El sistema de Genomas Microbianos Integrados (IMG) sirve como un recurso

comunitario para el análisis y anotación de los conjuntos de datos de genomas y

metagenomas en un contexto comparativo integral. El almacén de datos de IMG
integra los conjuntos de datos de genoma y metagenoma proporcionados por los
usuarios de IMG con un conjunto completo de conjuntos de datos de genoma y
metagenoma disponibles públicamente.
 Primeramente, nos metemos a la base de datos NCBI y descargamos dos
secuencias, la primera es:
1. Helicobacter pylori 6695 que se busca por (NC_000915)

Seleccionamos la primera en azul que dice arriba NUCLEOTIDE SEQUENCE

Descargamos la secuencia en FASTA
Aquí se muestra como descargar la secuencia en FASTA

Ya descargada la secuencia le pondremos el nombre de H_py_6695 y

guardamos la secuencia
El segundo organismo/secuencia descargado es:
2. Helicobacter pylori J99 buscándolo como (NC_000921)
Y se vuelve a descargar la secuencia en FASTA de la misma manera que el de
la primera secuencia del primer organismo
Ya que descargamos la segunda secuencia se cambiará el nombre como
H_py_J99 y de igual forma se guardará.

Después ingresamos al portal o programa en línea JGI buscándolo como

(https://img.jgi.doe.gov)
Ya que con este link entra automáticamente a la página principal de JGI
Seleccionamos:
1. COMPARE GENOMES que se encuentra en la posición 5 de la barra de
herramientas.
2. Después en SYNTENY VIEWERS
3. Y por último seleccionar ahí mismo DOT PLOT (cual significa grafico de
puntos)

Apareciendo esta ventana, vamos a introducir los dos genomas descargados

Se meten las dos secuencias de los dos organismos que se compararan:
1. Seleccionar donde dice SHOW a un lado donde está el signo de
interrogación cerrado apareciendo muchos organismos
2. Antes de seleccionar o buscar los 2 descargados, arriba donde dice
ARCHAE se cambia por BACTERIA.
3. Y ahora si se buscan los dos organismos agregándose.
Solo buscamos donde dice buscador para encontrarlos más rápidos y a un lado
donde esta el otro cuadro dice ADD>> que es agregar ya que seleccionas uno de
los dos organismos le seleccionas agregar y se agrega automáticamente al cuadro
en blanco y de igual forma seleccionas el otro que te falta y agregarlo de igual
forma ya que se tienen los dos agregados al cuadro, seleccionamos DOTPLOT
cual significa grafico de puntos (abrir el gráfico).

Resultados de la diferencia de los dos organismos buscados

Por ejemplo, tome la posición (959000...964698) [CP003904] de las regiones de
similitud encontradas en cadenas paralelas (fplot)

Seleccione la posición de cysS: ciateinil-ARNt sintetasa y aparece el cuadro de la

descripción del gen
Ahora seleccione la posición (369877...378000) [CP003904] del gen de las
regiones de similitud encontradas en cadenas antiparalelas (rplot). Y así mismo
seleccione la posición del gen, la proteína hipotética.
Ahora se realiza los mismos pasos pero con otros dos organismos seleccionados;
Enterococcus Faecalis 62 y Enterococcus Faecalis 7L76.
La gráfica de puntos consta de puntos azules para regiones de similitud
encontradas en cadenas paralelas (fplot) y puntos rojos para regiones de similitud
encontradas en cadenas antiparalelas (rplot). La información sobre herramientas
para cada punto muestra qué gráfico es y las coordenadas y los andamios de la
alineación.
Seleccionamos alguna región de similitud, por ejemplo, elegí regiones de similitud
encontradas en cadenas paralelas (fplot) lo cual podemos observa que nos arroja
un cuadro de las familias de organismos, las enzimas que participan y algunas
proteínas asociadas a esa secuencia del genoma.
Por ejemplo, así mismo elegí la proteína portadora anaerobia dicarboxilato C4
538380...539831

Nos muestra una tabla de las características detalladas de esa posición del gen.
Aquí nos arroja una tabla donde se muestra la longitud de la secuencia de consenso,
descripción de si misma y porcentaje de alineamiento del gen.
Tomando otro ejemplo tome la posición Referencia (1196119..1200024)
[CP002491] de regiones de similitud encontradas en cadenas antiparalelas (rplot)

Y seleccionamos la posición de la participación de la proteína de unión a soluto

extracelular bacteriana
Se agrego una lista de algunos genomas de los cientos que podemos encontrar en
el programa, lo cual se pueden usar para hacer comparaciones u otros usos.
En la función de “encontrar funciones” y seleccionamos “enzimas” ya que nos
demuestra las enzimas que participan en la base de datos de todos los genomas
En comparación de genes nos muestra la ventana de VISTA donde ordena
automáticamente los genomas para una visualización mejor.

En perfil de funciones nos muestra una lista de los genomas.

Podemos ver que cuando seleccionamos los genes de interés en este caso yo
elegí 11 genomas y 1000 funciones, La coloración celular se basa en el recuento
de genes: blanco = 0, bisque = 1-4, amarillo >.

En esta pestaña observamos que nos demuestra la búsqueda de genomas.

Como se observa en la pestaña de encontrar genes se muestran varias ventanas
como exclusión que a su vez “ARN 16s”, “ Virus”, “espaciadores CRISPR”, “todos
las aislaciones” cual podemos meternos al ARN 16s que nos ayuda a buscar
secuencias codificantes y regiones especificas de bacterias.