După originea lor, antigenele sunt exogene şi endogene.
Antigenele exogene sunt cele mai numeroase şi pot fi împărţite în trei categorii: 1)naturale; 2)artificiale; 3)sintetice. Antigene naturale Antigenele naturale formează categoria cea mai cuprinzătoare şi includ toate macromoleculele naturale din virusuri, microorganisme, fungi, plante şi animale. După dimensiuni se disting antigene moleculare (“solubile”) şi antigene corpusculare. Antigenele moleculare (solubile) constituie gruparea cea mai numeroasă, care include toate tipurile de macromolecule: proteine, polizaharide, lipide, acizi nucleici. Antigenele corpusculare (“insolubile”) sunt reprezentate de virusuri şi de celule (procariote şi eucariote). Antigene moleculare Cele mai studiate antigene sunt proteinele şi polizaharidele, la care se adaugă conjugatele: glicoproteine, nucleoproteine, lipoproteine, peptidoglicani, glicolipide. Proteinele sunt cele mai numeroase şi mai importante antigene moleculare. Diversitatea lor chimică, generată de variaţia secvenţei de aminoacizi este uriaşă. Practic, fiecare tip de moleculă proteică nonself din lumea vie este un antigen pentru organismul animal şi uman, deoarece are o secvenţă unică de aminoacizi, care determină o structură secundară şi tridimensională proprie şi implicit, existenţa unor epitopi proprii ca secvenţă a aminoacizilor şi conformaţie spaţială. Imunogenitatea este o proprietate generală a proteinelor cu rol structural (colagenul, cheratina, elastina, fibroina viermelui de mătase, proteinele capsidei virale), funcţional (miozină, actină, albumină, hemoglobină, mioglobină, enzime, hormoni, imunoglobuline) sau de depozit de aminoacizi (ovalbumina, cazeina, gliadina – din seminţele de grâu). Toate proteinele şi polipeptidele cu o g.m. mai mare de 1000 Da sunt imunogene, într-o măsură mai mare sau mai mică. Proteinele fibrilare sunt insolubile în apă, proprietate conferită de proporţia mare de aminoacizi hidrofobi, atât în interiorul cât şi la suprafaţa proteinei Antigenitatea moleculelor globulare este determinată de epitopii conformaţionali, rezultaţi din plierea tridimensională*.