Sunteți pe pagina 1din 2

MASTER GENETICĂ MOLECULARĂ

2018 – 2019
GENOMICĂ – BLAST / Arbori filogenetici
Nume:

Care dintre cele trei ordine ale clasei Aves (Anseriformes, Galliformes, Passeriformes) sunt mai apropiate
filogenetic? Studiul trebuie să includă următorii taxoni ingroup:
- 2 specii aparținând ordinului Anseriformes,
- 2 specii ordinului Galliformes,
- 2 specii aparținând ordinului Passeriformes
- cele mai apropiate 2 specii (nu pasari) care să reprezinte outgroup-ul.

1. Utilizați NCBI Taxonomy Browser pentru identificarea speciilor relevante


2. Căutați literatura de specialitate pentru studiile anterioare privind filogenia taxonului sau a
taxonilor realizate pe baza datelor moleculare și / sau morfologice.
3. Descărcați următoarele secvențe de proteine pentru fiecare specie:
• NADH dehydrogenase subunit 1
• NADH dehydrogenase subunit 2
• cytochrome c oxidase subunit I
• cytochrome c oxidase subunit II
• ATP synthase F0 subunit 8
• ATP synthase F0 subunit 6
• cytochrome c oxidase subunit III
• NADH dehydrogenase subunit 3
• NADH dehydrogenase subunit 4L
• NADH dehydrogenase subunit 4
• NADH dehydrogenase subunit 5
• NADH dehydrogenase subunit 6
• cytochrome b

4. Prin utilizarea secvențelor de aminoacizi ale subunității I a citocrom oxidazei pentru toate speciile
selectate, identificați prin BLAST speciile outgroup. Această specie este identificată după cum
urmează: Utilizați tBLASTn pentru a identifica secvența din refseq_genomics (baza de date a
genomurilor complete), utilizând interogarea Entrez pentru a limita căutarea la "animalia [orgn] NOT
XXX [orgn]", unde XXX = numele taxonului ingroup. Repetați acest proces pentru fiecare dintre
proteine. Compilați primele 5 rezultate în fiecare dintre căutări. Aranjați speciile în ordinea
descrescătoare valorilor. Alegeți rezultatul cu frecvența cea mai mare, pentru care puteți găsi un
genom mitocondrial complet secvențiat în baza de date. Această specie va fi reprezenta outgroup-
ul. (Uneori este posibil să aveți nevoie de mai mult de 1 outgroup.)
5. Construiți mai multe alinieri ale secvențelor de aminoacizi folosind ClustalW cu parametrii
impliciți.
6. Construiți arbori filogenetici NJ și MP pentru fiecare aliniere a proteinelor.
7. Introduceti o valoare Bootstrap pentru fiecare arbore filogenetic de 100 de ori.
8. Estimați lungimile ramurilor arborilor.
9. Pentru arborii NJ, determinați pe bază de similaritate, arbori congruenți.
10. Pentru un anumit taxon analizat:
a. există diferențe semnificative statistic în utilizarea codonului pentru aminoacidul Alanină
între genele de codificare a proteinelor situate pe cele două catene de ADN?
b. Comparați aranjamentul tuturor genelor (genele de codificare a proteinelor, tRNAs,
rRNAs) între două specii din studiul efectuat. Enumerați diferențele.