Abordări teroretie și experimentale pentru a înțelege gradienții

morfogeni

Abordări teoretice și experimentale pentru a înțelege gradienții morfogeni

Gradienții morfogeni, care specifică un destin diferit al celulelor într-o manieră care e
direct dependentă de nivelul de concentrație reprezintă cadrul principal in interiorul căruia pot fi
caracterizate procesele de formare a unor diferite pattern-uri in biologia dezvoltării.
Din punctul de vedere al unei abordări comune de analiză sunt combinate strategii
experimentale, dar și teoretice, promovându-se astfel date relevante cu privire la dinamica și
transducția gradienților. O abordare comună de analiză combină strategiile experimentale și
teoretice, promovând astfel date relevante privind dinamica și transducția gradienților.
Mecanismele de transport și conversie a morfogenului, începând cu informații clasificate și
ajungând până la răspunsuri binare sunt doar câteva dintre subiectele pe care aceste strategii
combinate le scot la lumină. În acest caz, sunt analizate aceste date, subliniind, pe de o parte, modul
în care abordările teoretice au fost utile, și, pe de altă parte, modul în care acestea au fost combinate
cu strategiile experimentale.
Mai mult decât atât, este abordată și problema acelor cazuri în care formarea și
interpretarea gradientului la nivel molecular și/sau celular pot să influențeze reciproc întregul
proces. Pentru a putea înțelege pe deplin această interacțiune, dar și caracteristicile pe care le
produce este absolut esențial să se ia în considerare abordări la nivel de întreg sistem, care combină
strategii experimentale, dar și teoretice. Pentru a înțelege această interacțiune și caracteristicile pe
care le produce, devine esențial să se ia abordări la nivel de sistem care combină strategii
experimentale și teoretice.1

1
(Molecular Systems Biology 25 March 2008; doi:10.1038/ msb.2008.14 Subject Categories:
development Keywords: gradient; interpretation; modelling; morphogen; transport)
 Abordări teroretie și experimentale pentru a înțelege gradienții
morfogeni
Introducere

Dezvoltarea embrionară implică modele spațiale și temporale de diferențiere celulară și

modelarea formei. Cum se organizează țesuturile embrionare în spațiu și timp, astfel încât un
domeniu de celule distincte să apară în mod credibil? Această întrebare a fascinat biologii de
dezvoltare de-a lungul a zeci de ani. La începutul secolului trecut, a fost propusă existența unor
gradienți care să semnaleze pe distanțe mari și care să reprezinte modelul.2
Într-adevăr, gradienții morfogeni, definiți ca fiind distribuții gradate ale moleculelor
secretate care specific soarta diferită a celulor într-o manieră directă și dependentă de concentrație3
în ultimele decenii au devenit un cadru de maximă importanță pentru a testa și pentru a înțelege
procesele de formare a modelelor pe durata dezvoltării embrionare. ( Figura 1A). Conceptul că
soarta celulelor depinde de poziția lor spațială, permițând un model organizat să apară, a fost
formalizat de Lewis Wolpert în modelul său de informații poziționale (Wolpert, 1969).

Figura 1. Dinamica și starea de echilibru a gradientilor morfogeni. (A) Gradienții morfogeni specifică un model într-un câmp de
celule. (Stânga) Toate celulele (cercuri galbene mari) sunt echivalente și se stabilește un gradient morfogen (cercuri mici verzi). În
timp (săgeata albastră), celulele răspund direct la concentrația gradată a unei molecule secretate și se specifică un model (dreapta).
(Dreapta) În funcție de cantitatea de semnal gradat, genele distincte devin exprimate în interiorul celulelor (reprezentate de diferite
culori în interiorul celulelor) și se generează diferite comportamente celulare (reprezentate de diferite forme de celule). (B)

2
Morgan, 1901
3
Wolpert, 1969
 Abordări teroretie și experimentale pentru a înțelege gradienții
morfogeni
Gradienții Bicoid, Dpp și Wingless sunt reprezentați de profiluri exponențiale cu lungimea lor caracteristică corespunzătoare (L).
M reprezintă nivelul morfogenului și x pentru poziția spațială. (C) Gradienți tranzitorii (T) și staționare la starea de echilibru (ST)
pentru două molecule diferite (simulând Dpp în roșu și o moleculă X în verde) care au diferite rate de difuzie și degradare, dar
aceeași lungime caracteristică în profilul staționar ( L / 20 mm). Gradientele gradient sunt calculate la același punct de timp, dar,
așa cum se poate vedea, sunt distincte. Curbele roșii s-au obținut utilizând ratele de difuzie și degradare ale Dpp. Curbele verzi au
fost calculate prin stabilirea timpului de înjumătățire moleculară de opt ori mai scurt decât cel al Dpp și rata de difuzie de opt ori
mai mare. (D) Forma profilului de gradient la un timp tranzitoriu (T) și la starea de echilibru (ST) în scara logaritmică spațială
pentru valorile parametrilor Dpp. Caracteristicile gradientilor la cele doua momente de timp sunt foarte diferite. În panourile B și
C, nivelul morfogenului a fost redus astfel încât starea de echilibru are un nivel morfogen de 1 la sursa (x¼0). Profilurile din
panourile C și D au fost calculate numeric în funcție de qM (x, t) / qt ¼ aq (x) þ Dq2M / qx2 bM cu un perete impermeabil la x¼0.

Conform acestui model, celulele au poziția spațială specificată pe direcții specifice, cu

privire la unul sau mai multe puncte de referință și traduc astfel de informații poziționale în
comportamente specifice celulelor, care, depind de asemenea, de istoria dezvoltării celulei. Ce fel
de semnale ar putea furniza celulelor informații poziționale? Wolpert a avut în vedere gradienții
spațiali ai unei substanțe chimice pe o suprafață de celule ca unul dintre semnalele potențiale:
celulele care simt o cantitate mică de substanțe chimice sunt mai îndepărtate de punctul de referință
(adică sursa chimicalei) decât celulele care simt o cantitate mai mare . Prima demonstrație
moleculară a conceptului de gradienți care specifica soarta distinctă într-o manieră directă a durat
să apară și a fost furnizată în synctiumul Drosophila. 4
S-a demonstrat faptul că factorul de transcripție Bitcoid este distribuit de-a lungul unui
gradient care se extinde de la polul anterior la mai mult de jumătate din embrion cu scopul de a
regla expresia genelor gap gap. Ulterior, alte proteine de semnalizare, cum ar fi Dpp, Wingless,
Spitz, Hedgehog, Activin și Nodal, au fost descrise ca morfogene, într-o mare varietate de
organisme5). Merită totuși subliniat faptul că acest caz, Bicoid este unul destul de neobișnuit. În
timp ce morfologii menționați mai sus corespund moleculelor secretate care pot forma gradienți
extracelular, Bicoid este un factor de transcripție care formează un gradient înainte de celulare în
embrionul Drosophila, dintr-o regiune localizată de transcripție în polul anterior.

4
Driever și Nuinstein-Volhard, 1988a.b
5
Green, 2002, Martinez Arias 2003; Tabata and Takei, și Talbot, 2005; Affolter și Basler, 2007
 Abordări teroretie și experimentale pentru a înțelege gradienții
morfogeni

Pentru a verifica dacă un gradient acționează ca un morfogen, este important să se

dezvăluie dacă specifică soarta distinctă a spațiului într-o manieră directă.
În consecință, au fost elaborate modele experimentale care evaluează acțiunea directă și,
prin urmare, cerința moleculei morfogene la distanțe. În plus, forma gradienților a fost modificată
de schimbarea nivelului a semnalului morfogen,6 pentru a observa dacă și în ce măsură apar
schimbări spațiale în soarta celulelor și în modelul de expresie al genelor țintă7. De aceea, așa cum
se așteaptă de la un morfogen, schimbările în concentrația Bicoid de-a lungul gradientului său
provoacă schimbări în domeniul expresiei genelor sale gap-target și modifică soarta celulelor.8
Deși au fost propuse alte cadre pentru procesele de modelare9, gradienții morfogeni au fost
cei mai influenți până acum, stimulând și promovând strategii pentru a dezvălui procesul de
modelare embrionară. Prin urmare, semnalele gradate au fost căutate și evaluate pentru un rol
asemănător morfogenului în multe procese de modelare a dezvoltării. Deși majoritatea studiilor
privind vizualizarea, cuantificarea și interpretarea gradientilor au fost dezvoltate în embrionii
Drosophila, relevanța morfogenei în dezvoltarea embrionilor vertebrate a fost, de asemenea, luată
în considerare, exemplificată prin modele pentru modelarea membrelor10. Într-adevar, gradienți
morfogeni pe sistemele vertebrate au devenit un interes de crestere11.

În prezent, dezvoltarea de noi tehnici experimentale și de vizualizare a permis măsurări

rafinate ale distribuției gradate în spațiu a moleculelor de-a lungul țesuturilor.
În consecință, strategiile combinate experimentale și computaționale care cuantifică și
caracterizează formarea gradienților, precum și abordările teoretice care tratează probleme
deschise legate de proprietățile gradienților au devenit o abordare comună12.

6 Shimizu and Gurdon, 1999; Ashe et al, 2000.

7 Ashe și Briscoe, 2006
8 (Driever and Nußlein-Volhard, 1988a; Driever et al., 1989a; c. Driever și Nußlein-Volhard, 1989b; Struhl și colab., 1989; St

Johnston și Nußlein-Volhard, 1992; Rivera-Pomar și Ja˜ckle, 1996.

9 Turing, 1952
10Izpisu'a-Belmonte et al, 1991; Tickle, 1999; Tabin și Wolpert, 2007
11 Chen si Schier, 2001, Dubrulle si Pourquie, 2004, Dessaud et al, 2007, Simeoni si Gurdon, 2007, White et al, 2007
12 Kerszberg și Wolpert, 1998; Eldar și colab. , 2002, 2003, 2006, Lander și colab., 2002, 2007, Jaeger și colab., 2004, Kruse și al,

2004, Aegerter-Wilmsen și al, 2005; Houchmandzadeh și al , 2005, Howard și ten Wolde, 2005, Melen și al, 2005, Mizutani și al,
2005, Shimmi și al, 2005, Ibangues et al, 2006, McHale și al, 2006; al., 2007; Gregor și al, 2007a, b; Kicheva și al, 2007.
 Abordări teroretie și experimentale pentru a înțelege gradienții
morfogeni
Cu toate acestea, după cum am aflat mai multe despre gradienții morfogeni și despre rolul
lor în modelarea embrionului, au apărut noi complexități.

În cele ce urmează, vom examina aceste aspecte, subliniind aceste constatări recente, care
dezvăluie aspecte noi ale gradienților morfogeni, punând accent pe modul în care studiile teoretice
și computaționale au evoluat și au contribuit la acest proces. Mai mult decât atât, discutăm despre
modul în care aceste constatări subliniază necesitatea adoptării de noi abordări care utilizează
strategii experimentale și teoretice, pentru a integra atât formarea, cât și interpretarea gradienților
morfogeni într-un cadru unic.

O mare varietate de gradienți moleculari

În decursul ultimelor decenii, au fost descoperiți gradienți de diferite tipuri de molecule,

cu o mare varietate de dimensiuni și dinamici, care dezvăluie că atât morfogenul 13, cât și țesutul
sub care se extinde gradientul determină și caracteristicile pe care acesta le are. Vizualizarea
gradientului proteic este primul pas în detectarea unui morfogen. În acest scop, proteinele de
fuziune a anticorpilor și proteinele de fuziune GFP, printre altele, au fost utilizate pentru a furniza
o imagine statică a gradientului pe țesutul fixat. Realizarea unor măsurători mai detaliate a permis
cuantificarea gradienților morfogeni. În mod specific, imagistica fuziunilor funcționale
fluorescente verde-proteine-morfogene în spațiu a arătat că Bicoid în Drosophila syncytium și Dpp
și Wingless în aripa zborului formează gradienți cu același fel de decădere caracterizată printr-o
formă exponențială.
Acest tip de profil implică faptul că fracțiunea de morfogen care scade în spațiu este
aceeași pe tot gradientul. În consecință, o singură scală caracterizează decăderea spațială și poate
fi folosită ca măsură a mărimii acesteia.
Prin montarea unui profil exponențial la datele fluorescente, poate fi obținută o lungime
caracteristică a gradientului. Această procedură a demonstrat că gradientul Bicoid este mult mai
mare, cu o lungime caracteristică de 100 mm, decât gradientele Dpp și Wingless, care au o lungime
caracteristică de 20 și respectiv 6 mm.14 (Figura 1B).

13
Gurdon et al, 1994; Nellen et al, 1996; Entchev și colab., 2000; Strigini și Cohen, 2000; Teleman și Cohen, 2000; Dorfman și
Shilo, 2001; McDowell et al, 2001; Houchmandzadeh și colab., 2002; Gregor și colab., 2005, 2007b; Bollenbach și colab., 2007
14
Houchmandzadeh et al, 2002, Kicheva și colab. 2007.
 Abordări teroretie și experimentale pentru a înțelege gradienții
morfogeni
S-au monitorizat gradienți de activitate, de asemenea, prin măsurarea cantităților de răspunsuri
intracelulare în aval (de exemplu, fosforilarea kinazei).
Acesta este cazul gradientului BMP, care modelează axa dorsoventrală în embrionii
Drosophila.
Acest gradient prezintă un profil ascuțit care se descompune puternic pe un câmp de cinci celule
și se formează în decursul a 30 de minute15. Odată ce profilul de gradient a fost montat, rămâne să
fie elucidată care dinamică o dă. Modelarea matematică și numerică poate fi foarte utilă în acest
scop (Caseta 1; Figura 2A și B). În plus, abordările teoretice pot permite, de asemenea,
cuantificarea dinamicii care are loc.
De exemplu, un profil de gradient exponențial este soluția la starea de echilibru a unei
dinamici morfogene care implică difuzie și degradare liniară. Având în vedere că ratele de
difuziune au dimensiuni de suprafață în timp și rate de degradare a timpului invers, o analiză
dimensională a acestei dinamici arată cu ușurință că lungimea caracteristică a gradientului depinde
de acești parametri ca D = b, unde D și b sunt ratele de difuzie și respectiv degradare. Prin urmare,
toate acele valori diferite ale ratelor D și b care dau același raport D / b produc un gradient de stare
constantă care acoperă aceeași regiune spațială (Figura 1C). În schimb, prin cuantificarea lungimii
caracteristice a gradientului prin datele de pe profilul de gradient, nu putem deduce care sunt
valorile ratelor de difuzie și de degradare care stau la baza dinamicii morfogene.
Cu toate acestea, dinamica tranzitorie poate depinde de rata de difuzie D pe cont propriu
(Figura 1C și D).Astfel, putem obține valoarea D măsurând această dinamică. Aceasta este
abordarea utilizată de Kicheva pentru a caracteriza cinetica gradientilor Dpp și Wingless. Autorii
au măsurat recuperarea fluorescenței dupa albirea fotografică (FRAP) în timpul unui interval de
timp de 1 h. Experimentele FRAP au fost modelate, luând în considerare atât procesele de
producție, cât și pe cele de degradare, dar și formula matematică a dinamicii de recuperare, cu
dependențalor de parametrii morfogeni cinetici.
Este important faptul că dinamica recuperării depinde de rata de difuzie D și nu doar de
lungimea caracteristică. Prin ajustarea expresiilor matematice ale dinamicii de recuperare cu datele
FRAP măsurate în timp și spațiu, Kicheva și colaboratorii săi au găsit valoarea lui D.

15
Eldar et al, 2002; Mizutani et al, 2005
 Abordări teroretie și experimentale pentru a înțelege gradienții
morfogeni
Mai mult, deoarece lungimea caracteristică a fost de asemenea cunoscută din datele profilului de
gradient, rata de degradare b ar putea fi dedus.

Figura 2. Răspunsuri gradient la perturbații. Răspunsurile gradienților la schimbările în rata de producție p la sursă. (A) Profiluri
de gradient la starea de echilibru pentru două tipuri de gradienți (verde, negru) și pentru două rate diferite de producție (linii pentru
p¼1 și cercuri pentru p¼5). Gradienții formați prin difuzie și degradare liniară sunt reprezentați în negru (profilul exponențial), în
timp ce, cele formate prin difuzie și degradare neliniară (îmbunătățită) sunt reprezentate în verde (profil de putere). Două profiluri
gradient de stare constantă (linii verzi și negre) devin mult mai distincte atunci când rata de producție este mărită cu un factor de 5
(cercuri verzi și negre). (B) Nivelul morfogenului la starea de echilibru la sursă în funcție de rata de producție p pentru cele două
tipuri de gradienți analizate în panoul A. Se observă dependența calitativă. Puterea 2 este folosită pentru degradarea neliniară. (C,
D) Profile de gradient formate prin difuzie și degradare liniară pentru p¼1 (negru) și p¼5 (gri) la o treaptă dinamică tranzitorie (C)
și la starea de echilibru (D). Liniile orizontale punctate denotă un prag de nivel morfogen. Săgețile roșii denotă schimbarea spațială
care se obține atunci când crește rata de producție. Liniile punctate verticale denotă poziția spațială unde se situează pragul.
Schimbarea este mult mai mare la starea de echilibru decât la o stare tranzitorie. De asemenea, rețineți că poziția spațială este
diferită la starea tranzitorie și la starea de echilibru. Vezi Bergmann et al (2007) pentru un studiu al acestor caracteristici pe
gradientul Bicoid. Panourile C și D utilizează aceleași valori ale parametrilor, cu excepția p. Profilurile din panourile A și B sunt
calculate din expresii analitice de la Eldar et al (2003). Panourile C și D sunt calculate ca în figura 1.
 Abordări teroretie și experimentale pentru a înțelege gradienții
morfogeni

Caseta 1 Inferența formării gradientului: câteva exemple în conducerea transportului Dpp

Analizele matematice și numerice ne permit să facem ipoteze privind mecanismele care stau la baza formării unui gradient și să prezicăm
profilul gradientului care apare în consecință. Cu toate acestea, mecanismele diferite pot furniza profiluri similare sau mai degrabă similare,
măsurate experimental. De exemplu, Bicoid, Dpp și Wingless arată totul despre un profil exponențial. Cu toate acestea, mecanismele care
controlează formarea lor diferă puternic. În timp ce transportul bicoidic are loc în citoplasmă și prin membranele nucleare, transcytoza poate
juca un rol-cheie în transportul Dpp (Kicheva et al, 2007; Gregor et al, 2007b). Prin urmare, devine dificil să se identifice mecanismul care
acționează doar cu privire la forma gradientului. Dar putem manipula gradientul pentru a obține mai multe informații despre modul în care
se formează. Putem modela matematic și numeric această manipulare și putem prezice dinamica care se așteaptă să apară atunci când se
presupune un mecanism specific de formare a gradientului. Apoi, putem compara această predicție cu măsurătorile reale. De exemplu,
dinamica gradientului care implică transportul condus de difuzie sau de către celulele descendente care se deplasează de la sursa lor
proliferantă poate obține atât un profil exponențial. Cu toate acestea, derivarea matematică a acestor profiluri arată că lungimile lor
caracteristice depind în mod distinct de durata de viață a moleculei (Iban~es et al, 2006). Într-adevăr, lungimea caracteristică a gradientului
condus de difuzie crește mult mai puțin atunci când durata de viață devine mai lungă decât pentru gradientul de transport bazat pe celule.
Astfel, am putea testa mecanismul de transport prin modificarea duratei de viață a moleculei și măsurarea modificării lungimii caracteristice
a gradientului. Un alt exemplu este dat de gradienti formati prin difuzie, dar prin mecanisme distincte de degradare. Atunci când rata de
degradare este uniformă în spațiu, apare un profil de gradient exponențial la starea de echilibru. Cu toate acestea, atunci când degradarea este
modulate diferențiat în spațiu (de exemplu prin semnalizarea morfogenei, care promovează degradarea proprie), se formează un profil cu
degradare puternică aproape de sursă și cozi lungi (Eldar et al, 2003). Chiar dacă aceste profiluri erau dificil de diferențiat experimental, am
putea testa mecanismul de degradare prin modificarea ratei de producție la sursă (Figura 2A).
Atunci când expresiile matematice ale profilurilor sunt scrise, descoperim că cantitatea de morfogen la sursă este proporțională cu rata de
producție numai dacă degradarea este uniformă (figura 2B). Astfel, prin modificarea in vivo a ratei de producție, măsurarea cantității de
morfogen la sau în apropierea sursei și verificarea dependenței acestora, putem obține perspective asupra modului în care se produce
degradarea. Cu toate acestea, și chiar dacă manipulările experimentale pot fi abordate, ar putea să nu fie la fel de simplu cum pare, după cum
exemplifică studiile despre gradientul Dpp din aripa Drosophila (a se vedea textul principal). O altă abordare este de a deduce parametrii care
caracterizează fiecare dintre factorii care acționează asupra formării unui gradient (ratele producției sursă, transportului și degradării) prin
măsurarea dinamicii și profilului acesteia. Odată ce aceste valori de parametru au fost găsite, putem introduce modificări în acele procese pe
care le dorim să le testați și să deducem din nou valorile parametrilor noi. De exemplu, valorile parametrilor cinetici pentru gradientul Dpp
din aripa zborului au fost deduse presupunând un transport aleatoriu ca difuzie (Kicheva et al, 2007, a se vedea textul principal pentru o
descriere a procedurii). Autorii au dorit, de asemenea, să testeze dacă transcitoza a provocat orice transport. În consecință, acestea au afectat
calea endocitară și, în această condiție, au efectuat aceleași tipuri de măsurători pe care le-au folosit pentru a deduce valorile parametrilor
cinetici. Valorile obținute la deprecierea endocitozei au arătat că atât viteza de degradare cât și cea de transport a Dpp au devenit reduse,
sprijinind astfel un rol.
 Abordări teroretie și experimentale pentru a înțelege gradienții
morfogeni
Atribuirea unor valori cantitative cineticii gradienților Dpp și Wingless permite
identificarea elementului care este responsabil pentru intervalul spațiativ mai scurt al gradientului
Wingless: difuzează Wingless mult mai puțin decât Dpp sau are un timp de înjumătățire mai scurt?
Studiul efectuat de Kicheva în 2007 a arătat că timpul de înjumătățire scurt al lui Wingless
(8 minute), comparativ cu timpul de înjumătățire de 45 minute, a Dpp, are un gradient fără
Wingless care cuprinde mai puține celule, în timp ce ratele efective de difuzie sunt destul de
similare ambii morfogeni (DE0,1 mm2 / s pentru Dpp și (DE0,5 mm2 / s pentru Wingless).
Soluția numerică pentru dinamica difuziei morfogene dintr-o sursă localizată de producție
și o degradare liniară a morfogenului arată că gradientul morfogen atinge o stare stabilă pe o
regiune spațială largă pe perioade de timp cu o ordine de mărime mai mare decât timpul de
înjumătățire morfogen16. Astfel, prin utilizarea timpilor de înjumătățire moleculară menționați mai
sus, se poate considera că gradientul Dpp durează aproximativ 450 de minute pentru a fi format,
în timp ce Wingless își formează gradientul mult mai rapid, în numai 80 de minute.
Acest lucru este în acord cu timpul semnalului morfogen și recuperarea după blocarea
reversibilă a morfogenului prin schimbări de temperatură, care a fost de asemenea folosită pentru
a deduce cât timp trebuie format un gradient17. Recent, imagistica optică ”in vivo”, care permite
măsurarea întregului gradient pe tot parcursul formării sale a fost implementată pentru gradientul
Bicoid18. Datele au arătat că un gradient cu concentrație nucleară stabilă se formează în 90 de
minute. Prin urmare, dacă gradientul global este la starea de echilibru și este format prin difuzie și
degradare liniară, ne-am aștepta ca timpul de înjumătățire Bicoid să fie de aproximativ 9 minute
și, pe baza lungimii caracteristice (100 mm) a gradientului, difuzia ratei să fie de aproximativ 13
mm2 / s.

16
Bergmann et al., 2007
17 Entchev et al, 2000, Teleman și Cohen, 2000
18 Gregor et al, 1992, 2007b
 Abordări teroretie și experimentale pentru a înțelege gradienții
morfogeni
Într-adevăr, moleculele de dextran cu masa moleculară a proteinei Bicoid difuzează în
embrioni Drosophila cu o rată similară19.

Cu toate acestea, această valoare nu este de acord cu rata de difuzie Bicoid dedusă din
dinamica de recuperare fluorescentă la cortexul embrionilor Drosophila, ridicând problema
deschisă asupra modului de conciliere a acestor rezultate (Caseta 2).

Recent, formarea de gradienți pe un câmp de celule a fost extinsă pentru a include molecule
nesecate20. În mod specific, s-a arătat că mRNA, cum ar fi factorul de creștere fibroblast fgf8 de-
a lungul axei anteroposteriale a embrionilor de șoareci și pui și gena homeoxox Hoxd13 la nivelul
puii, formează gradienți pe câmpurile mari de celule. În cazul Hoxd13, gradientul se întinde mai
mult de 400 mm și durează mai multe ore pentru a fi formate (Figura 3B). Aceste distribuții
clasificate ale ARNm generează în mod necesar gradienți proteici.
Acești gradienți proteici ar putea specifica (în cazul proteinelor secretate) sau de control
(în cazul factorilor de transcripție) soarta distinctă a celulelor. Prin urmare, aceste noi observații
ridică întrebarea intrigantă dacă aceste gradienți acționează într-o manieră asemănătoare
morfogenei (adică prin instruirea soartelor de celule distincte). Dacă investigațiile viitoare susțin
un astfel de rol, atunci conceptul de morfogen ar putea fi extins pentru a include și proteinele
nesecrete.

19
Gregor et al, 2005
20
Gaunt și colab., 2003, Dubrulle și Pourquie, 2004, Ibangues et al, 2006
 Abordări teroretie și experimentale pentru a înțelege gradienții
morfogeni

Figura 3. Mecanisme de transport pentru formarea gradientilor moleculari. (A) Celulele sunt reprezentate prin cercuri portocalii.
Cercurile verde mici reprezintă moleculele care formează gradientul. Mecanismele de transport sunt descrise de sus în jos. (1)
Moleculele sunt secretate (săgeată portocalie) și se efectuează o mișcare aleatorie (linia albă) în spațiul extracelular; în interiorul
celulelor, moleculele se pot mișca, de asemenea, aleatoriu (nu este prezentat). (2) Este prezentată endocitoza și exocitoza veziculelor
(cercurile portocalii) care transportă molecula; odată ce moleculele sunt secretate, ele pot difuza (ca în panoul superior). Veziculele
pot fi, de asemenea, secretate în spațiul extracelular și se mișcă, transportând molecula (nu este prezentată). (3) Joncțiunile gap
(cilindrul albastru) permit transportul moleculelor specifice prin celule (săgeată roșie). (4) Diviziunea și creșterea celulelor (săgeți
portocalii) diluează și transportă molecula în spațiu. Deplasarea și mișcarea celulelor (caracterizată prin picioare) poate transporta
molecula. Mai multe dintre aceste mecanisme de transport pot participa la formarea unui gradient molecular unic. (B) Gradientul
distal-proximal al mRNA Hoxd13 în mugura de membră a puilor formată prin proliferarea celulelor. (Sus) Semnal fluorescent
mediu de-a lungul axei proximodistare la pozițiile anterioare. (Partea inferioară) Hibridizarea in situ a domeniilor de expresie
exonică în forelimb la Hamburger și Hamilton etapa 26.

Crearea unui gradient molecular

Trei elemente principale participă la crearea unui gradient chimic la starea de echilibru:
sursa producerii de morfogene, chiuveta și transportul morfogenului prin spațiu. În ceea ce
privește sursa, accentul a fost pus în principal pe sursele omogene de producție locale, definite de
un domeniu spațial în care producția este uniformă în spațiu și constantă în timp.
 Abordări teroretie și experimentale pentru a înțelege gradienții
morfogeni
Totuși, pot exista și surse neuniforme de producere a proteinelor, care rezultă, de
exemplu, din gradientul mRNA și care creează cu ușurință gradienți
proteici21.
Degradarea moleculei (sau, în termeni generali, scăderea morfogenului) facilitează
formarea de gradienți. O astfel de degradare poate fi un proces activ în care proteinele specifice
distrug morfogenul sau o diluție pasivă determinată de diviziunea celulară pentru proteine destul
de stabile. Interacțiunea morfogenei cu alte molecule, de exemplu, legarea morfogenului ligand și
decuplarea cu receptorii, poate fi re-interpretată în termeni de degradare și termeni asemănători
sursei și, după cum se așteaptă, poate forma, de asemenea, gradientul.
Studiile recente au arătat că degradarea morfogenului poate fi controlată de semnalul
morfogen, stabilind un feedback între formarea gradientului și semnalizare și provocând o
degradare diferențială în spațiu22. În cazul acidului retinoic, semnalul său induce expresia
enzimei de degradare a acidului retinoic Cyp26a1.
Astfel, degradarea acestor morfogeni este sporită în acele regiuni spațiale cu activitate
morfogenă ridicată. Acest tip de feedback între semnalizarea morfologică și degradare (și, prin
urmare, formare) poate fi modelat matematic prin stabilirea degradării morfogenei ca
neliniară.
Profilul staționar al unei dinamici care implică difuzie și degradare neliniară poate fi
obținut în mod analitical și corespunde unei forme de putere-putere (se descompune mai aproape
brusc de sursă și mai puțin semnificativ pe cozile decât un profil exponențial.
Dar este acest feedback relevant? Analiza matematică a profilelor de gradient atunci când
doza genetică este crescută demonstrează că această degradare diferențială conferă robustețea
acestor modificări (Eldar et al, 2003), indicând faptul că această robustețe poate fi o proprietate
dorită a gradientului morfogen.

21
Dubrulle și Pourquie, 2004; Ibanfes et al, 2006
22
Eldar et al, 2003; Dessaud et al., 2007; White et al, 2007
 Abordări teroretie și experimentale pentru a înțelege gradienții
morfogeni
Transportul unui morfogen

Conceptul de gradienți morfogeni este strâns legat de semnalizarea pe distanțe lungi.

Cum pot moleculele să se extindă asupra regiunilor spațiale mari pentru a genera răspunsuri
directe? Conform valorilor cunoscute pentru ratele de difuzie ale moleculelor, Francis Crick a
propus ca difuzia să permită formarea de gradienți pe câmpurile a 50 de celule într-o scară de
câteva ore. De atunci, difuzia a preluat rolul principal ca mecanism de transport pentru formarea
gradientului.
În prezent, difuzia este denumită frecvent difuzie limitată sau eficientă, pentru a
sublinia faptul că valorile ratei de difuzie în mediul extracelular sunt mult mai mici decât cele
măsurate în medii apoase23. Diferența în aceste rate este considerată a apărea parțial din
proprietățile mediului extracelular, un mediu aglomerat cu geometrii matrice neuniforme și
distribuții moleculare care interacționează cu morfogenul.
În plus, difuzia eficientă poate implica și alte transporturi aleatorii nedirecționale. De
exemplu, recent s-a dedus că rata de difuzie eficientă a Dpp, D ¼ 0,1 mm2 / s, este mult (trei ordine
de mărime) mai mică decât ceea ce ar fi de așteptat în funcție de mărimea ei atunci când difuzează
liber în apă (Kicheva et al, 2007 ). Ce e de reținut este că procedura implicată în deducerea acestei
valori a dus la toate tipurile de transport Dpp ca o mișcare simplă difuză, așa cum este descris mai
sus. Prin urmare, această rată corespunde unei mișcări eficiente în care pot fi implicate și alte
transporturi aleatorii nedirecționale, care potențial pot încetini puternic dinamica.
Difuzia provine din mișcarea aleatorie a moleculelor. Moleculele efectuează un fel de
mișcare aleatorie de mers pe jos mergând și în toate direcțiile, chiar opuse. Astfel, deplasarea medie
a moleculelor nu crește liniar cu timpul, ca în mișcarea balistică, dar mult mai încet, ca piatra
rădăcină a timpului. Această difuzie pură nu este singura moleculă pasivă de mișcare aleatorie care
poate fi urmărită într-un mediu biologic.

23
Tabata și Takei, 2004, Strigini, 2005, Kicheva și colab., 2007
 Abordări teroretie și experimentale pentru a înțelege gradienții
morfogeni
În ultimul deceniu, bazate pe date moleculare noi, au fost propuse noi mecanisme
biologice de transport pentru morfogene secretate care implică procese active. Mecanismele de
transport mediate de vezicule care pot avea loc de-a lungul spațiului extracelular au fost
demonstrate24.
Au fost sugerate și interacțiuni directe cu rază lungă de acțiune prin proeminențe celulare
lungi25. În plus, a fost propus transportul prin celule mediate de cicluri de endocitoză și exocitoză
(denumit "transcytosis") (revizuit de Vincent și Dubois, 2002; Gonzalez-Gaitan, 2003).
Datele despre experimentele de mozaic în aripa zborului, care au stabilit un patch de
celule cu endocitoză afectată în apropierea sursei morfogene Dpp, au ridicat întrebarea dacă difuzia
a fost mecanismul principal al transportului Dpp26. În timpul formării gradientului, cantitatea de
morfogen Dpp a căzut puternic în spatele clonei celulelor (arătând așa-numita "umbră"), ceea ce a
sugerat că transportul Dpp necesită endocitoză pentru a ajunge la aceste celule27.
Chiar și așa, o analiză matematică și numerică a contestat această viziune. În modelul
formulat, transportul Dpp a fost condus doar prin difuzie. Au fost luate în considerare
internalizarea și reciclarea ligandului liber și a receptorilor legați, precum și degradarea acestor
molecule în interiorul celulelor. Endocitoza afectată a fost modelată ca o reducere a ratei
internalizării și o creștere a receptorilor de suprafață celulară. În acest scenariu, Dpp a fost prins
prin legarea sa cu cantitatea mare de receptori ai suprafeței celulare și o umbra a apărut în spatele
clonei. Prin urmare, apariția "umbrelor" nu a putut fi utilizată pentru a exclude difuzia ca mecanism
de transport.
Cu toate acestea, în ciuda expunerii unei umbre, morfogenul profilul nu a fost complet
de acord cu datele experimentale. O altă analiză teoretică a reformulat același model, prin
extinderea acestuia la două dimensiuni și prin stabilirea unei surse diferite de parametri-dependenți
de receptoare și a diferitelor condiții limită, pentru a denumi unele dintre modificări.
Endocitoza afectată a fost modelată ca o reducere a ratelor de internalizare, iar rezultatele
au arătat că în interiorul clonei a apărut o acumulare naturală puternică și rapidă a receptorilor,
care a fost esențială pentru a provoca o umbră.

24
Greco et al, 2001; Pana'kova et al, 2005, Tanaka și colab., 2005
25
Ramı'rez-Weber și Kornberg, 1999
26 Entchev et al, 2000
27 Idem 26.
 Abordări teroretie și experimentale pentru a înțelege gradienții
morfogeni
Cu toate acestea, nici o astfel de creștere nu a putut fi găsită experimental, nici profilul
ligandului nu a fost în totalitate în concordanță cu datele mozaicului, indicând faptul că difuzia nu
ar putea fi mecanismul unic al transportului Dpp28
Noua modelare teoretică recentă care ia în considerare transportul Dpp prin transcytoză
și difuzie la scara fiecărei celule a reușit să obțină mai multe profile de ligand adecvate observate
în experimentele mozaice, chiar și atunci când cantitatea totală de receptori ai suprafeței celulare
este constantă, susținând transcitoza ca mecanism pentru transportul Dpp29. În plus față de
relevanța lor în abordarea problemei modului în care este transportat Dpp, toate aceste studii
exemplifică cât de multe provocări ne confruntăm, de asemenea, din punct de vedere teoretic,
atunci când încercăm să respingem plauzibilitatea unui mecanism.
Studiul gradienților morfogeni s-a concentrat asupra moleculelor secretate, parțial
deoarece aceste molecule se pot mișca extracelular pe distanțe mari. Cu toate acestea, gradientele
moleculare de-a lungul unui țesut celular pot apărea fără a necesita nici o dinamică asupra spațiului
extracelular (Figura 3A). Pe de o parte, poate să apară transportul de la celulă la celulă prin
joncțiuni de decalaj30. Pe de altă parte, celulele pot fi vehiculul de transport al moleculei31. În
ultimii ani, au apărut dovezi experimentale și teoretice în favoarea mecanismelor de transport pe
bază de celulă32.
Aceste tipuri de transport permit formarea gradientilor de molecule nesecrete.
Două mecanisme, care pot avea loc atât pentru același gradient molecular, au crescut. În ambele
cazuri, sursa corespunde unei regiuni spațiale unde celulele se divizează și au capacitatea de a
produce componenta moleculară (de exemplu ARNm). Astfel, atunci când celulele devin plasate
în afara acestei regiuni, ele încetează să producă molecula.
Dacă în timp celulele se deplasează sau se deplasează mai departe de sursă, în timp ce
le degradează conținutul molecular, se formează un gradient spațial33

28 Kruse et al, 2004

29
Bollenbach et al, 2007
30
Esser et al, 2006
31
Lecuit și Cohen, 1998; Tabata, 2001; Teleman și colab., 2001
32
Pfeiffer et al, 2000; Gaunt et al, 2003, Dubrulle și Pourquie, 2004, Ibangues et al, 2006
33
Gaunt et al, 2003, Dubrulle și Pourquie, 2004, Ibangues et al., 2006
 Abordări teroretie și experimentale pentru a înțelege gradienții
morfogeni
În plus, gradienții moleculare pot fi formate și prin diluarea continutului molecular pe
celulele care se impart in mod continuu si devin deplasate departe de sursa, un mecanism denumit
transport celular. Gradienții de molecule nesecrete pot la rândul lor să creeze distribuții gradate de
factori secretați și alte tipuri de molecule.
După cum a fost demonstrat, gradienții de ARNm asigură o sursă gradată de translație a
proteinelor, care generează un gradient de proteine În plus, gradientele moleculelor nesectate pot
transforma o distribuție uniformă moleculară într-un morfogen sau un gradient de semnalizare,
prin modularea degradării sau transducției sale, respectiv, pe fiecare celulă.
De exemplu, dacă molecula non-secretă inhibă degradarea morfogenului, morfogenul va
fi mai putin degradata in celulele apropiate de sursa moleculei necreate decat in celulele mai
indepartate. Astfel, degradarea diferențială de-a lungul unui câmp de celule ar putea induce un
gradient morfogen. Până în prezent, sa demonstrat că degradarea diferențială mediată de gradienții
moleculelor secretate formează și stabilizează gradienții morfogeni. Acesta este cazul gradientului
anterior-la-posterior al acidului retinoic în sistemul nervos de dezvoltare a embrionilor zebrafish34,
care este format printr-un gradient paralel al factorului secretat Fgf8 care suprimă degradarea
acidului retinoic prin inhibarea expresiei enzimei degradante Cyp26a1.
Formarea unui gradient unic de morfogeni poate fi condusă de mai multe mecanisme de
transport descrise până acum, îmbunătățind cu atât mai mult transportul pe distanțe lungi a
morfogenei. De exemplu, gradientul proteinei FGF8 de la maduva de coada mai multor regiuni
anterioare la embrioni de vertebrate ar putea fi condus de difuzie, precum și de mecanismele de
transport bazate pe celule.
Acesta este un sistem foarte complex, care va necesita atât o caracterizare completă a
strategiilor experimentale, cât și a celor teoretice. Deoarece difuzia determină o dinamică
spatiotemporală mult mai rapidă decât diviziunea celulară în regiunea budilului, creșterea ratei de
degradare a Fgf8 la valori în care creșterea țesutului nu poate conduce transportul proteinei ar
putea oferi informații despre intervalul și rata de difuzie Fgf8.

34
White et al, 2007
 Abordări teroretie și experimentale pentru a înțelege gradienții
morfogeni
Astfel, predicțiile teoretice privind intervalul spațial al gradientului bazat numai pe
transportul difuziv ar putea fi comparate cu datele in vivo.
În plus, stabilirea unui cadru care cuplează ambele mecanisme de transport la nivel
celular (adică la această scară, transportul difuziv poate fi văzut ca o dinamică slave care se
adaptează repede la perturbațiile stabilite de celulele proliferative) ar putea evalua modul în care
celulele singulare percep gradientul și acționează pe el.

Dinamica gradientului

O mulțime de lucruri la gradienții morfogeni confirmă faptul că celulele simt și

interpretează o concentrație constantă de morfogen. În consecință, s-a pus accentul pe modelarea
formării gradientelor staționare. Prin rezolvarea analitică și numerică a dinamicii de gradient și a
soluției la starea de echilibru, se poate observa că gradientele tranzitorii și starea de echilibru
depind în mod distinct de valorile parametrilor care caracterizează transportul, degradarea și ratele
sursă (Figura 1C și D) și astfel va răspunde schimbărilor într-o manieră diferită35. Diferențele de
răspuns tranzitorii și starea de echilibru diferite vor fi relevante dacă luăm în considerare faptul că
nu este întotdeauna ușor de știut dacă un gradient morfogen a atins starea sa constantă in
vivo36.
Deoarece celulele în cele din urmă simt morfogenul și îl interpretează în mod
corespunzător, este interesant să știm cum celulele văd gradientul de-a lungul timpului. În plus, nu
toate celulele pot reacționa simultan la gradient, dar alternativ, fiecare celulă (sau grupuri de celule)
poate răspunde gradientului la un moment diferit, așa cum a fost descris pentru semnalizarea BMP.
În timp ce un gradient condus de difuzie sau alt mecanism de transport molecular se formează într-
un câmp static al celulelor, celulele sunt expuse la niveluri crescânde de morfogen în timp. Celulele
situate în apropierea sursei sunt cele care simt primul morfogen și experiența unor niveluri mai
ridicate de morfogen decât celulele situate la distanțe mai mari.

35
Bergmann et al, 2007; Lander, 2007
36
Bergmann et al, 2007, 2008; Gregor et al, 2007b , Bialek și colab., 2008
 Abordări teroretie și experimentale pentru a înțelege gradienții
morfogeni
Odată ce starea de echilibru a fost atinsă, celulele simt o cantitate constantă de
morfogene, care depinde de locul în care se află celula.
Dar chiar dacă gradientul este în starea de echilibru, activitatea sa poate fi dinamică și
tranzitorie. Acesta este cazul activității hedgehogului Sonic (omolog de vertebrate al ariciului
nevertebrat) în celulele neuronale vertebrate, care durează o perioadă de timp proporțională cu
cantitatea de morfogen37. Gradienții determinați de transportul pe bază de celule implică un câmp
dinamic al celulelor. În acest caz, conținutul molecular din interiorul celulelor nu ajunge la starea
de echilibru, iar celulele percep o cantitate moleculară descrescătoare în timp, care este legată de
distanța lor crescătoare față de sursă.
Prin urmare, modul în care celulele percep gradientul și astfel îl pot interpreta ulterior
puternic depinde de mecanismul de formare și de semnalizare a gradientului. Interpretarea
gradientului nu este doar pasul final Trei întrebări principale sunt implicate în interpretarea
gradientului: care sunt informațiile clasificate care sunt interpretate? Cum apare această
interpretare? Și ce specifică această informație clasificată? În ultimele decenii, mai multe grupuri
au început să abordeze aceste întrebări, descoperind mai multe complicații implicate în gradienții
morfogeni.
Studiul diferiților morfogeni a arătat că informațiile (sau semnalele) clasificate care sunt
interpretate pot depinde de gradientul morfogen specific. Astfel, semnalul gradat poate fi cantitatea
de morfogen în starea de echilibru în jurul unei celule, care poate fi măsurată prin numărul de
receptori legați sau, alternativ, prin raportul de legare la receptorii nelegați38. Ar putea fi, de
asemenea, cantitatea de morfogen într-o stare dinamică. O altă opțiune este aceea că semnalul
gradat care este interpretat nu este nivelul morfogenei, ci în schimb este abrupta gradientului39
Dovezile experimentale indică faptul că gradienții morfogeni pot conduce mai mult de
două soarte de celule diferite. În mod obișnuit, specificarea unor destinuri distincte a fost abordată
în termenii inducerii genelor în În consecință, răspunsurile celulare distincte sunt caracterizate prin
care țintele sunt active (Figurile 1A și 4D). Semnalul gradat provenit de la morfogen este astfel
transformat în răspunsuri binare aproximativ fiecare țintă, definind limite de răspuns ascuțite
(Figura 4B și D).

37
Dessaud et al, 2007
38
(Dyson și Gurdon, 1998; Gurdon și Bourillot , 2001; Casali și Struhl, 2004
39
Lawrence, 2001; Rogulja și Irvine, 2005).
 Abordări teroretie și experimentale pentru a înțelege gradienții
morfogeni
Diferite, mecanismele variind de la feedback-ul pozitiv, cooperativitatea și
ultrasensibilitatea de ordinul zero s-au dovedit a transforma un semnal gradat într-un răspuns
binar40.Abordările teoretice au fost importante pentru a propune și a caracteriza aceste mecanisme
pentru comportamentul de tip "switch-like", analizând stările staționare ale unei dinamici celulare
autonome, sub un stimul extern de intrare (Caseta 3).

Figura 4. Interpretarea gradientului morfogen. (A) Gradientul morfogenei generează un semnal (S, în albastru) la care se
răspunde o celulă (cerc portocaliu). Semnalul induce (săgeți albastre) expresia țintelor X, Y și Z. Aceste ținte au sensibilitate diferită
(denotată cu casete deschise) la același semnal S. X este slab sensibil la S, Y este ușor sensibil și Z este foarte sensibil. (B) Răspunsul
binar al genelor țintă X, Y și Z la semnalul S. Nivelurile scăzute ale lui S activează numai Z, nivelurile medii activează atât Z cât
și Y, iar nivelele înalte acționează toate țintele. (C) Semnalul induce exprimarea țintelor X, Y și Z, care au aceeași sensibilitate, dar
interacționează unul cu celălalt. Este prezentat un exemplu de interacțiuni plauzibile celular-autonome, în care Z reprimă atât Y cât
și X, iar Y reprima X (represiunea este arătată de curbe cu capătul liniei, săgețile indică inducția). În acest caz, pentru a obține
diferite răspunsuri de-a lungul unui gradient, nu sunt necesare alte sensibilități, dar ar putea fi, de asemenea, participante. Pe măsură
ce X este reprimat de Y și Z, semnalul general pe care îl percepe este mai mic decât semnalul Y perceput, care, la rândul său, este
mai mic decât semnalul Z percepe. Astfel, răspunsul binar al genelor țintă la diferite valori ale semnalului S este de asemenea
prezentat în (B). (D) Răspunsurile binare X, Y și Z (linii) la un semnal gradat (S, triunghi albastru) de-a lungul unui câmp de celule
(cercuri portocalii). Sunt induse trei regiuni spațiale și o soartă diferite, care se caracterizează prin acele gene exprimate. Expresia
din interiorul celulelor este marcată printr-un dreptunghi colorat (violet pentru X, roșu pentru Y și portocaliu pentru Z).

40
Ferrell, 2002, Ashe și Briscoe, 2006
 Abordări teroretie și experimentale pentru a înțelege gradienții
morfogeni

Cum determină gradientul morfogen mai multe soarte distincte? Pe de o parte, țintele
semnalului morfogen pot fi caracterizate de niveluri diferite de sensibilitate (Figura 4A). Această
sensibilitate poate corespunde afinităților genelor țintă cu siturile de legare a semnalului morfogen.
Fiecare țintă va răspunde peste un semnal de prag diferit, care va depinde de afinitatea situsului de
legare a morfogenei (adică acele ținte care prezintă afinitate scăzută vor răspunde numai la niveluri
ridicate ale semnalului, în timp ce cele cu afinitate mare vor răspunde la niveluri mai mici a
semnalului, a se vedea figura 4B).
Astfel, nivelul semnalului morfogen va selecta care ținte sunt induse și va fi obținut un
model în spațiu al diferitelor ținte activate (Figura 4D). Pe de altă parte, semnalul morfogen poate
activa sau reprima în mod similar mai multe ținte, care, ca urmare a interacțiunii lor într-o rețea,
răspund distinct la același semnal (Figura 4B și C).
În consecință, pentru un semnal gradat pe spațiu, va apărea un model de ținte active diferite
(Figura 4D). În acest caz, deși sensibilitatea țintelor ar putea fi aceeași, răspunsul va diferi în
funcție de cantitatea de semnal. Reținem că un peisaj uriaș de topologii și dinamici de rețea diferite
poate fi luat în considerare, care ar putea genera multe modele diverse. Este important faptul că
cele două strategii descrise pot acționa în același timp pe un singur morfogen pentru a dirija un
răspuns.
Într-adevăr, ambele mecanisme au fost raportate pentru gradientul Bicoid. Numărul și
afinitatea situsurilor de legare a bicoidului oferă un nivel diferit de sensibilitate la semnalul
Bicoid41. În plus, genurile gap gap-țintă, activate de Bicoid, se repetă reciproc și, astfel,
interpretează și gradientul prin interacțiunea lor42. Cu toate acestea, în plus, o analiză
bioinformatică a constatat că combinația a câțiva activatori suplimentari care leagă regiunile
promotoare ale genelor țintă Bicoid poate fi relevantă pentru controlul și specificarea interpretării
gradientului Bicoid43.

41
Driever și colab., 1989c; Struhl și colab., 1989; Gao și colab., 1996
42
Jaeger et al, 2004, Jaeger și Reinitz, 2006, Bergmann et al., 2007
43
Ochoa-Espinosa et al., 2005
 Abordări teroretie și experimentale pentru a înțelege gradienții
morfogeni
Modelele distincte ale expresiei genelor între celule sunt de așteptat să genereze în cele
din urmă comportamente celulare diferite. În mod specific, sa demonstrat că gradientul Dpp din
aripa embrionilor Drosophila controlează proliferarea celulelor44. În plus, gradientul FGF8 în
mesodermul presomitic al embrionilor de pui este tradus într-un gradient de kinază reglată prin
semnal extracelular (ERK), care promovează migrația celulară.
Poate acest comportament celular indus la rândul său modifică gradientul morfogen,
stabilind un feedback între formarea gradientului și interpretare? Potențial da, deoarece dinamica
celulară poate forma gradienți morfogeni45. Într-adevăr, dinamica celulară este esențială pentru a
crea gradientul fgf8 al mRNA. Astfel, această dinamică a celulelor poate avea un rol important în
modelarea gradientului de semnalizare a proteinei și ERK.
Relevanța unui astfel de feedback, în funcție de intervalul de timp al interpretării
gradientului, de răspunsul celular și de formarea gradientului, va necesita o evaluare atentă, ajutată
de abordări teoretice. Mai mult decât atât, au fost descoperite feedback-urile moleculare între
semnalizarea și formarea gradientului, care subliniază, de asemenea, importanța evaluării
procesului de formare și de interpretare un întreg sistem.

Perspectivele viitoare: o abordare biologică a sistemelor pentru gradienti

morfogeni
Gradienții morfogeni au fost o lucrare-cadru extrem de utilă pentru a caracteriza procesele de
formare a modelelor în embrionii care dezvoltă. În ciuda simplității lor aparente, date noi privind
gradienții morfogeni evidențiază și amplifică complexitatea pe care acest cadru o implică. Astfel,
gradienți morfogeni exemplifică cele mai multe dintre complexitățile pe care trebuie să le abordăm
atunci când studiem dezvoltarea embrionară: interacțiunea dintre diferite niveluri de organizare,
timp și scale și componente. Gradienții morfogeni prezintă două avantaje: cunoștințele
aprofundate pe care le-am dobândit în ultimele decenii pe această temă și cunoștințele
suplimentare pe care le obținem de fiecare dată când folosim strategii teoretice și
computaționale combinate cu abordări experimentale pentru a le descifra caracteristicile.

44
Rogulja și Irvine, 2005
45
Dubrulle și Pourquie, 2004; Iban~es et al, 2006
 Abordări teroretie și experimentale pentru a înțelege gradienții
morfogeni
Noile date au arătat mecanisme bazate pe celule pentru transportul moleculelor care
permit formarea de gradienți de molecule nesecrete. Dacă astfel de gradienți se dovedesc a forma
informații clasificate la care celulele răspund, morfologii trebuie să fie extinși pentru a include
molecule nesecrete. În plus, aceste și alte date au evidențiat faptul că cunoașterea dinamicii
gradienților, și nu numai starea lor constantă, devine din ce în ce mai importantă. În prezent, încă
știm foarte puține despre cum dinamica gradientilor participă la procesul general de interpretare a
gradientului. Pentru a arunca o lumină asupra acestei probleme, abordările matematice pot fi
extrem de utile prin prezicerea felului de răspuns pe care ne-am putea aștepta.
În majoritatea cazurilor, forma și dinamica formării gradientului morfogen sunt analizate
independent de interpretarea gradientului. Astfel, interpretarea gradientului a fost neglijată în mod
obișnuit la studierea formării gradientului. Cu toate acestea, unele dintre constatările pe care le-am
subliniat aici evidențiază o problemă foarte importantă care a fost în mare parte evitată: gradientul
poate depinde de răspunsul pe care îl provoacă. Deoarece răspunsul este dirijat de gradient, poate
exista un feedback între gradient și răspuns.
La nivel molecular, un astfel de feedback a fost deja luat în considerare: semnalul
morfogen poate reacționa la producerea receptorilor sau a liganzilor, modificând profilul
gradientului .Cu toate acestea, un astfel de feedback nu apare neapărat doar la nivel molecular, dar
poate implica și dinamica celulelor. Am văzut că gradienții morfogeni pot induce modificări în
dinamica celulelor, activând starea lor proliferativă și migratorie46.
Deoarece proliferarea celulelor și deplasarea celulelor spatiotemporale pot forma un
gradient un astfel de răspuns celular poate modifica gradientul în schimb. Astfel, deoarece
răspunsurile atât la nivelul molecular, cât și celular pot forma gradientul morfogen, este necesar să
se studieze împreună procesul de formare și de interpretare a gradientului (Figura 5).

46
Delfini et al, 2005; Rogulja și Irvine, 2005
 Abordări teroretie și experimentale pentru a înțelege gradienții
morfogeni

Figura 5. O abordare biologică sistemică a gradientilor morfogeni. Formarea și interpretarea gradientului morfogen implică
mai multe procese descrise de sus în jos. Gradientul morfogen induce (săgeată gri) un semnal gradat (în verde). Acest semnal nu
prezintă neapărat același profil de gradient ca și gradientul morfogen. Semnalul provoacă dinamica răspunsului molecular și celular
(săgeata gri). Cu toate acestea, există și interacțiuni de feedback: gradientul morfogen și gradientul de semnal depind de dinamica
moleculară și celulară pe care o induc (săgeată galbenă).

Prin urmare, formarea înțelegerii modelului prin gradienți morfogeni poate necesita
abordări integrative care iau în considerare atât formarea gradientului cât și interpretarea într-un
cadru comun. Probleme cum ar fi găsirea unei dinamici fiabile a sistemului morfogen și a modului
în care se poate obține această fiabilitate și performanță pot descoperi informații vitale47.
Prin neglijarea implicită a unui astfel de feedback, reducem gama de posibile proiecte
care permit fiabilitatea morfogenei: gradientul morfogen în sine este foarte fiabil și o astfel de
robustețe este păstrată în timpul interpretării gradientului; în mod alternativ, procesul de
interpretare a gradientului este responsabil pentru stabilirea unui răspuns fiabil din partea unei
intrări gradate variabile. Cu toate acestea, o abordare sistemică va extinde domeniul de aplicare și
ar putea apărea un alt răspuns plauzibil: fiabilitatea depinde de interacțiunea dintre dinamica
formării și interpretare

47
Eldar et al, 2003; Lander, 2007
 Abordări teroretie și experimentale pentru a înțelege gradienții
morfogeni
Referinte: