Taxonomía de los Microorganismos

Taxonomía: Ciencia de la Clasificación

Teoría y proceso de la estructuración de los organismos en

taxones, en función de su semejanza o parentesco evolutivo.

Taxón: grupo de organismos, considerado como una unidad en cualquier

rango del sistema clasificatorio.

Sub-disciplinas

 Nomenclatura:
asignación de nombre a los
taxones de conformidad
con normas publicadas.
 Identificación:
determinar que un
aislamiento particular
pertenece a un taxón
previamente conocido.
¿Cuales son los objetivos de la Clasificación?

 Organizar el conocimiento sobre los microorganismos:

Todos los miembros de un grupo específico

comparten numerosas características.

Agrupar a los microorganismos en grupos útiles y

significativos con nombres precisos.

 Hacer predicciones y formular hipótesis.

Propiedades importantes de una
clasificación taxonómica

Estable

Robusta

Predictiva
 Existen diferentes teorías de clasificación

Clasificación Artificial
Taxonomía Clásica:
pondera caracteres, utiliza
llaves dicotómicas.

Clasificación Taxonomía
Clasificación Natural fenética Numérica: cada carácter
tiene igual peso, la similitud
es función de la proporción
de caracteres

Clasificación filogenética: FILOGENIA

Llaves dicotómicas
 RANGOS TAXONOMICOS EN
CLASIFICACION BACTERIANA

Taxones: Dominio
Phylum
Clase
Orden
Familia
Género
Especie
Sub-especie

• fagovariedad (tipificación por fagos)

Categorías de clasificación a nivel • biovariedad (diferencias bioquímicas y fisiológicas)
de subespecie • patovariedad (patogenicidad)
Dominio
Sistema binomial de nomenclatura (Linneo)

Género: Bacillus
Especie: subtilis B. cereus, B. stearothermophilus, B. acidocaldarius

PUBLICACIONES
International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology.
Publicado por la Sociedad General de Microbiología
Otros: Applied and Environmental Microbiology, Systematic Applied Microbiology

COLECCIONES (cepas tipo y otras)

ATCC (American Type Culture Collection)
DSMZ (Deutsche Sammlung von Mikroorganismen und Zelkulturen, Colección alemana)
CIP (Colección del Instituto Pasteur, Francia)
 En BIOLOGÍA En MICROBIOLOGIA

Especie es la unidad básica

de la clasificación biológica. Especie:

Grupo de organismos capaces Grupo de cepas que tiene un

de entrecruzarse y de producir alto grado de similitud en sus
descendencia fértil. propiedades y que difieren en
forma significativa de otros
grupos de cepas.

Cepa: población que desciende de

una única célula. “clon”
Clasificación Fenética:

La caracterización de los microorganismos incluye el estudio

de su fenotipo y genotipo

Algunos caracteres utilizados para la clasificación:

 Morfológicos
 Fisiológicos
 Ecológicos
 Bioquímicos
 Moleculares : Acidos nucleicos, proteínas, lípidos,
carbohidratos, célula entera.
Se diferencia los microorganismos en base a variaciones
bioquímicas detectadas mediante pruebas metabólicas.

- Producción de gas

- Reacciones cromógenas

- Otras reacciones

Puede complementarse con un análisis de las características

morfológicas de las colonias que han crecido en el cultivo.
Utilización de galerías comerciales con medios liofilizados que
permiten un fácil estudio de muchos caracteres metabólicos
al mismo tiempo.

API bioMerieux

Biolog Inc.
 Caracteres Moleculares
Composición de bases del AND: G+C
Desnaturalización del ADN
 Determinación del contenido G-C del
ADN genómico

% Mol (G+C)= G+C x 100

G+C+A+T

•HPLC
•Temperatura
de fusión del ADN, Tm

Diferencia GC% > 10% …

Géneros diferentes
Absorbancia a 260nm, ADN de S. aureus
Hibridación
• Hibridación ADN-ADN

Mide el grado de similitud entre secuencias de DNA de dos

microorganismos.
 Ribotyping (Ribotipado)

Método que permite identificar y clasificar bacterias en función de los genes

del RNA ribosomal.

1. Extracción y digestión del DNA de una colonia bacteriana.

2. Separación mediante electroforesis de los fragmentos de DNA.
3. Transferencia de los fragmentos separados a una membrana de Nylon.
4. Hibridación con una sonda del operón rRNA de marcada químicamente.
5. Detección de las bandas mediante quimioluminiscencia.
6. Análisis y comparación de las bandas frente a una base de datos.

El patrón de bandas obtenido para cada muestra consistirá en una serie de

bandas discretas de mayor o menor intensidad, a manera de “huella dactilar
génica” o código de barras”.
El ARNr 16S está codificado por el gen rrs, denominado también ADNr 16S.

Es considerado un buen marcador molecular, a pesar de cambiar muy

lentamente durante su proceso evolutivo; debido a que su estructura y
función han permanecido constantes durante un tiempo muy
prolongado.

La cantidad de copias del operón ribosómico por genoma bacteriano varía

considerablemente, de 1 a 15, siendo relativamente constante a nivel de
especie, de género e incluso de familia.

Se ha considerado esta secuencia como una herramienta útil para la

clasificación, la taxonomía y la filogenia bacteriana (8,40,41).

Se ha propuesto que los procariotas cuyo ADNr 16S tenga un 97% o más
de secuencias idénticas es muy probable que pertenezcan a la misma
especie.
 PERFIL PROTEICO

TÉCNICA
- Lisis del microorganismo.
- Separación electroforética de sus proteínas.
En gel de poliacrilamida y en presencia de SDS (SDS-PAGE).
- Tinción con azul de Coomasie o sales de plata.
- Análisis y comparación del perfil de bandas.

INCONVENIENTE
- Altísimo número de bandas a valorar.
Perfil cromatográfico de
ácidos grasos metilados
 Fagotipia

TÉCNICA

Sembrar el cultivo por técnica de doble capa.

Depositar varias gotas de diferentes bacteriófagos.

Incubar.

Observar dónde se ha producido lisis bacteriana.

Patrón de sensibilidad a los distintos antimicrobianos.

TÉCNICA

- Sembrar en superficie el cultivo puro

- Depositar discos de antibióticos.

- Incubar.

- Medir halos de inhibición

Diferencia los microorganismos de una misma especie detectando sus Ag
de superficie mediante una colección de Ac específicos.
 Clasificación fenética: Taxonomía Numérica

agrupamiento por métodos numéricos de las unidades

taxonómicas en taxones, según sus estados caracterológicos
(Sneath y Sokal, 1973)

Pruebas realizadas cepas (OTUs)

1 2 3 4
Pasos a seguir … fermentación de
glucosa + + + +
sacarosa + + + -

Elección de las Unidades Taxonómicas

lactosa + - + -
 fructosa + + + -
Operativas (OTU) manosa - + + -
arabinosa - + + +
galactosa - - + -

 Elección de caracteres ramnosa

celobiosa
+
+
+
-
+
+
-
-
VP + + - -
RM + - + -
 Realización de las pruebas bajo lecitinasa + + - +
condiciones estandard. DNasa - + - +
catalasa - + - +
citocromo oxidasa - + - +
reducción de NO3- - - - +
 Codificación de datos (MBD)
 Continuamos …

 Obtención de un coeficiente de similitud para cada par de OTUs

Coeficiente de apareamiento simple (SSM)

SSM= n° de características que coinciden (+,+) (-,-)

n° de características estudiadas

Coeficiente de Jaccard (SJ)

Sj = n° de características que coinciden (+,+)

n° de características estudiadas

OTU 1 2 3 4
 Matriz de similitud 1 1
2 0.5 1
3 0.69 0.43 1
4 0.25 0.62 0.19 1

PORCENTAJE DE SIMILITUD
0 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100

3
 Estructura taxonómica

Construcción de una nueva matriz, donde OTU1 y OTU3, forman un cluster (1-3)
Pueden aplicarse tres métodos para la construcción de la nueva matriz.
La nueva OTU se unirá según,

 ligamiento máximo (Simple)

 ligamiento mínimo (Completo)
 ligamiento promedio

Representación gráfica que permite visualizar rápidamente las relaciones entre las
distintas OTU.

PORCENTAJE DE SIMILITUD
0 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100

Dendrograma 2

4
Clasificación filogenética: Filogenia

Plantea hipótesis de EVOLUCIÓN

Método: Comparar la secuencia de moléculas y establecer la

relación entre ellas.

Los cambios en las secuencias ocurren al azar y de un modo

temporal-dependiente y cierta proporción de éstos permanece
fijo en las moléculas.

LAS SECUENCIAS DE LAS MOLÉCULAS SON EL REGISTRO

HISTÓRICO DE LA EVOLUCIÓN.
Gen 16SrRNA
Gen de la ATPasa cronómetros evolutivos
Gen de RecA
…
 Ribosomal Data-base Project “RDP”

http://rdp.cme.msu.edu

Colección de mas de 1.3x106 secuencias

Gen 16S rRNA
Gen de la ATPasa cronómetros evolutivos
Gen de RecA
… Premisas

Los cambios en las secuencias ocurren a una

velocidad constante

Los cambios se acumulan en las secuencias

Estos cambios no traen consecuencias en la

función de la molécula.

Tiempo de divergencia entre Arqueas y Eucaria: 2.8x109 años

Entre E. coli y Salmonella typhimurium: 120-140x106 años

  Aislar el ADN
Procedimiento …  Amplificar el 16S rADN (PCR)
 Secuenciar
 Análisis comparativo de las secuencias
 Construcción del árbol filogenético
The web-based algorithm BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) of
the National Institutes of Health (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST)
Árbol Filogenético Universal (Olsen y Woese, 1993)

• Termofilia representada en los grupos mas profundos de Archaea y

Bacteria
• Muchos de los linajes profundos son anerobios o microaerofílicos
• Fotosíntesis basada en clorofilas: distribuida en varios linajes de
Bacteria
“Secuencias firmas”: Secuencias de oligonucleótidos cortos presentes en ciertos
grupos.

Aplicación:

Localización de un nuevo aislado en su correcta posición filogenética.

Construcción de sondas dirigidas a un determinado grupo microbiano (FISH).
TENDENCIA ACTUAL DE LA CLASIFICACIÓN

POLIFÁSICA
Consenso en la integración de distintos tipos de caracteres:

Fenotípicos:
clásicos (morfología, nutrición, etc.)
moleculares (marcadores quimiotaxonómicos)
perfil de proteínas totales y enzimas

Genotípicos:
clásicos: % G+C
moleculares: hibridación DNA-DNA,
fingerprinting (ej. Perfiles moleculares por restricción o amplificación
de ADN).

Filogenéticos: basados en el gen del 16S rRNA

Bergey´s Manual of Determinative Bacteriology 1923 (1ed)-1994 (9ed)
Utilizado en la identificación de bacterias

Bergey´s Manual of Systematic Bacteriology 1a Ed 1984 (vol 1)-1989(vol 4)

Principalmente fenética.
Vol 1:Bacterias G(-) de importancia general, médica o industrial.
Vol 2:Bacterias G(+) distintas de actinomycetes.
Vol 3:Bacterias G(-) con propiedades características, cianobacterias y
arqueobacterias.
Vol 4:Actinomycetes

Bergey´s manual of Systematic Bacteriology 2a Ed 2001-2005 (vol 1-vol 5)

Fundamentalmente filogenética.
Vol 1:Archaea, Cianobacterias, Protótrofos verdes y Géneros muy ramificados.
Vol 2:Proteobacterias.
Vol 3:Bacterias G(+) con bajo contenido G+C.
Vol 4:Bacterias G(+) con alto contenido G+C.
Vol 5:Planctomycetes, Chlamydiae, Spirochetes, Fibrobacters, Bacteroidetes,
Fusobacteria, Acidobacteria, Verrucomicrobia, Dictyoglomi, y Gemmatomonadetes

The Prokaryotes (http:/www.prokaryotes.com)

Continuación