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1. Introduction :
Il est aujourd’hui évident que l’eau est essentielle à bien des égards. Disposer d’une eau
potable et évacuer des eaux usées les moins polluées possibles constituent deux problèmes
majeurs de l’hygiène urbaine mais aussi de la plupart des industries alimentaires.
Les eaux destinées à l’alimentation humaine (boissons, préparation d’aliments etc.) ont des
origine diverses (eaux souterraines ou de surface).
La flore microbienne présente dans l’eau est très variée et dépend de l’origine de l’eau (eau de
captage ou de distribution, eau résiduaire etc.).
• Les bactéries vivant normalement dans l’eau sont surtout représentées par des bacilles ou
des vibrions Gram - (Vibrio, Pseudomonas, Acinetobacter, bactéries sulfato-réductrices ou
ferrugineuses, etc...) des bactéries Gram + (Streptomyces, Micrococcus, Corybacterium). Bon
nombre des bactéries typiquement aquatiques sont difficiles à cultiver au laboratoire et
requièrent des milieux très dilués ne cultivent pas ou peu sur les milieux ordinaires) et ont des
températures optimales de croissance de 20°C ou moins.
• Les germes telluriques sont surtout représentés par des germes sporulés comme par exemple
Clostridium, Bacillus ou des germes des genres Enterobacter ou Streptomyces.
• Les germes de contamination intestinale humaine ou animale sont souvent pathogènes
(Streptocoques D, entérobactéries dont Salmonella, Clostridium, Vibrio etc...). Ces bactéries
ne se multiplient pas dans l’eau “peu chargée” en matières organiques. Ces germes sont
“blessés” dans l’eau et leur culture nécessite souvent la revivifivation.
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2.1 Technique du nombre le plus probable : NPP
La technique du NPP fait appel à la méthode de fermentation en tubes multiples, au cours de
laquelle au moins trois dilutions décimales de l'échantillon sont ensemencées dans des
éprouvettes de bouillon et incubées à une température précise, pendant une période donnée.
La méthode du NPP, dérivée des études de Mac Grady, consiste à interpréter les résultats en
comparant les trois essais et leurs résultats. Il s’agit d’une interprétation probabiliste.
A partir de l’eau à analyser, porter aséptiquement 2 fois 1ml dans deux boites de Pétri
vides préparées à cet usage et numérotées comme l’indique le schéma n°1.
Compléter ensuite chacune des boites avec environ 20 ml de gélose TGEA fondue
puis refroidie à 45±1°C.
Lecture :
Les germes revivifiables se présentent dans les deux cas sous forme de colonies lenticulaires
poussant en masse.
Dénombrement :
Il s’agit de dénombrer toutes les colonies, en tenant compte deux remarques suivantes :
1. Ne dénombrer que les boites contenant entre 30 et 300 colonies,
2. Le résultat sera exprimé par millilitre d’eau à analyser à 22° et à 37°C.(UFC/ml)
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Recherche et dénombrement des germes revivifiables
Eau à
Analyser
1 ml 1ml
Schéma n°1
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2.2 Recherche et dénombrement des Coliformes totaux et fécaux en milieux liquides dans
les eaux brutes
Les coliformes se présentent sous forme de Bacilles Gram négatifs (BGN), non
sporogènes, oxydase négative, aéro-anaérobies facultatifs, capables de croître en présence de
sels biliaires et capables de fermenter le lactose avec production d’acides et de gaz, en 24 à 48
heures à 37°C.
Les coliformes sont considérés comme indices de contamination fécale.
Test de présomption.
Chassez le gaz présent éventuellement dans les cloches de Durham et bien mélanger le milieu
et l’inoculum.
Incubation :
L’incubation se fait à 37°C pendant 24 à 48 heures.
Lecture :
Sont considérés comme positifs les tubes présentant à la fois :
un dégagement gazeux (supérieur au 1/10 de la hauteur de la cloche),
La fermentation du lactose, qui se traduit par l’apparition de gaz dans les cloches de
Durham en moins de 48 heures, indique la présence de coliformes.
Ces deux caractères étant témoins de la fermentation du lactose dans les conditions
opératoires décrites.
La lecture finale se fait selon les prescriptions de la table du NPP qui figure en annexe.
Test de confirmation
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- produit de l’indole à partir du tryptophane à 44°C,
- donne un résultat positif à l’essai au rouge de méthyl,
- ne produit pas de l’acéthyl méthyl carbinol,
- n’utilise pas le citrate comme source unique de carbone.
Pour les coliformes totaux le test de confirmation est effectué en milieu vert brillant :
Le bouillon lactosé bilié au vert brillant est utilisé pour les recherche et dénombrement des
coliformes, des coliformes thermotolérants et d’Escherichia coli (Test de Mackenzie) dans
les eaux d’alimentation.
La fermentation du lactose, qui se traduit par l’apparition de gaz dans les cloches de Durham)
en moins de 48 heures, indique la présence de coliformes.
Les tubes de milieu Bouillon Lauryl Sulfate de Tryptose trouvés positifs lors du
dénombrement des Coliformes totaux feront l’objet d’un repiquage à l’aide d’une anse
bouclée dans tube contenant le milieu EC medium muni d’une cloche de Durham, et aussi
dans un tube contenant le BLBVB comme l’indique le schéma n°3.
Chasser le gaz présent éventuellement dans les Cloches de Durham et bien mélanger le
milieu et l’inoculum.
Incubation :
L’incubation se fait cette fois-ci au bain marie à 44°C pendant 24 heures, pour les coliformes
fécaux et à 37°C pendant 48 heures pour les coliformes totaux.
Lecture :
La lecture finale s’effectue également selon les prescriptions de la table du NPP en tenant
compte du fait qu’Escherichia Coli est à la fois producteur de gaz et d’indole à 44°C .
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Colimétrie en milieu liquide : Test de présomption
Eau à
Analyser
3 X10 ml 3 X 1 ml 3 X 0,1ml
37°C, 24 à 48 heures
+ + + + + - - - -
3 2 0
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Colimétrie : Test de confirmation
Même chose :
+ - - + - Dénombrement des
tubes positifs
(troubles+ gaz)
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Schéma n°3
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2.3 Recherche et dénombrement des bactéries coliformes et d’E coli dans les eaux
traitées
La colimétrie par filtration est une méthode rapide, simple, normalisée mais nécessitant
la disponibilité d’une rampe de filtration.
Lecture et interprétation
Après 24 heures d’incubation, les bactéries coliformes et E coli apparaissent sous forme
de petites colonies jaunes ou orangées, lisses, légèrement bombées.
Etant donné le caractère sélectif de la gélose TTC ; ne pousseront théoriquement que les
coliformes.
Ne dénombrer que les boites refermant entre 30 et 300 colonies.
Le nombre de colonies trouvées sera exprimé dans 100 ml d’eau à analyser.
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Colimétrie par filtration : Test de présomption
Entonnoir
Membrane 0,45µ
Rampe de
filtration à
Pompe
3 postes
37°C 44°C
24 heures
Test confirmatif
Isolement sur milieu TSA
Après dénombrement des colonies caractéristiques, on procèdeà un isolement sur la gélose
TSA, qui est un milieu riche permettant le développement de la plupart des micro-organismes
susceptibles d’être rencontrés dans un aliment. Sa formule comprend une peptone riche en
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acide aminés libres et de l’extrait de levure. L’association de ces 2 constituants fournie au
milieu de nombreux facteurs de croissance.
Incubation
L’incubation se fait à 37°C pendant 12 heures.
Pour Ecoli
Ensemencement sur eau peptonnée exempte d’indole
L’eau peptonée exempte d’indole permet la culture des germes ne présentant pas d’exigences
particulières. Ce milieu est surtout employé au cours du test de Mackenzie pour l’i
dentification d’Escherichia coli par la production d’indole.
Incubation
L’incubation se fait cette fois-ci au bain marie à 44°C pendant 21 heures.
Lecture
Après incubation des tubes inoculés, la présence d’indole est indiquée par l’apparition d’une
couleur rouge dans la phase alcoolique du réactif de Kovacs, ajouté à raison de 0,5 ml par
tube.
Pour les bactéries coliformes :
Etalement d’une aliquote de la culture sur un papier filtre imbibé de 2 gouttes du
réactif à l’oxydase.
L’appariation d’une coloration bleue/violet foncée dans les 30 secondes indique une
réaction positive,
les colonies suspectes ne présentent pas cette coloration car elles sont oxydase-.
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Colimétrie par filtration : Test confirmatif
Incubation à 44°C/24heurs
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2.4 Recherche et dénombrement des Streptocoques fécaux en milieux liquides dans les
eaux brutes
Leur recherche et leur dénombrement peut se faire de la même manière que pour les
coliformes, c’est à dire à l’aide de deux méthodes distinctes selon la disponibilité ou non
d’une rampe de filtration et seuls les milieux de culture changent.
Tout comme la méthode de recherche des coliformes en milieu liquide, celle de la recherche
et le dénombrement des Streptocoques fécaux fait appel à deux tests consécutifs à savoir :
le test de présomption
le test de confirmation : réservé à la confirmation réelle des Streptocoques fécaux à partir
des tubes positifs du test de présomption .
Test de présomption .
Incubation :
L’incubation se fait à 37°C pendant 24 à 48 heures .
Lecture :
Sont considérés comme positifs les tubes présentant un trouble microbien, seulement ces
derniers :
- ne doivent en aucun cas faire l’objet de dénombrement
- doivent par contre, absolument faire l’objet d’un repiquage sur milieu LITSKY EVA dans
le but d’être confirmés.
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Test de confirmation .
Les tubes de ROTHE trouvés positifs feront donc l’objet d’un repiquage à l’aide d’une öse
bouclée dans tube contenant le milieu LITSKY EVA, comme l’indique le schéma n°6.
Bien mélanger le milieu et l’inoculum .
Incubation :
L’incubation se fait cette fois-ci à 37°C, pendant 24 heures .
Lecture :
La lecture finale s’effectue également selon les prescriptions de la table du NPP qui figure
en annexe.
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Streptométrie : Test de présomption
Eau à
Analyser
3 X 10 ml 3 X 1 ml 3 X 0,1 ml
37°C, 24 à 48 heures
Schéma n°5.
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Streptométrie : Test de confirmation
Repiquage Repiquage
sur milieu Eva -litsky sur milieu Eva-litsky
37°C , 24 heures
+ + - + -
2 1 0
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Schéma n°6
2.5 Recherche et dénombrement des entérocoques intestinaux dans les eaux traitées
La streptométrie par filtration est tout comme la colimétrie par filtration une méthode
rapide, simple, normalisée mais nécessitant la disponibilité d’une rampe de filtration.
Test de présomption
Tout d’abord, il faudrait stériliser un entonnoir à l’aide d’un bec bunsen.
Le refroidir soit avec l’eau à analyser ou bien avec de l’eau distillée stérile.
Mettre en place de façon aseptique une membrane de 0,45 µ entre la membrane poreuse et
l’entonnoir à l’aide d’une pince stérile.
Retirer ensuite la membrane à l’aide d’une pince stérile et la placer dans une boite de Pétri
de 45 mm de diamètre contenant de la gélose SLANETZ et BARTLEY.
Lecture et interprétation
Après 24 heures d’incubation, les streptocoques fécaux apparaissent sous forme de petites
colonies rouges, marron ou roses, lisses, légèrement bombées.
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Streptométrie par filtration : Test de présomption
Entonnoir
Membrane 0,45µ
Rampe de
filtration à
Pompe
3 postes
37°C, 24 heures
Schéma n°7
Test de confirmation.
S’il y a des colonies typiques sur les membranes utilisées pour le dénombrement de la gélose
de Slanetz et Bartley, transférer celles-ci avec les colonies sur des boîtes de milieu BEA,
préchauffé à 44°C.
Incubation :
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L’incubation se fait cette fois-ci à 44°C, pendant 2 heures.
Lecture :
Considérer comme positives, toutes les colonies donnant une couleur brune à noire dans le
milieu.
Les compter comme entérocoques intestinaux, et rapporter le total des colonies à 100 ml
d’eau à analyser (Nombre de colonies typiques confirmées en/100ml)
Colonies typiques
Nombre de
colonies
confirmés en
UFC/100 ml
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2.6 Recherche et dénombrement des spores d’Anaérobies Sulfito-Réducteurs
prendre environ 25 ml dans un tube stérile, qui sera par la suite soumis à un
chauffage de l’ordre de 80°C pendant 8 à 10 minutes, dans le but de détruire toutes
les formes végétatives des ASR éventuellement présentes.
Après chauffage, refroidir immédiatement le tube en question, sous l’eau de
robinet.
Mettre en place de façon aseptique une membrane de 0,2 µ entre la membrane
poreuse et l’entonnoir à l’aide d’une pince stérile.
Fixer ce dernier avec la pince correspondante.
Remplir de façon aseptique l’entonnoir avec 100 ml d’eau à analyser.
Actionner la pompe à vide pour permettre le passage de l’eau à travers la
membrane.
Retirer ensuite la membrane à l’aide d’une pince stérile et la placer renversée dans
une boite de Pétri de 45 mm de diamètre.
Verser sur la membrane 18 ml du milieu liquéfié entier (avec supplément D-
cyclosérine) préalablement refroidie à 50°C.
Lecture :
Les entérocoques se présentent sous forme de petites colonies translucides
entourées d’un halo noir. Les staphylocoques et les levures peuvent donner des
colonies opaques sans halo noir. Il est indispensable d’identifier les
microorganismes suspects, notamment pour écarter toute confusion avec les
Listeria qui peuvent donner des colonies similaires à celles des entérocoques.
Dénombrer toute colonie noire de 0,5 mm de diamètre, poussant en masse.
Interprétation des résultats .
Il est donc impératif de repérer et de dénombrer toutes les colonies noires poussant en masse
et de rapporter le total des colonies à 20 ml d’eau à analyser.
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CSR Par filtration
Entonnoir
Membrane 0,2µ
Rampe de
Pompe filtration à
3 postes
Clostridium Sulfito-reducteurs
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