TÉCNICAS MOLECULARES

APLICADAS A LA ECOLOGÍA
MICROBIANA
Áreas de estudio tradicionales en la Ecología Microbiana:

- Estudio de la diversidad microbiana,

microbiana incluye aislamiento
aislamiento, identificación
y cuantificación

SÓLO EL 1% DE LOS
MICROORGANISMOS
PUEDE AISLARSE CON LOS
ACTUALES MEDIOS DE
CULTIVO

- Estudio de la actividad microbiana: que es lo que los microorganismos

hacen en su hábitat y como sus actividades contribuyen al
mantenimiento de la diversidad biológica y a los ciclos biogeoquímicos,
su papel funcional.
 HERRAMIENTAS MOLECULARES EN ECOLOGÍA
MICROBIANA

Muestra ambiental

METAGENÓMICA
Generación de
librerías genómicas Extracción DNA Hibridación DNA/RNAm
con fragmentos de
DNA de todos los Amplificación del
microorganismos de fragmento de DNA
la muestra requerido

PCR FISH Mi A
MicroArrays
Permite ver si hay Permite ver que genes
alguien que nosotros se están EXPRESANDO
CLONAJE DGGE buscamos
CUANTOS hay
Separación de las distintas Separación en gel de DONDE están
secuencias las distintas
secuencias. Patrón de ARISA
bandas comparable con
SECUENCIACIÓN otros
ot os sistemas
s ste as o
temporalmente
Comparación de secuencias e
identificación.
Filogenia
Corte de bandas
PCR
PCR (Polymerase chain reaction)
Mezcla de secuencias
diferentes del mismo gen,
por ejemplo del 16S rDNA
CLONAJE

Colonias azules:
contienen el vector
sin el inserto, son
resistentes a la
ampicilina e
hidrolizan el x-gal

Colonias blancas:
contienen el vector
con el inserto, son
resistentes a la
ampicilina pero no
hidrolizan el x-gal
SECUENCIACIÓN
EL ÁRBOL DE LA VIDA
ARNr 16S/18S

Champignons E kar a
Eukarya
Animaux

Plantes

A h
Archaea
Halobactériaceae

Bacteria Cianobactéries
Nuevos linajes eucariotas en los oceanos

Plankton <5 μm
250 - 3,000 m depth
18S rRNA

López-García et al. Nature (2001)

 1 µm

Euglena terricola
 DGGE (Denaturing Gradient Gel Electrophoresis)

Diversidad microbiana de una muestra

Cambios de la comunidad a lo largo del tiempo
Comparación de la diversidad de diferentes comunidades
Massana et al. 2005
 ARISA: automated rRNA intergenic spacer analysis

Diversidad microbiana de una muestra a nivel muy fino

Técnica más rápida que la DGGE
 Fluorescence In Situ Hybridisation (FISH)

Permite ver que es lo que hay

Cuanto de eso hay
Como se distribuye en el espacio
 haloarchaea

Salinibacter ruber
El misterio del metano

CH4 + 2H2O CO2 + 4H2

Anaerobic methane oxidizing consortium

Anaerobic methane oxidizing consortium: Archaea in red, Sulfate Reducing Source: Annelie Pernthaler/UFZ
Bacteria in green. Microscopic image shows a consortium after fluorescent in situ
hybridization (CARD-FISH). The samples are taken from deep sea sediments off
the coast of California, Monterey Bay.
Source: Annelie Pernthaler/UFZ
MicroArray
y
 Metagenómica
g
Muestra ambiental

CARACTERÍSTICAS DEL GENOMA

Distribución de genes
Densidad génica
Intrones
Contenido
Co te do en
e GC
DNA Lib i genómica
Libreria ó i EXPRESSED GENES
Clusters / operones
Secuencias repetitivas
Secuenciación de los genes
Clonaje directo
Biotecnología para mejorar la
fosmidos/cosmidos
expresión
BACs SCREENING:
GENES
SCREENING:
Búsqueda de actividades
16/18S
de interés rDNA
(ej: enzimas) M
Marcadores
d filogenéticos
fil éti
Genes transferidos
horizontalmente
Genes relacionados con el
metabolismo
Diversidad
 Un nouveau type de phototrophie

Rhodopsin-based
Rhodopsin based
Phototrophy

Béjà et al. Science (2001)

Aprovechamiento masivo : 'shot-gun sequencing'

1045 billon de pares de bases (Mbp)

Al menos 1800 species diferentes
1.2 millones de genes desconocidos
Genes de rhodopsina en el mar de los Sargazos

IBEA (Institut for Biological Energy Alternatives)

Métagenómica
g comparativa
p

Tringe et al., Science 2005