir de este
aminoácido se sintetiza la Histamina, mediante una reacción de descarboxilación
(sale el grupo carbonilo (C=O) del Cα de la Histidina), esta Histamina se deposita
en los gránulos de histamina (mastocitos), por ejemplo cuando uno ingiere una
comida contaminada, el organismo inmediatamente reacciona sintetizando
inmunoglobulina E (IGE), esta IGE actúa sobre el contaminante que ingreso a
nuestro organismo, lo que hace es adherirse a los gránulos de Histamina
(mastocitos) y al adherirse estos gránulos revientan, liberándose la Histamina, y lo
que hace esta histamina es romper membranas celulares produciendo escozor
(ronchas).

24. Hidroxiprolina
Es el cuarto aminoácido especial. Lo podemos encontrar mezclado con la
hidroxiprolina formando el colágeno.
EFECTOS DE LOS METALES Y XENOBIÓTICOS LIPOFÍLICOS SOBRE LAS PROTEÍNAS
El cadmio, conjuntamente con el mercurio y el arsénico tienen una gran afinidad por los grupos sulfhídrilicos del aminoácido
Cisteina. El cadmio se une a las metalotioneinas (Proteínas ricas en azufre), que se encuentran presente en el hígado de los
mamíferos. La unión del cadmio a estas proteínas protege de su acción toxica a moléculas de interés bioquímico. La toxicidad de este
metal se incrementa notablemente cuando se supera la capacidad de las metalotioneinas, su exposición se ha relacionado con la
aparición de enfermedades coronarias y pulmonares, supresión del sistema inmune y enfermedades del riñón y del hígado.
La toxicidad medioambiental del mercurio se asocia casi exclusivamente con el consumo de pescado. Las bacterias reductoras de
sulfato, presentes en sedimentos, generan metilmercurio y lo eliminan a las aguas circundantes, allí el metilmercurio es absorbido por
los peces. El ion CH3Hg+ esta presente en el medio salino de los fluidos biológicos en forma de CH 3HgCl, este complejo neutro es el
que atraviesa las membranas biológicas. Una vez en los tejidos, el cloruro es desplazado del compuesto por los grupos sulfhídrilos de
los aminoácidos y péptidos. Debido a la elevada afinidad del mercurio por los grupos sulfhídrilos, la eliminación del mercurio es muy
lenta, y por tanto se bioacumula cuando el pez grande se come al pez pequeño. La exposición crónica del mercurio puede ocasionar
parálisis de los miembros, visión borrosa e incluso perdida de la misma, y perdida de la audición y coordinación muscular,
disfunciones cerebrales y retraso mental en recién
nacidos.
El As (III) (arsenito, AsO33-) es mas toxico que el As (V)
(arseniato, AsO43-), debido probablemente a que se une
con más facilidad a los grupos sulfhidrilos de las
proteínas. En otros descubrimientos se ha encontrado
que este elemento inhibe la activación de los receptores
de la hormona glucocorticoide, receptores que a su vez
son genes que suprimen el cáncer y regulan los niveles
de azúcar en sangre; en la actualidad se sabe que la
arsenicosis puede originar diabetes y cáncer. El síntoma
inicial de una intoxicación por arsénico es una
queratosis (decoloración de la piel).
El cobre se encuentra presente generalmente como Cu2+
y forma complejos muy estables con las cadenas
laterales de Histidina de las Proteínas.
Las hormonas solubles en lípidos son esteroides
(derivados del colesterol). Estos se difunden a través de
las membranas celulares y se enlazan a proteínas
receptoras específicas en el citoplasma. La unión de la
hormona a su proteína receptora, genera su
desplazamiento hacia el núcleo, para transformarse en
genes específicos. Por tanto, los esteroides actúan
induciendo la síntesis de enzimas y proteínas de
regulación. Los xenobióticos lipofílicos (como el
DDT) (entendiéndose por Xenobiótico cualquier
sustancia química externa al organismo humano), se
acumulan en los tejidos grasos pudiendo unirse a los
receptores de las hormonas esteroideas. Si existe una
gran similitud entre la hormona y la sustancia xenobiótica, esta puede desarrollar la misma maquinaria bioquímica que la primera,
bloqueando la hormona e inactivándola. Las hormonas sexuales están dentro del grupo de los esteroides, los estrógenos y antrógenos
inducen los sistemas sexuales femeninos y masculinos. Este grupo de hormonas has sido objeto de gran atención ya que puede
provocar malformaciones sexuales en la naturaleza. En los peces expuestos a aguas contaminadas se ha detectado una elevada
incidencia de malformaciones sexuales; en algunos machos se ha encontrado “vitelogenina”, una hormona específicamente femenina.
Esta evidencia de desmasculinización medioambiental ha llegado a especular que algo similar esta sucediendo entre los machos
humanos. Los estrógenos se unen a los receptores que se encuentran en el citosol y estimulan el crecimiento de las células del pecho,
esta proliferación celular promueve la mutagénesis y cáncer. Muchas sustancias medioambientales son estrogénicas. Dentro de estos
se encuentran el DDT, el antioxidante BHA, y una amplia variedad de sustancias orgánicas. Teniendo en cuenta estos factores es
lógico la preocupación existente ante la exposición de estos agentes químicos, especialmente para las mujeres con el consiguiente
riesgo de cáncer de mama.

ESTADOS DE IONIZACIÓN DE UN AMINOÁCIDO

La mayor parte decatiónica

Forma la bioquímica se produce en el margen de pH fisiológico próximo a la neutralidad. ElForma
pKa de los grupos carboxilo
aniónica
y amino de los ZwitterionPor consiguiente, en la proximidad del pH neutro, el grupo
α-aminoácidos es aproximadamente 2 y 10 respectivamente.
o Básica o Ácida
carboxilo habrá perdido un protón y el grupo amino habrá capturado un protón, para dar origen a la forma “zwitterion” que se presenta al
medio de la figura. Si el medio es acido el grupo amino jala un protón (NH3+), el aminoácido se cargara positivamente (forma catiónica), y si
el medio es básico el grupo carboxilo pierde un protón (COO -), el aminoácido se cargara negativamente (forma aniónica). Habría que
hacerse una pregunta: ¿A que pH un aminoácido se encontrara bajo la forma de zwitterion?, no es a pH 7, por que las cadenas laterales
de los aminoácidos tienen grupos ionizables, entonces este pH en el cual la carga neta es cero, es propio de cada aminoácido, a este pH se le
conoce como punto isoélectrico (PI). Por lo tanto el pH en el cual un aminoácido se encuentra con suma de cargas igual a cero se denomina
punto isoélectrico (PI), y este aminoácido se encontrara bajo la forma de zwitterion.
El PI de una proteína vendría a ser el promedio de los PI de cada residuo aminoacidico que forma la proteína. El PI es importante porque me
permite identificar a un aminoácido, ya que el PI es específico para cada aminoácido.
El hecho de que estos aminoácidos se puedan comportar como ácidos (forma aniónica) o básicos (forma catiónica), hace que estos
compuestos sean denominados “anfoteros” (ambos). El concepto de anfoterismo en el aminoácido nos varía un poco el concepto de
neutralidad, porque vivimos en mundo donde el pH es de 0 a 14 y el neutro es 7, pero para un aminoácido el neutro necesariamente no tiene
que ser 7, esto dependerá de sus cargas internas y a este punto neutro se le conoce con el nombre de punto isoélectrico (PI).

FORMACIÓN DEL ENLACE PEPTÍDICO

Los aminoácidos pueden unirse entre ellos de modo
covalente por formación de un enlace amida entre el grupo
α-carboxílico de un aminoácido y el grupo α-amino de otro.
Este enlace se denomina enlace peptídico, y los productos
que se forman a partir de esta unión se llaman péptidos.
En la figura se presenta la formación de un enlace peptídico
entre dos aminoácidos; el producto en este caso se llama
dipéptido. La formación de este enlace peptídico implica la
eliminación de una molécula de agua; se puede añadir mas Resto
aminoácidos a la cadena, cada vez que se añada un aminoácidico
aminoácido a la cadena debe eliminase otra molécula de Resto aminoácidico
agua. La porción de cada aminoácido que permanece en la
cadena se denomina “residuo de aminoácido”. Si se
produce la ruptura de este enlace peptídico (hidrólisis) voy
ha obtener dos aminoácidos como producto final si trata de
un dipéptido.
De acuerdo al número de residuos de aminoácidos que
tenga un péptido se pueden clasificar en:
OLIGOPÉPTIDOS: 10 a 20 residuos de aminoácidos
POLIPÉPTIDOS : > 20 residuos de aminoácidos
PROTEINAS : > 50 residuos de aminoácidos
La mayoría de los oligopéptidos y los polipéptidos conservan un grupo amino que no ha reaccionado en un extremo (se llama
amino terminal o N-terminal) y un grupo carboxílico sin reaccionar en el otro extremo (carboxilo terminal o C-terminal). Por lo
tanto el enlace peptídico tiene direccionalidad (dirección y sentido), esta direccionalidad ira del amino terminal al carboxilo
terminal.

CASO PRACTICO: Se desea realizar la síntesis de dipéptido en un laboratorio, se da todas la condiciones necesarias para que suceda la
reacción (Tº, pH, etc.), se desea saber ¿Cuántos dipéptido se formara si se colocan en el medio dos aminoácidos (Histidina y Alanina)?
SOLUCIÓN
Existe una formula para saber número total de péptidos (oligopéptidos, polipéptidos o proteínas) que se pueden formar en un medio, es: ab
Donde:
a = Número de aminoácidos que ponemos en solución
b = Número de residuos en el péptido
Para el ejercicio a = 2 (2 aminoácidos la Alanita y la Histidina) y b = 2 (porque se trata de un dipéptido)
22 = 4, por lo tanto se podrían formar 4 dipéptidos diferentes si yo utilizo Histidina y Alanina, y estos dipéptido son los siguientes:
A – H alanil - histidina
H – A histidil - alanina
A – A alanil - alanina
H – H histidil - histidina
Para la nomenclatura: Primero tengo que identificar cual es mi inicio (N-terminal) y cual es mi final (C-terminal); empiezo por colocar el
nombre del residuo del N-terminal (terminación –il), y así sucesivamente hasta antes de llegar al C-terminal, para este ultimo que es el
C-terminal se coloca el nombre del aminoácido (no tiene la terminación –il).
Estos 4 dipéptido son diferentes, debido a la direccionalidad del enlace peptídico.
Si quisiera saber cuantos tripéptidos se formaran utilizando estos dos aminoácidos, a = 2, b = 3; 2 3 = 8, por lo tanto se formaran 8 tripéptidos
diferentes, los cuales son los siguientes:
A-A-A A-H-A
H-H-H H-A-H
A-H-H H-H-A
H-A-A A-A-H

Estructura de las proteínas

Las proteínas
formadas por
enlace peptídicos
forman cadenas
muy grandes que se
arreglan en el Híbridos de resonancia
espacio en
diferentes niveles de ordenamiento. Las proteínas adquieren 4
niveles diferentes de estructuración.
En cada tipo de proteína la cadena polipeptídica se halla
plegada adaptando una conformación tridimensional
específica, la cual es necesaria par su función biológica
específica o para su actividad. Una cadena polipeptídica
extendida u ordenada al azar carece de actividad biológica.
Hay poca posibilidad de giro alrededor del enlace C-N porque el enlace peptídico tiene una parte importante de carácter de doble
enlace. El enlace peptídico puede considerarse un híbrido de resonancia de dos formas como se muestra en la figura. El enlace
peptídico por tanto es rígido y plano

I. Estructura primaria
Las proteínas no son sólo polipéptidos de secuencia
definida, cada proteína tiene un orden definido de
residuos de aminoácidos, a esta secuencia de residuos
que tiene una proteína se denomina estructura primaria
de la proteína. Este es el nivel fundamental de
estructura sobre el que se basan los niveles de
organización más elevados, por lo tanto la estructura
primaria es la posición que ocupan cada uno de los
residuos aminoacidicos a los largo de la proteica.
En la figura de la derecha se aprecia la secuencia de
aminoácidos de la mioglobina de cachalote y de la
mioglobina humana. Esta proteína realiza la función
de almacenamiento de O2 en el ser humano. Las
proteínas son polipéptidos largos. La proteína de
cachalote contiene 153 residuos de aminoácidos igual
que la mioglobina humana; no obstante se encuentra
entre las más pequeñas. Apenas que las 2 secuencias de
la mioglobina son similares, no son idénticas de los
153 residuos de aminoácidos, 128 (84%) son idénticos
en seres humanos y los cachalotes. Su similitud es
suficiente para que cada una de ellas realice la misma
función bioquímica, por lo tanto las llamamos a cada
una de ellas mioglobina. Pero no son totalmente
iguales.
Cuando la proteína contiene mas de una cadena
polipeptídica surge una complicación, las cadenas
pueden mantenerse unidas mediante fuerza no
covalentes como en la hemoglobina que esta formado
por 4 cadenas semejantes a la mioglobina. Otra
posibilidad es que la conexión de las cadenas pueda
producirse mediante enlaces covalentes, como los enlaces disulfuro, un ejemplo de este tipo de proteínas es la hormona de la
Insulina (esta proteína esta compuesta por 2 cadenas polipeptídicas (A y B) unidas por enlaces disulfuro. La cadena A también
contiene un enlace disulfuro interno).
 Estructura primaria de
la insulina

Entonces la estructura primaria también considera la ubicación de los enlaces disulfuro en una proteína si están presentes.
La estructura primaria de una proteína se llega a perder en una mutación, por ejemplo en la mutación de la hemoglobina (Hb)
66 76
Fragmento de Hb
Extremo A T V L T A L G G I L Extremo
amino carboxilo Fragmento de Hb mutada
A T V LA T L G G I L
Estos 2 pedazos de estructuras primarias son diferentes a pasar de tener los mismos residuos aminoacidicos, ya que la posición en
2 de los residuos es diferente en una de las cadenas, y esto hace que sean 2 proteínas diferentes y por tanto trabajan diferentes
(esto debido a la direccionalidad del enlace peptídico).
Esta estructura no tiene nada que ver con espacios tridimensionales por que a la hebra de proteína ya la puedo estirar, amarrar y
la secuencia de residuos es la misma.
La estructura primaria son definiciones lineales pero con sentido y dirección están formadas por enlaces peptídicos y estas son las
que definen a la estructura primaria.

II. Estructura secundaria

Es la forma como las estructuras primarias de las proteínas se doblan sobre si misma y se mantienen unidas bajo astas nuevas
formas.
Están definidas por enlaces de puente de hidrogeno (PH) estos residuos aminoacidicos pueden formar PH por que tienen grupos
COOH, NH2 y algunos tienen S, OH - entonces estos residuos que poseen estos grupos funcionales tiene gran capacidad para
formar PH. Mientras mantenga la unión o puente de hidrogeno existirá una estructura secundaria. No conserva la estructura
tridimensional, en toda las estructuras el grupo peptídico esta en un plano. Las estructuras secundarias son planas.
Estas estructuras secundarias pueden ser de 3 tipos.
 hélice } Las más frecuentes

 hoja plegada
} Es escasa y pocas proteínas lo tienen.
 Triple hélice
La hélice α es una estructura
semejante a un cilindro. La cadena Eje de la Hélice
polipeptídica principal
estrechamente enroscada forma parte
del interior del cilindro y las cadenas
laterales se extienden hacia afuera
en una disposición helicoidal
La hélice α queda estabilizada por los
enlaces PH entre los grupos NH y CO
de la cadena principal.
En la hélice α los enlaces de
hidrogeno se forman dentro de una
única cadena polipeptídica y son casi
paralelas al eje de las hélices.
El grupo ceto de cada residuo
aminoacidico esta enlazado por un
PH al grupo NH del residuo situado
cuatro residuos mas delante de la
secuencia linial.
La hoja plegada β difiere
profundamente de la hélice α en que
es una lámina en lugar de un cilindro.
En la hoja plegada β la cadena
polipeptidica esta casi completamente
estirada.
 Paralela Antiparalela

En las laminas β los enlaces PH se forman entre cadenas adyacentes, en estas estructuras los enlaces PH son casi perpendiculares
a las cadenas.
Las cadenas adyacentes en una hoja plegada β pueden orientarse en las mismas direcciones (paralelas) o en direcciones opuestas
(anti paralelas).
Triple hélice: son escasas, son
proteínas que estas sometidas
naturalmente a fuertes tenciones
como en los tendones. Se da
entre 3 hebras, en la cual una
hebra forma puentes de H hacia
los dos lados, pero las otras dos
hebras forman los PH hacia un
solo lado.
También se arreglan una sobre la
otra formando una trenza.
El colágeno tiene tres cadenas
polipeptídicas helicoidales de
unos 1000 residuos de longitud.
Casi cada tercer residuo es
Glicina. La prolina también esta
presente en mucha mayor
proporción que en las demás
proteínas. A demás el colágeno
contiene 4 - hidroxiprolina
(aminoácido especial). Acá
faltan los enlaces PH dentro de
cada cadena, cada una de las tres
hélices se estabiliza por repulsión estérica de los añillos de pirrilodina pertenecientes a los residuos de prolina e hidroxiprolina.
Las tres habras se enrollan entre si para formar un cable superhelicoidal.
Esta estructura proporciona una resistencia notable: Las fibras de colágeno en los tendones tienen una resistencia comparable a la
del cable de cobre de alta resistencia.
La extensión con que una determinada cadena polipeptídica puede existir en forma de α hélice estable, es reflejo de su
composición aminoacidica y de su secuencia; no todas las cadenas polipeptídicas pueden formar una hélice α estable por
ejemplo: la polilisina a PH = 7 no puede formar hélice α debido que este PH, todo los grupos R de la polilisina poseen carga
positiva y se repelan mutuamente de modo tan fuerte que eviten la formación de los enlaces PH. Sin embargo a PH = 12, los
grupos R de la lisina no son portadores de carga y por tanto no se repelan entre si y a este PH se puede formar la hélice α.
Intervienen también el tamaño o el volumen de las cadenas laterales. Poliisoleusina no consigue formar hélice α por que sus
voluminosos grupos R provocan un impedimento estérico. Lo mismo ocurre con la serina, treonina, acido aspartico, arginina que
inestabilizan la hélice α siempre que en una secuencia polipeptídica aparezca la prolina o la hidroxiprolina la hélice α se
interrumpe.
Estructuralmente se diferencian zonas con características propias; cada zona que tenga unas mismas características y propiedades
estructurales se le denomina “dominio” de la proteína, por ejemplo si tenemos la siguiente proteína podemos apreciar diferentes
regiones:

NH2
1
Loop
Linker

135 158
β – Hoja plegada
9 69 90
8

α - hélice 239
248
267
48 23
8 8 Loop
Loop
COOH
300

1 – 9 : Hebra suelta.
9 – 23 frete a los residuos 48 – 69: Estas 2 regiones presentan entre si homología entre sus residuos aminoacidicos (están uno
frente al otro). Los residuos de estas dos regiones pueden formar enlaces puentes de hidrógeno, formando una estructura en α
hélice, ya que sus residuos se complementan. Pero a partir del 23 al 48 no hay complementariedad entre los residuos, de tal forma
que no forman enlaces puentes de hidrogeno y la hebra se abre, esta región recibe el nombre de loop (arco, orquilla).
69 – 90: Hay un pedazo de hebra suelta (no forma enlaces puente de hidrogeno), pero a diferencia de la región 1 – 9, esta región
esta uniendo dos dominios con características bien definidas para esta proteína, un dominio en α Hélice con otro dominio β hoja
plegada. Esta región comprendida entre 69 – 90 forma un dominio que recibe el nombre de linker (quiere decir unión).
90 – 239: Hay un dominio β - hoja plegada con un loop entre 135 – 158
239 – 248: LINKER
248 – 267: LOOP
267 – 300: Hebra suelta
Las estructuras α - Hélice, son importantes en proteínas funcionales (en este tipo de proteínas abundan los dominios en α - hélice);
por ejemplo enzimas, (catalizan reacciones), Hb (transporta oxigeno), todas estas proteínas están realizando una función
determinada. Estas estructuras en α - hélice le permite adquirir a la proteína formas complejas en el espacio.
Las estructuras β – plegadas, son importantes en proteínas estructurales, que necesitan resistir, estirarse y comprimirse como en el
caso del músculo.
Si tengo que una proteína tiene bastantes dominios, por ejemplo 20 dominios, de los cuales tiene abundantes estructuras en α -
hélice, tiene una regular cantidad de loops y también tiene β - plegada pero en menor cantidad y finalmente sus linkers son
pequeños, con estos datos puedo afirmar que se trata de una proteína funcional y debe ser difícil de desnaturalizar; pero si esta
proteína tiene linkers grandes se trata de una proteína que si puede desnaturalizarse.
Si me dicen que una proteína es estructural pero que no tiene dominio β - plegada, pero si tiene α – hélice, esta proteína
difícilmente será de músculo, por carecer de estructuras β –
plegadas; de repente esta proteína estará insertada en la
membrana celular formando un receptor (eso debido a que
tiene α - Hélice y no tiene β - plegada y además es estructural)
También las α - Hélice comúnmente las podemos encontrar en
proteínas globulares, mientras que las β – plegadas las
podemos encontrar en proteínas elásticas. Ahora una proteína
soluble puede tener estructuras tanto en α - Hélice como β -
plegada.
Las estructuras secundarias son importante porque va a definir
la forma de la proteína, permite identificar regiones con
propiedades comunes que se llaman dominios de la proteínas.
Recordar que la estructura secundaria es plana.

III. Estructura terciaria

Son estructuras mas complejas; se da cuando la estructura
secundaria da una proteína se dobla sobre si misma y
establece uniones sobre diferentes dominios para generar
estructuras tridimensionales (esta estructura le da la tridimensionalidad a la proteína). Esta estructura se mantiene por enlaces
puentes de hidrogeno, Vander Waals, puentes salinos, puentes metálicos, fuerzas hidrófobas, hidrofílicas, y el tipo de enlace clave
para mantener la estructura terciaria son puentes disulfuro (lo que le permite que sea muy estable).
Las proteínas estructurales, aun siendo tan abundantes y esenciales en cualquier organismo, solo constituyen una pequeña parte de
las proteínas que poseen. La mayor parte del trabajo químico de la célula se lleva a cabo con la ayuda de una gran cantidad de
proteínas globulares, que reciben este nombre debido a
que sus cadenas polipeptídicas se pliegan en estructuras
compactas; la miohemoglobina es una proteína globular
característica por ejemplo. A medida que se avanza a lo
largo de la proteína, la cadena polipéptica esta plegada
localmente, formando algunas de las estructuras
secundarias (α – hélice, β - plegada, etc.); pero para que
la estructura sea globular y compacta, estas regiones
también deben plegarse unas sobre otras; este plegado se
denomina estructura terciaria de la proteína; es este
plegado el que le da a la proteína su forma tridimensional
total.
Para esto es importante considerar la naturaleza de los
residuos aminoacidicos presentes en la proteína, por
ejemplo si hay 2 residuos de cisteínas presentes lo que
van a formar son puente disulfuros.
En la figura del lado derecho se representa el plegado
tridimensional de la mioglobina; cada residuo
aminoacidico es esta indicado por un circulo
correspondiente a su átomo de carbono α. Se omiten las
cadenas laterales con el fin de destacar del modo en que
el armazón polipeptídico se envuelve formando hélices y
se pliega. Las regiones helicoidales α individuales están
marcadas de la A a la H, y las regiones de giro se
designan con dos letras (p. ej. GH). Estas proteínas se pliegan alrededor de un grupo
hemo.
¿Cómo puedo romper el puente disulfuro?, regenerando los grupos silfhidrilicos en
la cisteina y esto se logra dándole protones (medio acido), por lo tanto el azufre
capta los protones del medio ácido regenerando los grupos sulfhídrilicos (-SH) y de
esta forma el enlace disulfuro se rompe. Esto me da a entender que el PH acido
rompe la estructura terciaria; y ¿Cómo puedo proteger este puente disulfuro si es
que hay un medio acido? El β – mercaptoetanol (HS-CH2-CH2-OH) es un reactivo
que tiene dentro de su estructura grupos sulfhídrilos, en algunas ocasiones el
sulfhídrico pierde un protón y se ioniza ( -S-CH2-CH2-OH), entonces el acido gasta
protones en reducir al β – mercaptoetanol y de esta manera el acido no llega atacar al
puente disulfuro de la proteína, pero que ocurre si no existe un medio acido, el β –
mercaptoetanol reduce a los residuos de aminoácidos que contienen puentes
disulfuro, dejando grupos Sulfhídrilos libres (esto es una técnica empleada cuando se
desea realizar el análisis de los residuos aminoacidicos de las proteínas).

IV. Estructura cuaternaria

Todas las proteínas tienen una estructura 1aria, 2 aria
, y 3 aria
, tendrán una disposición tridimensional, pero no todas tienen una
estructura cuaternaria.
Esta estructura la
tiene las “proteínas
conjugadas” (aquellas
que tienen grupos
prostéticos) y
“multiméricas”
(aquellas que
presentan
subunidades).
Es la manera como
las estructuras
terciarias de las
proteínas fijan sus
grupos prostéticos
Ferroprotoporfirina (hemo)
(conjugadas) o la manera como la estructura terciaria de estas proteínas distribuyen sus subunidades cuando se tratan de proteínas
multimericas.
Esta estructura es mucho más compleja; existen muchas proteínas dentro de la célula, que forman agregados específicos de dos o
más cadenas polipeptídicas plegadas a subunidades.
Ejemplo: El alcohol deshidrogenada (enzima), es una metaloproteina que tiene Zn, la forma como el Zn se pega a la cadena
polipeptídica viene a ser la estructura cuaternaria de esta proteína.
La hemoglobina (Hb) es un ejemplo de una proteína multimérica que se encarga de llevar O 2 a las células y almacenarlo hasta que
sea necesario. Una segunda función, consiste en la
eliminación de CO2 de los tejidos. ¿Cómo puedo realizar
la Hb esta función? Determinados metales de transición ,
en sus estados de oxidación mas bajos (especialmente
Fe++ y Cu+) tienen una fuerte tendencia a unirse al
Oxigeno. En la Hb el Fe++ esta quelado por un sistema de
anillo tetrapirrólico denominado protoporfirina IX, el
complejo formado por la protopofirina IX (4 anillos
pirrolicos) con el Fe++ se denomina Hemo (responsable
del color rojo de la sangre). Este grupo prostético esta
unido de forma no covalente en una hendidura hidrófoba
de la Hb. El Fe++ normalmente tiene una coordinación
octaédrica, la cual significa que debe tener seis ligandos,
o grupos de unión, fijados a él. Los átomos de
Nitrógeno del anillo de porfirina solo incluyendo 4 de
estos ligandos. Quedan 2 lugares de unión, uno de ello es
para el oxigeno y el otro extremo está ocupado por el
nitrógeno del residuo de histidina numero 93.
La Hb es tetramérica (formada por 4 subunidades) y
conjugada (cada subunidad incluye un grupo hemo que es
su grupo prostético) la Hb contiene 2 cadenas α (α1 y α2)
identicas y dos cadenas β (β1 y β2) idénticas, las cadenas α
y las cadenas β son muy similares pero pueden
diferenciarse en su estructura primaria y en su forma de
plegado.

CONFORMACIÓN DE LAS PROTEÍNAS estructura jerárquica

Secuencia de aa del Describe el ordenamiento

esqueleto del Arreglo / tridimensional de las
peptídico y S-S distribución/ordenamiento del proteínas
esqueleto y las cadenas laterales de
la proteína en el espacio
Si hacemos que la Hb se estire para tener solo la estructura primaria tendremos una hebra de 574 residuos aminoacidicos

Estructura primaria: 574 residuos

aminoacidicos

Estructura secundaria: Como se arregla

planarmente la estructura primaria (la Hb
tiene estructura en α - hélice en mayor
cantidad que β - plegadas).

Estr Estr Estr

Estr
2aria 2aria 2aria Estructura terciaria: Como la estructura
2aria
secundaria se dobla sobre si mismo.

α1 Linker Linker Linker

β1 α2 β2

La Hb tiene 4 Subunidades (tetramerica)

Grupo
Grupo Hemo
hemo
β1
β2 Estructura cuaternaria:
Estas subunidades se van ha mantener
unidades por puentes disulfuro, enlaces
metálicos, fuerzas hidrofobicas,
hidrofilicas, etc.

α2 α1

ESTRUCTURA TETRAMERICA
DE LA Hb
Grupo Grupo
Hemo Hemo

Algunas proteínas son dímeras, tetrámeras hasta dodecamericas (12 subunidades); algunas van ha presentar la estructura
cuaternaria esto debido a la orientación de sus subunidades y sus grupos prostéticos.
Se podra romper la estructura 4ara, 3ara y 2ara de las proteínas mediante la desnaturalización.

Desnaturalización de las proteínas.

Perdida de la estructura 2ara, 3ara y 4ara de las proteínas. Con la desnaturalización se afectan a los puentes de hidrogeno, puentes de
disulfuro, enlaces salinos, metálicos, etc. Pero en ningún momento se afecta al enlace peptídico mejor dicho se mantiene la
estructura primaria, este proceso no implica hidrólisis (ruptura del enlace peptídico). Para que una proteína sea biológicamente
activa, debe tener la estructura correspondiente en todos los niveles. La secuencia de aminoácidos debe ser correcta, con los
puentes disulfuros correctos uniendo las cisteínas de las cadenas. La estructura secundaria, terciaria y cuaternaria también son
importantes. La proteína debe estar plegada en su conformación natural, con las zonas adecuadas en hélice α y de hoja plegada.
Las proteínas conjugadas deben tener los grupos prostéticos correctos, y las proteínas formadas por varias cadenas polipeptídicas,
la combinación correcta de polipéptidos individuales.
Con la excepción de la estructura primaria covalente, todos todo los niveles de estructura se mantiene por enlace ya mencionados.
Cambios pequeños en el ambiente puede originar un cambio químico o conformacional, que origina la desnaturalización: Perdida
de la estructura normal y de la actividad biológica.
Consecuencias inmediatas son:
• Disminución drástica de la solubilidad de la proteína, acompañada frecuentemente de precipitación.
• Pérdida de todas sus funciones biológicas.
• Alteración de sus propiedades hidrodinámicas.
Factores o agentes que causan desnaturalización.
I. Físicos
1. Calor
2. Radiaciones
II. Químicos: Todos los agentes que rompen interacciones o enlaces presentes en
la estructura nativa de la proteína:
1. Detergentes
2. Urea y guanidina a altas concentraciones
3. Altas concentraciones de sal y extremos de pH
4. Reactivos de grupos –SH (agentes oxidantes y reductores)
5. Metales pesados
6. Reactivos para alcaloides ( Ac pícrico, etc)
Hay muchos factores que puedan originar la desnaturalización, pero los más
comunes son la To y el pH. Cuando una proteína la extraemos de su medio natural
se llama proteína “nativa” y se la adicionamos cualquier de estos agentes la
proteína se desnaturaliza y obtenemos una “proteína desnaturalizada”.
Cuando en esta proteína desnaturalizada queremos revertir el efecto de la
desnaturalización, obtenemos una proteína “renaturada” y el proceso se llama
“renaturación”.
La proteína desnaturalizada que a sido renaturada no es igual a la proteína nativa,
recibe este nombre por que esta proteína renaturada no tiene el 100% de eficiencia.
La desnaturalización puede ser por proceso reversible o irreversible, y va ha
depender de:
a) Cuan compleja es la proteína, si la proteína es sencilla puedo renaturarla
fácilmente, pero si es enorme y compleja va ser difícil que la regenere.
b) La drasticidad o severidad del agente desnaturalizante. Si este genera
cambios pequeños estos pueden revertirse, pero si son cambios fuertes va ser
difícil que se regenere la proteína.

Temperatura.
Albúmina + H2O + Calor fuerte pp albúmina ENFRIAR La proteína no se disuelve por que la proteína es grande y
compleja y el agente desnaturalizante es severo, esta
proteína ya no se puede regenerar.

Albúmina + H2O + Calor leve Flocula la albúmina ENFRIAR Al agitarlo y adicionarle H20 la proteína se disuelve ya
ya que el agente desnaturalizante no es severo.

Cuando la temperatura es elevada aumenta la energía cinética de las moléculas con lo que se desorganiza la envoltura acuosa de
las proteínas, y se desnaturalizan. Asimismo, un aumento de la temperatura destruye las interacciones débiles y desorganiza la
estructura de la proteína, de forma que el interior hidrofóbico interacciona con el medio acuoso y se produce la agregación y
precipitación de la proteína desnaturalizada.

Ph: La leche es una suspensión de caseína (proteína), al variar el Ph, la caseína precipita, de esta manera se obtiene la leche
cortada (Yogurt).
Los iones H+ y OH- del agua provocan efectos parecidos, pero además de afectar a la envoltura acuosa de las proteínas también
afectan a la carga eléctrica de los grupos ácidos y básicos de las cadenas laterales de los aminoácidos. Esta alteración de la carga
superficial de las proteínas elimina las interacciones electrostáticas que estabilizan la estructura terciaria y a menudo provoca su
precipitación. La solubilidad de una proteína es mínima en su punto isoeléctrico, ya que su carga neta es cero y desaparece
cualquier fuerza de repulsión electrostática que pudiera dificultar la formación de agregados.

Agente oxidante:
Ejemplo: La oxigenta es un Oxidante fuerte que decolora al cabello esto debido a que la Oxigenada produce desnaturalización
de las proteínas del cabello.

Romper el enlace peptídico implica hidrólisis (proceso irreversible), rompemos la secuencia de aminoácidos.