BIOMOL P2-2012 RESOLVIDA

Q1.A. Descreva a composiçào das subunidades da holoenzima de RNA polimerase de E.coli

explicando a função de cada subunidade.

A holoenzima é composta por duas subunidades ALFA, uma BETA, uma BETA LINHA e uma
SIGMA.

ALFA: reconhece o sítio promotor pela ligação entre tal subunidade com a sequência consenso.

BETA E BETA LINHA: Formam o sítio catalítico

SIGMA = liga-se ao sítio promotor específico a ela.

B. Quais as subunidades necessárias na iniciação da transcrição?

São necessárias as subunidades ALFA, BETA, BETA LINHA E SIGMA.

C. E na elongação?

São necessárias as subunidades ALFA, BETA E BETA LINHA

D. Qual das subunidades é trocada quando a bactéria é exposta a um choque térmico e por
que isto ocorre?

A subunidade SIGMA -70 é trocada pela SIGMA -32. A região que codifica a subunidade SIGMA
-32 possui a sequência Shine-Delgarno escondida pela conformaçào do mRNA. Quando ocorre
o choque térmico essa sequência é exposta e a subunidade SIGMA -32 é sintetizada de modo
que ela possa competir com SIGMA -70 e acaba substituindo-a na holoenzima

E. Por que não é possível corrigir erros durante a síntese de RNA?

A RNA polimerase não possui atividade de correção não sendo possível a correção do RNA
durante a transcrição.

Q2. Uma linhagem de E. coli apresenta altos níveis de beta-galactosidade quando crescida
tanto na ausência quanto na presença de lactose.

A. Utilizando o modelo de Jacob e Monod, discuta os possíveis genótipos dessa

linhagem.
Os genótipos podem ser:
I- O+Z+ onde não há formação de repressor. Assim, temos expressão constitutiva em
ambos os casos, pois não precisamos do indutor (lactose) para se ligar ao repressor e
com isso ter o operador livre, já que não há repressor ligado ao operador em nenhuma
das situações.
I+O-Z+ em que o operador é mutante, impedindo a ligação do repressor a ele.
B. Proponha um experimento para distinguir os diferentes genótipos.
Pode ser inserido um plasmídeo que contenha o gene I+ na linhagem de E. Coli. Se
houver repressão da expressão gênica da beta-galactosidase o genótipo sera I-O+Z+
mas se não houver repressão, o genótipo será I+O-Z+. Isso porque o repressor atua em
 trans, ou seja, é difusível, pois trata-se de uma proteína que pode ser transportada
dentro da célula. Já o operador atua em cis, não é difusível, pois trata-se de uma parte
da sequência do DNA.
C. O que acontece com os níveis de beta-galactosidase quando glucose está presente
no meio de cultura junto com a lactose e qual o mecanismo de regulação que está
envolvido nesse processo?
Na presence de glucose haverá uma baixa quantidade de cAMP, consequentemente o
complexo ativador CRP (cAMP receptor protein) + cAMP não será formado. Logo,
haverá expressão gênica, já que há lactose no meio e consequente indução para
liberação do repressor presente no operador. Porém, tal expressão não será alta,
devido à falta do complexo ativador de transcrição. Tal mecanismo é denominado de
regulação positiva.

Q3.A. Descreva todas as etapas da síntese protéica de E coli a partir do aminoácido

livre até o término da tradução mostrando: 1) nucleotídeos trifosfato utilizados 2)
fatores proteicos envolvidos 3) gasto de energia em cada etapa.
1o. Ativação do aminoácido: a aminoacil-tRNA sintetase correspondente ao
aminoácido (aa) liga-o ao tRNA correto da seuignte forma:
ATP + AA __(SINTETASE)__ amp-AA + PP
AMP-aa + tRNA__(SINTETASE)__ aa-tRNA + AMP
Utiliza-se o ATP e são gastas 2 ligações ricas em energia.
2o.Formação do complexo de iniciação 70S.
A 1a subunidade do ribossomo se liga ao mRNA e reconhecendo a sequência Shine-
Delgarno, o sítio P do ribossomo passa abaixo do códon de iniciação e os FTs 1 e 3 se
ligam a uma subunidade, impedindo sua movimentação. o tRNA- formilmetionina se
liga ao sítio P. Esse tRNA possui o FT2 com GTP. A segunda subunidade do ribossomo
entra, liberando os FT e GDP+P.
3o. ELONGAÇÃO
O tRNA ativado com Tu-GTP se liga no sítio A. Se for o tRNA correto haverá a ligação
peptídica e saída de Tu-GDP e P. Se não, o tRNA ativado com Tu-GTP simplesmente
sairá do sítio A do ribossomo.
4º. Formação da ligação peptídica: não há gasto de ligação rica em energia. A peptidil-
transferase catalisa tal ligação.
5º. Translocação: a translocase, com gasto de uma ligação rica em energia provinda do
GTP, leva o Peptidil-tRNA para o sítio P.
6o. TERMINAÇÃO
Quando o sítio A fica sob o codon de terminação, um fator de terminação entra no
sítio e, com o gasto de 1 GTP, o polipeptídeo sai do tRNA. Conforme o ribossomo
prossegue o tRNA desativado e o fator de terminação saem e quando encontram uma
região com muita adenina e uracila antes do poliA, o ribossomo se desprende do
mRNA.

B. Determine quantas ligaçòes ricas em energia são gastas para a sintese de um

polipeptídeo de 10 aa, a partir de aa livres.
Ativação: considerando a hidrólise do pirofosfato na etapa de ativação dos
aminoácidos, são consumidas 2 ligações para cada aminoácido: uma na formação de
aminoacil-AMP e outra na hidrólise do PPi, o que dá um total de 20 ligações
consumidas na dos 10 aminoácidos.
Formação do complexo 70s: 1 ligação.
Elongação: para cada aminoácido incorporado após a metionina iniciadora, é gasto 1
ligação para incorporar cada aa no sítio A. Portanto, temos um total de 9 ligações.
Translocação: é gasto 1 ligação para transportar o aminoacil-tRNA do sítio A para o
sítio P, resultando em um total de 9 ligações.
Terminação: é necessário 1 ligação.
Total: 20+1+1+9+9 = 40.

Q4. O operon da biossíntese do triptofano de E. coli é regulado por dois mecanismos

distintos. Descreva cada um deles mostrando como a concentração de triptofano do
meio de cultura atua em cada caso.
Regulação do início da transcrição: Em altas quantidades de triptofano (trp) esse se
liga à proteína repressora promovendo sua ligaçào no sítio operador e impedindo a
transcrição dos genes codificadores da síntese do triptofano.
Atenuaçào da transcrição: no operon do trp existe uma região denominada líder que é
a 1a região a ser transcrita do DNA. A região líder no mRNA possui quarto subregiões
de modo que a subregião 1 necessita de trp para ser traduzida. Devido ao
acoplamento da tradução durante a transcriçào, ocorre o seguinte efeito: se houver
trp o ribossomo passa pela região 1 e prende a subregião 2, enquanto que as
subregiões 3 e 4 fazem um grampo de terminações e que acaba desprendendo a RNA
polimerase do DNA. Se não houver trp o ribossomo para na região 1, enquanto que as
regiões 2 e3 fazem o grampo e a RNA polimerase prossegue transcrevendo a região
codificadora das proteínas responsáveis peal síntese de triptofano.

Q5. (Era dada uma sequência para escrever o RNAm e dar a sequência de
nucleotídeos)
O início = AUG
STOP = UAA
A sequência do mRNA que determina qual o codon iniciador é a sequência de Shine-
Delgarno, que é a sequência de nucleotídeos que precede o codon iniciador e por essa
razão auxilia o reconhecimento deste codon pelas rRNAs e tRNAs. A sequência Shine-
Delgarno é rica em GUANOSINA E ADENOSINAS e aparece SOMENTE EM
PROCARIONTES.