Documente Academic
Documente Profesional
Documente Cultură
KERAGAMAN GENETIK
GURITA Octopus cyanea (LINNAEUS 1758) PAPUA
Abstract: The purpose of this study was to determine the genetic diversity of Octopus cyanea in Pa-
pua waters make use of the marker gene cytochrome oxidase I mitochondrial genome (mtDNA). A
total of eight samples of octopus were collected from the fish market in Papua, respectively 2 sam-
ples from Serui, Biak, Manokwari and Wasior. Octopus identification using DNA barcoding. Extrac-
tion method using Chelex 5-10%, continued with the COI gene fragment amplified through Poly-
merase Chain Reaction, purification with SAP/EXO and sequenced by the Sanger dideoxy method.
Analysis of genetic diversity is done using software Mega 5 (Tamura et al., 2011) and DnaSP
5:10:01 (Rozas et al. 2010). The sequencing results obtained 687 bp gene fragments with a frequen-
cy of nucleotide A = 32.45%; T = 32.45%; C = 17.55%; and G = 17.55%;. Estimated bias transi-
tion / transversion (R) was 0.51. This study identified 573 pb (nucleotide) side monomorphic, 54 bp
side polymorphic (S) and the total number of mutations (Eta), 48 bp side and six single nucleotide
variations parsimony side. The entire sample showed significant differences between one with an-
other. Total haplotype (h) were identified is eight haplotypes according to the number of samples.
Haplotype diversity (Hd) and nucleotide (p) respectively were 1.00 and 0.0248.
Keywords: Genetic diversity, Papua (Manokwari), COI gene, Octopus cyanea, mtDNA
Abstrak Tujuan penelitian ini adalah menentukan keragaman genetic gurita Octopus cyanea perairan
Papua berdasarkan penanda gen sitokrom oksidase I genom mitokondria (mtDNA). Total delapan
sampel gurita dikoleksi dari pasar ikan di Papua yaitu masing-masing 2 sampel dari Serui, Biak,
Manokwari, dan Wasior. Identifikasi gurita menggunakan DNA barcoding. Metode ekstraksi dil-
akukan dengan Chelex 5-10%, dilanjutkan dengan amplifikasi fragmen gen COI melalui Polymerase
Chain Reaction, pemurnian dengan SAP/EXO dan sekuensing dengan metode dideoksi Sanger. Ana-
lisis keragaman genetik dilakukan menggunakan software Mega5 (Tamura et al. 2011) dan DnaSP
5.10.01 (Rozas et al. 2010). Hasil sekuensing menemukan 687 pb fragmen gen dengan frekuensi
nukleotida A= 32,45%; T= 32,45%; C=17,55%; dan G=17,55%. Estimasi bias transisi/transversi (R)
adalah 0,51. Penelitian ini mengidentifikasi 573pb (nukleotida) sisi monomorfik, 54 pb sisi polimorfik
(S) dan jumlah total mutasi (Eta), 48 pb sisi variasi tunggal dan enam nukleotida sisi parsimony. Se-
luruh sampel menunjukkan perbedaan yang signifikan satu dengan yang lain. Jumlah haplotipe (h)
yang teridentifikasi adalah delapan haplotipe sesuai jumlah sampel. Keragaman haplotipe (Hd) dan
nukleotida () masing-masing adalah 1.00 dan 0.0248.
Kata kunci: Keragaman genetik, Papua (Manokwari), gen COI, Octopus cyanea, mtDNA)
Papua kaya dengan keragaman hayati persen dari total dunia). Papua juga terkenal
laut (Mangubhai dkk., 2012). Sebagai bagian sebagai salah satu “hotspot” atau pusat
pusat segitiga karang dunia (the heart of the organisme laut endemik regional di
Coral Triangle), Papua memiliki keragaman Indonesia (Allen & Adrim 2003; Allen
hayati terumbu karang tertinggi di dunia 2007). Meskipun demikian, pengetahuan
(McKenna dkk., 2002; CI Indonesia 2007). khusus dan mendalam terkait spesies
Veron dkk. (2009) dan Allen & Erdmann ekonomis penting di kawasan ini masih
(2012) menyatakan bahwa kawasan ini terbatas. Salah satu spesies di antaranya
memiliki lebih dari 1.638 jenis ikan karang adalah O. cyanea.
dan 600 jenis terumbu karang (sekitar 75 O. cyanea adalah salah satu spesies
200
Prosiding Seminar Nasional Biologi / IPA dan Pembelajarannya
gurita yang ditemukan di Perairan Papua. gurita di Papua, terutama di Papua, dan dapat
Spesies Famili Octopodidae ini memiliki menambah jumlah sekuens DNA gurita pada
peran ekologis baik sebagai predator maupun genebank. Kajian keragaman genetik juga
mangsa (Hanlon & Messenger, 1996). Gurita diharapkan dapat menentukan status hidup
tergolong komoditas perikanan ekonomis populasi yang diteliti.
penting. Sebagian besar jenis gurita termasuk
O. cyanea menjadi produk perikanan yang METODE
dapat dikonsumsi. Nilai ekspor gurita dunia Sampel gurita dikoleksi dari pasar ikan
tahun 2014 dapat mencapai 350.710 ton beberapa lokasi di Papua. Total delapan
dengan nilai $ 133 triliun (FAO, 2014). sampel dikoleksi dari Serui (2 sampel), Biak
Sedangkan nilai ekspor gurita Indonesia (2), Manokwari (2), dan Wasior (2). Jaringan
tahun 2012 mecapai US$ 73.87 juta (KKP, tentakel gurita setiap individu digunakan
2013). Gurita dapat menjadi sumber devisa untuk analisis genetik. Semua jaringan
bagi negara kita, termasuk Papua khususnya. sampel diambil dan dimasukkan ke dalam
Komoditas ini tergolong diminati oleh wadah berisi alkohol 95%. Sampel dibawa
negara-negara di Asia seperti Korea, China, ke laboratorium dan disimpan sampai
Taiwan, dan Jepang serta negara-negara waktunya untuk digunakan. Identifikasi
Benua Amerika dan Eropa. Namun, menurut gurita menggunakan DNA barcoding.
KKP (2013), potensi gurita belum terkenal
sebagai komoditi ekspor utama maupun
kebutuhan dalam negeri seperti komoditas
perikanan lain. Selain itu, data dan informasi
keragaman genetik gurita O. cyanea di
kawasan ini masih terbatas.
Keragaman genetik mempunyai dampak
langsung dan tidak langsung terhadap
populasi, komunitas, dan ekosistem (Hughes
dkk., 2008). Ferguson dkk. (1995)
menyatakan bahwa keragaman genetik
penting untuk stabilitas dan ketahanan
populasi. Lebih lanjut Frankham (1996) Gambar 1. Peta Papua, lokasi pengambi-
menyatakan bahwa kehilangan keragaman lan sampel meliputi 1.
genetik mengurangi kemampuan spesies Manokwari, 2. Biak, 3. Wa-
untuk beradaptasi terhadap perubahan sior, dan 4. Serui.
lingkungan. Selain itu informasi pola
keragaman genetik dapat menjadi pusat Ekstraksi DNA gurita dilakukan dengan
usaha masa depan yang bertujuan untuk menggunakan extraction kit (Qiagen). Bagi-
konservasi spesies (IUCN, 2007; an jaringan spesimen dimasukkan dalam ta-
http://www.iucnredlist.org) dan memiliki bung berisi Qiagen dan dipanaskan dengan
implifikasi untuk konservasi dan managemen heating block pada suhu 90oC selama 25
(Ning dkk., 2015). Penelitian variasi genetik menit. Selanjutnya divorteks dan disentri-
gurita belum pernah dilakukan di Perairan fuge (kecepatan 13.000 rpm) masing-masing
Papua. Hal ini menyebabkan terbatasnya selama 30 detik. DNA genom gurita
sekuens DNA gen COI gurita asal Indonesia dihasilkan pada tahap ini dalam bentuk su-
di genbank (www.ncbi.nlm.gov/). pernatan.
Penelitian ini bertujuan untuk Supernatan selanjutnya diamplifikasi
mengetahui variasi genetik spesies gurita O. menggunakan pasangan primer HCO2198:
cyanea berdasarkan penanda genetik COI. 5’-TAAACTTCAGGGTGACCAAAAAATCA-
Hasil penelitian diharapkan menjadi data 3’ dan LCO1490: 5’-
pendukung untuk pengelolaan sumberdaya GGTCAACAAATCATAAAGATATTGG-3’
201
Prosiding Seminar Nasional Biologi / IPA dan Pembelajarannya
202
Prosiding Seminar Nasional Biologi / IPA dan Pembelajarannya
203
Prosiding Seminar Nasional Biologi / IPA dan Pembelajarannya
B:M=0.00-0.07; Biak, Wasior, Serui (B:W:S tersedia tidaknya data sekuens (reference se-
=0.00-0.01). Makin rendah nilai matrik jarak quences) yang akurat sebagai pembanding
makin dekat hubungan antar sek- (Stoeckle, 2003). Kelebihan lain metode ini
uens/individu tersebut. Data aliran gen men- yaitu memberikan informasi genetik sehing-
dukung hal tersebut. Nilai Fst adalah 0.09 ga dapat digunakan sebagai studi yang lebih
sedangkan jumlah Nm adalah 4.67. luas, misalnya untuk studi filogenetik (Erick-
son & Driskell, 2012; Huang dkk., 2016),
PEMBAHASAN filogeografi (Yu, 2014) dan genetika popu-
Semua sekuens/individu gurita yang di- lasi (Draft dkk., 2010). Sementara itu, variasi
analisis merujuk pada spesies tunggal se- genetik menurut Ferguson dkk., (1995)
bagai O. cyanea. Sekuens nukleotida gurita mempunyai arti penting dalam stabilitas dan
O. cyanea dapat diakses dari berbagai sum- ketahanan populasi.
ber. Sumber tersebut diantaranya melalui Keragaman genetik O. cyanea tergolong
GenBank tinggi. Setiap populasi O. cyanea memiliki
(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore). tingkat keragaman haplotipe 1. Menurut Nei
Sampai saat ini, terdapat 40 sekuens O. (1987) nilai keragaman genetik yang
cyanea. Sekuens nukleotida spesies ini be- berkisar 0,8 - 1 masuk dalam kategori tinggi,
rasal dari beragam marka genetik dan asal sementara nilai 0,5 - 0,7 tergolong dalam
individu. Sekuens dengan marka Cyto- kategori sedang dan 0,1 - 0,4 merupakan
chrome oxidase I (COI) berasal dari O. cya- kategori rendah. Hasil ini berbeda dengan
nea Jepang, Pulau Line, Sulawesi, dan Ha- penelitian gurita di lautan Hindia, keragaman
waii total 6 individu (Kaneko dkk., 2011; genetiknya sangat rendah (Taylor, 2014).
Takumiya dkk., 2004; Huffard dkk., 2010), Keragaman haplotipe O. cyanea yang tinggi
COII berasal dari India (Mashhoor dkk., pada penelitian ini menunjukkan bahwa guri-
2010), COIII dari Jepang, Australia, Kaledo- ta asal Perairan Papua (Manokwari, Biak,
nia Perancis (Kaneko dkk., 2011; Guzik Serui, dan Wasior) memiliki kemampuan be-
dkk., 2005; Bonnaud dkk., 2001). Marka ge- radaptasi yang baik terhadap perubahan ling-
netik lain yang diterapkan pada O. cyanea kungan yang terjadi.
adalah Gen EF-1a, mRNA, 16S rRNA, 12S Taylor & Aarsen (1988) menjelaskan
rRNA, 28S rRNA, cytb. (Guzik dkk., 2005; bahwa spesies dengan kemampuan beradap-
Fry, 2013; Huffard dkk., 2010; Hudelot tasi yang baik akan menghasilkan variasi fe-
1999; Teske dkk., 2007; Bonnaud dkk. 2001, notip dan genotip yang baik sebagai respon
Takumiya dkk. 2004). Selain itu terdapat sa- terhadap kondisi lingkungan tertentu sehing-
tu sekuens dari penanda yang belum teriden- ga dapat meningkatkan kemampuan individu
tifikasi (seperti COI) dari individu O. cyanea untuk tetap bertahan hidup dan berkembang
(Appukuttan & Vijayamma, 2013). biak. Keanekaragaman penting untuk keber-
Metode identifikasi spesies berdasarkan lanjutan sumberdaya alam pada masa depan.
analisis molekular DNA fragmen gen Cyto- Menurut Frankham (1996) kehilangan
chrom oxydase 1 (COI) (dikenal dengan keragaman genetik akan mengurangi ke-
DNA Barcoding) merupakan salah satu mampuan spesies tersebut untuk beradaptasi
metode standar yang umum diterapkan saat terhadap perubahan lingkungan. Keragaman
ini. Kelebihan metode ini diantaranya dapat genetik mempunyai dampak potensial secara
mengidentifikasi spesies yang sulit langsung maupun tidak terhadap populasi,
dibedakan secara morfologi (Hebert dkk., komunitas dan ekosistem (Hughes dkk.,
2004), sampelnya dapat berasal dari semua 2008).
fase siklus hidup hewan termasuk telur dan Pohon filogenetik menggambarkan garis
larva (Stoeckle, 2003), menggunakan sampel keturunan evolusi dari speseis, organisme
jaringan yang sangat sedikit sehingga tidak atau dari satu nenek moyang berbeda (Hall,
harus mematikan hewannya. Namun 2011). Berdasarkan pohon filogenetik yang
demikian metode ini sangat tergantung pada dibuat diketahui terdapat hubungan genetik
204
Prosiding Seminar Nasional Biologi / IPA dan Pembelajarannya
antar gurita dalam satu populasi dan antar Genetika Universitas Papua (Manokwari)
populasi. Meskipun terdapat dalam dua untuk pekerjaan laboratorium. Terima kasih
klaster (clade), umumnya setiap individu juga disampaikan kepada M. Dailami (Uni-
termasuk dalam satu kelompok karena ren- versitas Papua) atas diskusi dan sumbang
dahnya persentase perbedaan antar ke- sarannya.
lompok. Filogeni berguna untuk mengorgan-
isir pengetahuan keragaman biologis untuk DAFTAR RUJUKAN
klasifikasi structural dan untuk memberikan Appukuttan, N.B., Vijayamma S. 2013.
wawasan ke dalam peristiwa yang terjadi Taxonomy and Diversity of Cephalo-
selama evolusi (Taylor, 2014). Hasil ini se- pods (Phylum: Mollusca) of Kerala
rupa ulasan Carpenter dkk., (2011) yang Coast. Unpublished.
menunjukan variasi hubungan genetik be- Bonnaud, L., Saihi, A. and Boucher-Rodoni,
berapa biota laut yang berasal dari populasi R. 2001. Are 28SrDNA and 18SrDNA
berbeda di perairan Indonesia termasuk informative for cephalopod phyloge-
perairan Papua. ny? Unpublished.
Jarak genetik yang rendah (0.00-0.07) Carpenter, K.E., Barber, P.H., Crandall ED,
serta aliran gen dengan Fst 0.09 dan Nm 4.67 Ablan-Lagman MCA, Ambariyanto,
menunjukkan ketiadaan struktur genetik ka- Mahardika N, Manjaji-Matsumoto
rena tingginya migrasi antar individu (Hud- BM, Juinio-Meñez MA, Santos MD,
son dkk., 1992) pada O. cyanea. Kajian Starger C, Toha, AHA. 2011. Compar-
struktur genetik dalam beberapa organisme ative Phylogeography of the Coral Tri-
laut mengusulkan bahwa spesies dengan lar- angle and Implications for Marine
va planktonik homolog secara genetik sering Management. Marine Biology. 1-14.
tidak ditemukan (Hart, 2002; Weersing & Draft, K.J., Pauls, S.U., Darrow, K., Miller
Toonen, 2009). Fase larva O. cyanea ber- S.C., Hebert, P.D., Helgen, L.E., No-
langsung selama satu-dua bulan. Spesies votny, V., Weiblen, G.D. 2010. Popu-
tumbuh lebih besar dan hidup bentik sebagai lation genetics of ecological communi-
gurita dewasa. Pengetahuan struktur genetik ties with DNA barcodes: an example
untuk identifikasi satuan managemen meru- from New Guinea Lepidoptera. PNAS
pakan hal penting untuk konservasi biota. 107(1):5041-5046.
Erickson, D.L., Driskell, A.C. 2012. Con-
KESIMPULAN struction and analysis of phylogenetic
Analisis genetik berdasarkan fragmen trees using DNA barcode data. Meth-
gen COI menunjukkan bahwa kedelapan ods Mol.Biol.858.395-
sampel penelitian berasal dari satu spesies 408.doi:10.1007/978-1-61779-591-
yaitu O. cyanea. Variasi genetik spesies 6_19.
sangat tinggi. Hasil analisis menunjukan Ferguson, A.J.B., Taggart, P.A., Prodohl, O.,
bahwa gurita O. cyanea memiliki tipe hap- Mc Meel, C., Thompson, C., Stone,
lotipe yang beragam dan nilai keragaman Mc., Ginnity, R.A., Hynes. 1995. The
yang tinggi, sehingga mampu beradaptasi Application markers to the study &
terhadap perubahan lingkungan yang ter- conservation of fish population with
jadi. Pohon filogenetik, jarak genetik, Fst, special referens to Salmon. Fish Biolo-
dan Nm menunjukkan bahwa keempat popu- gy, 47: 103-126.
lasi gurita sangat dekat dan terjadi percam- Folmer, O.M., Black, W., Hoen, R., Lutz, R.,
puran sempurna. Vrijenhoek R. 1994. DNA primers for
amplification of mitochondrial cyto-
Ucapan Terima Kasih chrome c oxidase subunit I from di-
Terimakasih kepada Direktorat Jenderal verse metazoan invertebrates. Molecu-
Pendidikan Tinggi (DIKTI) untuk beasiswa lar Marine Biology and Biotechnology
program doktor (BPP-DN) dan Laboratorium 3: 294-299.
205
Prosiding Seminar Nasional Biologi / IPA dan Pembelajarannya
206
Prosiding Seminar Nasional Biologi / IPA dan Pembelajarannya
207