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Analyses bactériologiques

1. Introduction :

Il est aujourd’hui évident que l’eau est essentielle à bien des égards. Disposer d’une eau
potable et évacuer des eaux usées les moins polluées possibles constituent deux problèmes
majeurs de l’hygiène urbaine mais aussi de la plupart des industries alimentaires.
Les eaux destinées à l’alimentation humaine (boissons, préparation d’aliments etc.) ont des
origine diverses (eaux souterraines ou de surface).
La flore microbienne présente dans l’eau est très variée et dépend de l’origine de l’eau (eau de
captage ou de distribution, eau résiduaire etc.).

Parmi les principaux microorganismes susceptibles de se trouver dans l’eau on rencontre


essentiellement des germes normalement aquatiques, des germes telluriques et des germes
d’origine intestinale :

• Les bactéries vivant normalement dans l’eau sont surtout représentées par des bacilles ou
des vibrions Gram - (Vibrio, Pseudomonas, Acinetobacter, bactéries sulfato-réductrices ou
ferrugineuses, etc...) des bactéries Gram + (Streptomyces, Micrococcus, Corybacterium). Bon
nombre des bactéries typiquement aquatiques sont difficiles à cultiver au laboratoire et
requièrent des milieux très dilués ne cultivent pas ou peu sur les milieux ordinaires) et ont des
températures optimales de croissance de 20°C ou moins.
• Les germes telluriques sont surtout représentés par des germes sporulés comme par exemple
Clostridium, Bacillus ou des germes des genres Enterobacter ou Streptomyces.
• Les germes de contamination intestinale humaine ou animale sont souvent pathogènes
(Streptocoques D, entérobactéries dont Salmonella, Clostridium, Vibrio etc...). Ces bactéries
ne se multiplient pas dans l’eau “peu chargée” en matières organiques. Ces germes sont
“blessés” dans l’eau et leur culture nécessite souvent la revivifivation.

En dehors de ces microorganismes on peut signaler la présence éventuelle dans l’eau :


• d’algues microscopiques, de protozoaires et d’autres parasites animaux ou humains, des
virus (virus de la poliomyélite, hépatite virale, entérovirus, etc.).

La présence de microorganismes pathogènes dans l’eau est généralement la résultante d’une


contamination de la nappe ou de la rivière ou encore du lac. Une contamination “secondaire”
de l’eau de distribution peut intervenir avec des installations détériorées. Ces germes
pathogènes sont généralement peu résistants en milieu aqueux et leur survie n’est pas bonne :
les problèmes sanitaires qu’ils posent résultent alors de leur présence en nombre limité.

2. Les techniques de numérotation utilisées


En microbiologie alimentaire l’intérêt de l’étude à la fois quantitative et qualitative de la flore
présente dans un aliment est considérable. Bien que de nombreuses techniques de numération
soient utilisables, il n’existe pas à l’heure actuelle de technique parfaite. Certaines méthodes
ne permettent pas de différentier les germes vivants des germes morts, d’autres s’avèrent
incapables de compter individuellement les cellules microbiennes lorsque celles-ci sont
associées (Staphylococcus, Streptococcus , mycélium etc..) et permettent d’évaluer des unités
formant colonies (UFC) ou des unités formant trouble (UFT) ou de donner un nombre estimé
à partir de la table de Makcrady dans le

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2.1 Technique du nombre le plus probable : NPP
La technique du NPP fait appel à la méthode de fermentation en tubes multiples, au cours de
laquelle au moins trois dilutions décimales de l'échantillon sont ensemencées dans des
éprouvettes de bouillon et incubées à une température précise, pendant une période donnée.
La méthode du NPP, dérivée des études de Mac Grady, consiste à interpréter les résultats en
comparant les trois essais et leurs résultats. Il s’agit d’une interprétation probabiliste.

2.2 Méthode de filtration sur membrane


Cette méthode consiste à faire passer un certain volume d’échantillon ou de ses
dilutions au travers d’une membrane filtrante, dont la porosité moyenne est de 0,45 mm à 0,22
μm, sur laquelle sont retenus les microorganismes recherchés.
Après filtration, on rince l’entonnoir supérieur avec de l’eau distillée afin de récupérer la
totalité des germes et d’éliminer du filtre lui-même d’éventuels agents microbicides. Le filtre
est alors posé sur la surface sur un milieu gélosé spécifique du germe à rechercher, face
portant les micro-organismes vers le haut. Après incubation, comme dans le cas de la
numération en milieu gélosé, on compte les colonies formées à la surface du filtre.
3. Méthodes de recherche et dénombrement des micro-organismes dans l’eau brute
et l’eau traité.

3.1 Recherche et dénombrement des germes revivifiables

La recherche et le dénombrement des germes revivifiables se réalise à deux


températures différentes afin de cibler à la fois les micro-organismes à tendance psychrophiles
soit à 20° et ceux franchement mésophiles soit 37°C.

A partir de l’eau à analyser, porter aséptiquement 2 fois 1ml dans deux boites de Pétri
vides préparées à cet usage et numérotées comme l’indique le schéma n°1.

Compléter ensuite chacune des boites avec environ 20 ml de gélose TGEA fondue
puis refroidie à 45±1°C.

Faire ensuite des mouvements circulaires et de va-et-vient en forme de « 8 » pour


permettre à l’inoculum de se mélanger à la gélose, puis laisser solidifier sur paillasse.
Incubation :
 La première boite sera incubée, couvercle en bas à 20°C,
 La seconde sera incubée couvercle en bas à 37°C,
pendant 72 heures avec :
- première lecture à 24 heures ,
- deuxième lecture à 48 heures , et
- troisième lecture à 72 heures .

Lecture :
Les germes revivifiables se présentent dans les deux cas sous forme de colonies lenticulaires
poussant en masse.

Dénombrement :
Il s’agit de dénombrer toutes les colonies, en tenant compte deux remarques suivantes :
1. Ne dénombrer que les boites contenant entre 30 et 300 colonies,
2. Le résultat sera exprimé par millilitre d’eau à analyser à 22° et à 37°C.(UFC/ml)

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Recherche et dénombrement des germes revivifiables

Eau à
Analyser

1 ml 1ml

Ajouter environ 20 ml de gélose TGEA


Laisser solidifier sur paillasse
Ajouter une double couche ( 5 ml )

Incuber à 37°C pendant 72 heures

Dénombrer les colonies lenticulaires


en masse

Schéma n°1

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2.2 Recherche et dénombrement des Coliformes totaux et fécaux en milieux liquides dans
les eaux brutes

Les coliformes se présentent sous forme de Bacilles Gram négatifs (BGN), non
sporogènes, oxydase négative, aéro-anaérobies facultatifs, capables de croître en présence de
sels biliaires et capables de fermenter le lactose avec production d’acides et de gaz, en 24 à 48
heures à 37°C.
Les coliformes sont considérés comme indices de contamination fécale.

 Technique en milieu liquide de Bouillon Lauryl Sulfate de Tryptose

La technique en milieu liquide fait appel à deux tests consécutifs à savoir :


 le test de présomption : réservé à la recherche des Coliformes totaux.
 le test de confirmation : encore appelé test EC medium et réservé à la
recherche des Coliformes fécaux à partir des tubes positifs du test de
Présomption.

 Test de présomption.

A partir de l’eau à analyser, porter aséptiquement :

 3 fois 10 ml dans 3 tubes contenant 10 ml de milieu Bouillon Lauryl Sulfate de Tryptose


D/C muni d’une cloche de Durham
 3 fois 1 ml dans 3 tubes contenant 10 ml de milieu Bouillon Lauryl Sulfate de Tryptyse
S/C muni d’une cloche de Durham
 3 fois 0,1 ml dans 3 tubes contenant 10 ml de milieu Bouillon Lauryl Sulfate de Tryptose
S/C muni d’une cloche de Durham, comme l’indique le schéma n° 2.

Chassez le gaz présent éventuellement dans les cloches de Durham et bien mélanger le milieu
et l’inoculum.

Incubation :
L’incubation se fait à 37°C pendant 24 à 48 heures.
Lecture :
Sont considérés comme positifs les tubes présentant à la fois :
 un dégagement gazeux (supérieur au 1/10 de la hauteur de la cloche),
 La fermentation du lactose, qui se traduit par l’apparition de gaz dans les cloches de
Durham en moins de 48 heures, indique la présence de coliformes.
Ces deux caractères étant témoins de la fermentation du lactose dans les conditions
opératoires décrites.
La lecture finale se fait selon les prescriptions de la table du NPP qui figure en annexe.

 Test de confirmation

Le test de confirmation ou test de Mackensie est basé sur la recherche de Coliformes,


coliformes thermo tolérantes parmi lesquels on redoute surtout la présence d’Escherichia coli.
Les coliformes thermotolérants ont les mêmes propriétés de fermentation que les
coliformes mais à 44°C.
Escherichia coli est un coliforme thermo tolérante qui entre autre :

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- produit de l’indole à partir du tryptophane à 44°C,
- donne un résultat positif à l’essai au rouge de méthyl,
- ne produit pas de l’acéthyl méthyl carbinol,
- n’utilise pas le citrate comme source unique de carbone.

Pour les coliformes totaux le test de confirmation est effectué en milieu vert brillant :
Le bouillon lactosé bilié au vert brillant est utilisé pour les recherche et dénombrement des
coliformes, des coliformes thermotolérants et d’Escherichia coli (Test de Mackenzie) dans
les eaux d’alimentation.
La fermentation du lactose, qui se traduit par l’apparition de gaz dans les cloches de Durham)
en moins de 48 heures, indique la présence de coliformes.

Les tubes de milieu Bouillon Lauryl Sulfate de Tryptose trouvés positifs lors du
dénombrement des Coliformes totaux feront l’objet d’un repiquage à l’aide d’une anse
bouclée dans tube contenant le milieu EC medium muni d’une cloche de Durham, et aussi
dans un tube contenant le BLBVB comme l’indique le schéma n°3.

Chasser le gaz présent éventuellement dans les Cloches de Durham et bien mélanger le
milieu et l’inoculum.

Incubation :
L’incubation se fait cette fois-ci au bain marie à 44°C pendant 24 heures, pour les coliformes
fécaux et à 37°C pendant 48 heures pour les coliformes totaux.

Lecture :

Sont considérés comme positifs, les tubes présentant à la fois :


 un dégagement gazeux, et
 un anneau rouge en surface, témoin de la production d’indole par Escherichia Coli
après adjonction de 2 à 3 gouttes du réactif de Kowacs.

La lecture finale s’effectue également selon les prescriptions de la table du NPP en tenant
compte du fait qu’Escherichia Coli est à la fois producteur de gaz et d’indole à 44°C .

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Colimétrie en milieu liquide : Test de présomption

Eau à
Analyser

3 X10 ml 3 X 1 ml 3 X 0,1ml

BLST D/C BLST D/C BLST S/C

37°C, 24 à 48 heures

+ + + + + - - - -

3 2 0

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Colimétrie : Test de confirmation

Ensemencement des tubes positifs

Repiquage sur milieu EC medium pour Repiquage sur milieu BLBVB


Coliformes fécaux Coliformes totaux

Même chose :
+ - - + - Dénombrement des
tubes positifs
(troubles+ gaz)
1 1

Lecture sur la table de Mac craddy NPP/100ml

Schéma n°3

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2.3 Recherche et dénombrement des bactéries coliformes et d’E coli dans les eaux
traitées

La colimétrie par filtration est une méthode rapide, simple, normalisée mais nécessitant
la disponibilité d’une rampe de filtration.

 Tout d’abord, il faudrait stériliser un entonnoir à l’aide d’un bec bunsen.


 Le refroidir soit avec l’eau à analyser ou bien avec de l’eau distillée stérile.
 Mettre en place de façon aseptique une membrane de 0,45 µ entre la membrane poreuse et
l’entonnoir à l’aide d’une pince stérile.
 Fixer ce dernier avec la pince correspondante.
 Test présomptif :
Recherche des bactéries coliformes

 Remplir de façon aseptique l’entonnoir avec 100 ml d’eau à analyser.


 Actionner la pompe à vide pour permettre le passage de l’eau à travers la membrane.
 Retirer ensuite la membrane à l’aide d’une pince stérile et la placer dans une boite de Pétri
de 45 mm de diamètre contenant de la gélose TTC.
 Cette membrane sera incubée à 37°C, pendant 24 heures et servira à la recherche des
bactéries coliformes.

Recherche d’E coli.

 Remplir par la suite l’entonnoir avec 100 ml d’eau à analyser.


 Actionner de la même façon la pompe à vide pour permettre le passage de l’eau à travers
la membrane.
 Retirer ensuite la membrane à l’aide d’une pince stérile et la placer dans une boite de Pétri
de 45 mm de diamètre contenant de la gélose TTC.
 Cette deuxième membrane sera incubée à 44°C, pendant 24 heures et servira à la
recherche d’E. coli.

Lecture et interprétation

 Après 24 heures d’incubation, les bactéries coliformes et E coli apparaissent sous forme
de petites colonies jaunes ou orangées, lisses, légèrement bombées.
 Etant donné le caractère sélectif de la gélose TTC ; ne pousseront théoriquement que les
coliformes.
 Ne dénombrer que les boites refermant entre 30 et 300 colonies.
 Le nombre de colonies trouvées sera exprimé dans 100 ml d’eau à analyser.

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Colimétrie par filtration : Test de présomption

Filtration de 100 ml d’eau


Eau à
Analyser

Entonnoir
Membrane 0,45µ

Rampe de
filtration à
Pompe
3 postes

37°C 44°C

24 heures

Colonies typiques et les colonies atypiques

Après 24 heures d’incubation :


- à 37°C, en ce qui concerne la recherche des bactéries coliformes,
- à 44°C, en ce qui concerne la recherche d’E. coli.
Procéder au dénombrement de toutes les colonies typiques (jaunes avec halo jaune) et les
colonies atypiques (différentes couleurs morphologiques) et rapporter ce nombre à 100 ml
d’eau à analyser.

 Test confirmatif
Isolement sur milieu TSA
Après dénombrement des colonies caractéristiques, on procèdeà un isolement sur la gélose
TSA, qui est un milieu riche permettant le développement de la plupart des micro-organismes
susceptibles d’être rencontrés dans un aliment. Sa formule comprend une peptone riche en

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acide aminés libres et de l’extrait de levure. L’association de ces 2 constituants fournie au
milieu de nombreux facteurs de croissance.
Incubation
L’incubation se fait à 37°C pendant 12 heures.
Pour Ecoli
 Ensemencement sur eau peptonnée exempte d’indole
L’eau peptonée exempte d’indole permet la culture des germes ne présentant pas d’exigences
particulières. Ce milieu est surtout employé au cours du test de Mackenzie pour l’i
dentification d’Escherichia coli par la production d’indole.
 Incubation
L’incubation se fait cette fois-ci au bain marie à 44°C pendant 21 heures.
 Lecture
Après incubation des tubes inoculés, la présence d’indole est indiquée par l’apparition d’une
couleur rouge dans la phase alcoolique du réactif de Kovacs, ajouté à raison de 0,5 ml par
tube.
Pour les bactéries coliformes :
 Etalement d’une aliquote de la culture sur un papier filtre imbibé de 2 gouttes du
réactif à l’oxydase.
 L’appariation d’une coloration bleue/violet foncée dans les 30 secondes indique une
réaction positive,
 les colonies suspectes ne présentent pas cette coloration car elles sont oxydase-.

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Colimétrie par filtration : Test confirmatif

Colonies typiques et les colonies atypiques

Isolement sur milieu TSA


Et incubation à 37°C/24 heures

Pour E coli : Pour les bactéries coliformes :

Etalement d’une partie de la culture


sur un papier imprégné avec 2
gouttes du réactif de l’oxydase
Ensemencement sur eau peptonée
exempte d’indole

Incubation à 44°C/24heurs

Réaction de Kovacs l’absence d’une coloration bleu/violet


Confirme la présence des bactéries
Coliformes.
Nombre de
Coloration rouge è la surface de l’eau colonies
Confirme la présence d’E coli confirmés en
UFC/100 ml

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2.4 Recherche et dénombrement des Streptocoques fécaux en milieux liquides dans les
eaux brutes

Les Streptocoques fécaux ou Streptocoques du groupe D de la classification de


Lancefield , se présentent sous forme de coccie à Gram + , shériques à ovoïdes formant des
chaînettes , ne possédant pas de catalase mais possédant l’antigène du groupe D.

Ils sont capables de se développer en 24 à 48 heures à 37°C sur un milieu sélectif à


l’azoture de sodium en donnant des colonies caractéristiques réduisant le TTC et qui de plus
hydrolysent l’esculine en 48 heures à 44°C après repiquage d’une colonie sur une gélose
biliée à l’esculine.

Leur recherche et leur dénombrement peut se faire de la même manière que pour les
coliformes, c’est à dire à l’aide de deux méthodes distinctes selon la disponibilité ou non
d’une rampe de filtration et seuls les milieux de culture changent.

Méthode de recherche en milieu liquide

Tout comme la méthode de recherche des coliformes en milieu liquide, celle de la recherche
et le dénombrement des Streptocoques fécaux fait appel à deux tests consécutifs à savoir :
 le test de présomption
 le test de confirmation : réservé à la confirmation réelle des Streptocoques fécaux à partir
des tubes positifs du test de présomption .

 Test de présomption .

A partir de l’eau à analyser, porter aséptiquement :

 10 ml dans un flacon contenant 10 ml de milieu ROTHE D/C,


 3 fois 1 ml dans 3 tubes contenant 10 ml de milieu ROTHE S/C,
 3 fois 0,1 ml dans 3 tubes contenant 10 ml de milieu ROTHE S/C, comme l’indique le
schéma n° 5.

Bien mélanger le milieu et l’inoculum .

Incubation :
L’incubation se fait à 37°C pendant 24 à 48 heures .

Lecture :

Sont considérés comme positifs les tubes présentant un trouble microbien, seulement ces
derniers :
- ne doivent en aucun cas faire l’objet de dénombrement
- doivent par contre, absolument faire l’objet d’un repiquage sur milieu LITSKY EVA dans
le but d’être confirmés.

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 Test de confirmation .

Le test de confirmation est basé sur la confirmation des Streptocoques fécaux


éventuellement présents dans le test de présomption.

Les tubes de ROTHE trouvés positifs feront donc l’objet d’un repiquage à l’aide d’une öse
bouclée dans tube contenant le milieu LITSKY EVA, comme l’indique le schéma n°6.
Bien mélanger le milieu et l’inoculum .

Incubation :
L’incubation se fait cette fois-ci à 37°C, pendant 24 heures .

Lecture :

Sont considérés comme positifs , les tubes présentant à la fois :


 un trouble microbien, et
 une pastille violette (blanchâtre) au fond des tubes.

La lecture finale s’effectue également selon les prescriptions de la table du NPP qui figure
en annexe.

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Streptométrie : Test de présomption

Eau à
Analyser

3 X 10 ml 3 X 1 ml 3 X 0,1 ml

ROTHE D/C ROTHE S/C ROTHE S/C

37°C, 24 à 48 heures

Schéma n°5.

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Streptométrie : Test de confirmation

Repiquage Repiquage
sur milieu Eva -litsky sur milieu Eva-litsky

37°C , 24 heures

+ + - + -

2 1 0

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Schéma n°6

2.5 Recherche et dénombrement des entérocoques intestinaux dans les eaux traitées

La streptométrie par filtration est tout comme la colimétrie par filtration une méthode
rapide, simple, normalisée mais nécessitant la disponibilité d’une rampe de filtration.

 Test de présomption
 Tout d’abord, il faudrait stériliser un entonnoir à l’aide d’un bec bunsen.

 Le refroidir soit avec l’eau à analyser ou bien avec de l’eau distillée stérile.

 Mettre en place de façon aseptique une membrane de 0,45 µ entre la membrane poreuse et
l’entonnoir à l’aide d’une pince stérile.

 Fixer ce dernier avec la pince correspondante.

 Remplir de façon aseptique l’entonnoir avec 100 ml d’eau à analyser.

 Actionner la pompe à vide pour permettre le passage de l’eau à travers la membrane.

 Retirer ensuite la membrane à l’aide d’une pince stérile et la placer dans une boite de Pétri
de 45 mm de diamètre contenant de la gélose SLANETZ et BARTLEY.

 Cette membrane sera incubée à 37°C, pendant 24 heures.

Lecture et interprétation

 Après 24 heures d’incubation, les streptocoques fécaux apparaissent sous forme de petites
colonies rouges, marron ou roses, lisses, légèrement bombées.

 Etant donné le caractère sélectif de la gélose SLANETZ ; ne pousseront théoriquement


que les streptocoques fécaux.

 Ne dénombrer que les boites refermant entre 15 et 300 colonies.

 Le nombre de colonies trouvées sera exprimé dans 100 ml d’eau à analyser.

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Streptométrie par filtration : Test de présomption

Filtration de 100 ml d’eau


Eau à
Analyser

Entonnoir
Membrane 0,45µ

Rampe de
filtration à
Pompe
3 postes

37°C, 24 heures

Colonies rouge, marron ou roses

Schéma n°7

 Test de confirmation.

Le test de confirmation est basé sur la confirmation des entérocoques intestinaux


éventuellement présents dans le test de présomption.

S’il y a des colonies typiques sur les membranes utilisées pour le dénombrement de la gélose
de Slanetz et Bartley, transférer celles-ci avec les colonies sur des boîtes de milieu BEA,
préchauffé à 44°C.

Incubation :

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L’incubation se fait cette fois-ci à 44°C, pendant 2 heures.

Lecture :
Considérer comme positives, toutes les colonies donnant une couleur brune à noire dans le
milieu.
Les compter comme entérocoques intestinaux, et rapporter le total des colonies à 100 ml
d’eau à analyser (Nombre de colonies typiques confirmées en/100ml)

Streptométrie par filtration : Test de présomption

Colonies typiques

Transfert de la membrane sur boite contenant le milieu BEA

Incubation à 44°C/2 heure

Dénombrement des colonies noir brun

Nombre de
colonies
confirmés en
UFC/100 ml

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2.6 Recherche et dénombrement des spores d’Anaérobies Sulfito-Réducteurs

Les anaérobies sulfito-réducteurs (ASR) se présentent sous forme de bactéries Gram +,


se développant en 24 à 48 heures sur une gélose Viande Foie en donnant des colonies
typiques réduisant le sulfite de sodium (Na2SO3) qui se trouve dans le milieu, en sulfure qui
en présence de Fe2+ donne FeS (sulfure de fer ) de couleur noire.
Les spores des ASR constituent généralement des indices de contamination ancienne.
A partir de l’eau à analyser :

 prendre environ 25 ml dans un tube stérile, qui sera par la suite soumis à un
chauffage de l’ordre de 80°C pendant 8 à 10 minutes, dans le but de détruire toutes
les formes végétatives des ASR éventuellement présentes.
 Après chauffage, refroidir immédiatement le tube en question, sous l’eau de
robinet.
 Mettre en place de façon aseptique une membrane de 0,2 µ entre la membrane
poreuse et l’entonnoir à l’aide d’une pince stérile.
 Fixer ce dernier avec la pince correspondante.
 Remplir de façon aseptique l’entonnoir avec 100 ml d’eau à analyser.
 Actionner la pompe à vide pour permettre le passage de l’eau à travers la
membrane.

 Retirer ensuite la membrane à l’aide d’une pince stérile et la placer renversée dans
une boite de Pétri de 45 mm de diamètre.
 Verser sur la membrane 18 ml du milieu liquéfié entier (avec supplément D-
cyclosérine) préalablement refroidie à 50°C.
Lecture :
 Les entérocoques se présentent sous forme de petites colonies translucides
entourées d’un halo noir. Les staphylocoques et les levures peuvent donner des
colonies opaques sans halo noir. Il est indispensable d’identifier les
microorganismes suspects, notamment pour écarter toute confusion avec les
Listeria qui peuvent donner des colonies similaires à celles des entérocoques.
 Dénombrer toute colonie noire de 0,5 mm de diamètre, poussant en masse.
Interprétation des résultats .

Il est donc impératif de repérer et de dénombrer toutes les colonies noires poussant en masse
et de rapporter le total des colonies à 20 ml d’eau à analyser.

N = UFC/100ml = nombre de colonies dénombrées et confirméesx100


Volume de l’échantillon analysé en ml

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CSR Par filtration

Chauffage à 80°C, 10 minutes au bain marie.


Refroidissement brutal sous l’eau de robinet
Puis Filtration de 100 ml d’eau
Eau à
Analyser

Entonnoir
Membrane 0,2µ

Rampe de
Pompe filtration à
3 postes

Placer la membrane renversée dans une boite de pétri stérile


Ajouter environ 15 ml de gélose BEA fondue puis refroidie à 45  1°C
Laisser solidifier puis incuber à 37°C, pendant 24 heures et 48 heures

Clostridium Sulfito-reducteurs

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