MCR-ALS:

Un algoritmo versátil para la resolución de

diversos problemas complejos
Parte práctica
Ejercicio 1
Cuantificación de siete fluoroquinolonas por HPLC – FSFD y MCR-ALS

Región A Región B
ENO, NOR, CIP y OFL ENF, SRF y DIF

M.R. Alcaraz et al. / Analytica Chimica Acta 902 (2016) 50–58

 Archivos en Ejercicio_1\Region_B
Primera parte: Región B
Estrategias posibles?
- Diferenciación por espectros, si los espectros son todos diferentes
- Diferenciación por tiempos de retención, si no hay corrimiento de picos

No se cumplen ninguna de las dos condiciones anteriores: DEFICIENCIA DE RANGO

Azul: ENF
Negro: SRF y DIF, distinto
tiempo de retención pero
mismo espectro

Estrategia propuesta:
Diferenciación por espectros, considerando a SRF y DIF como fueran un solo
componente, y posterior integración bajo el área de cada pico cromatográficos, ya
que la resolución cromatográfica lo permite.
Abrir Ejercicio_1_RB.m
Graficar los datos para inspeccionarlos visualmente

• Graficar matriz E_30A

>> plot(E_30A) >> plot(E_30A')

• Graficar matriz SD_84A

• Grafica matriz SP_03
>> mcr_main
Resolver aplicando diferentes restricciones:

1° No negatividad en ambos sentidos y normalización

2° No negatividad en ambos sentidos, normalización y matriz isp

3° No negatividad en ambos sentidos, normalización, matriz isp y unimodalidad

Converge?

El número de iteraciones excede las permitidas?

Evaluar los parámetros de calidad de la resolución

Cálculo de la concentración de ENF en la muestra mediante el uso de la rutina
calculo_mcr

>> A'

ans =

1.0e+05 *

0.6390 0.6252
0 0.0209
0 0.2798
0 0.5017
0 0.7556
0.1393 0
0.2945 0
0.7499 0
1.1674 0
1.6531 0
Segunda parte: Región A Archivos en Ejercicio_1\Region_A

Azul: ENO
Rojo: NOR y CIP, distinto tiempo de retención pero mismo espectro
Amarillo: OFL
Resolver de acuerdo al esquema propuesto para la Región B:

1° No negatividad en ambos sentidos y normalización

2° No negatividad en ambos sentidos, normalización y matriz isp

3° No negatividad en ambos sentidos, normalización, matriz isp y unimodalidad

Usar la rutina cálculo para obtener la concentración de ENO en la muestra.

Ejercicio 2
Análisis estructural de proteínas en medio acuoso basado en espectroscopia IR
láser y MCR-ALS

Efecto del pH sobre la velocidad de agregación. Se evaluó el efecto del pH del medio
sobre la formación de láminas β intermoleculares inducidas por TFE para una solución
conteniendo 20 mg mL–1 de α-CT, en un rango de pH de 5.8 a 8.2.

Se obtuvieron 7 matrices de datos correspondientes al estudio del efecto del pH con

las que se construyó la matriz DpH aumentada en columnas.
En la etapa de la optimización iterativa por ALS se aplicaron las restricciones de
unimodalidad en modo temporal y no negatividad en modo espectral y temporal.

Resultados:
Perfiles temporales: evolución estructural α→β dependiente del tiempo a cada valor de pH
Perfiles espectrales: distintas conformaciones estructurales de la proteína
Resultados

Perfiles temporales (A) y espectrales (C) obtenidos

por MCR-ALS para el monitoreo de la reacción de
agregación β para 20 mg mL–1 de α-CT en de
TFEPBS pH 8.20, mostrándose la evolución y el
perfil espectral de las estructuras secundarias
correspondientes a láminas β (rojo) y hélices α
(azul). En gris se muestra el perfil obtenido para el
ruido instrumental.

EC-QCL mid-IR transmission

spectroscopy for monitoring dynamic
changes of protein secondary
structure in aqueous solution on the
example of β-aggregation in alcohol-
denaturated α-chymotrypsin – Alcaráz
M.R., Schwaighofer A., Goicoechea
H.C., Lendl B.. Anal Bioanal Chem
2016, 408, 3933–3941
TIR_pH58 TIR_pH82
Resolución de la muestra TIR_pH58

Estrategia 1:
- Dos componentes
- EI con pure en espectros
- Unimodalidad y no negatividad en concentración, y no negatividad en espectros

Estrategia 2:
- Dos componentes
- EI con pure en concentraciones
- Unimodalidad y no negatividad en concentración, y no negatividad en espectros

Estrategia 3:
- Tres componentes
- EI con pure en concentraciones
- Unimodalidad (solo para los componentes de interés) y no negatividad en
concentración, y no negatividad en espectros
Resolución de la muestra TIR_pH58
Estrategia 1:
Resolución de la muestra TIR_pH58
Estrategia 2:
Resolución de la muestra TIR_pH58
Estrategia 3:
Resolución de la muestra TIR_pH82

Estrategia 1:
- Dos componentes
- EI con pure en espectros
- Unimodalidad y no negatividad en concentración, y no negatividad espectros

Estrategia 2:
- Dos componentes
- EI con pure en concentraciones (probar diferentes % de ruido)
- Unimodalidad y no negatividad en concentración, y no negatividad espectros

Estrategia 3:
- Tres componentes
- EI con pure en concentraciones
- Unimodalidad y no negatividad (?)
Resolución de la muestra TIR_pH82
Estrategia 1:
Resolución de la muestra TIR_pH82
Estrategia 2:
Resolución de la muestra TIR_pH82
Estrategia 3:
Restricciones aplicadas: unimodalidad (1 1 0)
Sin normalización
Resolución de la matriz D aumentada en columnas:

DpH=[TIR_pH58;TIR_pH62;TIR_pH66;TIR_pH70;TIR_pH74;TIR_pH78;TIR_pH82]

Estrategia 1:
- Dos componentes
- EI con pure en espectros
- Unimodalidad y no negatividad en concentración, y no negatividad en espectros

Estrategia 2:
- Tres componentes
- EI con pure en espectros
- Unimodalidad (solo para los componentes de interés) y no negatividad en
concentración, y no negatividad en espectros

Estrategia 3:
- Tres componentes
- EI con pure en concentraciones
- Unimodalidad (solo para los componentes de interés) y no negatividad en
concentración, y no negatividad en espectros
Resolución de la matriz D
Estrategia 1:
Resolución de la matriz D
Estrategia 2:
Resolución de la matriz D
Estrategia 3:
Resolución de la matriz TIR_pH70 aplicando clausura
Tres componentes
Nonegatividad en ambos sentidos, unimodalidad en concentración y clausura por
cuadrados mínimos
Resolución de la matriz TIR_pH70 aplicando clausura
Tres componentes
Nonegatividad en ambos sentidos, unimodalidad en concentración y clausura por
cuadrados mínimos
Ejercicio 3
Modelado simultáneo de datos obtenidos por espectroscopia UV y dicroismo
circular para un mismo proceso cinético que involucra 3 componentes

UV CD
D=[D3,D4]; D=[D3.*100,D4];
Estimaciones iniciales: EFA
Estimaciones iniciales: EFA
Estimaciones iniciales: EFA
Estimaciones iniciales: EFA
Restricciones en filas
Restricciones en columnas: UV
Restricciones en columnas: CD
Ejercicio 4
Modelado simultáneo de matrices de excitación-emisión de fluorescencia

Analito: 2-naftol
2 especies ácido-base, que tienen igual espectro de excitación,
pero diferente espectro de emisión

MpH1: matriz generada a pH=1.0 y I=0.1

MpH42: matriz generada a pH=4.2 y I=0.1
MpH89: matriz generada a pH=8.9 y I=0.1
MpH14: matriz generada a pH=14.0 y I=0.1

Primera parte: resolución basada en la diferenciación en espectros de emisión

Segunda parte: resolución basada en la diferenciación en espectros de excitación

Tercera parte: uso de MCR-Bands

Resultados:
MCR-Bands
Resolviendo D por MCR-ALS con las siguientes restricciones:
- Normalización
- Indicación de que son 4 matrices
- No negatividad en ambos modos
Aclaración: MCR-ALS requiere de 294 iteraciones
MCR-Bands
Resolviendo D por MCR-ALS con las siguientes restricciones:
- Normalización
- Indicación de que son 4 matrices
- No negatividad en ambos modos
Aclaración: MCR-ALS requiere de 294 iteraciones
MCR-Bands
Resolviendo D por MCR-ALS con las siguientes restricciones:
- Normalización
- Indicación de que son 4 matrices
- No negatividad en ambos modos
Aclaración: MCR-ALS requiere de 294 iteraciones
MCR-Bands
Resolviendo D por MCR-ALS con las siguientes restricciones:
- Normalización
- Indicación de que son 4 matrices
- No negatividad en ambos modos
- Matriz isp1
MCR-Bands
Resolviendo D por MCR-ALS con las siguientes restricciones:
- Normalización
- Indicación de que son 4 matrices
- No negatividad en ambos modos
- Matriz isp1
MCR-Bands
Resolviendo D por MCR-ALS con las siguientes restricciones:
- Normalización
- Indicación de que son 4 matrices
- No negatividad en ambos modos
- Matriz isp1