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DISEÑO DE PRIMERS
INTEGRANTES:
BARTOLO PAREDES, YOMIRA PAMELA
PULIDO TORRES, JULEISY KATERYN
DISEÑO DE PRIMERS
I. INTRODUCCIÓN
Un PRIMER es una cadena de ácido nucleico o de una molécula relacionada que sirve como
punto departida para la replicación del ADN.
Es una secuencia corta de ácido nucleico que contiene un grupo 3'hidroxilo libre que forma
pares de bases complementarios a una hebra molde y actúa como punto de inicio para la
adición de nucleótidos con el fin de copiar la hebra molde.
Se trata de secuencias sintéticas de oligonucleótidos que son utilizadas para reconocer por
apareamiento complementario secuencias blanco en ADN de plantilla, que consiste
generalmente en ADN genómico.
Comúnmente un par de iniciadores son usados en PCR para definir los extremos del producto
que se desea amplificar, y a partir de ellos la DNA polimerasa utilizada inicia la polimeración en
dirección 5' - 3'.
También son utilizados en reacciones de secuenciación de ADN, donde se utiliza solo un
iniciador sobre una concentración relativamente alta de ADN blanco, para polimerizar cadenas
sencillas de diferente tamaño truncadas por dideoxinucleótidos y así determinar la secuencia
de bases nitrogenadas.
Como ejemplo si tenemos la siguiente secuencia de ADN de cadena doble a partir de la cual
pretendemos amplificar por PCR un fragmento cuyos límites están indicados por el símbolo de
mayor o menor, los primers a utilizar podrían ser como los siguientes:
REVERSE PRIMER
3’-gaccaggacgctagat<-5’
...5'-aggaggcgagatgtcgagtcggatcgaccagagcgacccacacaggaccaggacgctagatcga-3'...
...3'-tcctccgctctacagctcagcctagcaggtctcgctgggtgtgtcctggtcctgcgatctagct-5'...
5’->gaggcgagatgtcgga-3’
FORWARD PRIMER
BIOINFORMATICA
CRITERIOS PARA EL DISEÑO DE PRIMERS:
El diseño cuidadoso de primers es uno de los aspectos más importantes de la PCR.
Primers mal diseñados pueden amplificar otros fragmentos de ADN distintos a los buscados.
En el diseño de los mismos algunas reglas se han demostrado como útiles, por ejemplo:
BIOINFORMATICA
II. PROCEDIMIENTO PRACTICO
1° PASO:
En una ventana nos dirigimos a la página del National Center for Biotechnology Information
http://www.ncbi.nlm.nih.gov. En el recuadro de búsqueda se cambió All Database por
Nucleotide. Y a continuación se escribió el número de acceso (NM_176411.3) y oprimimos el
botón Search. Se abrió la ventana de Display Settings y elegimos FASTA, dándonos como
resultado la secuenciación del gen.
BIOINFORMATICA
2° PASO:
3° PASO:
BIOINFORMATICA
4° PASO:
5° PASO:
BIOINFORMATICA
6° PASO:
BIOINFORMATICA
Le dimos clic en PICK PRIMERS y nos arrojó estos resultados:
7° PASO:
Después de arrojarnos los datos generales del PRIMER le dimos clic nuevamente en PICK
PRIMERS. Obteniendo así:
BIOINFORMATICA
8° PASO:
Ingresamos a BLAST
9° PASO:
BIOINFORMATICA
Ingresamos la secuencia LEFT PRIMER:
10° PASO:
BIOINFORMATICA
Obteniendo así:
III. RESULTADOS
BIOINFORMATICA
RIGHT PRIMER 1288 20 59.99 50.00 4.00 0.00 CTTGGGTGTTAATGGCTCGT
SEQUENCE SIZE: 2527
LEFT PRIMER 1379 20 60.00 55.00 2.00 1.00 GACGGAACGAGCAAGAAGAC
RIGHT PRIMER 1615 20 59.95 45.00 4.00 2.00 CGTGCATTGATATTGGTTCG
PRODUCT SIZE: 237, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR3’ COMPL: 1.OO
LEFT PRIMER 1382 20 60.00 55.00 2.00 2.00 GGAACGAGCAAGAAGACGAC
RIGHT PRIMER 1615 20 59.95 45.00 4.00 2.00 CGTGCATTGATATTGGTTCG
PRODUCT SIZE: 234, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR3’ COMPL: 2.OO
LEFT PRIMER 878 20 59.92 45.00 6.00 2.00 TACAATGGAGGCCACAATCA
RIGHT PRIMER 1097 20 59.98 50.00 4.00 1.00 GATGGTATTGCTGCTGCTGA
PRODUCT SIZE: 220, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR3’ COMPL: 3.OO
LEFT PRIMER 672 20 60.08 50.00 5.00 1.00 AATCGGATCAGCACAAGGAC
RIGHT PRIMER 867 20 60.02 50.00 3.00 2.00 GCGTTGAATGACTCGCTGTA
PRODUCT SIZE: 196, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR3’ COMPL: 1.OO
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