Natural selection interacts with recombination to

shape the evolution of hybrid genomes

“Para investigar las consecuencias de la hibridación entre especies,

estudiamos tres poblaciones híbridas replicadas que se formaron
naturalmente entre dos especies de peces espada, estimando su mapa
genético a escala fina e inferiendo la ascendencia a lo largo de los
genomas de 690 individuos. En las tres poblaciones, la ascendencia de las
especies parentales "menores" es más común en las regiones de alta
recombinación y donde existe un vínculo con menos objetivos de
selección putativos. Los mismos patrones son evidentes en un nuevo
análisis de la mezcla humana y arcaica. Estos resultados apoyan los
modelos en los que es más probable que persistan los ancestros de las
especies parentales menores cuando se desacoplan rápidamente de los
alelos que son nocivos en los híbridos. Nuestros análisis indican además
que la selección en híbridos de espadas proviene principalmente de
combinaciones nocivas de alelos de interacción epistática”

Comprender la especiación es fundamental para comprender la evolución, pero mucho

sobre el proceso todavía nos desconcierta. El trabajo fundamental en biología evolutiva
imaginó la especiación como un proceso ordenado en el que las barreras reproductivas,
una vez establecidas, impiden el flujo de genes entre las especies (1). Sin embargo,
ahora consideramos que la especiación es mucho más dinámica, con evidencia de
hibridación histórica y en curso visible en los genomas de innumerables especies (2–5).
La ubicuidad de la hibridación plantea la cuestión de cómo las especies que se cruzan
permanecen distintas.
Al menos parte de la respuesta está en la amplia selección de genomas híbridos (1).
Los análisis de los híbridos de peces homininos y espadas indican que la ascendencia
de las especies parentales "menores" (es decir, el progenitor que contribuyó menos al
acervo genético de los híbridos) está disminuida cerca de elementos funcionalmente
importantes (4, 6, 7), probablemente porque Tales regiones están enriquecidas por
alelos dañinos. Aparte de estas observaciones, sin embargo, poco se sabe acerca de
cómo evolucionan los genomas híbridos. Décadas de trabajo experimental han
demostrado que las incompatibilidades Bateson-Dobzhan-sky-Muller (BDMI) son un
mecanismo central que subyace al aislamiento reproductivo una vez que se forman las
especies (8-10), pero la importancia de las BDMI en la evolución de genomas híbridos
sigue siendo desconocido, al igual que el papel de otros modos de selección. En
particular, cuando existe una introgresión de una especie con un tamaño poblacional
efectivo más bajo, los híbridos pueden sufrir una mayor carga genética ("carga de
hibridación") debido a la introducción de alelos poco deletéreos (6, 11, 12).
Dependiendo del entorno en el que se encuentren los híbridos, los alelos que subyacen
a las adaptaciones ecológicas en las especies parentales también pueden ser
perjudiciales (13, 14). Para complicar aún más las cosas, las fuentes de selección en
los híbridos probablemente variarán de un sistema a otro, dependiendo del grado de
diferenciación genética y ecológica entre las especies parentales, así como las
diferencias en el tamaño de sus poblaciones efectivas.

Sin embargo, independientemente de la fuente de selección, se espera que una

característica juegue un papel central en la mediación de sus efectos: la variación en
las tasas de recombinación a lo largo del genoma (6, 11, 15–17). En los modelos de
BDMI, es más probable que la ascendencia neutra del progenitor menor persista en
regiones de mayor recombinación, donde se desacopla más rápidamente de las
mutaciones deletéreas en el fondo genético prevalente (es decir, el progenitor principal)
(Fig. 1, A y B) (17). De manera similar, en los modelos de carga de hibridación, todos
los demás elementos son iguales, los bloques de enlace más cortos tienden a tener
menos mutaciones deletéreas débiles y, por lo tanto, se eliminan con menos rapidez
mediante la selección (6, 11) (fig. S1).

Estudios previos han reportado patrones consistentes con estas expectativas (18-20),
pero sin investigar los patrones de ascendencia y su relación con las tasas de
recombinación locales, o distinguir entre las fuentes de selección.

Para hacer estas preguntas, aprovechamos las poblaciones de híbridos naturales entre
especies hermanas de peces cola de espada, Xiphophorus birchmanni y X. malinche
(Fig. 1, C a E) (21). Las especies son ~ 0.5% divergentes a nivel de nucleótidos y,
debido al pequeño tamaño poblacional efectivo de X. ma-linche, la clasificación de
linajes incompletos entre los dos es relativamente rara (21) (Fig. 1F). Nos enfocamos
en tres poblaciones híbridas que se formaron independientemente entre las dos
especies hace menos de 100 generaciones (22). Los análisis previos de híbridos entre
estas especies sugirieron que hay alrededor del orden de 100 pares de BDMI no
enlazados segregándose, con coeficientes de selección estimados de ~ 0.03 a 0.05,
además de los cuales también podría haber BDMI vinculados (22, 23).

Para inferir patrones de ancestro local, generamos ~ 1X datos de genoma completo

para 690 híbridos muestreados de las tres poblaciones híbridas, luego estimamos
patrones de ancestro local aplicando un modelo oculto de Markov a ~ 1 millón de sitios
en todo el genoma (21, 24). Dos de las poblaciones híbridas derivan en promedio de 75
a 80% de sus genomas de X. birchmanni, mientras que los individuos en la tercera
población derivan en promedio de 72% de sus genomas de X. malinche (Fig. 1E) (21),
con una mediana homocigótica las longitudes del tramo para el padre menor oscilan
entre 84 kb y 225 kb en las tres poblaciones (21).
Nuestro trabajo anterior (25) indicó que las tasas de recombinación local deberían
conservarse entre X. birchmanni y X. ma-linche (21). Para considerar la relación entre
las pruebas locales y la tasa de recombinación, inferimos un mapa genético a escala
fina para X. birchmanni a partir de patrones de desequilibrio de ligamiento (LD) (tabla
S1) (21). También generamos un mapa de cruce de puntos de conmutación de
ascendencia en híbridos, que era concordante con el obtenido para X. birchmanni (fig.
S2) (21).

En las tres poblaciones híbridas, la probabilidad de tener ascendencia del progenitor

menor aumenta con la tasa de re-combinación local (Fig. 2 y tabla S2). La relación se
mantiene independientemente de la elección de la escala (fig. S3) y después de
adelgazar el SNP y los datos de ascendencia para controlar las posibles diferencias en
la confiabilidad de las tasas de recombinación estimadas o el poder de llamar
ascendencia a través de las ventanas (21). Este patrón no se espera bajo neutralidad
(fig. S1), pero puede generarse fácilmente bajo varios modelos de selección, incluida la
selección contra BDMI, la carga de hibridación o la selección ecológica generalizada
contra loci del padre menor (Fig. 1B y fig. S1). Por lo tanto, nuestro hallazgo apoya los
modelos en los que persiste la ascendencia madre y madre donde era más probable
que se hubiera desacoplado rápidamente de los alelos deletéreos con los que estaba
originalmente vinculado (21).

En principio, la probabilidad de persistencia de la progenie secundaria menor debe ser

una función del número exacto de alelos deletéreos a los que estaba vinculado desde
que se produjo la hibridación. Las tasas de recombinación local son un proxy de este
parámetro (desconocido), al igual que el número de pares de bases codificados o
conservados cercanos. Ambas características predicen un promedio de padres
primarios (figs. S4 y S5) (21), pero en nuestra combinación de datos el predictor es más
fuerte y permanece similarmente fuerte después de controlar el número de pares de
bases codificadas (o conservadas) (tablas S2 y S3).

Para investigar el modo de selección en los híbridos, se consideraron las correlaciones

en la ascendencia local entre pares de poblaciones híbridas: aunque más débiles entre
las poblaciones con diferentes progenitores principales, fue en todos los casos
significativamente positivo (controlando la tasa de recombinación) ( Fig. 3, A y B). Estos
patrones de correlación no deben surgir de la selección ecológica, sino que se esperan
de la selección frente a la carga de hibridación, así como, de manera menos intuitiva,
de la selección en las mismas BDMI (ver fig. S6) (21).

Otra evidencia sobre el modo de selección proviene de un análisis de las secuencias

del genoma de X. malinche (3, 22) y X. birchmanni, lo que indica que X. malinche ha
tenido un tamaño poblacional efectivo a largo plazo más bajo durante las últimas ~
20,000 generaciones. (Fig. 1F) (21), como se refleja en su heterocigosidad cuatro veces
menor (0.03% vs 0.12% por par de bases). De acuerdo con esto, el genoma de X.
malinche contiene significativamente más alelos supuestamente perjudiciales que los
de X. birchmanni (un exceso del 2.5%) (21, 26). Como resultado de esta diferencia, las
tres poblaciones híbridas de pez espada ofrecen un contraste informativo: mientras que
las BDMI deberían llevar a la selección contra mi ascendencia paterna o no en las tres
poblaciones, la carga de hibridación debería favorecer a la matriz principal en las dos
primeras poblaciones. (Totonicapa y Aguazarca) y el padre menor en el tercero
(Tlatemaco) (Figs. 1E y 3C). El hecho entonces de que la ascendencia progenitora
menor también aumenta con la recombinación en la población de Tlatemaco (Fig. 2)
indica que las incompatibilidades híbridas son la fuente dominante de selección, en
lugar de la carga de hibridación (Fig. 3C y Fig. S7) (21). En principio, la selección
ecológica que favorece al progenitor principal también podría producir una correlación
positiva entre la recombinación y la ascendencia paterna o primaria (pero no
correlaciones positivas en la ascendencia entre poblaciones; Fig. 3, A y B). Sin embargo,
esta explicación requeriría que dos de las poblaciones híbridas se presenten en
entornos más birchmanni y una en un entorno más malinche, cuando la evidencia
disponible sugiere lo contrario (Fig. 1D) (21).

Finalmente, en todas las poblaciones, la ascendencia progenitora de menor importancia

es inusualmente baja, cerca de los BDMI putativos previamente mapeados (22, 23). La
ascendencia parental de menor importancia menor no se deriva del ap-proach utilizado
para identificar los BDMI (21, 22), pero se espera de la selección en alelos de interacción
epistática (Fig. 3D) (21). Juntas, estas líneas de evidencia indican que las BDMI son la
fuente predominante, aunque no necesariamente exclusiva, de la selección que filtra la
ascendencia progenitora menor en estas tres poblaciones híbridas de cola de espada
(Fig. 3C).

Para explorar la generalidad de estas relaciones, consideramos una mezcla entre

humanos y homínidos arcaicos.

Varios estudios han informado que la ascendencia neandertal tiende a disminuir con el
número de pares de bases codificantes enlazadas y con una medida de selección
purificadora en los sitios enlazados (4, 6, 11), patrones para los cuales tanto las BDMI
como la hibridación se cargan, debido a la menor eficacia tamaño poblacional de los
neander-thals (27): se han propuesto como explicaciones (4, 6, 11). Al volver a analizar
los datos, encontramos que la proporción de ascendencia neandertal disminuye en las
regiones del genoma humano con tasas de recombinación más bajas (Fig. 2 y tablas
S2 y S4). Esta relación se observa utilizando tres enfoques diferentes para inferir la
ascendencia neandertal (tabla S2) y no se explica por la variación en el poder para
identificar la introgresión o el número de pares de bases codificantes cercanos (tabla
S2) (21). Repitiendo estos análisis para la ascendencia denisovana, obtuvimos el mismo
patrón (Fig. 2 y tabla S2) (21).

Al igual que en las alas de espada, no se espera bajo la neutralidad la persistencia de

los homínidos arcaicos en las regiones de mayor recombinación (fig. S1). Sin embargo,
nuestra conclusión acerca de la fuente de selección alcanzada para las colas de espada
no es válida para los homínidos: a priori, porque los humanos modernos eran menos
divergentes de los neandertales y los denisovanos cuando se cruzaron (28), y porque
los modelos plausibles de carga de hibridación tienen se ha demostrado que
proporciona una buena adaptación a la distribución de la ascendencia neandertal en el
genoma humano (6).

En resumen, la ascendencia progenitora menor se predice por la tasa de recombinación

a nivel local en tres eventos de mezcla repetidos en las alas de espada, así como en
dos casos de mezcla en homínidos. Junto con las indicaciones anteriores en otras
especies (18-20), nuestros hallazgos muestran que la distribución de la ascendencia
progenitora menor es al menos en parte predecible a partir de características genómicas.
Por lo tanto, el conocimiento de la recombinación local debería proporcionar una guía
sobre dónde se espera que sea más alto el origen del genoma menor del genoma. En
las homininas, la recombinación meiótica se dirige al genoma mediante la unión del gen
PRDM9; en las espadas de espada, no es y tiende a ocurrir cerca de características
similares a las de los moteros (21, 25). Por consiguiente, el intento de los padres
menores es mayor alrededor de las características similares a las de un promotor en
las alas de espada pero no en los humanos (Fig. 4) (21). Por lo tanto, el mecanismo por
el cual la recombinación se dirige al genoma afecta la distribución de la ascendencia
progenitora menor.

Una implicación es que la dependencia de PRDM9 para dirigir la recombinación puede

no solo impactar el aislamiento reproductivo entre especies directamente [como en
ratones (29)], sino también indirectamente. Por ejemplo, si las interacciones epistáticas
ocurren a menudo entre las regiones reguladoras y codificantes, los híbridos con
recombinación concentrados en regiones similares a promotores pueden experimentar
una mayor selección negativa debido a los BDMI pero mayores oportunidades para la
introgresión adaptativa. A medida que los datos genómicos se acumulan para hibridar
especies en todo el árbol de la vida, el impacto de los mecanismos de recombinación
en el destino de los híbridos se puede evaluar sistemáticamente.
 Fertile mule in China and her unusual foal

“La esterilidad de las mulas (mare x jack burro) ha sido reconocida por
mucho tiempo. Sin embargo, se han realizado raros informes anecdóticos
de fertilidad en mulas femeninas, pero no han sido respaldados por
investigaciones científicas (Chandley 1981). Sin embargo, en China, donde
las mulas se crían intensamente por inseminación artificial, no hay duda
de que los animales son ocasionalmente fértiles. El presente informe
describe una mula fértil que dio a luz a una potra potra engendrada por un
burro. El cariotipo y las investigaciones bioquímicas establecieron la
autenticidad del caso. El potro muestra un cariotipo híbrido único no
descrito anteriormente”

INFORME

Una potrita potra híbrida nació en una supuesta mula negra el 4 de marzo de 1981 en
la brigada de producción de Tielu, Conde Yancheng, Provincia de Henan, China
(Figuras 1 y 2). Un comedero, que fue uno de los dos testigos oculares del nacimiento,
declaró que la madre había tenido ciclos regulares de celo a intervalos de 18 días. Se
llegó a la conclusión de que el toro era un burro que, durante un largo período de tiempo,
había estado en establos con la mula. Él, sin embargo, había sido vendido y ahora no
podía ser rastreado. Las muestras de sangre para el cariotipo se recolectaron poco
después del nacimiento tanto de la madre como de la descendencia, ahora llamada
'Dragon Foal', y se tomaron muestras repetidas en intervalos subsiguientes. Las
muestras de sangre para el análisis de colinesterasa sérica mediante electroforesis en
gel de poliacrilamida también se obtuvieron de la madre y el potro, y de varios caballos,
mulas, hinios y controles de burro.
Fenotípicamente, el potro parece ser una fascinante combinación de características de
caballo, burro y mula. Una opinión independiente, solicitada a L Travis, secretaria de la
British Mule Society, evaluó la apariencia del potro en varias fotografías, incluidas las
Figuras 1 y 2, de la siguiente manera:

La cola se establece muy baja y se asemeja a la de un burro. Las patas, tanto en forma
como en rayas, también tienen forma de burro (las rayas son bastante comunes en los
burros, pero prácticamente no existen en los caballos). El cuerpo parece demasiado
profundo para un burro, pero los cuartos traseros tienen forma de burro, la pendiente
desde la cola hasta la parte superior de las piernas tiene forma de burro. (La mayoría
de las mulas tienen patas traseras tipo burro, pero este potro es más parecido a un
burro que la mayoría de las mulas). Sin embargo, los hombros y el cuello son similares
a los de un caballo y están muy bien construidos para el burro o la mayoría de las mulas.
La cabeza y las orejas son mulas.

'Dragon Foal' continúa prosperando, y a los 4 años de edad (Figura 2) es lo

suficientemente fuerte como para arar un campo por sí misma. Ella ahora también
muestra un fuerte comportamiento de celo. En 1983, la madre murió de una enfermedad
abdominal aguda, pero el análisis de los cromosomas de los linfocitos de la sangre que
ya se había realizado demostró que en realidad era una mula. La mayoría de las
metafases (54/64) dieron un recuento de 2n = 63 y, en el anillado en C (Arrighi y Hsu
1971), se vio claramente que los dos cromosomas X son uno de caballo, el otro de burro,
de origen ( Figura 3). Se encontró evidencia adicional e inequívoca de su constitución
híbrida de xhromosoma en el complemento autosómico.

El cariotipo de 'Dragon Foal' dio un número modal de 2n = 62 (105/115 metafases

analizadas), el mismo recuento que para el burro (Ryder et al. 1978). El cariotipo con
banda C se muestra en la Figura 4. El número total de acrocéntricos fue de 24 (o 25),
un número intermedio entre el burro (22) y la mula (30). Dos burrosomas X de burro
estaban presentes. También estuvieron presentes varios autosomas y pares de
autosomas que eran distintivos para el burro. Como se creía que el toro era un burro,
se asumió un conjunto completo de cromosomas de burro, pero la presencia en el
cariotipo de pares de pares de cromosomas de burro muestra que la madre mula
también debe haber contribuido con los cromosomas de burro. Por ejemplo, la línea 1
en el cariotipo de la banda C de la Figura 4 muestra que el par más grande es un
cromosoma común tanto para el caballo como para el burro (identificación confirmada
en la banda G). Los siguientes cinco cromosomas en la línea, cada uno presente
individualmente, son burros distintivamente. Los cromosomas octavo y noveno en esta
línea son probablemente un par (a menos que uno de ellos sea un par con el décimo).
En cualquier caso, se puede formar un par de cromosomas a partir de estos tres
cromosomas y, como el cariotipo del caballo no contiene un cromosoma metacéntrico
que muestra bandas C en las puntas distales de su brazo corto (Buckland 1976), este
debe ser un par de burros. Lo mismo ocurre con los cromosomas séptimo y octavo en
la segunda línea que muestran bandas C en las puntas de los brazos cortos, y también
con los cromosomas 3 y 4 en la línea 3. Al final de la línea 3, hay un pequeño
metacéntrico con Una banda C centromérica. El cariotipo del burro no tiene tal
cromosoma (Ryder et al. 1978); este es probablemente el caballo número 12 (Buckland
et al. 1976, Ford et al. 1980). Solo a partir del cariotipo de banda C, se puede concluir
que la mula madre contribuyó con los cromosomas de caballo y burro al potro a través
de su óvulo.

Desafortunadamente, las preparaciones de cromosomas con banda G no se han

producido donde cada cromosoma se puede identificar inequívocamente como burro o
caballo en origen, o común a ambas especies. Sin embargo, los estudios preliminares
de bandas G indican un total de once pares de cromosomas coincidentes. Algunos de
estos, como se mencionó anteriormente, son puramente pares de burros. Algunos, por
ejemplo, los dos metacéntricos más grandes, aparecen tanto en los cariotipos de burros
como en los de caballos, y aunque un cromosoma representa un cromosoma de burro
aportado por el padre, el otro podría haberse originado en los componentes del caballo
o del burro de la madre mula. Otros cromosomas, en particular cuatro submetacéntricos,
fueron cromosomas de caballo sin equivalentes en el cariotipo del burro. Así que estos
solo pueden venir de la madre.

Los resultados del estudio de la colinesterasa sérica mostraron que los zimogramas en
caballos, mulas y hinny eran similares entre sí, pero diferentes del burro. La principal
diferencia fueron las dos bandas teñidas en oscuro que son las que se mueven más
rápido en el gel, y esta diferencia fue clara e inequívoca (Figura 5). El zimograma del
potro era idéntico a los de caballo, mula e hinny (como lo era la fértil madre mula) en
lugar de la del burro.

DISCUSION

A partir del trabajo de Taylor y Short (1973), se sabe que las células germinales migran
normalmente a las gónadas fetales de mulas hembras y los ovocitos sobrevivientes
inducirán el desarrollo de células foliculares normales. El ovario es capaz de adquirir
alguna actividad endocrina en la vida posterior (Taylor & Short, 1973) y las mulas
pueden entrar en ostra a intervalos irregulares (Bielanski 1972). Sin embargo, la gran
mayoría de los ovocitos fracasan en la meiosis debido a los problemas de
emparejamiento encontrados cuando los conjuntos de cromosomas de caballo y burro
estructuralmente diferentes intentan hacer una sinapsis en la profase meiótica.
Anderson (1939) planteó la hipótesis de que los óvulos de las mulas que producen
embarazos viables llevan solo cromosomas de caballo, mientras que los de la hinny
llevan solo cromosomas de asno. Esta idea fue ampliada por Chandley (1981) a la
hipótesis de la "afinidad". Sin embargo, los resultados del análisis cariotípico en 'Dragon
Foal' indican que la hipótesis de Anderson (1939), o la de Chandley (1981), no siempre
puede aplicarse. En nuestro potro, la madre mula ha proporcionado un óvulo con una
mezcla de cromosomas de caballo y burro. Aunque el recuento y la constitución del
cromosoma sexual fueron los mismos que para el asno, el complemento autosómico
fue claramente de origen mixto. Sin embargo, la mezcla proporcional de cromosoma de
caballo y burro fue diferente de la relación 1: 1I que se encuentra en la mula y la hinny,
ya que existe una mayor proporción de cromosomas burro. Hubo, por lo tanto, menos
desviación de un genoma de burro parental completo que en el caso de la mula y el
hinny.

La composición exacta del complemento autosómico del potro queda por determinar,
pero hasta ahora se puede ver lo suficiente en la investigación para concluir que nuestra
mula fértil ha dado a luz a un tipo de animal híbrido completamente nuevo, nunca antes
descrito en literatura cientifica. Fenotípicamente, parece mostrar una mezcla de
características de caballo, burro y mula, bastante consistentes con los hallazgos
cariotípicos.

Es sorprendente que una combinación tan extraña de cromosomas de caballo y burro

pueda producir una descendencia viable de constitución sólida. Respalda las creencias
sostenidas anteriormente de que probablemente haya una buena cantidad de
homología genética entre el caballo y el burro a pesar de los cambios cariotípicos que
han tenido lugar a lo largo del tiempo evolutivo entre las dos especies (Ryder et al. 1978,
Chandley -et at. 1974) . Parecería que todo el material genético correcto y necesario ha
sido heredado por nuestro potro híbrido, dándole un genoma que funciona de manera
armoniosa, aunque no habitual, para asegurar el desarrollo y la supervivencia. Será de
mayor interés probar la fertilidad del potro. Si algunas mulas hembras son fértiles, hay
muchas más posibilidades de que este animal, que tiene una desviación menos severa
de un genoma parental equilibrado, también sea fértil. Otras combinaciones novedosas
de cromosomas de caballo y burro podrían entonces encontrarse entre las crías híbridas
producidas.

APENDICE

Desde que comenzó esta investigación, se ha registrado otro caso científicamente

autenticado de la fertilidad de la mula (Ryder et al. 1985). En EE. UU., Una mula hembra
apareada con un burro ha producido un potro de potro que, al realizar un cariotipo, ha
demostrado ser cromosómicamente una mula. En este caso, parece que un
complemento completo de caballo pasó al óvulo en la meiosis de la madre mula,
obedeciendo así a las reglas de "afinidad".

AGRADECIMIENTOS: los autores desean agradecer al funcionario de la Oficina de

Ganadería de Yancheng Count por ayudarnos a comprar el potro híbrido y recolectar
muestras de sangre de la mula fértil y otros animales. Se agradece a nuestros colegas
de los grupos 201 y 701 por su ayuda con productos químicos y tecnología. También
agradecemos a muchos otros amigos que nos ayudaron a recolectar las muestras de
sangre. Richard Buckland brindó una asistencia inestimable para verificar y analizar los
cariotipos con bandas G y C y para preparar la Figura 4.