Sunteți pe pagina 1din 528
auipe de wadugdo: André Krum Portela (ap. 27) waco psa. Dar nS ch Crane co ance Ps deere ae ‘Depataners de Pesta ea Unreas Fedora d lo rags do Su (UFR) Carla Datmaz (Caps. 15,6, 8-10, 19,20, 2, 32,83, nce) robe toes ce npr de Buren nt ca iat ‘Stns de Suid 1085) UFAGS Ooo am Bourn. cates Alberto Sarva Gongaves (Caps. 17,20 Prater aso Dapraars o Bucs 1085 UPR. Gotan Bun. Carlos Alexancre Sanches Ferreira (Caps. 29.91) Pst age de Dsgararerts de Boge Case Mosc, {25:1 PUCRS) oss on Crews Baga Bowne {Carmom Gotta (Cape. 2,29) Pema sun do Dapranan de loans, E38 UFROS Daur om Desai euss Aparecica Vente (Cap. 29) Presa una do Daperaman dengue, os UFNGR Daub en Beau Fatima. Costa Rodrigues Guna (Cap 10, ree cEs UGE Sossamon ‘Govan Duzz0 Camaro (C9p.7) Pree sunt o Depa to nen ea ce Cuca Gece, ‘Uirscs Fodor! do Plows (UFPA,Cotraom Gress Bolen: Baus. dorge Atberto Quite (Caps 321) vera oPrayama ce Psat Novostnss, C88, ‘Urs, Prac d Dostramarta de Bat, rooas Se ‘Boosnoas iB UPAGS baoam Canoes gent Palen Lauren Valentin (Cap. 4 Presa do Deperamers do Cnaue Saas at ase, Colo de Alea ‘rere Ford co lo rae ul (AGS) Oauom en Bogan Leila Ferreira Pettenuzzo (Cap. 29, Pierre poo Prana Ps gudara on Boaucs “SS UGS Daloe en Chncne Seujess Nonna dria Rostngela Wik (Cap. 22) Prera de Sngann da esa Fate de Gans a Side de Sana he U°Com Coun om Curis Spear Bossman Aegina Pessoa Purour (Cap. 15) Prosers saved Corus Be "CBS, UFOS Oars om Bours Fegia Maria Viera da Costa Guaragna (Cap. 16) Prosar ssc de Doar de Boia, "GBS, PAGS Dates on Hoqtnes ‘Vera Maria Tie Trindade (Cape 11-1 Peer erode Corer de Bom "ous, Uinee outer en Dune richard a. harvey, PhO Professor Emeritus Department of Biochemistry University of Medicine and Dentistry of New Jersey ~ Robort Wood Johnson Medioal School Piscataway, New Jersey denise r. ferrier, PHD Professor Department of Biochemistry and Molecular Biology Drexel University Collage of Medicine Philadelphia, Pennsylvania Versio impressa desta obra: 2012 Consultoria, supervisio e reviso técnica desta edicao: 2o1e Carla Dalmaz Protessora associada do Departamento de Bioquimica, Instituto de Ciencias Basicas ca Saude (ICBS), Universidade Federal do Rio Grande do Sul (UFRGS), DDoutora em Bioquimica ‘Obra originalmente publcada sob o tuio Lippincotsilustrated Reviews: Biochemistry, Sth Edin. ISBN 9781600139988, Copyright © 2011 Lippincott Wiliams & Wikis, a Wolters Kiuwer business. Lppincot Walams & Wikins/ Wolters Klawer Health cid not participate in the translation ofthis tile PPublshed by arrangement with Lipincott Wiliams & Wikins/Wolters Kluwer Health Inc. USA (Os autores @ecitores desta obra empenharam seus esiorgs para uni informagso completa e de acordo com 08 padrbes aceitos ‘690ca da publcagéo. Eniretanto, sompre veriique a bula que acompanha cada mecicamento para se certlicar de que ocorteddo ‘desta pubicagao esta correla e de que nao houve mudangas na dose recomencada ou nas contraincicagbes, assim como, 86 receseatio, coneulte um médice ou espacialeta, As doses ea forma de aplicagdo doe medicamentos 80 do inteira responeabiidade ‘20 usuario. (Capa: Mércio Monticel! Imagem de capa: @\Stockphoto.com/Shunys Fan-2010: Amino Acid Methionine Preparagio de originals: Mirela Favaretio Letura fina: Ana Rachel Salgado e Mirela Favaretto Ecitoraresponsével por esta obra: Patricia da Rosa Mazzoca Gorente ectoral—Biociéncias: Leticia Bispo de Lima Ecitoragao: Techbooks Imagens digas vignais: Michael Cooper ‘Cooper Graphics ~ wwa.coopere47.com Habib Harvey, Richard A loquimica lusada [recurso eletdnico]/ Flchard A. Harvey, Denise A Feri: tracupdo: André Krumel Pore. al] :revisko teenie he, Cara Dainaz.5 0. Dados eletéricae.~ Porto Alegre :Armed, ss iA Edo também como iro mpresso 2012 7 ES (SBN OTEES 99920017 eee. us Fe 1. Blquimcs.L Fer, Denge PITH. como cous? CCatalogagao na publcagao: Ana Paula M, Magnus ~ CRB 10/2052 Feservados todos os diretos de publcagao, em lingua portuguesa, & ‘ARTMED EDITORA LTDA., diviséo do GRUPO A EDUCAGAO S.A. ‘Av. Jardcimo de Ornelas, 670 Santana '90040-340 Porto Alogro— RS Fone: (51) 3027-7000 Fax: (51) 9027-7070 E probida a duplcaréo ou reprodudo deste volume, no todo ou em parte, sob quaisquer formas ou por quaisquer meios (eletrico, mecdnico, gravagéo, fotocépia, cistrouigdo na Web ‘@cuttos), som permissdo expressa da Eciora Unidade Sto Paulo ‘Av. Embaixador Macedo Soares, 10.735 - Paviho 5 ~Cond. Espace Center ‘Vila Anastécio - 05095-035 - Sio Paulo — SP. Fone: (11) 3665-1100 Fax: (11) 9667-1353 ‘SAC 0800 703-3444 — www grupoa.com.br IMPRESSO NO BRASIL PRINTED IN BRAZIL Colaboradores (Capitulo 26) ‘Susan K. Fried, PHD Professor Department of Medicine ‘Section of Endocrinology, Diabetes and Nutrition Boston University School of Medicine Boston, Massachusetts, Richard B. Horenstein, MD Assistant Professor Department of Medicine Division of Endocrinology, Diabetes and Nutrition University of Maryland Medical Center Baltimore, Maryland Este livro 6 dedicado & meméria de nossa ‘querida colega e amiga Pamela Champe, cujo comprometimento com seus estudantes ‘@ amor pela bioquimica a tornaram a mais ‘excepcional professora e mentora. Sumario UNIDADE I: Estrutura © Fungio das Protoinas Capitulo 1: Aminodcidos Capitulo 2: Estrutura das Proteinas Capitulo: Proteinas Globulares Capitulo 4: Proteinas Fibrosas Capitulo 5: Enzimas Bees UNIDADE I: Metabolismo Intermediéio Capitulo 6: Bioenergética e Fostorilagéo Oxidativa Capitulo 7: Introdugdo aoe Carboidratos Capitulo 8: Glicdise Capitulo 8: Ciclo do Acido Citrico liconeogenese Metabolismo do Glicageinio Capitulo 12: Metabolismo de Monossacarideos e Dissacarideos Via das Pentoses-Fostato @ NADPH Glicosaminogicanos, Proteoglicanos e Giicoproteinas Rigess 137 145 187 UNIDADE Il: Metabolismo dos Lipideos Capitulo 15: Metabolismo 60s Lipideos da Dieta Metabolismo dos Acidos Graxos e dos Tiacilglcersis Metabolismo dos Lipideos Complexos (Colasterole Metabolismo dos Esteroides UNIDADE IV: Metabolismo do Nitrogénio Cepitulo 19: Aminoécidos: Destino do Nitrogénio Capitulo 20: Degradiagao e Sintese dos Aminoacidos Capitulo 21: Corversio dos Aminodcidos em Produtos Especialzados Capitulo 22; Metabolismo dos Nucleotideos UNIDADE V: Integracio do Metabolismo Capitulo 23: Efetos Metabdlicos da Insulin e do Glucagon Capitulo 24: 0 Cio AlimentadaiJejum Capitulo 25: Diabetes Melito Capitulo 26: Obesidade Capitulo 27: Nutrigéo Capitulo 28: Vitaminas 173 181 201 219 245, 261 291 307 gaggs UNIDADE Vi: Armazenamento e Expresso da Informagao Genética Capitulo 28: Estrutura, Replicacdo © Reparo do DNA Capitulo 30: Estrutura, Sintese © Processamento do RNA Capitulo 31: Sintese Proteica Capitulo 32: Regulagdo da Expressdo Génica Capitulo 33: Biotecnologia e Doenga Humana indice Fontes das Figuras 4i7 43 465, 489 UNIDADE | Estrutura e Fungao das Proteinas Aminoacidos 1._VISAO GERAL As proteinas fio as moléculas mais abundantes ¢ com maior diversidade de fungBes nos sistemas vivos. Praticamente todos os processos vitals de- pendem dessa classe de moléculas. Por exemplo, enzimas e horménios poli peptidicos controlam e regulam 0 metabolismo corporal, enquanto proteinas Ccontréte's no musculo permitem a realizagao dos movimentos. Nos ossos, a proteina coligeno forma uma estrutura para a deposigo de cristais de fosfato {de calcio, atuando como as barras de ago no concreto armado. Na corrente: sanguinea, proteinas como a hemogiobina e a albumina plasmatica trans- portam moléculas essenciais para a vida, enquanto as imunoglobulinas com: batem bactérias e virus causadores potenciais de infeccdes. Em suma, as proteinas apresentam uma diversidade incrivel de fungées; todavia, todas t&m ‘em comum a caractaristica estrutural de seram polimeros lineares de aminod- Cidos. Este capitulo descreve as propriedades dos aminocidos; 0 Capitulo 2 mostra como esses biocos constitutivos simples so unidos para formar proteinas com estruturas tridimensionais singuiares, tomando-as capazes do ‘desempenhar fungdes biolégicas especifcas, ll,_ESTRUTURA DOS AMINOACIDOS Embora mais de 900 diferentes aminodcidos tenham sido descritos na na~ tureza, apenas 20 deles so usualmente encontrados como constiuintes de proteinas em mamiteros. (Nota: esses S20 0s Unicos aminodcidos cod- ficados pelo DNA, 0 material genético da célula [vela a p. 395).) Cada ami nodicide (exceto a protina, que possui um grupo amino secundério) apre- ‘senta um grupo carboxila, um grupo amino primério e uma cadeia lateral {que 0 cistingue dos demais (0 “grupo F’) ligados ao étomo de carbono a (Figura 1.1A). Em pH fisiol6gico (aproximadamente 7.4), 0 grupo carboxi- la encontra-se dissociado, formando o ion carboxilato, cartegado negati- vamente (-CO0}, © © grupo amino encontra-se protonado (-NH,"). Nas proteinas, quase todos esses grupos carboxiiae amino estao combinados nas ligagSes peptidicas e, em geral, néo estéo disponiveis pare reagées A Aminoseido tive Een eee cidos (mostrados em sua forma com- pletamente protonada). 2 Harvey & Ferier ‘quimicas, exceto pela possibilidade de formagao de ligagbes de hidrogénio (Figura 1.18). Portanto, em iltima andlise, 6 a natureza dessas cadeias laterais que determina o papel do aminodcido na proteina. Por isso, 6 ctl Classiticé-los de acordo com as propriedades de suas cadeias laterals —ou 60/2, 60 680 apolares (apresentam istrbuigdo homogénea de elétrons) ou polares (apresentam distribuicdo desigual de elétrons, como no caso de ‘cidos e bases; Figuras 1.2¢ 1.3). A. Aminodcidos com cadeias laterals apolares Cada um desses aminodcidos possui uma cadeia lateral apolar, que ¢ inca- paz de receber ou doar prétons, de paricipar em ligagSes iGnicas ou de hidro- ‘6nio (Figura 1.2). As cadeias laterais desses aminoacids podem ser vistas ‘como “oleosas", ou semelhantes a lpideos, uma propriedade que promove interagées hidrotébicas (veja a Figura 2.10, p. 19) 1. Localizagao dos aminodcidos apolares nas proteinas. Nas pro- teinas encontradas em solugdes aquosas — um ambiente polar -, as Figura 1.2 AA classiticagéo dos 20 aminodcidos comumente encontrados nas proteinas, de acordo com a carga e @ polaridade de suas cadeias laterais em pH dcido, é mostrada aqui e continua na Figura 1.3. Cada aminodcido é mostrado em sua forma ‘completamente protonada, com 08 fons hidrogénio dissociévels representados em vermelho. Os valores de pK para os ‘grupos a-carboxila e a-amino dos aminoacids apolares so semelhantes aqueles mostrados para a glicina (continua na Figura 1.2). Bloguimica tustrada_3 22 00H 4 *Hn-G-H HNC 46-08 H-¢-on 4 oH, Hpk 10. eroa Treonioa Thosina eat Sec +HN-G-H sHN-G-H (c00H — PK. = 17 Gite Ge HN OH A om é of wes ae > i. i, Asparagine tuum Catena Cadelaslntoras Scidas (a = cool cool Pk "HIN-C-H ph207—— HNC -H oH oF, ae Oe oon =—aKe=39 Z oon — p= 43 ‘eid aepérico ‘eid gutimico ai pea 22 oK=92 3, 1 coct PP cach yon hy-G-H fia oe é—cn oH “ato o i i fee Ph=80 iy) —ph= 105 Gantt = ha 25 Ne isting sin Aging A classificacao dos 20 aminodcidos comumente encontrados nas proteinas, de acordo com @ carga ¢ a polaridade de ‘suas cadeias laterals em pH dcido (continuacao da Figura 1.2). 4 Harvey & Ferier Figura 1.4 Localizagao dos aminodcides apolares ‘om protoinas soliveis e de membrana. arse t J Vo Wass wb eden HC. cH, Cay ‘of Pratna nina Figura 1.5 Comparagao entre 0 grupo amino se- ‘cundério encontrado na prolina o o gru po amino primario encontrado em ou- ‘ros aminodcidos, como a alanina. Figura 1.6 Ligagéo de hidrogénio entre o grupo hi- ‘droxila fendiico da tesina e outa molé- ‘cula contendo um grupo carbonila ccadeias laterais apolares dos aminodicidos tendem a agrupar-se no interior da proteina (Figura 1.4). Esse fendmeno, conhecido como feito hidrofébico, é o resultado da hidrofobicidade dos grupos R apolares, que aluam como goticulas de dleo coalescendo em am- biente aquoso. Desse modo, 0s grupos R apolares preenchem o in- terior da proteina a medida que ela se dobra e ajudam a estabelecer ‘sua forma tridimensional. Entretanto, nas proteinas jocalizadas em ‘ambiente hidrofébica, como o interior de uma membrana, os grupos R apolares so encontrados na superticie da proteina, interagindo ‘com o ambiente lipidico (veja a Figura 1.4). A importancia dessas Interag5es hidrofébicas para a establizagao da estrutura proteica 6 discutida na p. 19. ‘A anemia falcitorme, uma doenga caracterizada pela forma em foice dos eritrécitos do paciente, resultan- te da substituicdo do glutamato, um aminodcido com ‘grupo F polar, pelo aminodcido valina, com grupo R. ‘polar, na posigao 6 da subunidade f da hemoglobina, (veja na p. 36). 2. Prolina. A cadeia lateral da prolina e seu N a-aminico formam uma cestrutura rigida em anel, com 5 dtomos, de modo que esse amino- cide difere dos demais (Figura 1.5). A prolina, portanto, apresenta um grupo amino secundétio, @ nao primério, sendo frequentemente ‘denominada de iminodcido. A geometria sem igual da molécula da prolina contribui para a formagio da estrutura fibrosa do colégeno (veja a p. 45) e, com frequéncia, intarrompe as hélicas a encontra- das em proteinas globulares (veja a p. 26). ‘Aminodcidos com cadelas laterals polares, desprovidas de carga elétrica Eeses aminodcidos apresentam carga liquida igual a zero em pH neutro, ‘embora as cadelas laterals da cisteina e da trosina possam perder um pprdton em pH alcalino (Figura 1.3). Cada um dos aminodcidos serina, treonina e tirosina, contém um grupo hidroxila polar que pede partcipar {a formagto de ligagdes de hidrogénio (Figura 1.6). Cada cadeia lateral dda agparagina e da glutamina contém um grupo carbonila e um grupo ‘amida, que podem também participar de ligacdes de hidragBnio. 1, Ligagdo dissulfeto. A cadeia lateral da cisteina contém um gru- po sulfcrila (-SH), componente importante do sitio ative de muitas fenzimas. Nas protainas, os grupos -SH de duas cistainas padem oxidar-se e formar um dimero, a cistina, que contém uma ligacao coruzada donominada ponte dissulfeto (-S-S-) (para discuss so- bre a formagao da ligagao dissulfeto; veja a p. 19). Muitas proteinas extracelulares so estabilizadas por ligagSes dissulfeto. Um exemplo 6 a albumina, uma proteina do plasma sanguineo que funciona, ‘como transportadora de uma grande variedade de moléculas. G 2. Cadeias laterais como sitios de ligagao para outros compostos. ( grupo hidroxila polar da serina, da treonina e, mais raramente, da tirosina pode servir como sitio de ligago para estruturas, como 0 ‘grupo fostato. Além disso, o grupo amida da asparagina e os grupos hidroxila da serina e da treonina podem servir como sitio de ligagdo para cadeias de oligossacarideos nas glicoproteinas (veja a p. 165). ‘Aminoécidos com cadeias laterais dcidas (Os aminosicidos acido aspartico e acido glutamico so doadores de pro- tons. Em pH fisiolégico, as cadeias laterais desses aminodcidos esto ‘completamente iorizadas, com um grupo carboxilato carregado negativa- ‘mente (~COO}. E8ses aminoécidos so, portanto, denominados aspar- tato e glutamato, para enfatizar o fato de estarem carregados negativa- ‘mente em pH fisiologico (Figura 1.3). Aminoécidos com cadeias laterais bésicas ‘As cadelas laterals dos aminodcldos basicos so aceptoras de protons (Figura 1.3). Em pH fisiolégico, as cadeias laterais da lsina e da arginina ‘esto completamente ionizadas, com carga positive. Em contraste, @ his- tidina ¢ fracamente basica, e, em geral, 0 aminodcido livre nao apresenta carga eltrica em pH fisiolégico. Entretanto, quando a histidina encontra- Se incorporada em uma proteina, sua cadeia lateral pode apresentar carga positiva ou neutra, dependendo do ambiente iénico fornecido pelas cadeias polipeptidicas da proteina. Essa é uma propriedade importante {a histidina e contribui para o papel que esse aminodcido desempenha ‘no funcionamento de proteinas, como a hemoglobina (veja a p.31). Abreviaturas e simbolos para os aminodcidos de ocorréncia mais frequente (© nome de cada aminoécido possui uma abreviatura associada de trés letras e um simbolo de uma letra (Figura 1.7). Os cédigos de uma letra ‘880 determinados pelas seguintes regras: 1. Primeira letra tnica. Se apenas um aminodcide comega com de- terminada letra, ento aquela letra ¢ utlizada como seu simbolo. Por exemplo, | = isoleucina. 2. Os aminodcidos de ocorréncia mais frequente tém prioridads ‘Se mais de um aminoacido comecam com determinada letra, 0 aminodcido de ocorréncia mais frequente recebe aquela letra como simbolo, Por exemplo, a glicina é mais frequente que o glutamato, entio G = glicina, ‘3. Nomes com sons semethantes. Alguns simbolos de uma letra ‘soam, om inglés, de forma semelhante ao inicio do nome do ami- nodcido que representam. Por exemplo, F = fenilalanina, ou W = triptofano (“twyptophan’, como diria Elmer Fudd). 4. Letra préxima & letra inicfal. Para os domais aminodcidos, 6 atr- bbuido um simbolo de uma letra, téo préxima quanto possivel no al- fabeto & lara iniial do nome daquele aminodcido, Por exemplo, K = lisina. Além disso, a letra B 6 atrbuida ao Asx, signiicando tanto cido aspartico quanto asparagina; 0 Z é aribuido ao Gix, signi ceando tanto deido glutémico quanto gltamina; ¢ 0 X 6 atribuido a um aminoacid nao identficado. Bloguimica tustrada_§ (sores Cena = one sting He =H feolucine eet Mojonina == et = Sena Se = 8 Valina va =v Os aminoscidos de ocorréncia ‘mais frequente tém prioridede ba ‘Arginina = Ary = F (aginine") ‘separagina = Asn = N (cont N) ‘Aspanaio = Asp = D (aspardie") Giulamato = Gi = E (ghutemate") Guana = Gr = @ CO-tamine’) Foniaanna = Po = F (Fenlalanine”) Tresina = Tyr = ¥ (4Yrosine”) ‘Viptlaro = Tp = W (duploanat GB Lore proxima tera inicit poe = Bram on) ‘Aspartato cu = Figura 17 Abreviaturas e simbolos para os ami- nodcides de ocorréncia mais frequent, Figura 1.8 {As formas D e L da alanina so imagens ‘especulares (imagens no espetno), 6_Harvey & Ferier Figura 1.9 Curva de titulagéio do acide acético, F. Propriedades épticas dos aminodcidos © carbono a de cada aminodcido est lgado a quatro grupos quimicos diferentes e, portanto, 6 um atomo de carbone qural ou opicamente a Vo. A glicina & a excegdo, pois Seu carbono a apresenta dois étomos de hidrogénio como substtuintes 0, assim, 6 opticaments inatva. Os Aaminodcidos que apresentam um contro assimético em seu carbono a podem existr em duas formas, designadas 0 e t, que s20 imagens es- eculares uma da outa (Figura 1.8) As duas formas, em cada par, S20 denominadas estereoisomeros, isomeros Opticos ou enantiomeros. Todos {08 aminodcides encontrados nas protoinas epresentam a coniguragao Os o-aminocidos, no entanto, s80 encontrados em alguns antbeticos © ‘om paredes celulares de plantas e bactéias(veja, nap. 253, uma ciscus- ‘880 acerca do metabolismo de o-aminodeides). Ill PROPRIEDADES ACIDOBASICAS DOS AMINOACIDOS Em solugao aquosa, 05 aminodécidos contém grupos a-carboxila fracamen- te dcidos e grupos a-amino fracamente basicos. Além disso, cada amino- 4cido dcido e cada aminodcido bésico contém um grupo ionizavel na ca~ dei lateral. Assim, tanto os eminodcidos lives quanto alguns aminodcidos ‘combinados por meio de ligagSes peptidicas podem atuar como tampdes. Lembre-se que os dcidos podem ser definidos como doadores de protons: 1 as bases como aceptoras de prétons. Acidos (ou bases) so descritos ‘como “fracos” quando ionizam em proporgao limitada. A concentracao de protons em solugéo aquosa 6 expressa como pH, onde pH = log 1/1H'] ou ~log[H"). A relagdo quantitativa entre o pH da solugao e a concentragéio de lum cido fraco (HA) e sua base conjugada (A) € deserita pela equacao de Henderson-Hasselbeich. A. Derivacao da equagéo Considere a liberagaio de um préton por um dcido fraco, representado or HA: woe OH + x fcido “proton "forma salina ou fraco base conjugada (0 “sal” ou base conjugada, A’, é a forma ionizada de um Acido fraco. Por definigéo, a constante de disscciagao do Acido, K,, 6 - AT Ko HAD (ota: quanto maior 0 K., mais forte 0 Acido, pois indica que a maior parte de HA dissociou-se em H’ e A’. Por sua vez, quanto menor 0 K,, menos Acido foi dissociado e, portanto, mais fraco é 0 dcido,) Se isolarmos (H'] nna equagao anterior, tomando o logaritmo de ambos 0s lados da equa- (0, mutiplicando ambos os lados por -1 substituindo pH = log H']e pk, = -log K,, obteremos a equagéo de Henderson-Hasselbaich: DH = pK + tog ft Bloquimica tustrada 7 € Pa os os a es Cae Gis . GH vl FORMA! FORMA pk =23 P= 91 Alanna em solugéo éeida ‘Alaina em solugto neuta (pit menor que 2) (pH aproximadamente 6) (Carga liquids = +1 ‘Carga liquid = 0 \orma leoeltrica) Gs FORMA ‘Alanina em solugéo bésiee (pH maior que 10) (Carga liquide = -1 Figura 1.10 Formas iénicas da alanina em solugdes écida, neutra e basica. B. Tampoes Um tampao 6 uma solugo que resista a mudangas de pH quando se adicionam pequenas quantidades de dcido ou base. O tampo pode ser produzido pela mistura de um acid fraco (HA) com sua base conjugada (4). Se um dcido, como 0 HCI, or adicionade a tal solugéo, pode serneu- traizado pelo A”, que no processo 6 convertido em HA. Se uma base for adicionada, o HA pode neutralizé-ta, sendo convertido em A” nesso pro- cc0s50.A capacidade tamponante maxima ocorre quano o pH for igual a0 K,, mas um par conjugado dcidorbase ainda pode servr como tampao elelivo quando 0 pH da solugéo estver até +1 unidade de pH afastado do pK, Se as quantidades de HA e A”forem igueis, o pH é igual 20 pk. ‘Come mostrado na Figura 1.9, uma solugéo contendo dcido acético (HA Hy-COOH) @ acetato (A = CH.-COO), com pK, de 4,8, resiste a mudangas no pH entre 0s pHs 8,8 © 6,8, com capacidade tamponan- te maxima no pH 4,8. Em pHs abaixo do pk. a forma cida protonada [CH,-COOH] é a forma predominante. Em pHs acima do pk,, a forma bsica ndo protonada [CH,~CO0] 6 a forma predominanto na solugao. C. Titulagao de um aminodcido 1. Diasociagdo do grupo carbanila. A curva de tulagdo de um amino dcido pode ser analsaca como descito anterormente para 0 cdo acéico, Consdere a alanina, por exemplo. Esse aminodcido contém um grupo a-carboxila @ um grupo a-amino, Em pHs balxos (Acido: 0 dois grupos encontrar se protonados (como mosirado na Figura 1-10).A medida que o pH da solugéo 6 aumentedo, o grupo -COOH da Forma | pode dissociars9, coando um prton a0 mero. iberagao do proton resulta na frmagao do grupo carooxlato, COO’ Essa 2s- trutura 6 mostrada como a Forma I (a forma cpola da molécula, est ilustrada na Figura 1.10). Também denominada zwitterion, essa é a forma soeltea da elanina, ou sej, possu carga liquda gual a zero, 2. Aplicagio da equagéo de Hendorson-Hasselbalch. A constanto de dissociago do grupo carboxla de um aminoécido é denominada ,,e ndo K,, pois a molécula contém um segundo grupo ttulével.A equacéo de Henderson-Hasselbalch pode ser utiizada para anelisar a dssociagao do grupo carboxila da alanina, do mesmo modo des- ert para dcido acético: Hey i = 8_Harvey & Ferier Curva de titulagdo da alanina, onde | 6 a forma completamente protonada da alanina eI! é a forma ‘soelétrica da alanina (Figura 1.10). Essa equagao pode ser rearran- Jada e convertida em sua forma logaritmica para dar: Dissociagio do grupo amino. O segundo grupo titulével da aleni- nna € 0 grupo amino (-NH,), mostrado na Figura 1.10. £ um écido ‘muito mais fraco que © grupo ~COOH; portanto, apresenta cons- tante de dissociagdo muito menor, K,, (Nota: seu pK, portanto, & maior) A liberagao de um proton pelo grupo amino protonado da Forma I resuita na forma completamente desprotonada da alanina, ‘Forma il Figura 1.10) Ks da alanina. A dissociagdo sequencial de prétons dos grupos carboxila e amino da alanina esta resumida na Figura 1.10. Cada ‘grupo titulavel apresenta um pk, numericamente igual ao pH no ‘Qual exatamente metade dos prétons foram removidos daquele gru- po. 0 pK, para 0 grupo mais acidico (-COOH) 6 0 pK, enquanto 0 PK, para 0 grupo aciioo seguinte (-NH,") 6 0 pK,. Curva de titulagao da alanina, Pela aplicacdo da equacao de Henderson-Hasselbalch a cada grupo acidico dissocidvel, 6 pos- sivel calcular a curva de titulago completa de um écido fraco. A Figura 1.11 mostra a variagdo no pH que ocorre durante a adi- (¢do de base & forma completamente protonada da alanina (), at roduzir a forma completamente desprotonada (II). Observe 0 seguinte: ‘a. Pares tampées. O par COOH/-COO™ pode servir como tam- 'po na regido de pH ao redor do pK, @ o par—NH, /-NH, pode tamponar na regio ao redor do pK, 'b, Quando pH = pK. Quando o pH ¢ igual ao pk, (2,3), existem na solugo quantidades iguais das Formas |e Ilda alanine. Quan- 60.0 pH 6 igual 20 pK, (8,1), esto presentes na solugéo quant- dades iguais das Formas Ile Il. €. Ponto isoelétrico. Em pH neutro, a alanina existe predomi- ‘rantemente como a Forma dipolar I, em que 08 grupos ami- 10 @ carboxila esto ionizados, mas a carga liquida 6 z6r0.O pponto isoeiétrico (pl) é 0 pH no qual um aminodcido é eletr- camente neutro, ou seja, a soma das cargas positvas é igual 2 soma das cargas negativas, Para um aminodcido como a alanina, por exemplo, que apresenta apenas dois hidrogé- nios aissocidvels (um do grupo a-carboxila @ um do grupo camino), 0 pl é a média entra pK, © pK, (pl = [2,3 + 9,12 = 5,7, Figura 1.11). Assim, o pl esté a melo caminho entre 0 pK, (233) € 0 pK, (9,1). Ele corresponde ao pH em que predomina 2 Forma Il (com carga liquida igual a zero) @ em que ha tam- 'bém quantidades iguais das Formas | (carga liquida +1) e Il (carga liquida -1). Bloguimica tustrada_9 ‘A separagao de proteinas plasmaticas por meio de ‘cargas olétrioas 6 realizada tipicamonto om pH acima {do ponto isoelétrico (p!) das principals proteinas, de modo que a carga dessas proteinas 6 negativa. Em, ‘um campo elétrico, as proteinas movem-se no sentido, do eletrodo positivo, a uma velocidade determinada or sua carga negativaliquida. VariagGes nos padres ‘de mobilidade sao indicios de cortas doongas. 6. Carga liquida dos aminoécidos em pH neutro, Em pH fisioi6gioo, todos os aminodcidos apresentam um grupo carregade negetivamento (COO) ¢ um grupo carregado positvamente (-NH,"), ambos igados. ‘0 carbono a. (Nota: os aminodcidos glutamato, aspartao, histidina, arginina e lisina apresentam, além desses, outros grupos potencial- ‘mente carregados em suas cadeias laterais) Substéncias como os aminoéicidos, que podem atuar como dcidos ou bases, séo classifica ddas como antotéricas e chamadas de anfoitos (eletrltos anfotéricos), D. Outras aplicagdes da equaao de Henderson-Hasselbalch ‘A equagdo de Henderson-Hasselbalch pode ser utlizada para calcular de que maneira 0 pH de uma solugao fisiol6gica responde @ mudangas na concentragéo de um Acido fraco e/ou de sua correspondente forma de ‘sal’. Por exemplo, no sistema tamp&o do bicarbonato, a equagdo de Henderson-Hasselbalch prvé de que modo mudancas na concentrago do ion bicarbonato (HCO, ] ena pCO, influenciam o pH (Figura 1.128). A ‘equagéo é util também para calcular as quantidades das formas idnicas de drogas com caracteristcas dcidas e bésicas. Por exemplo, muitos fa 'macos do dcidos tracos ou bases fracas (Figura 1.128). Farmacos acidos (HA) liberam um préton (H"), determinando a formago de um anion car- regado (A). HA HEA ‘Bases fracas (BH*) também podem liberar um H". A forma protonada dos farmacos bésicos, no entanto, normalmente possui carga elétrica, @ a pperda de um proton produz a base desprovida de carga (B). BH By HY Um férmaco passa atvavés de membranas com mais falidade quando rndo apresenta carga elétrica. Assim, para um cidofraco como a aspi- ‘ina, a forma desprovida de carga HA consegue permear através das ‘membranas, enquanto A” nao consegue. Para uma base fraca como a ‘morfina, por exempo, a forma desprovida de carga, 8, atravessa mem- branas colulares, enquanio BH” ndo o faz. Portaio, a concentracéo efe- tiva da forma permedvel de cada fétmaco em seu sitio de absorgao & determinada pelas concentragées relativas das formas carregada e des- provida de carga. A razdo entre as duas formas é, por sua vez, determi- nada pelo pH no sitio de absorgdo e pela forga do dcido fraco ou da base fraca, representada pelo pK, do grupo ionizével. A equagdo de Hender son-Hasselbaleh ¢ util para a determinagdo da quantidade de famaco tencontrada em cada lado de uma membrana ent dois compariimentos com diferenga de pH, por exempio,o estémago (pH 1,0. 1,5) eo plasma, sanguineo (pH 7,4). (esxtonac como um amps 95) © orercvn MOE (© um suena n0 on bearvonte GOs" ta om gue 0 pH Aumont. © nett pulmonar prove ‘cave aredugdo oop restando macteote respirator 60, +80 = Hoo) = H+ HOO Bers co termece (=pK+log [ramaco | ‘Seine [Firmaco-H) (© No pido ensmage (18), um temaco come a Aspro aco, pR= 38) ss predonrartement {COOH portent, cesprovio cas (© rienacosdesprovides de carga stra Figura 1.12 ‘A equago de Henderson-Hasselbalch 6 utlizada para prever: (A) variagdes no pH, & medida que as concontragées de HCO,” ou CO, sto alteradas; ou (B) as formas iGnicas das substéncias. 10_Harvey 8 Ferrer Bssusoo yninoseidos “conaetamana reas) ode LUberar Conceltos vinculados dentro ‘Snes ‘Sines a ds prtsnas [4 SOMeUmIB ca ae) Conceitos com vineulos ceruzados com outros ‘capitulos e outros livros nesta série [sees ncomo proteinase eae adobe core ag Prteras pode eer ‘eontomagsenatva. Seen go pron, awoa 2 Figura 1.13 ‘Simbolos utiizados nos mapas de con- ccaitos-chave. MAPAS CONCEITUAIS (s estudantes as vezes encaram a Bioguimica como uma série nebulosa de fatos ou equagies a serem memorizadas, @ no como um conjunto de cconceitos @ serem compreendidos. Detalhes fornecidos com a finalidade de ‘enriquecer a compreensao desses conceitos tornam-se, inadvertidamente, fontes de distracéo. Parece estar faltando um mapa do caminho, um guia que forneca aos estudantes uma compreensio intutiva de como varios tépicos ‘encaixam-se para fazer sentido. Pensando assim, os autores criaram uma ‘série de mapas de conceitos-chave bioquimicos, que ilustram graficamente ‘as rolagdes ontro as ideias aprosentadas no capitulo e mostram como a in- formagéo pode ser agrupada ou organizada. O mapa concettual &, portanto, uma ferramenta para visualizer as conexées entre os conceitos. O material & ~apresentado de maneira hierérquica, com os conceltes mais gerais e inclus- ‘vos no topo do mapa e 0s conceltos mais especilicos @ menos gerais abaixo. De modo ideal, os mapas coneeituais funciona como matrizes ou guias para ‘organizar as informages, de forma que os estudantes possam encontrar com {faclidade as melhores maneiras de integrar as novas informag&es ao conhe- ‘cimento jd consolidado, ‘A. Como € construido um mapa de conceitos-chave? 1. Quadros de conceitos vinculades. Os educadores define con- ceitos como “regularidades percebidas em eventos ou objetos’. Em nossos mapas bioquimicos, 03 conceitos incluem abstragdes (p. ex., energia livre), processos (9. ex.. fostorilacéo oxidativa) & ‘compostos (p. ex., gicose-6-fosfato). Os conceitos de definig&o mais ampla 820 priorizados, com a ideia central posicionada no topo da pagina. Os conceitos que seguem a partir dessa ideia central so delineados em quadros (Figura 1.13A). O tamanho da letra indica a importancia relativa de cada ideia. Linhas s40 desenhadas entre os quadros dos conceitos para mostrar quais| ‘esto relacionados. A legenda na linha define a relago entre dois Cconceites, de modo que se Ié uma afirmagao valida, ou seja, a cconexéo passa a ter sentido. As setas nas linhas indicam em que sentido a conexao deve ser lida (Figura 1.14). 2. Vinculos cruzados. Ao contrério dos padres ou diagramas de fuxo linear, os mapas de conceitos-chave podem conter vinculos cruzados, que permitem ao leitor visualizar relagdes complexas entre as idelas representadas em diferentes partes do mapa (Fi- {ura 1.138) ou entre o mapa ¢ os outros capitulos deste livro ou (em outros livos desta série (Figura 1.130). Vinculos cruzados po- dem assim identificar conceitos centrais para mais de uma disci plina, oferecendo aos estudantes mais eficiéncia em situagSes cll- nicas ou em outros exames com caracteristicas multidisciplinares. Os estudantes aprendem a perceber visualmente relagées ndo lineares entre os fatos, em contraste com referéncias cruzadas ‘em textos lineares. Bioguimica Wustrada_11 ‘Aminoécidos: T sto confor —— ‘Grupo a-carboxia Grupo e-amino ‘Cadel iatrais de ‘(-c00H) em) 20 pos diterentes T T ‘eauamn como oats oats | | mortage” Sutesaees ol conte Sy ave prove a =: ache sae? Figura 1.14 ‘Mapa de conceitos-chave para aminodcidos. 12_Harvey 8 Ferrer V._RESUMO DO CAPITULO Cada amincécide apresonta um grupo a-carboxila © um grupo a-amino primério (exceto a proina, que possui um grupo amino secundério). Em pH fisioi6gico, o grupo a-carboxla esté dissociado,formando 0 ion carboxiato (- C00}, carregado nogativamente,¢ 0 grupo a-amino esté protonado (-NH,). Cada aminodcido tamibém apresenia tuma cadela lateral (580 20 cadeias laterais diferentes, para os 20 aminodcidos)igada eo étomo de carbono «. A nalureza quimica dessa cadeia lateral determina a funcéo de um aminodcido em uma proteina e fornece a base para a classiicagdo dos aminoécicos em apolares, polares desprovidos de carge, écidos e basicos. Todos os aminod- Cidos lives, asim como os aminoacids que apresentam carga quando igados as cadelas peptdicas, podem servi ‘como tampées. A relago quantitativa entre pH de uma solugéo @ a concentragéo de um dcido fraco (HA) e sua base conjugada (A) 6 dascrita pela equagéo de Henderson-Hasselbalch. O tamponamento ocorrena fica do pK, “1 unidade de pH @ & maximo quando pH = pK, situagéo na qual [A"]= [HA]. 0 carbono a de cada aminoacid (com excegéo da glcina)esté igado a quatro diferentes grupos quimicos e 6, portant, um &tomo de carbono quiral ou cpticamente ativo. Apenas @ forma L dos aminoécidos é encontrada nas proteinas sintetizadas pelo corpo human, Questées para estudo Escoha a UNICA resposta coreta. 11 As letras de A a E designam cerias reid na curva de t+ tulagao para a gicina (mostrada abaixo).Qual das seguin- | Resposacoreia = C.C epresetao pero scald, op, com tes afrmatives a respeto dessa curva esta coreta? tal ea a melo caminho ene pX, © pK para este dldo morocar- boxes e moneaminico, A gsi ell cerpetamerteproorada no e onto AO porto B representa uma eae de maxme capac 20. {amponarta, assim como pont D.O porto E representa a rgio fm que a gicna esd compltararte dspotonada 0 ‘A. O ponto A representa a regio em que a gina esta desprotonada, 1B. O ponte 8 representa uma regio de minima capaci dade tamponarte. CC. O ponte C representa a regido em que a carga liquida da ghcna 6 zero . Opponte D representa 0 pk do grupo carboxlco da al- . Oponto E representa o pl para a glcina, 1.2 Qual das seguintes afirmativas a raspelto do peptideo mmostado aban est cela? Reapota const =D. Os dl resins do tina psa am con Aigoes oct tomar ua geo douteo Aster devs Gy.-Cye-Gu-serAsp-ag-oys eles pana gutarna Ge. sonar) conam um gue a ro seca apenas ur (wp) oe sel resi do ance, A. Opeptio cortgm glutamine. hres cade tera con Gare ec poatna bm 7 'B. O peptides contém uma cadela lateral que forma um grupo amino secundéri ao ligarse 20 N do cartono a. CC. A maioria dos aminodcidos cortidos nesse popticeo presenta cadeias laterals que estariam carregadas, posttvamente em pH 7 . O poptideo 6 capaz de formar uma ligagio dssultto inom: 1.9. Sabendo-se que 0 pl para a glicna 6,1, para qual eatro- 4o, posi ou negative, a glcina migra quando submeti | Resposta conta = eletodo negutv, Quando pH & menor do que cda‘a um campo eltrico em pH 2? Explique. ‘pl, carga da glcne¢postva, ois 0 grupo caine eat comple tamenteprotonaco(Lembre que gin apeserta um atom de H camo seu grupo). Estrutura das Proteinas 1_VISAO GERAL (Os 20 eminodcidos comumente encontrados nas proteinas esto unidos en- tre si por ligagdes peptiicas. A sequéncia linear dos aminodcidos ligados ‘contém a informacéo necesséria para formar uma molécula proteica com es- trutura tridimensional Unica. A complexidade da esirutura proteica é meihor ‘analisada considerando-so a molécula om termos de quatro niveis de organi- 7zagdo, denominados primério, secundairi, terciario e quaternario (Figura 2.1). Um exame desses niveis de complexidade crescente revelou que, em uma ‘ampla variedade de proteinas, certos elementos estruturais sao repetidos, ‘sugerindo que existem “regras” gerais relacionadas as maneiras pelas quais {as protetnas atingem sua conformagao nativa funcional. Esses elementos es- truturais repetidos variam desde combinacdes simples de hélices a e folhas B, formando motives pequenos, até 0 dobramento complexo des dominios ppolipeptidicos de protoinas mukifuncionais (veja ap. 18). ll,_ESTRUTURA PRIMARIA DAS PROTEINAS ‘A sequéncia de aminodcidos em uma proteina é denominada estrutura prima- ria da proteina. A compreensio da estrutura priméria das proteinas 6 impor- tante, pois muitas doengas genéticas resultam em protefnas com sequéncias. ‘anormais de aminodcidos, ocasionando organizag&o irregular, com perda ou 'projuizo da fungo normal. So as estruturas primarias das proteinas normais ‘¢ mutantes forem conhecidas, essas informagdes poderdo ser utiizadas para lagnosticar ou estudar a doenga. A. Alligagao peptidica ‘Nas proteinas, os aminodcidos so unidos covalentemente por ligagdes peptidicas, as quais so ligagSes amida entre o grupo a-carboxila de um ‘aminodcido e o grupo a-amino de outro, Por exemplo, a valina ea alanina podem formar o dipeptideo valilalanina, por meio da formacdo de uma ligagao peptidica (Figura 2.2). As ligagdes peptidicas nao séo rompidas por condigdes desnaturantes, como aquecimento ou altas concentragbes Figura 2.1 (Os quatro niveis estruturais das pro- teinas. 14_Harvey 8 Ferrer Formagao da Qo ligagao peptidica fas ae 1 sigi-€ C00" yy -6-c00" Caracteristicas da ligacao peptidica Ligapio Ligasio pentdleatvans peptide ls Figura 2.2 ‘A, Formagao de uma ligagao peptidica, representando a estrutura do dipep- tideo valilalanina, B. Caracteristicas da ligacéo peptidica. de ureia (veja a p. 20). Deve haver uma exposicao prolongada a um acido (ou a. uma base forte em temperatures elevadas para hidroisar essas liga- {gBes de forma nao enzimatica, 1. Nomeando 0 peptideo. Por convencdo, a extremidade amino livre {Nterminal) da cadela peptidica é escrita & esquerda, a extre dade carboxia livre (C-terminal), dieita. Dessa forma, todas as sequéncias de aminodcidos sto lidas da extremidade Npara a O- terminal do peptideo. Por exemplo, na Figura 2.2A, a ordem dos aminoécidos é “valina, alanina’. A ligagdo de muitos aminodcidos Por ligagdes pepticicas resulta em uma cadeia néo ramiicada, cha- ‘mada polipeptideo. Cada aminadcido que compbe um peptides & ‘denominado “residvo’, por ser a porgao do aminoacido que per- rmanece apés a perda dos éiomos de agua durante a formagéo da ligacio peptidica. Quando um polipeptideo é nomeado, os sufixos (Gina\-ano, ico ou ato) dos residuos de aminodcidos so alterados para “i, com excegéo do aminodcido C-terminal. Por exemplo, um {ripeptideo composto por uma valina N-terminal, uma glcina e uma leucina C-terminal 6 denominado vali-gii-teucin, 2. Caractersticas da ligagio peptidica. A igago pepticca tem um caritor do duplasigagao parcial ou soja, 6 mais curta do qu uma I- {ago simples, além de rigida e planar (Figura 2.28) Isso impede a Totagéo lve da ligagéo entre o carbone da carbonia eo niogénio da igagdo pepticca. Enretano, as ligades entre os carbonos a @ 08 grupos a-amino ou «-carboxila podem rotar livremente (embora_ Sejam limitadas pelo tamanho e pelo carater dos grupos Fi Isso permite que 2 cadeia polpeptdica assuma uma variedade do con- figuragdos possivei. A ligagao poptiica goralmente 6 uma igagao trans (em vez de cis; veja a Figura 2.2B), em grande parte devido & interferencia estrica dos grupos R quando em posigao cis. 3. Polaridade da ligagéo peptidica. Assim como todas as ligagbes ami- 4a, 08 grupos ~C=O e -NH da ligagao peptidica no possuem carga © ‘nem aceitam ou fornecem protons na faixa de pH de 2 12. Assim, 08 ‘grupos carragados presentes nos polipeptideos consistem unicamen- te no grupo N-terminal (a-amino), no grupo C-terminal (a-carboxila) © em quaisquer grupos ionizados presentes nas cadeias laterais dos ‘aminoacidos constitutes. Os grupos ~C=O e -NH da ligagao peptt= dica so polares e esto envolvidos em ligagbes de hidrogénio, por exempio, nas hélices a ¢ folhas B descritas nas paginas 16 @ 17. Determinagao da composicao de aminodcidos de um polipeptideo (Oprimeiro passo para determinar a estrutura priméria de um polipeptideo 6 identificar e quantficar seus aminodcidos constituintes. Uma amostra purficada do polipeptideo a ser analisado 6 primeiramente submetida & hidrdiise por um Acido forte, a 110 °C durante 24 horas. Esse tratamento cliva as Iigagdes peptidicas e libera os aminodcidos individuals, os quals podem ser separados por cromatografia de troca de cations. Nessa téo- nica, uma mistura de aminodcidos 6 aplicada a uma coluna que contém ‘uma resina na qual grupos carregados negativamente estao fimemente ‘aderidos. (Nota: se 0 grupo aderido for carregado positivamente, a co- luna torna-se trocadora de anions.) Os aminoacidos ligam-se & coluna ‘com diferenies afinidades, dependendo das suas cargas, hidrofobicidade @ outras caracteristicas. Cada aminodcido é sequencialmente liberado da coluna cromatogeéfica por eluigo com solugdes de crescente forga \nica e pH (Figura 2.3). Os aminodcidos separados presentes no eluido da coluna séo quantificados por meio do aquecimento com ninhidrina, um reagente que forma um composto de cor purpura com a maioria dos ‘aminodcidos, com a aménia e com as aminas. A quantidade de cada ami- nodcido determinada por espectrofotometria, medindo-se a quantidade de luz absorvida pelo derivado da ninhidrina. A andlise aqui descrita ¢ ‘efetuada por meio de um analisador de aminodcidos — um aparelho auto- ‘mético, cujos componentes sao ilustrados na Figura 2.3. C, Sequenciamento do peptideo a partir de sua extremidade N-terminal (© sequenciamento é um processo gradual de identficagao de aminod- Cidos especificos em cada posigdo da cadeia polipepticica, iniciando na ‘extremidade N-terminal. O fenlisotiocianato, conhecido como reagente de Edman, é usado para marcar, sob condigdes levemente alcalinas, © residuo aminoterminal (Figura 2.4). O derivado de fenilioidantoina (PTH) ‘esultante provoca uma instablidade na ligacdo peptidica N-terminal, que pode ser seletivamente hidrolisada sem clivar as demais ligagdes pep- tidicas. A identidade do derivado de aminodcido obtido pode entdo ser determinada. O reagente de Edman pode ser aplicado repetidamente ao peptides mais curto, esuitante de cada ciclo prévio. D. Clivagem do polipeptideo em fragmentos menores “Muitos poipeptideos tém uma estrutura primar composta de mais de 100, aminodcidos. Essas moléculas no podem ser sequenciadas diretamen- te de uma extremidade a outra por um sequenciador. Eniretant, essa, rmoléculas maiores podem ser clivadas em sitios espectices, e os trag- ‘mentos resultantes podem ser sequenciados. Utlizando-se mais de um agente de civagem (enzimas e/ou produtos quimices) em distntas amos- tras do polipeptideo purificado, tragmentos justapostos podem ser gera- dos para permiir © ordenamento correto dos fragmentos sequenciados, fomecendo, asim, a sequéncia completa de aminodcidos do poipeptides maior (Figura 2.5). As enzimas que hidroisam as ligagGes peptidicas s80 ddonominadas poptidases (proteases). (Nota: as exopeptidases clivam as extremidades terminals das protenas e séo dvcidas em aminopeptidases © carboxpeptidases. As carboxipeptidases slo usadas para determinar 0 aminodcido C-terminal. As endopeptidases clvam ligagSes internas das proteins.) E. Determina¢ao da estrutura primaria de uma proteina por ‘sequenciamento do DNA ‘A sequéncia de nucleotideos em uma regio de codificagao de protel- nas no DNA determina a sequéncia de aminodcidos de um potpeptideo. Assim, se 2 sequéncia de nucleotideos pode ser determinada, é pos- Bioquimica Wustrada 15 Figura2.3 Determinagao da composi¢ao de ami nodcidos de um polipeptideo por meio «de um analisador de aminoacidos. ae : Bima aug are a) tideo marcado a Determinagio do residuo aminoterminal de um polipeptideo por degradago de Edman. 16_Harvey 8 Ferser Figua2s PPoptideosjustapostos produzidos pola aco ‘a tripsinae do brometo de cianogénio. deeammosccor fora ne Figura 2.6 Hélice « mostrando 0 esqueleto do Peptides. sivel, por meio do cédigo genético (veja a p. 431), traduzir a sequéncia de nucleotideos na sequéncia correspondents de aminodcidos daquele polipeptideo. Esse processo indireto, embora usado rotinelramente para obter as sequéncias de aminodcidos das proteinas, apresenta as limi- tages de néo ser capaz de prever as posigdes das ligagses dissulfeto nna cadeia dobrada e de nao identficar qualquer aminodcido que seja ‘moditicado apés sua incorporacao ao polipeptideo (mocificagao pés-tra- dducional, veja a p. 443). Assim, 0 sequonciamento direto de proteinas 6 uma ferramenta extremamente importante para determinar verdadelro cardter da sequéncia priméria de muitos polipeptideos, lll__ESTRUTURA SECUNDARIA DAS PROTEINAS ‘O esqueleto polipeptiico no assume uma estrutura tridimensional aleat6ria, mas, em vez disso, geralmente forma arranjos regulares de aminoacidos que ‘estéo localizados proximos uns aoe outros na sequéncia linear. Eases arran- jos so denominados estrutura secundéria do polipeptideo. A hélice a, a ‘otha Be a curvatura B (volta 8) sdo exempios de estruturas secundrias frequen ‘temente encontradas em proteinas. (Nota: a cadeia a da hélice do colégeno, ‘outro exemplo de estrutura secundaria, 6 discutida na p. 45.) A. Hélice « Existem varias helices potipepticicas diferentes na natureza, mas a hétice @ 6.4 mais comum. Ela apresenta estrutura helicoidal, que consiste om lum esqueleto polipeptiico central espiralado e bem compacto, com as ccadelas laterais dos aminodcidos que a compdem estendendo-se para fora do eixo central, de modo a evitar a interferéncia estérica entre si (Figura 2.6), Um grupo variado ¢e proteinas contém helices a. As quera- tinas, por exemplo, sao uma familia de proteinas fibrosas bastante rela- cionadas, cuja estrutura é quase totalmente constituida de hélices a. Elas cconstituem os principais componentes de tecidos como o cabelo ea pele, «@ sua rigidez 6 determinada pelo nimero de ligagées dissulfeto entre as Ccadeias polipeptidicas constituintes. Em contraste & queratina, a mioglo- bina, cuja estrutura 6 também formada em grande parte por hélices a, ‘uma molécula globular flexivel (voja a p. 26). 1. Ligagées de hidrogénio. Uma hélice « é estabilizada por uma am- pla formago de igagtes de hidrogénio entre os étomos de oxigénio das carbonilas e 08 hidrogénios das amidas das Iigagdes peptidicas {que compoem o esqueleto polipeptidico (Figura 2.6). As ligagdes de hidrogénio estendem-se de forma paralela & espiral, do oxigénio da ‘carborila 20 grupo -NH" de uma ligagdo peptidica quatro residuos 4 frente no polipeptideo. Isso assegura que todas, exceto a primeira e a titima ligagSes peptidicas componentes, estejam unidas entra si por ligagdes de hidrogénio inracadela. Essas ligagdes sao individual- ‘mente fracas, mas coletivamente servem para establlizar a hélce, 2. Aminodcidos por passo. Cada volta complota de uma hélice « ccontém 3,6 residuos de aminodcidos. Assim, os residuos de am nodcidos separados por irés ou quatro residuos na sequéncia pri- ‘maria estéo espacialmente préximos, quando dobrados em hélice a. 3. Aminodcidos que quebram a hélice «. A prolina quebra a hélice 4, pois 0 seu grupo amino secundério nao 6 compativel geomet camente com a espiral voltada para a direita da hélice a. Assim, la insere uma dobra na cadela, que interrompe a suave estrutura helicoidal. Diversos aminodicidos carregados (p. ex., glutamato, as- partato,histidina, Isina ou arginina) também quebram a hélice pela