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• Connaître
1
Objectifs pédagogiques spécifiques :
• Chaque chapitre traite une catégorie de virus
importants en médecine humaine.
– Unité structurale: virus d’une même famille
– Unité nosologique: virus provoquant des syndromes
similaires ou voisins
2
Cours de virologie. Pr. L. LOUZI.
Durée totale : 14 heures (7 x 2h)
• Structure et réplication des virus : 2h
• Les Herpesvirus : 2h
• Les Rétrovirus : 2h
• Les virus des hépatites : 2h
• Les virus respiratoires : 2h
• Entérovirus et virus des gastroentérites : 2h
• Autres virus d’intérêt médical (Au choix. Ex :
virus de la rage et virus de la rubéole) : 2h
• Séance de révision : 2h
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Sanction des cours :
• Les cours seront sanctionnés par un examen
(en commun avec la bactériologie et
l’immunologie).
• La note affectée à la virologie sera déterminée
en commun accord avec les autres enseignants.
• Quant aux modalités d’examen, seront
associées:
– des questions rédactionnelles
– des QROC
– et des QCM
• Quantité et Barème en rapport avec la note
globale de microbiologie et le temps impartis.
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Chapitre 1
Structure et réplication
des virus.
Cours de Virologie
2°A Médecine, FMPM, 2009-10
Pr. L. LOUZI
5
Plan:
1. Définition d’un virus
2. Structure
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1. Définition d’un virus:
7
Définition du virion:
• Virion = particule virale.
8
Caractères définissant les virus :
1. un seul type d'acide nucléique (ADN ou bien ARN)
2. Structure
• Ce génome peut-être:
– Monocaténaire (à simple brin ou single strand = ss)
– ou bicaténaire (à double brin ou doubble strand =ds).
– Linéaire ou circulaire (DNA)
– Linéaire, Segmenté ou non segmenté (RNA)
12
2.1. Génome:
• Les virus à RNA sont particulièrement sujets aux
variations génétiques (VIH, VHC, par exemple),
contrairement aux virus à DNA, plus stables.
13
14
15
2.2. Capside:
• Étymologie: du mot grec, kapsa (καψα) = boite.
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2.2.1. Nucléocapside cubique:
• C’est un ICOSAÈDRE :
polyèdre à:
– 20 faces qui sont des triangles
équilatéraux,
– 30 arêtes
– 12 sommets.
18
2.2.2. Nucléocapside tubulaire ou
hélicoïdale:
• La nucléocapside = la
structure compacte formée
par l’assemblage de
capsomères formant la
capside autour du génome
• La nucléocapside hélicoïdale
est un tube enroulé en
peloton
VMT
19
20
2.3. Enveloppe ou péplos:
• Du grec πεπλοσ signifiant manteau, c’est
l’élément le plus externe de certains virus
(dits enveloppés).
21
2.3. Enveloppe ou péplos:
• Souple car dérivée des membranes cellulaires,
cytoplasmiques ou nucléaires.
22
Conséquences sur la résistance des virus:
– Dessiccation
23
Conséquences sur la résistance des virus:
24
Il existe des exceptions:
25
Plan:
2. Structure
29
3.3. Cas particuliers:
• Les Coronavirus du Rhume sont éliminés dans
les selles ; celui du SARS aussi !
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Plan:
1. Définition d’un virus
2. Structure
31
4.1. Bases de la classification des virus:
32
4.2. Classification simplifiée des virus
4.3.1. Virus à DNA
Virus à péplos Virus sans péplos
= Virus herpétiques
• Herpes simplex virus 1 & 2 (HSV 1 •Adénovirus
& 2) •Papillomavirus
• Herpesvirus varicellæ (VZV) •Polyomavirus
• Cytomégalovirus (CMV) •Parvovirus
• v. Epstein-Barr (virus EB)
• 6e, 7e et 8e herpesvirus humains
. Poxvirus (enveloppe spéciale)
. Herpesvirus simiæ (virus B)*
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Classification selon le génome ADN:
Linéaire Parvoviridae
Monocaténaire (Parvovirus B19)
Linéaire
Adénoviridae
(ADV)
Virus à ADN
Herpesviridae
Bicaténaire (HSV, CMV, EBV)
Circulaire Polyomaviridae
(JCV, BKV)
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4.3.2. Virus à RNA
4.3.2.1: Virus enveloppés:
• Orthomyxoviridae • Arenaviridae
– influenzavirus A, B, C – Virus de la
chorioméningite
• Paramyxoviridae
– Virus de la fièvre de
– Virus parainfluenza Lassa*
– Virus des oreillons
• Filoviridae :
– Virus de la rougeole
– Virus Marburg*
– Virus respiratoire syncytial
– Virus EBOLA*
• Coronavirus • Bunyaviridae
• Lyssavirus: – Virus Hantaan
– Virus de la rage*
• Retroviridae
• Togavirus – HTLV-1 et 2
– Virus de la Rubéole – HIV-1 et 2*
• Flavivirus: • VHD (enveloppe du HBV°
– Virus de l’hépatite C (HCV)
• Picornavirus • Astrovirus
– Entérovirus
• Poliovirus 1/ 2 / 3
• Rotavirus
• Entérovirus
• Coxsackievirus (∼ 30)
• Échovirus (∼ 30) • Calicivirus
– Hépatovirus = Virus de
l’hépatite A (HAV) • Virus de l’hépatite E
– Rhinovirus.
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Classification selon le génome ARN:
Picornaviridae
Uni (Enterovirus, HAV, Rhinovirus)
Flaviviridae (HCV)
Monocaténaire Orthomyxoviridae
(Influenzavirus)
Segmenté
Bunyaviridae
(FHCC, Hantavirus)
Diploïde Retroviridae
(HIV, HTLV)
Segmenté Reoviridae
Bicaténaire (Rotavirus)
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4.3. Morphologie des virus:
DNA VIRUSES
Parvoviridae
Poxviridae
Papovaviridae
38
Orthomyxoviridae
39
Plan:
1. Définition d’un virus
2. Structure
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5.1. Conditions à la multiplication:
• 2. La matière première :
– Acides aminés,
– Sels minéraux,
– Désoxynucléotides triphosphates,
41
5.1. Conditions à la multiplication:
• 3. des sources d’énergie.
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5.2. étapes du cycle de réplication virale:
1 5
43
5.2.1. Etapes initiales:
5.2.1.1. Adsorption / Attachement /
Fixation / Adhésion
44
Exemple de protéines portant des sites
spécifiques viraux d’attachement aux
cellules
Virus Protéine (structure virale)
HIV gp 120 (enveloppe)
45
Exemple de récepteurs cellulaires (Rc)
aux virus
Cell / tissu Rc cellulaire
Virus
cible (co- Rc)
HIV LT + CD4 (CXCR4)
Macrophages CD4 (CCR5)
EBV Ly. B CD21
Influenzavirus Epith. Acide sialique
Respiratoire
Nbx tissus Héparane-
HSV1
cibles sulfate
46
5.2.1.2. Pénétration
3 mécanismes guidés par des récepteurs
cellulaires pour internaliser les virus:
Mécanisme Virus
Endocytose (≈phagocytose)
ADV
•Puis décapsidation si virus nu
Influenza virus
•Puis fusion et décapsidation si virus
enveloppé
Translocation directe à travers la
membrane plasmique Poliovirus
(traversée)
Paramyxoviridae
Fusion entre enveloppe virale et
HSV
membrane plasmique
HIV
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Ex: Virus internalisé
Par un mécanisme
D'endocytose.
> 15 h
5- 10 h
48
5.2.1.3 Décapsidation:
• Après pénétration, les structures virales sont
détruites, à l’exception du génome,
49
5.2.2. Étapes tardives
5.2.2.1. Réplication proprement dite:
50
Mécanismes généraux de réplication:
• Virus à RNA+ :
3
ARNm transcription
51
Cas des rétrovirus:
• Virus des sarcomes et
leucémies animales,
HTLV et HIV
ARN
RTase
– il y a rétrotranscription
du génome à RNA en ADN
complémentaire ou cDNA ARN/ADNc
par la transcriptase RTase
virale dite inverse: la
rétrotranscriptase ADN2b
RTase. RTase
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Virus à RNA(-) :
• le génome est un RNA qui ne peut tel quel servir de messager =>
tjrs associé à RNApolymérase.
ARN viral
ARNm
ARN polymé
polymérase virionique
Protéines NS
S ARN+ antigénomique (matrice)
ARN polymé
polymérase nouvelle
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virus à DNA:
• Le cycle passe nécessairement par une
phase de transcription.
ARNm précoces
Protéines précoces
ADN viral
NS
DNApol
ARNm tardifs
ADN néoformé Protéines structurales
Nouveaux virions
54
Exemple des Herpesviridae
55
Cas du VHB (HBV):
ADN polymérase
1
virionique
5
ARN+ génomique
4
ADN 2b Transcription
ARNm Protéines S
Épisome ou intégré 2
3 Protéine C
aux chromosomes
Protéine P
56
Récapitulatif sur les modalités de réplication virale
57
5.2.2.2. Maturation des protéines virales:
• La synthèse des différentes protéines virales passe, pour
certains virus,
58
5.2.2.3. Assemblage:
• Les nouveaux génomes synthétisés dans la
cellule infectée s’entourent de protéines virales
nouvelles
59
5.2.2.4. Libération:
• Ces nouveaux virus sont re-largués hors de la cellule:
– Par exocytose
60
Plan:
1. Définition d’un virus
2. Structure
61
6.1. Mort de la cellule:
• La cellule meurt
– soit par nécrose parce que les synthèses cellulaires ayant été
gravement perturbées par les virus,
62
6.2. Tolérance de l’infection:
63
6.3. Transformation cellulaire maligne:
• Oncogenèse virale:
64
Plan:
1. Définition d’un virus
2. Structure
65
7.1. Genèse de l’infection virale:
VIRUS L’HUMAIN
Agent Organisme
agresseur: agressé:
66
7.2. Réponse de l’hôte.
Barrières physico-chimiques:
• LA PEAU.
• LES MUQUEUSES.
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7.3. Immunité naturelle, innée:
• Elle est non spécifique, large, distinguant seulement entre
self et non-self, étant dirigée contre ce dernier.
– préexistant à l’infection,
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7.3.1. Acteurs de l’immunité naturelle:
• Diverses CYTOKINES:
– dont les INTERFÉRONS = glycoprotéines à PM = de 17 à 35 KD
– IFN alpha (leucocytes) et bêta (fibroblastes) sont produits pour
protéger les cellules non encore infectées.
– IFN gamma: produit par les Ly T4, Ly T8, Cellules NK sous l’effet
d’antigènes => activation des cellules immunitaires (NK, Ly, MPh) =>
IFN immun
• Cellules sentinelles:
– présentant les Ag aux Lymphocytes (CPAg):
– Macrophages, cellules dendritiques, …
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7.3.2. Interférons:
• Les IFN sont des glycoprotéines dont le PM varient de 17 à
35 KD
70
7.3.2. Interférons:
71
7.3.2. Interférons:
• L’IFNα
72
Mécanisme et actions des IFN
73
Mécanisme et actions des IFN
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Récepteur
IFNa
jak1
STAT1 jak2
STAT2
P
P STAT1
STAT2
Noyau P48
P
STAT1P/STAT2P/P48 complexe STAT1
= ISGF3 P
STAT1
ISRE
ADN P
STAT1
ISRE = séquence d’insertion des produits de P
STAT1
réponse à l’IFNa
ADN GASIR
GASIR= séquence de réponse à l’IFNg
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Utilisation des IFN en thérapeutique
– Papillomes laryngés
76
Utilisation des IFN en thérapeutique
• Leucémie à tricholeucocytes,
• Leucémie myéloïde chronique,
• Lymphomes folliculaires,
• Sarcome de Kaposi associé au sida (rôle du HHV 8),
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7.4. L’immunité acquise, spécifique:
• Les cellules effectrices sont, pour l’essentiel,
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Mise en place de l’immunité spécifique:
• La mise en place de l’immunité acquise demande un délai
de plusieurs jours ou semaines.
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7.5. Immunodépression et infections
virales:
• Dans tous les cas:
80
CONCLUSION
•La structure virale
* Le type d’acides nucléique du génome viral.
* La polarité (+) ou (–) des virus à ARN
* Nature enveloppé ou nu du virus
gouverne les modalité de transmission et la cascade d’étapes qui
constituent le cycle de réplication virale
•L’infection d’une cellule par un virus, aboutit à sa lyse ou à sa
transformation
* La cellule infectée par un virus produit des substances de
défense antivirale comme les interférons