BIOQUIMICA I

BIOSÍNTESIS DE PROTEÍNAS
y
CONTROL DE LA
EXPRESIÓN GÉNICA
Prof. Sergio Lobos Camus

slobos@uchile.cl

Texto Guía: Lewin’s GENES XI (2014)

 Estructura del DNA

T A
2 puentes
de H

C G
3 puentes
de H

S Lobos C - U de Chile
Complementariedad entre purinas y pirimidinas

2 puentes
de H

3 puentes
de H
Cuando se realiza la hidrólisis completa de los ácidos nucleicos, se
obtienen tres tipos de componentes principales:
•Azúcar, en concreto una pentosa.
•Bases nitrogenadas: púricas y pirimidínicas.
•Ácido fosfórico.

El azúcar, en el caso de los ácidos desoxirribonucleicos (DNA) es una

2-desoxi-D-ribosa y en el caso de los ácidos ribonucleicos (RNA) es
la D-ribosa.

2-desoxi-D-ribosa D-ribosa
Las bases nitrogenadas que forman parte de los ácidos
nucleicos son de dos tipos: purínicas y pirimidínicas.

Las bases purínicas derivadas de la purina (fusión de un

anillo pirimidínico y uno de imidazol) son:
 Adenina (6-aminopurina)
 Guanina (2-amino-6-hidroxipurina).
Las bases pirimidínicas (derivadas de la pirimidina)
son:
 Timina (2,6-dihidroxi-5-metilpirimidina o también
llamada 5-metiluracilo)
 Citosina (2-hidroxi-6-aminopirimidina)
 Uracilo (2,6-dihidroxipirimidina)

CH3
 Las bases nitrogenadas que forman normalmente
parte del DNA son:
 Adenina (A)
 Guanina (G)
 Citosina (C)
 Timina (T).

 Las bases nitrogenadas que forman parte de el RNA

son:
 Adenina (A)
 Guanina (G)
 Citosina (C)
 Uracilo (U).

 Timina es específica del DNA y el Uracilo es

específico del RNA.
La unión de la base nitrogenada a la pentosa recibe el
nombre de NUCLEÓSIDO y se realiza a través del carbono
1’ de la pentosa y los nitrógenos de las posiciones 3
(pirimidinas) o 9 (purinas) de las bases nitrogenadas
mediante un enlace de tipo N-glucosídico.

La unión del NUCLEÓSIDO con el ácido fosfórico se realiza

a través de un enlace de tipo éster entre el grupo OH del
carbono 5’ de la pentosa y el ácido fosfórico, originando
un NUCLEÓTIDO.
Los nucleótidos son las unidades o monómeros utilizados
para construir largas cadenas de polinucleótidos.

•Nucleósido = Pentosa + Base nitrogenada.

•Nucleótido = Pentosa + Base nitrogenada + Ácido
fosfórico.
•Polinucleótido = Nucleótido + Nucleótido + Nucleótido
.... Nn

S Lobos C - U de Chile
 Polinucleótido
Los nucleótidos se unen entre si para formar largas cadenas de
polinucleótidos.

Esta unión entre monómeros de nucleótidos se realiza mediante

enlaces fosfodiéster entre los carbonos de las posiciones 3’ de
un nucleótido con la 5’ del siguiente.

Base

PO4 Azúcar

Dirección de síntesis
5’ 3’

Trifosfato Base
Azúcar
A T G C

S Lobos C - U de Chile
Propiedades químicas y fisicoquímicas del DNA son
idénticas en organismos Procariontes y Eucariontes

James Watson y Francis Crick

Premio Nobel 1962
 Genoma bacteriano o Genoma Procariótico
Es haploide (n).
Formado por 1 ó 2 tipos de cromosomas y 1 ó 11
tipos de plásmidos.

Cromosoma circular
Plásmidos:
1 ó 2 moléculas/bacteria
Circulares ó
Lineales
1 a 600 moléculas
por bacteria

Cromosoma lineal
1 o 2 moléculas/bacteria

S Lobos C - U de Chile
Genoma Eucarionte
8 moléculas de Histonas
146 pares de bases de DNA

S Lobos C - U de Chile
100 billones de neuronas

297 neuronas
98% identical

99% identical!!!
 Hepatocito eritocitos y
leucocitos

Expresión Genética Diferencial

Biología del Desarrollo

 Dogma Central de la Expresión Génica

GENOMA TRANSCRIPTOMA

PROTEOMA

Otros RNAs METABOLOMA

Hebra de DNA
(molde)

Transcripción

Traducción

Proteína
 A NIVEL DE LA TRANSCRIPCION

 A NIVEL POST-TRANSCRIPCIONAL

 A NIVEL DE LA TRADUCCION

 Control es ejercido por :

 PROTEINAS
 RNAs pequeños
 PROCARIONTES  EUCARIONTES

 1 RNA polimerasa  3 RNA Polimerasas

 Genes organizados en  Cada gen es una
Operones unidad transcripcional
 Regulación  Reg. Transcripcional
transcripcional más compleja con
simple participación de
múltiples factores
proteicos
 LA RNA POLIMERASA ES LA PROTEÍNA FUNDAMENTAL

DEL PROCESO DE TRANSCRIPCIÓN

Sólo una hebra se Hebra codificante = sentido

transcribe
Hebra molde 3’ 3’
Hebra codificante 5’ 5’
Hebra molde = antisentido

El RNA transcrito es
idéntico en
secuencia a la hebra
codificante…
excepto porque la T 5’ 3’

en el DNA se copia
a un U en el RNA.
Amino terminal Carboxilo terminal
(N-terminal) (C-terminal)
 TRANSCRIPCIÓN

EL RNA es el llamado Transcripto

o Transcrito

•A diferencia del DNA, el cual está formado por

desoxi-ribonucleótidos (carecen del 2’-OH de la ribosa) y
tiene doble hebra, el RNA está formado por
ribonucleótidos y es de una sola hebra.

•Adoptan estructuras secundarias y terciarias con

mucha facilidad y poseen un centro nucleofílico
en el 2’-OH de la ribosa.

•Además, en vez de Timina contiene Uracilo.

Una importante diferencia entre el DNA y el RNA está en el azúcar ribosa

… en el ácido ribonucleico … en el ácido desoxi-ribonucleico

 Existen varios tipos de RNA’s como son:

•tRNAs o RNAs de transferencia, los cuales cumplen su

función final por si solos (transportan aminoácidos para la
traducción).

•rRNAs o RNAs ribosomales, los cuales también cumplen su

función final por si solos (constituyentes de los ribosomas).

•mRNAs o RNAs mensajeros, que deben ser traducidos para

cumplir su función única y final (dar lugar a proteínas).

•snRNAs y otros RNAs pequeños también cumplen su

función final por si solos.
Todos los anteriores son transcriptos
y son productos de la
Transcripción del DNA.

Todos provienen de genes

o
“Unidades Transcripcionales”.
 Hebra molde

Hebra codificante

Convenciones
Científicas
Universales
(terminología,
definiciones)

5’ 3’
 g
b
a

5’ O4P

3’
2

5
 RNA polimerasa RNA polimerasa

Factores Sentido de la transcripción

?
(TFs) Factores
de terminación

5’ 3’

Región regulatoria Gen estructural

(p) (t)

Río arriba Río abajo

 El factor sigma se
disocia una vez
terminada la etapa
de iniciación

s
Estructura de un promotor
de un gen de procariontes

Secuencias de consenso:
 En -10: Pribnow Box: TATAAT
 En -35: Hexámero TTGACA
Unión
a DNA
 Unión a
Unión
Unión Híbrido a DNA
a RNA RNA/DNA
5’ 3’
Las 4 etapas de la
transcripción:
• Unión al DNA
(reconocimiento)

• Iniciación

• Elongación

• Terminación
 Existen 2 tipos de terminación :
 Horquilla • Rho dependiente
Asa • Rho independiente

Tallo
Estructura hipotética
 Cola poliT en el RNA transcrito
EN PROCARIONES EN EUCARIONTES
 500 - 4000 genes  6000-40.000 genes

 1 sola RNA polimerasa  3 RNA polimerasas

• RNA pol I rRNA
• RNA pol II mRNA
• RNA pol III tRNA
 Unidad transcripcional:  Unidad transcripcional:
Genes organizados en ◦ Genes individuales
operones  Sólo se expresa una
fracción de los genes
en cada célula
 RNA Polimerasa de eucariontes
Estructura compleja: más de 10 subunidades
… explica la compleja y
sutil regulación de la
expresión de cada gen o
unidad transcripcional
 Procesamiento
del gen de
ovoalbúmina
 Procesamientoy Estabilización
de los RNAs (mRNAs)

◦ Adición de cap en extremo 5’

◦ Adición de cola poliA en extremo 3’
◦ Splicing (corte y empalme de exones)
◦ Editing (edición del RNA)
◦ NMD (Non-Sense Mediated Decay) y
Surveillance (Vigilancia)
 En todos los organismos
eucariontes

 Regulan síntesis proteica

de genes relacionados

 Cada miRNA actúa

sobre muchos genes
blanco
 Genes que codifican
miRNA son 1-5% del
genoma

 Cada miRNA:
◦ hebra guía (activo)
◦ hebra“passenger” (se
degrada)

 > 700 miRNA descritos en

humanos , ~150 en mosca

Nature Cell Biol 11 (3): 228 (2009)

 Reprimen la expresión génica mediante
unión a mRNAs de genes blanco:

 Inhibición de la traducción

 Degradación de mRNA

 (desestabilización)
por desadenilación
 Segunda base del codón
Primera base del codón

Tercera base del codón

Excepciones al código genético
 Carga del tRNA
 Proceso de síntesis de proteínas
◦ Iniciación
◦ Elongación
◦ Terminación
Diferentes tRNAs presentan estructuras similares
3’
5’P 3’OH
5’P
EL tRNA O ADAPTADOR
Aminoacil-tRNA sintetasa de leucina Modelo de la estructura de
una aminoacil-tRNA sintetasa
 1ª etapa : adenilación
2ª etapa : unión y carga de tRNA

aa + ATP aa-AMP + PPi

aa-AMP + tRNA aa-tRNA + AMP
--------------------------------------
aa + ATP + tRNA aa-tRNA + AMP + PPi
 Cada ribosoma está formado por más de
50 proteínas diferentes y también por rRNA

rRNA 16 S
 Sintetizar los enlaces peptídicos
 Elongar el péptido naciente
(síntesis de las proteínas)
3 etapas:

 Iniciación
 Elongación
 Terminación
 IF son proteínas

Ej.: en procariontes:
 IF1
 IF2
 IF3
Complementaria Complementario a
a RNA 16S tRNA iniciador
2 sitios de unión de tRNA : A y P

Sitio P Sitio A

Sitio P Sitio A
 EF-TU-GTP
interactúa
con
tRNA-aa

Estructura y función de EF-Tu

 En la terminación del proceso de traducción participan proteínas:

Los factores de liberación RF1, RF2 y RF3

Terminación en
un codón de término:
UAA, UAG o UGA

La traducción continua hasta

que el ribosoma llega a un
codón de término
Un marco de lectura abierto (ORF) es definido por:
 un codón de inicio (AUG),
 la lectura en fase (de 3 en 3) de los codones
 un codón de término en esa misma fase
de lectura
No hay tRNA que reconozca
Modelo de terminación
a un codón de término
RF utiliza H20 para hidrolizar el último peptidil -tRNA
Interacción de diversos factores proteicos
con sitios del ribosoma durante
la síntesis de proteínas
Etapa de término de la traducción:

RF-1 UAA y UAG

RF-2 UAA y UGA

RF-3 une GTP y aumenta actividad de RF-1 y RF-2

  En la etapa de
iniciación también
participan
múltiples factores
de iniciación
Mayoría
de los
genes
Secuencia Kozak: GCCAGCCATGG

Virus

IRES = Internal Ribosome Entry Site

 Cadena α Hexámero
(almacenamiento)
Procesamiento
en el retículo
endoplásmico

Preproinsulina
Cadena β

Insulina
monómero activo

PNAS 2007, 104(38): 15040-15044

 Condiciones fisiológicas

 Condiciones de exceso de proteínas en RE causa

aumento de mal-plegamiento e induce estrés

BioPhys J. 98(8): 1641-1648 (2010)

0 min inicio transcripción
0,5’ comienza traducción
1,0’ comienza degradación en
extremo 5’ del mRNA
2,0’ termina transcripción en 3’
3,0’ continua degradación mRNA
 mRNA muy inestable
 Transcripción 40 nt /seg
 Transcripción mRNA 5000 nt y
traducción proteína 180 Kda es
2 min
Procariontes
0 min adición de cap e inicio de
transcripción
6’-20’ transcripción,
poliadenilación
20’ transporte al citoplasma
 mRNA más estable
 Transcripción 40 nt /seg
 Transcripción mRNA 5000 nt
es aprox 2 min, pero demora
20 min en llegar citoplasma,
ahí se inicia traducción
Eucariontes
EN PROCARIONTES EN EUCARIONTES
(ANTIBIÓTICOS) (TÓXICOS)
Transcripción Transcripción
 Rifampicina  α-Amanitina

Síntesis de proteínas Síntesis de proteínas

 Tetraciclina (iniciación)  Ricino (inactiva

 estreptomicina (inic.) subunidad mayor)

 Cloramfenicol  Cicloheximida (se une

(peptidiltransferasa) a subunidad mayor)

 puromicina  Toxina diftérica

 eritomicina (inactiva un factor de

(translocación) elongación)
 Múltiples etapas

 Procesos más complejos en eucariontes que

en procariontes

 Múltiples niveles de control

◦ Transcripcional
◦ Post-transcripcional
◦ Traduccional (y post-traduccional)

 Todavía queda mucho por conocer...

TextoGuía: Genes de B. Lewin Edición VIII o IX.