Karp 7a c02 Bases Quimicas Vida

BIOLOGÍA CELULAR Y MOLECULAR
Capítulo 1.
2. Bases
Introducción
químicas
al de
estudio
la vida
de la biología celular y molecular
Capítulo 2
Bases químicas de la vida
2.1 Enlaces covalentes

2.2 Enlaces no covalentes
2.3 Ácidos, bases y amortiguadores
2.4 Naturaleza de las moléculas biológicas
2.5 Cuatro tipos de moléculas biológicas
2.6 Formación de estructuras macromoleculares
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complejas
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PERSPECTIVA HUMANA:
Radicales libres como causa de envejecimiento
El plegamiento anormal de proteínas puede
tener consecuencias letales
VÍAS EXPERIMENTALES:
Chaperonas: moléculas que ayudan a las
proteínas a plegarse de manera apropiada
Capítulo 2. Bases químicas de la vida
Figura 2.1 Representación de la disposición de electrones en un número de átomos comunes. Los electrones se
encuentran alrededor del núcleo del átomo en “nubes” u orbitales, definidos de manera general por sus límites, que
pueden tener una forma esférica o de mancuerna. Cada orbital contiene un máximo de dos electrones, razón por la cual
los electrones (puntos oscuros en la figura) se agrupan en pares. La capa más interna contiene un solo orbital (por lo
tanto, dos electrones), la segunda tiene cuatro (ocho electrones) y la tercera tiene el mismo número, etc. La cantidad de
electrones de la capa externa determina las propiedades químicas de un elemento. Los átomos con un número parecido
de electrones en la capa externa tienen propiedades similares. Por ejemplo, el litio (Li) y el sodio (Na) poseen un electrón
en la capa externa y ambos son metales muy reactivos. El carbono (C) y el silicio (Si) pueden unirse a cuatro átomos
diferentes. Sin embargo, por su tamaño, un átomo de carbono puede unirse a otros átomos de carbono y crear moléculas
orgánicas de cadena larga, mientras que el silicio es incapaz de formar estructuras comparables. El neón (Ne) y el argón
(Ar) tienen completa su capa externa, lo que los hace apenas reactivos; se conocen como gases inertes.
Figura 2.2 Disolución de un cristal de sal. Cuando se colocan en agua, los iones Na+ y Cl_ de un
cristal de sal quedan rodeados por moléculas de agua, lo que rompe los enlaces entre ambos
iones. Conforme la sal se disuelve, los átomos de oxígeno con carga negativa de las moléculas
de agua se relacionan con los iones de sodio que tienen carga positiva; los átomos de
hidrógeno positivos del agua se relacionan con los iones cloro, de carga negativa.
Figura 2.3 Los enlaces iónicos no covalentes tienen una función importante para mantener a la
molécula proteínica de la derecha (átomos amarillos) junto a la molécula de DNA a la izquierda.
Se forman enlaces iónicos entre los átomos de nitrógeno con carga positiva en la proteína y los
átomos de oxígeno electronegativos del DNA. La molécula misma de ácido nucleico consiste en
dos cadenas separadas que se mantienen unidas por enlaces de hidrógeno no covalentes.
Aunque un solo enlace no covalente es relativamente débil y fácil de romper, una gran cantidad
de estos enlaces entre dos moléculas, como los que hay entre dos cadenas de DNA, hacen que el
complejo sea bastante estable. (La imagen superior fue proporcionada por Stephen Harrison.)
Figura 2.4 Enlaces de hidrógeno formados

entre un átomo electronegativo, como el
nitrógeno o el oxígeno (que tienen carga
negativa parcial), y un átomo de hidrógeno,
que tiene una carga positiva parcial. Los
enlaces de hidrógeno (de unos 0.18 nm) casi
siempre miden dos veces más que los
enlaces covalentes, que son mucho más
fuertes.
Figura 2.5 En una interacción

hidrófoba, las moléculas no polares
(sin afinidad por el agua) se reúnen en
agregados, lo que disminuye su
exposición a las moléculas de agua
circundantes.
Figura 2.6 Fuerzas de van der Waals.

(a) Conforme dos átomos se
aproximan uno al otro, experimentan
una fuerza de atracción débil que
aumenta hasta una distancia
específica, casi siempre de unos 4 Å. Si
los átomos se aproximan más, sus
nubes de electrones se repelen,
separándolos. (b) Aunque las fuerzas
de van der Waals individuales son
muy débiles, puede formarse una gran
cantidad de estas atracciones si dos

macromoléculas tienen superficies
complementarias, como se indica en

este esquema (la figura 2.40 presenta
un ejemplo).
Figura 2.7 Formación de enlaces de

hidrógeno entre moléculas de agua vecinas.
Cada átomo de hidrógeno de la molécula
tiene casi cuatro décimos de una carga
positiva completa y un solo átomo de
oxígeno tiene ocho décimos de una carga
negativa completa.
Figura 2.8 Importancia del agua en la estructura de las proteínas. En esta imagen se muestran
las moléculas de agua (cada una con un solo átomo de oxígeno rojo y dos grises más pequeños
de hidrógeno) en sus sitios ordenados entre las dos subunidades de una molécula de
hemoglobina de almeja. (Tomada de Martin Chaplin, Nature Revs. Mol. Cell Biol. 7:864, 2006, © 2006, Macmillan
Publishers Limited.)
Figura 2.9 Colesterol. Su estructura ilustra la forma en que los átomos de carbono
(representados por círculos negros) son capaces de crear enlaces covalentes hasta con otros
cuatro átomos de carbono. Como resultado, los átomos de carbono pueden unirse para formar
los esqueletos de una variedad ilimitada de moléculas orgánicas. La columna central de la
molécula de colesterol es una estructura de cuatro anillos, la cual es característica de los
esteroides (p. ej., estrógenos, testosterona y cortisol). La molécula de colesterol mostrada se
trazó con un modelo de esferas y varillas, otra manera de mostrar la estructura molecular.
Figura 2.10 Monómeros y polímeros; polimerización e hidrólisis. (a) Los polisacáridos, las proteínas y los ácidos
nucleicos constan de monómeros (subunidades) unidas por enlaces covalentes. Los monómeros libres no sólo reaccionan
uno con el otro para convertirse en macromoléculas, sino que cada unidad se activa primero por la unión con una
molécula portadora, la cual después transfiere el monómero al extremo de la macromolécula en crecimiento. (b) Una de
estas estructuras se desarma por la hidrólisis de los enlaces que unen a los monómeros. La hidrólisis es la división de un
enlace por el efecto del agua. Todas estas reacciones están catalizadas por enzimas específicas.
Figura 2.11 Visión general de los

tipos de moléculas biológicas que
conforman varias estructuras
celulares.
Figura 2.12 Estructura de los azúcares. (a) Fórmula lineal de la fructosa, una cetohexosa (ceto indica
que el carbonilo [amarillo] se localiza dentro, y hexosa, que contiene seis carbonos). (b) Fórmula lineal
de la glucosa, una aldohexosa (aldo significa que el carbonilo está en el extremo de la molécula). (c)
Reacción espontánea en la cual la glucosa cambia de una cadena abierta a un anillo cerrado (un anillo
de piranosa). (d) La glucosa se representa casi siempre en la forma de un anillo plano (planar)
perpendicular a la página, con la línea gruesa situada cerca del lector, y los grupos H y OH proyectados
arriba o debajo del anillo. Las bases para asignarle su nombre la d-glucosa _ se explican en la sección
siguiente. (e) La configuración en silla de la glucosa representa su estructura tridimensional con más
exactitud que el anillo plano de la parte d. (f) Modelo de esferas y varillas de la conformación en silla
de la glucosa.
Figura 2.13 Estereoisomerismo del

gliceraldehído. (a) Los cuatro grupos unidos a
un átomo de carbono (marcados a, b, c y d)
ocupan las cuatro esquinas de un tetraedro con
el átomo de carbono en el centro. (b) El
gliceraldehído es la única aldosa con tres
carbonos; su segundo átomo de carbono está
unido a cuatro grupos diferentes (—H, —OH, —
CHO y —CH2OH). Como resultado, hay dos
configuraciones posibles para el gliceraldehído
que no pueden superponerse, sino que son
imágenes en espejo una de la otra, como se

indica. Estos dos estereoisómeros (o
enantiómeros) pueden distinguirse por la

configuración de los cuatro grupos alrededor
del átomo de carbono asimétrico (o quiral). Las
soluciones de estos dos isómeros rotan la luz
polarizada en plano en direcciones contrarias,
por lo que se dice que tienen actividad óptica.
(c) Fórmulas lineales del gliceraldehído. Por
convención, el d-isómero se presenta con el
grupo OH a la derecha.
Figura 2.14 Aldotetrosas. Como tienen dos átomos de carbono asimétricos, las aldotetrosas
pueden existir en cuatro configuraciones.
Figura 2.15 Formación de piranosas α y β Cuando una molécula de glucosa experimenta una
reacción espontánea para formar un anillo de piranosa (p. ej., un anillo de seis elementos), se
generan dos estereoisómeros. Los dos isómeros están en equilibrio entre sí mediante la forma
en cadena abierta de la molécula. Por convención, la molécula es una piranosa α cuando el
grupo OH del primer carbono se proyecta por debajo del plano del anillo, y una piranosa β si el
grupo hidroxilo se dirige hacia arriba.
Figura 2.16 Disacáridos. La

sacarosa y la lactosa son dos de los
disacáridos más frecuentes. La
primera se compone de glucosa y
fructosa unidas por un enlace
α(1 → 2), mientras que la lactosa se
forma con glucosa y galactosa
unidas por un enlace β (1 → 4).
Figura 2.17 Tres polisacáridos con

monómeros de azúcar idénticos pero con
propiedades muy diferentes. El glucógeno
(a), el almidón (b) y la celulosa (c) están
compuestos sólo por subunidades de
glucosa, pero sus propiedades químicas y
físicas son muy diferentes por las maneras
distintas en que se unen los monómeros
(los tres tipos diferentes de uniones se
indican con números en un círculo). Las
moléculas de glucógeno son las más
ramificadas, las de almidón adquieren una
configuración helicoidal y las de celulosa
son muy largas y sin derivaciones. Mientras
que el glucógeno y el almidón almacenan
energía, las moléculas de celulosa se

agrupan en fibras resistentes adecuadas
para su función estructural. Las

micrografías electrónicas coloreadas
muestran los gránulos de glucógeno en una
célula de hígado, granos de almidón
(amiloplastos) en una semilla vegetal y las
fibras de celulosa en una pared celular
vegetal; cada una se indica con una flecha.
(Fotografías en recuadros: [arriba] Don
Fawcett/Photo Researchers, Inc.; [centro]
Jeremy Burgess/Photo Researchers, Inc.;
[abajo] Biophoto Associates/Photo
Researchers, Inc.)
Figura 2.18 La quitina es el componente

principal del exoesqueleto brillante de este
saltamontes. (Anthony Bannister/Gallo Images/©
Corbis.)
Figura 2.19 Grasas y ácidos grasos. (a)

Estructura básica de un triacilglicerol
(también llamado triglicérido o grasa
neutra). La fracción de glicerol, indicada en
color naranja, está unida por tres enlaces
éster a los grupos carboxilo de tres ácidos
grasos cuyas colas se muestran en verde. (b)
Ácido esteárico, un ácido graso saturado de
18 carbonos, frecuente en las grasas
animales. (c) Modelo tridimensional de un
triestearato, un triacilglicerol que contiene
tres cadenas idénticas de ácido esteárico. (d)

Modelo tridimensional del aceite de linaza,
un triacilglicerol derivado de semillas de lino

que tiene tres ácidos grasos insaturados
(ácidos linoleico, oleico y linolénico). Los
sitios de instauración, que producen ángulos
en la molécula, se indican por las barras de
color amarillo y naranja.
Figura 2.20 Los jabones están

formados por ácidos grasos. En
este esquema de una micela de
jabón, las colas no polares de
los ácidos grasos se dirigen al
interior, donde interactúan con
la materia grasa a disolver. Las
cabezas de carga negativa
relativa se sitúan en la
superficie de la micela, donde
interactúan con el agua
circundante. Las proteínas de la

membrana, que tienden a ser
insolubles en agua, también

pueden solubilizarse de esta
manera mediante su extracción
con detergentes.
Figura 2.21 Estructura de los esteroides.

Todos los esteroides comparten el
esqueleto básico de cuatro anillos. Las
variaciones aparentemente menores que
existen entre las estructuras químicas del
colesterol, la testosterona y los
estrógenos, generan profundas
diferencias biológicas.
Figura 2.22 Fosfatidilcolina, un fosfolípido. La molécula consiste en una columna central de

glicerol cuyos grupos hidroxilo están unidos mediante enlaces covalentes con dos ácidos grasos
y un grupo fosfato. A su vez el fosfato de carga negativa también está unido a un pequeño
grupo colina de carga positiva. El extremo de la molécu la que contiene la fosforilcolina es
hidrófilo, mientras que el lado opuesto, formado por las colas de los ácidos grasos, es
hidrófobo. La estructura y la función de la fosfatidilcolina y otros fosfolípidos se describen con
detalle en la sección 4.3.
Figura 2.23 Dos ejemplos de las miles de estructuras biológicas compuestas en primera
instancia por proteínas. Éstas incluyen (a) las plumas, que son adaptaciones en las aves para el
aislamiento térmico, el vuelo y la identificación sexual, y (b) las lentes oculares, como las de
esta araña, que enfocan los rayos de luz. (a: Darrell Gulin/Getty Images; b: Thomas
Shahan/Photo Researchers, Inc.)
Figura 2.24 Estructura de aminoácido.

Modelo de esferas y varillas (a) y fórmula
química (b) de un aminoácido en el que R
puede ser cualquiera de varios grupos
químicos (fig. 2.26). (c) La formación de un
enlace peptídico ocurre por condensación de
dos aminoácidos, que aquí se presentan en
estado sin carga. En la célula, esta reacción
ocurre en un ribosoma, cuando un
aminoácido se transfiere de una molécula
portadora (tRNA) al extremo de una cadena
polipeptídica en crecimiento (fig. 11.49).

Figura 2.25 Estereoisomerismo de los aminoácidos. Como el carbono αde todos los
aminoácidos, salvo el de la glicina, está unido a cuatro grupos diferentes, existen dos
estereoisómeros posibles. Se muestran las formas D y L de la alanina.
Figura 2.26 Estructura química de los aminoácidos. Estos 20 aminoácidos son los más
frecuentes en las proteínas y, en particular, los codificados por el DNA. Pueden existir otros
aminoácidos como resultado de alguna modificación a alguno de los que se presentan. Se
clasifican en cuatro grupos según la naturaleza de sus cadenas laterales, como se describe en el
texto. Todas las moléculas se ilustran como aminoácidos libres en su estado ionizado, como se
encontrarían en una solución con pH neutro.
Figura 2.26 Estructura química de los aminoácidos. (Continuación)



Figura 2.27 Ionización de aminoácidos polares, con

carga. (a) La cadena lateral del ácido glutámico pierde
un protón cuando su grupo ácido carboxílico se ioniza.
El grado de ionización del grupo carboxilo depende del
pH del medio: cuanto más alta es la concentración de
iones hidrógeno (pH bajo), menor es el porcentaje de
grupos carboxilo en estado ionizado. Por el contrario, un
aumento del pH incrementa la ionización del protón del
grupo carboxilo, lo que eleva el porcentaje de las
cadenas laterales de ácido glutámico con cargas
negativas. El pH en el cual 50% de las cadenas laterales
está ionizado y 50% no, se conoce como pK, que es 4.4
para la cadena lateral del ácido glutámico libre. A pH
fisiológico, casi todos los residuos del ácido glutámico

del polipéptido tienen carga negativa. (b) La cadena
lateral de la lisina se ioniza cuando su grupo amino gana
un protón. Cuanto más alta es la concentración de iones

hidroxilo (pH alto), menor es el porcentaje de grupos
amino con carga positiva. El pH en el cual 50% de las
cadenas laterales de la lisina está cargado y 50% no, es
10.0, que es el pK para la cadena lateral de la lisina libre.
A pH fisiológico, todos los residuos de lisina de un
polipéptido tienen carga positiva. Una vez incorporado
en un polipéptido, el pK de un grupo cargado depende
mucho del ambiente circundante.
Figura 2.28 Disposición de residuos hidrófilos e hidrófobos de aminoácidos en la proteína

soluble del citocromo c. (a) Las cadenas laterales hidrófilas, que se muestran en verde, se
sitúan sobre todo en la superficie de la proteína, donde están en contacto con el medio acuoso
circundante. (b) Los residuos hidrófobos, en rojo, se localizan principalmente en el centro de la
proteína, sobre todo en la proximidad del grupo hemo central. (Ilustración, Irving Geis. Imagen
de Irving Geis Collection/Howard Hughes Medical Institute. Derechos propiedad de HHMI.
Reproducida sólo con autorización.)
Figura 2.29 Micrografía electrónica de barrido de un eritrocito de una persona con anemia
drepanocítica. Compárese con la micrografía de un eritrocito normal en la figura 4.32a. (Cortesía
de J. T. Thornwaite, B. F. Cameron y R. C. Leif.)
Figura 2.30 Hélice α. (a) Representación tubular de una hélice α Los átomos de la cadena principal cabrían justos dentro
de un tubo con este radio. (b) Trayectoria helicoidal alrededor de un eje que sigue la columna central del polipéptido en
una región de la hélice α Cada giro completo (de 360°) de la hélice es de 3.6 residuos de aminoácidos. La distancia sobre
el eje entre residuos adyacentes es de 1.5 Å. (c) Disposición de los átomos de la columna central de la hélice α y los
enlaces de hidrógeno que se forman entre aminoácidos. Por la rotación helicoidal, los enlaces peptídicos de cada cuatro
aminoácidos quedan muy próximos entre sí. La unión de un grupo carbonilo (C ═ O) de un enlace peptídico con el grupo
imino (H—N) de otro, forma enlaces de hidrógeno entre ellos. Éstos (barras naranja) son paralelos al eje del cilindro y por
lo tanto mantienen unidos los giros de la cadena. (a: con autorización de: Jaynath R. Banaver y Amos Maritan. Figura por
Timothy Lezon y reimpresa con autorización de the Annual Review of Biophysics, Volume 36; © 2007, by Annual Reviews,
Inc.)
Figura 2.31 Lámina β plisada. (a) Representación tubular de una lámina β antiparalela. (b) Cada polipéptido de la lámina β
asume una conformación extendida, pero plisada conocida como cadena β Los pliegues se deben a la localización de los
carbonos α arriba y debajo del plano de la lámina. Las cadenas laterales sucesivas (grupos R en la figura) se proyectan
hacia arriba y abajo de la columna central. La distancia sobre el eje que hay entre residuos adyacentes es 3.5 Å. (c) Una
lámina β plegada consiste en un número de cadenas β paralelas entre sí y unidas por un conjunto regular de enlaces de
hidrógeno entre los grupos carbonilo e imino de las columnas centrales adyacentes. Los segmentos vecinos de la columna
central polipeptídica pueden encontrarse paralelos (en la misma dirección terminal N → terminal C) o antiparalela (en la
dirección opuesta terminal N → terminal C). (a: de Jaynath R. Banaver y Amos Maritan. Figura creada por Timothy Lezon.
Reimpresa con autorización de the Annual Review of Biophysics, Volume 36; © 2007, por Annual Reviews, Inc.; B. C:
Ilustración de Irving Geis. Imagen de la Irving Geis Collection/Howard Hughes Medical Institute. Derechos de HHMI. Sólo
puede reproducirse con autorización.)
Figura 2.32 Modelo de listones de la

ribonucleasa. Las regiones de la hélice
α se presentan como espirales y las
cadenas β como listones aplanados con
flechas que indican la dirección
terminal N → terminal C del
polipéptido. Los segmentos de la
cadena que no adoptan una estructura
secundaria regular (o sea, hélice α o
lámina β consisten sobre todo en asas
y rizos, que se muestran en verde claro.
Los enlaces disulfuro se indican en

amarillo. (Dibujo a mano de Jane S.
Richardson.)
Figura 2.33 Patrón de difracción de rayos X

de la mioglobina. El patrón de manchas se
produce por un haz de rayos X difractado por
los átomos en el cristal de proteína, lo que
hace que las radiaciones choquen con la
película en sitios específicos. La información
obtenida de la posición y la intensidad
(oscuridad) de las manchas puede usarse
para calcular la posición de los átomos que
difractaron el haz en la proteína, lo que da
lugar a estructuras complejas, como la que
se muestra en la figura 2.34. (Cortesía de John C.

Kendrew.)
Figura 2.34 Estructura tridimensional de la mioglobina. (a) Estructura terciaria de la

mioglobina de ballena. La mayor parte de los aminoácidos está organizada en hélices α La
mayoría de las regiones no helicoidales son giros, donde la cadena polipeptídica cambia de
dirección. La posición del grupo hemo está indicada en rojo. (b) Estructura tridimensional de la
mioglobina (el grupo hemo aparece en rojo). Se muestran posiciones de todos los átomos de la
molécula, excepto los de hidrógeno. (a: Ilustración de Irving Geis. Imagen de Irving Geis Collection/Howard
Hughes Medical Institute. Derechos de HHMI. Reproducida sólo con autorización; b: Ken Edward/Photo Researchers.)
Figura 2.35 Tipos de enlaces no covalentes que mantienen la conformación de las proteínas.
Figura 2.36 Las proteínas se forman a

partir de unidades estructurales, o
dominios. La enzima de mamíferos
fosfolipasa C está formada por cuatro
dominios, indicados en colores
distintos. El dominio catalítico de la
enzima se muestra en azul. Cada región
de esta enzima puede encontrarse de
manera independiente en otras
proteínas, como se indica con el color
equivalente. (Tomada a partir de Lisa Holm y
Chris Sander, Structure 5:167, © 2007. con

autorización de Elsevier.)
Figura 2.37 Movimientos dinámicos dentro de la enzima acetilcolinesterasa. En esta imagen se presenta una parte de
la enzima en dos conformaciones distintas: (1) una cerrada (izquierda) en la que la entrada al sitio catalítico está
bloqueada por la presencia de anillos aromáticos que forman parte de las cadenas laterales de los residuos de tirosina
y fenilalanina (en color púrpura), y (2) una abierta (derecha) en la que los anillos aromáticos de estas cadenas laterales
se quitaron del camino, lo que abre una “compuerta” para permitir que las moléculas de acetilcolina entren al sitio
catalítico. Estas imágenes se reconstruyeron con programas computacionales que toman en cuenta mucha información
sobre los átomos que componen las moléculas, incluidos la longitud de los enlaces, sus ángulos, su atracción y
repulsión electrostática, las fuerzas de van der Waals, etc. Con esta información, los investigadores pueden simular los
movimientos de varios átomos en un periodo muy corto, lo que brinda imágenes de las conformaciones que la
proteína puede asumir. (Cortesía de J. Andrew McCammon.)
Figura 2.38 Proteínas con estructura cuaternaria. (a)

Dibujo del factor de crecimiento transformante β2 (TGF-
β2), una proteína dimérica compuesta por dos
subunidades idénticas (coloreadas de amarillo y azul).
En blanco se muestran las cadenas laterales de cisteína
y los enlaces disulfuro. Las esferas en amarillo y azul son
los residuos hidrófobos que forman la interfaz entre las
dos subunidades. (b) Dibujo de una molécula de
hemoglobina, formada por dos cadenas de globina α y
dos de globina β (heterotetrámero) unidas por enlaces
no covalentes. Cuando los cuatro polipéptidos de
globina se ensamblan en una molécula de hemoglobina
completa, la cinética de unión y la liberación del oxígeno
son muy distintas a las presentadas por los polipéptidos

aislados. Esto se debe a que la unión del oxígeno con un
polipéptido induce un cambio conformacional en los
otros polipéptidos que altera su afinidad por las

moléculas de O2. (a: imagen reimpresa con autorización
de S. Daopin, et al., Science 257:372, cortesía de David
R. Davies. © 1992 American Association for the
Advancement of Science; b: Ilustración de Irving Geis.
Reproducida con autorización de AAAS.
Collection/Howard Hughes Medical Institute. Derechos
de HHMI. Reproducida sólo con autorización.)
Figura 2.39 Piruvato deshidrogenasa: un complejo multiproteínico. (a) Micrografía electrónica de un

complejo de piruvato deshidrogenasa con tinción negativa, aislado de E. coli. Cada complejo contiene
60 cadenas polipeptídicas que constituyen tres enzimas distintas. Su masa molecular se aproxima a 5
millones de Da. (b) Modelo del complejo de piruvato deshidrogenasa. El centro del complejo consiste
en un cúmulo cúbico de moléculas de transacetilasa de dihidrolipoílo. Los dímeros de piruvato
deshidrogenasa (esferas negras) se distribuyen de manera simétrica en los bordes del cubo y los
dímeros de deshidrogenasa de dihidrolipoílo (pequeñas esferas grises) se sitúan en las caras del cubo.
(Cortesía de Lester J. Reed.)
Figura 2.40 Interacciones entre proteínas. (a)

Modelo que ilustra las superficies moleculares
complementarias de porciones de dos proteínas
que interactúan. La molécula de color rojizo es
un dominio SH3 de la enzima PI3K, cuya función
se explica en el capítulo 15. Este dominio se une
de manera específica a varios péptidos que
contienen prolina, como el que se muestra en el
modelo de espacios llenos en la parte superior
de la figura. Se señalan los residuos de prolina
en el péptido, que embonan en los sacos
hidrófobos de la superficie de la enzima. La

columna central del péptido está coloreada de
amarillo y las cadenas laterales en verde. (b)

Modelo esquemático de la interacción entre un
dominio SH3 y un péptido que muestra la forma
en que ciertos residuos de éste se adaptan en
sacos hidrófobos en el dominio SH3. (a: imagen
tomada de Hongtao Yu y Stuart Schreiber, Cell
76:940, 1994, con autorización de Elsevier.)
Figura 2.41 Red de interacciones entre proteínas. Cada línea roja representa una interacción entre
dos proteínas de levadura, indicadas por los puntos negros con nombres. En cada caso, la flecha
apunta de una proteína con dominio SH3 a una proteína blanco con la que puede unirse. Las 59
relaciones mostradas se detectaron con dos tipos de técnicas distintas que miden interacciones entre
proteínas. (Véase Trends Biochem. Sci. 34:1, 2009 para obtener una explicación sobre la validez de los
estudios de interacciones entre proteínas.) (Imagen tomada de A. H. Y. Tong et al. Science 295:323,
2002. Copyright © 2002. Reimpresa con autorización de Aaas.)
Figura 2.42 Interacciones entre proteínas axiales. (a) La enzima polimerasa II de RNA, que
sintetiza RNA mensajeros en la célula, se une a muchas otras proteínas al mismo tiempo
mediante interfaces diferentes. (b) La enzima Cdc28, que fosforila a otras proteínas en la
regulación del ciclo de división celular en la levadura con gemación, se une a varias proteínas
diferentes (Cln1-Cln3) en la misma interfaz, lo que permite que sólo una de estas parejas se
una en cada ocasión. (Imagen tomada de Damien Devos y Robert B. Russell, Curr. Opin. Struct. Biol. 17:373, 2007,
con autorización de Elsevier.)
Figura 2.43 Desnaturalización y nuevo plegamiento de la ribonucleasa. Una molécula de

ribonucleasa nativa (en la que se señalan los enlaces disulfuro intramoleculares) se reduce y
despliega con mercaptoetanol β y urea 8 M. Después de retirar estos reactivos, la proteína se
dobla de nuevo en forma espontánea. (De C.J. Epstein, R.F. Goldberger y C.B. Anfinsen, Cold Spring Harbor
Symp. Quant. Biol. 28:439, 1963. Reimpresa con autorización de Cold Spring Harbor Laboratory Press.)
Figura 2.44 Dos vías alternativas

por las cuales una proteína recién
sintetizada o desnaturalizada
puede alcanzar su conformación
nativa. Los segmentos rizados
representan hélices α y las flechas
representan cadenas β
Figura 2.45 En la vía del plegamiento. La imagen de la izquierda muestra la estructura terciaria nativa de la enzima
acilfosfatasa. La de la derecha es una estructura de transición, que representa el estado de la molécula en el punto
máximo de una barrera de energía que se debe “atravesar” para que la proteína alcance el estado “nativo”. La
estructura de transición consta de numerosas líneas individuales porque es un conjunto (ensamble) de estructuras muy
relacionadas. Su arquitectura general es similar a la de la proteína nativa, pero todavía no aparecen muchas de las
características estructurales más finas de la proteína ya plegada. El paso del estado de transición a la proteína nativa
incluye el logro de la estructura secundaria, un empaquetamiento más ajustado de las cadenas laterales y culminación
del ocultamiento de las cadenas laterales hidrófobas lejos del solvente acuoso. (Imagen tomada de K. Lindorff-Larsen,
et al., Trends Biochem. Sci. 30:14, 2005, fig. 1B. © 2005, con autorización de Elsevier. Imagen de Christopher Dobson.)
Figura 2.46 Función de las chaperonas moleculares para estimular el plegamiento de las
proteínas. Los pasos se describen en el texto. (Se conocen otras familias de chaperonas, pero
no se describen.)
Perspectiva Humana Figura 1 Un contraste en la estructura. (a) Estructura terciaria de la proteína PrPC normal, según la
espectroscopia NMR. La porción naranja representa los segmentos helicoidales α y las porciones azules son cadenas β
cortas. La línea punteada amarilla representa la porción terminal N del polipéptido, que carece de estructura definida. (b)
Modelo propuesto del prión infeccioso PrPSc, que consiste sobre todo en una lámina β Todavía se desconoce la estructura
terciaria real de dicha proteína. Las dos moléculas mostradas en esta figura se forman con cadenas polipeptídicas que
tienen una secuencia de aminoácidos idéntica, pero que se pliegan en forma muy distinta. Como resultado de las
diferencias en el plegamiento, PrPC conserva su solubilidad, mientras que PrPSc produce agregados que matan a la célula.
(Las dos moléculas presentadas en esta figura se llaman conformadoras porque difieren sólo en la conformación.) (a: de R.
Riek, Et., Febs 413, 287, fig. 1. © 1997, con autorización de Elsevier. Imagen de Kürt Wüthrich; b: reimpresa de S.B.
Prusiner, Trends Biochem Sci 21:483, 1996. Copyright 1996 con autorización de Elsevier.)
Perspectiva Humana Figura 2 Enfermedad de Alzheimer. (a) Características definitorias del tejido
cerebral de una persona que murió por enfermedad de Alzheimer. (b) Las placas amiloides que contienen
agregados del péptido Aβ aparecen fuera de las células (entre las células nerviosas), mientras que los
ovillos neurofibrilares (NFT) aparecen dentro de ellas. Los NFT, que se describen al final de esta sección
“Perspectiva humana”, están formados por aglomeraciones mal plegadas de una proteína llamada tau,
que participa en el mantenimiento de la organización de los microtúbulos de las células nerviosas. Tanto
las placas como los ovillos se han sugerido como causa de la enfermedad. (a: © Thomas Deerinck,
Ncmir/Photo Researchers, Inc. B: © American Health Assistance Foundation.)
Perspectiva Humana Figura 3

Formación del péptido Aβ El péptido Aβ
se separa de la proteína precursora de
amiloide (APP) como resultado de la
acción de dos enzimas, secretasa-β y
secretasa-γ. Es interesante que la APP y
las dos secretasas sean proteínas que
atraviesan toda la membrana. La
separación de APP ocurre dentro de la
célula (tal vez en el retículo
endoplásmico) y el producto Aβ al final se

secreta al espacio extracelular. La
secretasa-γ puede cortar en cualquiera de

dos sitios en la molécula APP, y produce
los péptidos Aβ40 o Aβ42, este último es
el principal causante del desarrollo de las
placas amiloides que se observan en la
figura 2. La secretasa-γ es una enzima de
múltiples subunidades que divide
(hidroliza) a su sustrato en un sitio dentro
de la membrana.
Perspectiva Humana Figura 4 Técnica de

neuroimagen en la cual se advierte la presencia
de amiloide en el cerebro. Las imágenes de
tomografía por emisión positrónica (PET;
positron emission tomography) muestran el
cerebro de dos personas que ingirieron
florbetapir F 18, un compuesto radiactivo, que
se une a los depósitos de amiloide y confiere el
color rojo. La imagen superior es la de un
cerebro sano y la inferior de un sujeto con AD en
que se advierte la acumulación extensa de
amiloide. Es posible identificar con dicha técnica
los depósitos de amiloide en el cerebro en

personas que no muestran manifestaciones de
disfunción cognitiva. Se supone que dichas

personas asintomáticas están expuestas a un
gran riesgo de presentar AD. Cabe considerar
que los individuos que no tienen los depósitos
en cuestión están expuestos a un riesgo
pequeñísimo de desarrollar la enfermedad en el
futuro cercano. (Con autorización de Eli Lilly/Avid
Pharmaceuticals.)
Figura 2.47 (Imagen © Joseph Sutliff.)

Figura 2.48 El estudio de la proteómica a menudo requiere la separación de complejas

mezclas de proteínas. Los dos geles electroforéticos mostrados contienen proteínas extraídas
de la corteza frontal de seres humanos (a) o chimpancés (b). Los puntos numerados
representan proteínas homólogas con diferencias distintivas en los dos geles, como se explica
en el texto. (Nota: ésta es sólo una parte de un gel mucho más grande que contiene alrededor
de 8 500 puntos, que representan proteínas sintetizadas en el cerebro de un primate.) (Nota:
los animales utilizados para este estudio fallecieron por causas naturales.) (Imagen tomada de W.
Enard, et al., Science 296:342, figura 3a, b. © 2002, reimpresa con autorización de AAAS.)
Figura 2.49 Identificación de proteínas a

través de espectrometría de masas. Se aísla
una proteína de una fuente (como una de las
manchas de alguno de los geles de la figura
2.48) y se somete a digestión con la enzima
tripsina. Los fragmentos peptídicos se
introducen luego en un espectrómetro de
masas, donde se ionizan y separan según su
índice masa/carga (m/z). Los péptidos
separados se ven como un patrón de picos,
con indicación de su índice m/z preciso. La
comparación de estos índices con los

obtenidos por la digestión teórica de
proteínas virtuales codificadas por el

genoma permite a los investigadores
identificar a la proteína en estudio. En este
caso, el espectro MS es el de la mioglobina
de caballo que carece del grupo hemo. (Datos
reimpresos a partir de J.R. Yates, Methods Enzymol.
271:353, 1996. Copyright, 1996, con autorización de
Elsevier.)
Figura 2.50 Análisis global de las actividades de las proteínas con micromatrices proteínicas. (a) Este solo
portaobjetos para microscopio contiene 5 800 proteínas distintas de levadura aplicadas por duplicado. Éstas se
sintetizaron en células con modificaciones genéticas. Los puntos emiten fluorescencia roja porque se incubaron con un
anticuerpo fluorescente que puede unirse a todas las proteínas del conjunto. (b) La imagen izquierda muestra una
pequeña parte del conjunto de proteínas mostrado en la parte a. La imagen derecha muestra la misma porción del
conjunto después de la incubación con calmodulina en presencia de iones calcio. Las dos proteínas que emiten
fluorescencia verde son proteínas de unión a calmodulina. (c) Ilustración esquemática de los fenómenos que ocurren
en la parte b, donde la calmodulina se unió a dos proteínas de la micromatriz que tienen sitios de unión
complementarios. (a y b: tomadas de H. Zhu, et al., Science 293:2101, 2001, cortesía de Michael Snyder. © 2001
reimpresa de AAAS.)
Figura 2.51 Diseño computarizado de una

proteína con capacidad de unirse de manera
específica a la superficie de otra. (a) La
proteína diseñada por ordenador se muestra en
color verde y la molécula a la cual va dirigida
(proteína HA del virus de la influenza de 1918,
H1N1) aparece en el lado izquierdo con
múltiples colores. La estructura anticipada de la
proteína diseñada concuerda de manera precisa
con la de la proteína real generada a partir de la
secuencia predicha. (b) Interfaz real entre la
hélice hidrófoba “destinataria” de la HA (gris) y

la proteína diseñada (violeta). Se advierte que
algunas cadenas laterales de la segunda

interactúan con sitios que están sobre la hélice
HA. (a: con autorización de Sarel J. Fleishman, et al.,
Science 332:820, 2011. Imagen con autorización de
David Baker; (B) con autorización de Bryan S. Der and
Brian Kuhlman, Science 332:801, 2011, AMBAS © 2011,
reimpresa con autorización de AAAS.)
Figura 2.52 Desarrollo de un fármaco dirigido a una proteína, como el imatinib. (a) Pasos típicos
en el desarrollo. En el paso 1 se identificó una proteína (p. ej., ABL) que tiene una función causal en
la enfermedad. Ésta es un blanco probable para un fármaco que inhiba su actividad enzimática. En
el paso 2 la proteína se incuba con miles de compuestos en busca de aquellos que tengan afinidad
razonable con ella e inhiba su actividad. En el paso 3 se identificó uno de estos compuestos (p. ej.,
2-fenilaminopirimidina en el caso de ABL). En el paso 4 se usa el conocimiento de la estructura de
la proteína blanco para hacer derivados del compuesto (p. ej., imatinib) que tengan mayor afinidad
de unión y, por lo tanto, puedan usarse en menores concentraciones. En el paso 5 el compuesto en
cuestión se valora en experimentos preclínicos para conocer su toxicidad y eficacia (nivel de
efectividad) in vivo. Los experimentos preclínicos casi siempre se llevan a cabo en células humanas
cultivadas (paso 5a) (p. ej., de pacientes con CML) y animales de laboratorio (paso 5b) (p. ej.,
ratones con implantes de células CML humanas). Si el fármaco parece seguro y eficaz en animales,
se prueba en estudios clínicos (paso 6), como se explica en la página 68.
Figura 2.52 Desarrollo de un fármaco

dirigido a una proteína, como el imatinib.
(Continuación) (b) Estructura del imatinib. La
porción azul de la molécula indica la
estructura del compuesto 2-
fenilaminopirimidina que se identificó al
principio como inhibidor de la cinasa de ABL.
(c, d) La estructura del dominio catalítico de
ABL en el complejo (c) con imatinib
(mostrado en amarillo) y (d) con un inhibidor
de segunda generación llamado dasatinib. El
primer fármaco se une a la conformación

inactiva de la proteína, mientras que el
último se une a la conformación activa. Estos

dos fenómenos de unión bloquean la
actividad necesaria para el fenotipo celular
canceroso. Dasatinib es eficaz contra células
cancerosas que se volvieron resistentes a la
acción de imatinib. (c, d: de Ellen Weisberg et al.
Por cortesía de James D. Griffin, Nature Revs. Cancer
7:353, 2007 © 2007, reimpresa con autorización de
Macmillan Magazines Limited.)
Figura 2.53 Distribución de residuos de

aminoácidos polares con carga en la enzima
malato deshidrogenasa de una
arqueobacteria halofílica. Las esferas rojas
representan residuos ácidos y las azules,
básicos. Se observa que la superficie de la
enzima está cubierta con residuos ácidos, lo
que da a la proteína una carga neta de _156
y fomenta su solubilidad en ambientes de
salinidad extrema. Como comparación, una

proteína homóloga de la mielga, un tiburón
oceánico, tiene una carga neta de +16. (de O.

Dym, M. Mevarech y J.L. Sussman, Science 267:1345, ©
1995, reimpresa con autorización de AAAS.)
Figura 2.54 La sustitución de un solo

aminoácido tiene un impresionante efecto
en la conformación. En este caso, el cambio
de una leucina por una tirosina en una
posición crítica dentro de la cadena
polipeptídica de 56 aminoácidos, transformó
todo el plegamiento del esqueleto de este
polipéptido. La sola sustitución originó que
85% de los residuos aminoácidos cambiaran
su estructura secundaria. En las estructuras
modelos se muestra en rojo la disposición
espacial de otras dos cadenas laterales, que

se encargan del cambio conformacional. Los
aminoácidos de la extremo terminal N se

presentan en color naranja y los del grupo
terminal C en azul. (con autorización de A.
Alexander et al., y de Philip N. Bryan, Proc. Nat’l Acad.
Sci U.S.A. 106:21153,2009, fig. 6 © 2009 National
Academy of Sciences.)
Figura 2.55 Nucleótidos y cadenas de

nucleótidos de RNA. (a) Los nucleótidos son
monómeros con los que se forman las
cadenas de ácidos nucleicos. Un nucleótido
consiste en tres partes: un azúcar, una base
nitrogenada y un fosfato. Los del RNA
contienen el azúcar ribosa, con un grupo
hidroxilo unido al segundo átomo de
carbono. En cambio, los nucleótidos del DNA
contienen el azúcar desoxirribosa, que tiene
un átomo de hidrógeno en lugar de un grupo
hidroxilo unido al segundo átomo de

carbono. Cada nucleótido está polarizado y
tiene dos extremos, uno 5 (correspondiente

al lado 5 del azúcar) y otro 3. (b) Los
nucleótidos forman una cadena mediante
enlaces covalentes entre el grupo hidroxilo 3
de un azúcar y el grupo fosfato 5 del azúcar
adyacente.
Figura 2.56 Bases nitrogenadas de los ácidos nucleicos. De las cuatro bases estándar que hay
en el RNA, la adenina y la guanina son purinas; el uracilo y la citosina son pirimidinas. En el
DNA, las pirimidinas son citosina y timina, la cual difiere del uracilo por un grupo metilo unido
al anillo.
Figura 2.57 Los RNA pueden asumir formas complejas. (a) Este RNA es parte integral de la
pequeña subunidad ribosómica de una bacteria. En este perfil bidimensional se ve que la
cadena de RNA se pliega sobre sí misma con un patrón muy ordenado, de manera que la mayor
parte de la molécula tiene cadena doble. (b) Esta ribozima con forma de cabeza de martillo,
como se le conoce, es una pequeña molécula de RNA de un viroide (pág. 26). La naturaleza
helicoidal de las porciones de cadena doble de este RNA puede apreciarse en este modelo
tridimensional. (b: tomada de William G. Scott et al. Cell 81:993, © 1995, con autorización de Elsevier.)
Figura 2.58 Reconstrucción de un ribosoma del citoplasma de una célula de germen de trigo.
Esta reconstrucción se basa en micrografías electrónicas de alta resolución y muestra las dos
subunidades de este ribosoma eucariota, la subunidad pequeña (40S) a la izquierda y la grande
(60S) a la derecha. La estructura interna de un ribosoma se explica en la sección 11.8. (Imagen
tomada de Adriana Verschoor et al., J. Cell Biol. Vol. 133 [portada #3], 1996; con autorización
de Rockefeller University Press.)
Vías Experimentales Figura 1 Modelo del

complejo GroEL formado según datos de
microscopia electrónica y de determinación
del peso molecular. Se observa que el
complejo consiste en dos discos, cada uno
formado por siete subunidades idénticas
ordenadas de manera simétrica alrededor de
un eje central. Estudios subsiguientes
mostraron que el complejo contiene dos
cámaras internas. (Imagen tomada de T.
Hohn, et al., J. Mol. Biol. 129:371, 1979.

Copyright 1979, Academic Press, Elsevier
Science, con Autorización del Editor.)

Vías Experimentales Figura 2 Reconstrucciones de GroEL con base en micrografías electrónicas

de alta resolución obtenidas de muestras congeladas en etano líquido, examinadas a _170°C.
La imagen izquierda muestra al complejo GroEL y la derecha la unión de GroEL con GroES, que
se ve como un domo en un extremo del cilindro. Es evidente que la unión de GroES se
acompaña de un cambio en la conformación del extremo apical de las proteínas que
constituyen el anillo superior de GroEL (flecha), lo que produce un engrandecimiento notable
de la cámara superior. (de S. Chen, et al., cortesía de Helen R. Saibil, Nature 371:263, © 1994, reimpresa con
autorización de Macmillan Magazines Limited.)
Vías Experimentales Figura 3 Cambio

conformacional de GroEL. (a) El modelo de
la izquierda muestra la superficie de la
estructura de los dos anillos que constituyen
la chaperonina GroEL. El dibujo de la
derecha ilustra la estructura terciaria de una
de las subunidades del anillo superior de
GroEL. Puede verse que la cadena
polipeptídica se pliega en tres dominios. (b)
Cuando un anillo de GroES (flecha) se une
con el cilindro de GroEL, el dominio apical de
cada subunidad de GroEL del anillo

adyacente experimenta una rotación
marcada cercana a 60°, mientras el dominio

intermedio (en verde) actúa como bisagra. El
efecto de este cambio en las partes del
polipéptido es una elevación intensa de la
pared de GroEL y un agrandamiento de la
cámara interna. (de Z. Xu, A.L. Horwich, y P.B. Sigler,
Nature 388:744, 1997. © 1997, reimpresa con
autorización de Macmillan Publishers, Ltd.)
Vías Experimentales Figura 4 Ilustración esquemática de los pasos propuestos durante el plegamiento de un
polipéptido con la ayuda de GroEL-GroES. Se observa que GroEL consiste en dos cámaras con estructuras y funciones
equivalentes que se alternan en actividad. Cada cámara se sitúa dentro de uno de los dos anillos que componen el
complejo GroEL. El polipéptido no nativo entra a una de las cámaras (paso 1) y se une a los sitios hidrófobos de la
pared. La unión de la tapa de GroES genera un cambio en la conformación en la pared de la cámara superior, lo que
causa agrandamiento de ésta y liberación del polipéptido no nativo hacia el espacio encapsulado (paso 2). Después de
unos 15 s, GroES se disocia del complejo y el polipéptido se expulsa de la cámara (paso 3). Si el polipéptido ya alcanzó
su conformación nativa, como en la molécula de la izquierda, el proceso de plegamiento está completo. Sin embargo, si
el polipéptido sólo está doblado de forma parcial, o si está mal plegado, se une de nuevo a la cámara de GroEL para
iniciar otro ciclo de plegamiento. (Nota: como se indica, el mecanismo de acción de GroEL se impulsa por la unión y la
hidrólisis de ATP, una molécula rica en energía cuya función se describe con detalle en el capítulo siguiente.) (Imagen
tomada de A. L. Horwich, et al., Proc Nat’l Acad Sci USA 96:11037, 1999.)

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BIOLOGÍA CELULAR Y MOLECULAR

2.1 Enlaces covalentes

Figura 2.4 Enlaces de hidrógeno formados

Figura 2.5 En una interacción

Figura 2.6 Fuerzas de van der Waals.

cantidad de estas atracciones si dos

complementarias, como se indica en

Figura 2.7 Formación de enlaces de

Figura 2.11 Visión general de los

Figura 2.13 Estereoisomerismo del

imágenes en espejo una de la otra, como se

enantiómeros) pueden distinguirse por la

Figura 2.16 Disacáridos. La

Figura 2.17 Tres polisacáridos con

energía, las moléculas de celulosa se

para su función estructural. Las

Figura 2.18 La quitina es el componente

Figura 2.19 Grasas y ácidos grasos. (a)

tres cadenas idénticas de ácido esteárico. (d)

un triacilglicerol derivado de semillas de lino

Figura 2.20 Los jabones están

circundante. Las proteínas de la

insolubles en agua, también

Figura 2.21 Estructura de los esteroides.

Figura 2.22 Fosfatidilcolina, un fosfolípido. La molécula consiste en una columna central de

Figura 2.24 Estructura de aminoácido.

polipeptídica en crecimiento (fig. 11.49).

Figura 2.26 Estructura química de los aminoácidos. (Continuación)

Figura 2.26 Estructura química de los aminoácidos. (Continuación)

Figura 2.26 Estructura química de los aminoácidos. (Continuación)

Figura 2.27 Ionización de aminoácidos polares, con

fisiológico, casi todos los residuos del ácido glutámico

un protón. Cuanto más alta es la concentración de iones

Figura 2.28 Disposición de residuos hidrófilos e hidrófobos de aminoácidos en la proteína

Figura 2.32 Modelo de listones de la

Los enlaces disulfuro se indican en

Figura 2.33 Patrón de difracción de rayos X

se muestra en la figura 2.34. (Cortesía de John C.

Figura 2.34 Estructura tridimensional de la mioglobina. (a) Estructura terciaria de la

Figura 2.36 Las proteínas se forman a

Chris Sander, Structure 5:167, © 2007. con

Figura 2.38 Proteínas con estructura cuaternaria. (a)

son muy distintas a las presentadas por los polipéptidos

otros polipéptidos que altera su afinidad por las

Figura 2.39 Piruvato deshidrogenasa: un complejo multiproteínico. (a) Micrografía electrónica de un

Figura 2.40 Interacciones entre proteínas. (a)

hidrófobos de la superficie de la enzima. La

amarillo y las cadenas laterales en verde. (b)

Figura 2.43 Desnaturalización y nuevo plegamiento de la ribonucleasa. Una molécula de

Figura 2.44 Dos vías alternativas

Perspectiva Humana Figura 3

endoplásmico) y el producto Aβ al final se

secretasa-γ puede cortar en cualquiera de

Perspectiva Humana Figura 4 Técnica de

los depósitos de amiloide en el cerebro en

disfunción cognitiva. Se supone que dichas

Figura 2.47 (Imagen © Joseph Sutliff.)

Figura 2.48 El estudio de la proteómica a menudo requiere la separación de complejas

Figura 2.49 Identificación de proteínas a

comparación de estos índices con los

proteínas virtuales codificadas por el

Figura 2.51 Diseño computarizado de una

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